Variant

Genome Chromosome Position VCF ID Ref Alt mRNA Change mRNA Info
GRCh37 chr1 104114735 . T A CCDS782.1:NM_020978.4:c.172Tct>Act_NP_066188.1:p.58S>T Homo sapiens amylase, alpha 2B (pancreatic) (AMY2B), mRNA.
pdb_id
label_asym_id
label_seq_id
label_comp_id
auth_asym_id
auth_seq_id
alphafold_id
label_asym_id
label_seq_id
label_comp_id
auth_asym_id
auth_seq_id

PDB

Entity Residue Monomer BioUnit Ligand View
PDB Entity Uniprot Identity Evalue ExpMethod Date Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ ASA rASA ΔASA Interaction Name Distance Atom(p) Atom(l)
3old 1 P04746 98.99 0.0 X-RAY
2011-04-13 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -71.4 160.4 2.0 0.017 0.0 ACI
HOH
9.471
2.905
OG
OG
O3
O
3ole 1 P04746 98.99 0.0 X-RAY
2011-04-13 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -69.6 161.5 2.0 0.017 0.0 ACI
HOH
9.345
2.764
OG
OG
O3
O
3olg 1 P04746 98.99 0.0 X-RAY
2011-04-13 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -72.8 160.6 2.0 0.017 0.0 HSD
HOH
9.151
2.758
OG
OG
O3
O
3oli 1 P04746 98.99 0.0 X-RAY
2011-04-13 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -70.2 162.2 2.0 0.017 0.0 HSD
HOH
9.345
2.748
OG
OG
O3
O
6z8l 1 P04746 98.79 0.0 X-RAY
2020-12-02 SER A:43 A:43 1.0 0.009 -62.7 157.4 1.0 0.009 0.0 HOH
1.897
HG
O
1b2y 1 P04746 98.79 0.0 X-RAY
2000-02-16 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -68.6 160.8 2.0 0.017 0.0 AC1
HOH
9.115
2.921
OG
OG
O3B
O
1bsi 1 P04746 98.59 0.0 X-RAY
1999-05-18 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -71.1 161.0 2.0 0.017 0.0 HOH
2.788
OG
O
1cpu 1 P04746 98.59 0.0 X-RAY
1999-06-14 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -70.3 159.6 2.0 0.017 0.0 HMC
HOH
9.588
2.833
OG
OG
O3
O
1hny 1 P04746 98.59 0.0 X-RAY
1996-03-08 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -72.5 157.7 2.0 0.017 0.0 HOH
2.763
OG
O
1u2y 1 P04746 98.59 0.0 X-RAY
2004-09-07 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -72.7 161.0 2.0 0.017 0.0 HOH
2.765
OG
O
1u30 1 P04746 98.59 0.0 X-RAY
2004-09-07 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -71.9 159.9 2.0 0.017 0.0 HOH
2.992
OG
O
1u33 1 P04746 98.59 0.0 X-RAY
2004-09-07 SER A:43 A:43 1.0 0.009 -71.5 156.9 1.0 0.009 0.0 LM2
HOH
9.682
2.725
OG
OG
OA3
O
1xcw 1 P04746 98.59 0.0 X-RAY
2004-12-07 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -75.2 165.8 2.0 0.017 0.0 AC1
HOH
9.203
2.815
OG
OG
O3B
O
1xcx 1 P04746 98.59 0.0 X-RAY
2004-12-07 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -72.8 160.6 2.0 0.017 0.0 AC1
HOH
9.231
2.847
OG
OG
O3B
O
1xd0 1 P04746 98.59 0.0 X-RAY
2004-12-07 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -72.0 159.1 2.0 0.017 0.0 ARE
HOH
9.559
2.695
OG
OG
O3H
O
1xd1 1 P04746 98.59 0.0 X-RAY
2004-12-07 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -67.1 163.5 2.0 0.017 0.0 6SA
HOH
9.616
2.978
OG
OG
OQ3
O
2qmk 1 P04746 98.59 0.0 X-RAY
2008-03-25 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -70.8 154.3 2.0 0.017 0.0 HOH
