Variant

Genome Chromosome Position VCF ID Ref Alt mRNA Change mRNA Info
GRCh37 chr11 61077827 . A C CCDS31576.1:NM_001923.4:c.2341Tcc>Gcc_NP_001914.3:p.781S>A Homo sapiens damage specific DNA binding protein 1 (DDB1), mRNA.
pdb_id
label_asym_id
label_seq_id
label_comp_id
auth_asym_id
auth_seq_id
alphafold_id
label_asym_id
label_seq_id
label_comp_id
auth_asym_id
auth_seq_id

PDB

Entity Residue Monomer BioUnit Ligand View
PDB Entity Uniprot Identity Evalue ExpMethod Date Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ ASA rASA ΔASA Interaction Name Distance Atom(p) Atom(l)
3e0c 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2008-09-16 SER A:781 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
5hxb 2 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2016-06-29 SER B:781 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER D:781 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
5jk7 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2016-10-05 SER A:781 A:781 18.0 0.157 -150.4 -71.8 18.0 0.157 0.0
SER B:781 B:781 57.0 NA -149.8 -68.8 NA NA NA
5v3o 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2017-05-03 SER A:781 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
6dsz 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2018-12-12 SER A:781 A:781 60.0 0.522 -93.8 -175.3 60.0 0.522 0.0
SER B:781 B:781 102.0 0.887 360.0 -153.1 NA NA NA
6pai 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2019-09-18 SER A:781 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
6sj7 2 Q16531 100.0 0.0 EM
2019-12-18 SER B:781 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
6uml 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2020-04-15 SER A:781 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
6xk9 2 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2020-12-02 SER B:781 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER E:781 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
7lps 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2021-06-02 SER A:781 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER D:781 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER G:781 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER J:781 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
7oop 26 Q16531 100.0 0.0 EM
2021-10-06 SER Z:781 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
6zue 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2021-07-28 SER A:783 A:781 89.0 0.774 -83.0 110.5 89.0 0.774 0.0
6zx9 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2021-07-21 SER A:783 A:781 64.0 0.557 -108.7 159.0 64.0 0.557 0.0 HOH
4.700
C
O
7oo3 20 Q16531 100.0 0.0 EM
2021-10-06 SER T:784 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
7oob 14 Q16531 100.0 0.0 EM
2021-10-13 SER N:784 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
7opc 26 Q16531 100.0 0.0 EM
2021-10-13 SER Z:784 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
7opd 26 Q16531 100.0 0.0 EM
2021-10-06 SER Z:784 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
4a0l 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2011-12-14 SER A:785 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER C:785 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
6r8y 8 Q16531 100.0 0.0 EM
2019-06-12 SER K:785 K:781 97.0 0.843 -94.3 156.4 97.0 0.843 0.0
6r8z 7 Q16531 100.0 0.0 EM
2019-06-12 SER K:804 K:781 94.0 0.817 -94.5 168.8 94.0 0.817 0.0
6r90 7 Q16531 100.0 0.0 EM
2019-06-12 SER K:804 K:781 81.0 0.704 -62.5 161.2 81.0 0.704 0.0
6r91 7 Q16531 100.0 0.0 EM
2019-06-12 SER K:804 K:781 61.0 0.53 -82.9 134.2 61.0 0.53 0.0
6r92 8 Q16531 100.0 0.0 EM
2019-06-12 SER L:804 K:781 80.0 0.696 -73.0 155.1 80.0 0.696 0.0
4a0k 3 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2011-12-14 SER C:800 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
4a11 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2011-12-07 SER A:800 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
7okq 1 Q16531 100.0 0.0 EM
2021-10-13 SER A:800 A:781 50.0 NA S -101.5 121.0 50.0 NA NA
SER E:800 E:781 43.0 NA -130.1 106.4 NA NA NA
SER I:800 I:781 43.0 NA -130.1 106.4 NA NA NA
SER M:800 M:781 43.0 NA -130.1 106.5 NA NA NA
3ei1 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2009-01-20 SER A:799 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
3ei2 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2009-01-20 SER A:799 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
3ei3 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2009-01-20 SER A:799 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