3.077
N
O
2qv4 1 P04746 98.59 0.0 X-RAY
2008-03-25 SER A:43 A:43 1.0 0.009 -68.5 160.0 1.0 0.009 0.0 QV4
HOH
9.369
2.719
OG
OG
O3T
O
3bai 1 P04746 98.59 0.0 X-RAY
2008-03-25 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -75.6 162.2 2.0 0.017 0.0 HOH
2.961
OG
O
3baj 1 P04746 98.59 0.0 X-RAY
2008-03-25 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -73.7 162.0 2.0 0.017 0.0 ARE
HOH
9.495
2.838
OG
OG
O3H
O
3baw 1 P04746 98.59 0.0 X-RAY
2008-03-25 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -70.2 160.5 2.0 0.017 0.0 HOH
2.731
OG
O
3ij7 1 P04746 98.59 0.0 X-RAY
2009-10-27 SER A:43 A:43 1.0 0.009 -67.9 160.2 1.0 0.009 0.0 B9D
HOH
9.779
2.710
CA
OG
C4
O
3ij8 1 P04746 98.59 0.0 X-RAY
2009-10-27 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -66.0 160.9 2.0 0.017 0.0 B9D
HOH
9.838
2.771
CA
OG
C4
O
3ij9 1 P04746 98.59 0.0 X-RAY
2009-10-27 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -68.7 161.3 2.0 0.017 0.0 B9D
HOH
9.617
2.756
CA
OG
O4
O
4gqq 1 P04746 98.59 0.0 X-RAY
2012-10-24 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -68.8 163.4 2.0 0.017 0.0 HOH
2.677
OG
O
4gqr 1 P04746 98.59 0.0 X-RAY
2012-10-24 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -66.3 161.7 2.0 0.017 0.0 HOH
2.765
OG
O
4w93 1 P04746 98.59 0.0 X-RAY
2015-07-15 SER A:43 A:43 1.0 0.009 -62.9 161.0 1.0 0.009 0.0 HOH
2.757
OG
O
4x9y 1 P04746 98.59 0.0 X-RAY
2014-12-31 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -63.6 160.6 2.0 0.017 0.0 HOH
1.928
HG
O
5e0f 1 P04746 98.59 0.0 X-RAY
2016-09-07 SER A:43 A:43 1.0 0.009 -65.1 161.5 1.0 0.009 0.0 5J7
HOH
8.529
2.001
HA
HG
H671
O
5emy 1 P04746 98.59 0.0 X-RAY
2016-07-06 SER A:43 A:43 1.0 0.009 -64.8 162.1 1.0 0.009 0.0 5QP
HOH
8.116
1.952
HA
HG
HAO1
O
5kez 1 P04746 98.59 0.0 X-RAY
2017-03-29 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -61.1 157.7 2.0 0.017 0.0 HOH
2.697
OG
O
5u3a 1 P04746 98.59 0.0 X-RAY
2017-12-06 SER A:43 A:43 1.0 0.009 -63.7 160.0 1.0 0.009 0.0 HOH
1.926
HG
O
5va9 1 P04746 98.59 0.0 X-RAY
2018-03-28 SER A:43 A:43 1.0 0.009 -60.4 157.2 1.0 0.009 0.0 HOH
2.869
OG
O
SER B:43 B:43 1.0 0.009 -59.7 157.8 NA NA NA
6obx 1 P04746 98.59 0.0 X-RAY
2020-02-12 SER A:43 A:43 1.0 0.009 -63.9 160.1 1.0 0.009 0.0 ZXU
HOH
8.625
1.937
HG
HG
H56
O
6ocn 1 P04746 98.59 0.0 X-RAY
2020-02-12 SER A:43 A:43 1.0 0.009 -64.0 159.6 1.0 0.009 0.0 ZXY
HOH
8.586
1.935
HG
HG
H33
O
1xgz 1 P04746 98.39 0.0 X-RAY
2005-05-24 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -71.5 162.8 2.0 0.017 0.0 HOH
2.811
OG
O
1xh0 1 P04746 98.39 0.0 X-RAY
2005-05-24 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -72.2 163.3 2.0 0.017 0.0 AAO
HOH
9.506
2.804
OG
OG
O3H
O
1xh1 1 P04746 98.39 0.0 X-RAY
2005-05-24 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -69.3 159.7 2.0 0.017 0.0 HOH
2.711
OG
O
1xh2 1 P04746 98.39 0.0 X-RAY
2005-05-24 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -70.5 162.1 2.0 0.017 0.0 ARE
HOH
9.793
2.901
OG
OG
O3H
O
3bak 1 P04746 98.39 0.0 X-RAY
2008-03-25 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -72.5 163.3 2.0 0.017 0.0 HOH
2.772
OG
O
3bax 1 P04746 98.39 0.0 X-RAY
2008-03-25 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -70.5 161.2 2.0 0.017 0.0 HOH
2.799
OG
O
3bay 1 P04746 98.39 0.0 X-RAY
2008-03-25 SER A:43 A:43 3.0 0.026 -76.1 160.7 3.0 0.026 0.0 ARE
HOH
9.514
2.808
OG
OG
O3H
O
1kgw 1 P04746 98.39 0.0 X-RAY
2002-01-16 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -70.6 158.0 2.0 0.017 0.0 HOH
2.751
OG
O
2cpu 1 P04746 98.39 0.0 X-RAY
2001-06-30 SER A:43 A:43 1.0 0.009 -70.3 159.5 1.0 0.009 0.0 HOH
2.583
OG
O
3cpu 1 P04746 98.39 0.0 X-RAY
2001-06-30 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -71.2 160.3 2.0 0.017 0.0 HOH
2.657
OG
O
5td4 1 P04746 98.39 0.0 X-RAY
2016-11-02 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -67.3 160.1 2.0 0.017 0.0 GLC
HOH
9.475
2.613
OG
OG
O3
O
1kgx 1 P04746 98.39 0.0 X-RAY
2002-01-16 SER A:43 A:43 1.0 0.009 -66.4 160.8 1.0 0.009 0.0 HOH
2.793
OG
O
1kbb 1 P04746 98.39 0.0 X-RAY
2002-04-10 SER A:43 A:43 1.0 0.009 -71.8 161.4 1.0 0.009 0.0 HOH
2.717
OG
O
1kgu 1 P04746 98.39 0.0 X-RAY
2002-01-16 SER A:43 A:43 1.0 0.009 -67.0 160.7 1.0 0.009 0.0 HOH
2.801
OG
O
1kb3 1 P04746 98.39 0.0 X-RAY
2002-05-01 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -72.8 159.0 2.0 0.017 0.0 HOH
2.727
OG
O
1kbk 1 P04746 98.39 0.0 X-RAY
2002-04-10 SER A:43 A:43 3.0 0.026 -72.4 162.2 3.0 0.026 0.0 HOH
2.657
OG
O
1c8q 1 P04745 97.58 0.0 X-RAY
2001-06-13 SER A:43 A:43 2.0 0.017 S -63.9 162.1 2.0 0.017 0.0 HOH
2.871
OG
O
1mfv 1 P04745 97.58 0.0 X-RAY
2002-11-20 SER A:43 A:43 1.0 0.009 -66.6 160.2 1.0 0.009 0.0 HMC
HOH
9.459
2.748
OG
OG
O3
O
1smd 1 P04745 97.58 0.0 X-RAY
1996-07-11 SER A:43 A:43 1.0 0.009 -69.3 161.3 1.0 0.009 0.0 HOH
2.596
OG
O
1xv8 1 P04745 97.58 0.0 X-RAY
2005-10-11 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -84.5 155.2 2.0 0.017 0.0 HOH
6.451
C
O
SER B:43 B:43 1.0 0.009 -84.5 155.2 1.0 0.009 0.0 HOH
6.451
C
O
1q4n 1 P04745 97.38 0.0 X-RAY
2004-03-16 SER A:43 X:43 1.0 0.009 -64.6 156.7 1.0 0.009 0.0 HOH
2.606
OG
O
1z32 1 P04745 97.38 0.0 X-RAY
2005-05-31 SER A:43 X:43 1.0 0.009 -61.1 157.8 1.0 0.009 0.0 HMC
HOH
9.265
2.728
OG
OG
O3
O
1jxj 1 P04745 97.38 0.0 X-RAY
2001-09-14 SER A:43 A:43 1.0 0.009 -63.5 158.3 1.0 0.009 0.0 HOH
2.701
OG
O
1nm9 1 P04745 97.38 0.0 X-RAY
2004-01-20 SER A:43 A:43 0.0 0.0 -66.1 156.7 0.0 0.0 0.0 HMC
HOH
9.268
2.619
OG
OG
O3
O
3blk 1 P04745 97.38 0.0 X-RAY
2008-11-25 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -65.6 163.1 2.0 0.017 0.0 HMC
HOH
9.596
3.105
OG
N
O3
O
3blp 1 P04745 97.38 0.0 X-RAY
2008-11-18 SER A:43 X:43 2.0 0.017 -61.2 157.9 2.0 0.017 0.0 HMC
HOH
9.496
2.650
OG
OG
O3
O
1jxk 1 P04745 96.57 0.0 X-RAY
2001-09-14 SER A:43 A:43 1.0 0.009 -66.4 162.3 1.0 0.009 0.0 HOH
2.812
OG
O
1mfu 1 P04745 96.57 0.0 X-RAY
2002-11-20 SER A:43 A:43 1.0 0.009 -62.4 160.0 1.0 0.009 0.0 HMC
HOH
9.426
2.656
OG
OG
O3
O
3dhp 1 P04745 96.37 0.0 X-RAY
2008-07-01 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -64.9 160.5 2.0 0.017 0.0 HMC
HOH
9.471
2.734
OG
OG
O3
O
1kxq 1 P00690 87.1 0.0 X-RAY
2002-06-19 SER A:43 A:43 1.0 0.009 -68.0 162.3 1.0 0.009 0.0 HOH
2.699
OG
O
SER B:43 B:43 2.0 0.017 -65.6 160.3 NA NA NA
SER C:43 C:43 2.0 0.017 -68.6 162.4 NA NA NA
SER D:43 D:43 2.0 0.017 -68.7 162.9 NA NA NA
1kxt 1 P00690 87.1 0.0 X-RAY
2002-06-19 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -74.1 160.3 2.0 0.017 0.0 HOH
2.196
OG
O
SER C:43 C:43 2.0 0.017 -66.0 158.4 NA NA NA
SER E:43 E:43 1.0 0.009 -59.4 166.9 NA NA NA
1kxv 1 P00690 87.1 0.0 X-RAY
2002-06-19 SER A:43 A:43 1.0 0.009 -64.5 161.0 1.0 0.009 0.0 HOH
2.620
OG
O
SER B:43 B:43 2.0 0.017 -69.9 160.5 NA NA NA
1dhk 1 P00690 87.1 0.0 X-RAY
1997-12-24 SER A:43 A:43 1.0 0.009 -67.0 161.7 1.0 0.009 0.0 HOH
1.109
H
H1
1ppi 1 P00690 87.1 0.0 X-RAY
1995-05-24 SER A:43 A:43 1.0 0.009 -69.1 163.7 1.0 0.009 0.0 DAF
HOH
9.654
2.936
OG
N
O3H
O
3l2l 1 P00690 86.9 0.0 X-RAY
2010-04-14 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -67.4 159.8 2.0 0.017 0.0 HOH
2.062
HG
O
3l2m 1 P00690 86.9 0.0 X-RAY
2010-04-14 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -68.6 160.5 2.0 0.017 0.0 HOH
2.160
H
O
1ua3 1 P00690 86.9 0.0 X-RAY
2003-10-14 SER A:43 A:43 1.0 0.009 -62.2 159.6 1.0 0.009 0.0 GLC
HOH
8.974
2.680
OG
OG
O3
O
1vah 1 P00690 86.9 0.0 X-RAY
2005-04-26 SER A:43 A:43 1.0 0.009 -73.1 165.4 1.0 0.009 0.0 HOH
3.075
N
O
1jfh 1 P00690 86.9 0.0 X-RAY
1998-12-02 SER A:43 A:43 1.0 0.009 -69.3 162.3 1.0 0.009 0.0 HOH
2.768
OG
O
1ose 1 P00690 86.69 0.0 X-RAY
1997-04-01 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -74.5 162.0 2.0 0.017 0.0 AC1
HOH
9.578
2.875
OG
N
O3B
O
1hx0 1 P00690 86.69 0.0 X-RAY
2001-08-08 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -63.2 160.3 2.0 0.017 0.0 AC1
HOH
9.568
2.761
OG
OG
O3B
O
1wo2 1 P00690 86.69 0.0 X-RAY
2005-03-15 SER A:43 A:43 1.0 0.009 -69.9 163.9 1.0 0.009 0.0 BGC
HOH
9.687
2.765
OG
OG
O3
O
1bvn 1 P00690 86.69 0.0 X-RAY
1998-09-23 SER A:43 P:43 1.0 0.009 -72.7 160.2 1.0 0.009 0.0 HOH
2.833
N
O
1pif 1 P00690 86.49 0.0 X-RAY
1996-12-07 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -73.1 160.5 2.0 0.017 0.0 HOH
2.849
OG
O
1pig 1 P00690 86.49 0.0 X-RAY
1996-12-07 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -75.1 161.5 2.0 0.017 0.0 HMC
HOH
9.422
2.880
OG
OG
O3
O
4x0n 1 P00690 86.49 0.0 X-RAY
2015-11-25 SER A:43 A:43 2.0 0.017 -62.9 160.0 2.0 0.017 0.0 HOH
2.893
OG
O

AlphaFold DB

Entity Residue Monomer View
ID Entity Uniprot Identity Evalue Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ
af-p19961-f1 1 P19961 100.0 0.0 SER A:58 A:58 2.0 0.017 -61.6 164.3
af-p04746-f1 1 P04746 98.83 0.0 SER A:58 A:58 2.0 0.017 -62.7 163.2
af-p0dte7-f1 1 P0DTE7 97.46 0.0 SER A:58 A:58 2.0 0.017 -60.3 163.7
af-p0dte8-f1 1 P0DTE8 97.46 0.0 SER A:58 A:58 1.0 0.009 -61.1 163.8
af-p0dub6-f1 1 P0DUB6 97.46 0.0 SER A:58 A:58 2.0 0.017 -61.3 163.0