4ci1 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2014-07-16 SER A:799 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
4ci2 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2014-07-16 SER A:799 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
4ci3 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2014-07-16 SER A:799 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
6fcv 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2019-01-30 SER A:799 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
4tz4 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2014-08-06 SER A:780 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
3i7h 1 Q16531 99.74 0.0 X-RAY
2009-12-08 SER A:784 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
3i7k 1 Q16531 99.74 0.0 X-RAY
2009-12-08 SER A:784 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
3i7l 1 Q16531 99.74 0.0 X-RAY
2009-12-08 SER A:784 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
3i7n 1 Q16531 99.74 0.0 X-RAY
2009-12-08 SER A:784 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
3i7o 1 Q16531 99.74 0.0 X-RAY
2009-12-08 SER A:784 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
3i7p 1 Q16531 99.74 0.0 X-RAY
2009-12-08 SER A:784 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
3i89 1 Q16531 99.74 0.0 X-RAY
2009-12-08 SER A:784 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
3i8c 1 Q16531 99.74 0.0 X-RAY
2009-12-08 SER A:784 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
3i8e 1 Q16531 99.74 0.0 X-RAY
2009-12-08 SER A:784 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER B:784 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
2b5l 1 13435359 99.74 0.0 X-RAY
2006-02-28 SER A:781 A:781 89.0 0.774 -50.0 -115.8 89.0 0.774 0.0
SER B:781 B:781 51.0 0.443 -130.1 -61.6 NA NA NA
2b5m 1 13435359 99.74 0.0 X-RAY
2006-02-28 SER A:781 A:781 46.0 0.4 -94.1 135.2 46.0 0.4 0.0
2hye 1 Q16531 99.74 0.0 X-RAY
2006-10-03 SER A:781 A:781 92.0 0.8 S -75.8 -19.4 92.0 0.8 0.0
4a0b 1 Q16531 99.91 0.0 X-RAY
2011-11-30 SER A:800 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER C:800 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
4a0a 1 Q16531 99.91 0.0 X-RAY
2011-11-30 SER A:800 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
4a08 1 Q16531 99.91 0.0 X-RAY
2011-11-30 SER A:800 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
4a09 1 Q16531 99.91 0.0 X-RAY
2011-11-30 SER A:800 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
4e54 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2012-08-08 SER A:791 A:781 60.0 0.522 S -98.6 -2.2 60.0 0.522 0.0
4e5z 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2012-08-22 SER A:791 A:781 71.0 0.617 S -102.7 -9.7 71.0 0.617 0.0
3ei4 1 Q16531 99.74 0.0 X-RAY
2009-01-20 SER A:799 A:781 57.0 NA S 64.3 59.3 25.0 NA NA B:Q92466:NA
SER C:799 C:781 56.0 NA S 64.5 59.1 NA NA NA
SER E:799 E:781 57.0 NA S 64.5 59.1 NA NA NA
6ud7 2 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2019-12-18 SER B:477 B:781 80.0 0.696 -135.2 144.6 80.0 0.696 0.0 HOH
5.112
N
O
6ue5 2 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2019-12-18 SER B:477 B:781 83.0 0.722 -131.0 136.4 83.0 0.722 0.0 HOH
2.938
O
O
6td3 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2020-06-17 SER A:481 A:781 79.0 0.687 -87.7 166.4 79.0 0.687 0.0
SER D:481 D:781 78.0 0.678 -87.2 166.6 NA NA NA
SER G:481 G:781 77.0 0.67 -88.1 166.6 NA NA NA
5fqd 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2016-02-24 SER A:497 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER D:497 D:781 76.0 0.661 -85.6 164.1 NA NA NA
6h0f 1 ? 100.0 0.0 X-RAY
2018-11-07 SER A:497 A:781 52.0 NA -82.9 153.3 48.0 NA NA B:Q96SW2:NA
SER D:497 D:781 53.0 NA -82.6 153.2 NA NA NA
SER G:497 G:781 52.0 NA -83.0 153.3 NA NA NA
SER J:497 J:781 52.0 NA -82.6 153.1 NA NA NA
6h0g 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2018-11-07 SER A:497 A:781 83.0 0.722 -84.9 167.4 83.0 0.722 0.0
SER D:497 D:781 81.0 0.704 -83.6 162.9 NA NA NA
6bn7 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2018-05-30 SER A:505 A:781 59.0 0.513 -168.5 -151.9 46.0 0.4 0.113 B:Q96SW2:0.113
6bn8 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2018-06-06 SER A:505 A:781 59.0 0.513 -164.0 -159.9 48.0 0.417 0.096 B:Q96SW2:0.096
6bn9 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2018-05-30 SER A:505 A:781 58.0 0.504 -159.6 -170.0 40.0 0.348 0.156 B:Q96SW2:0.157
6bnb 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2018-05-30 SER A:505 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
6boy 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2018-05-30 SER A:505 A:781 59.0 0.513 -166.8 -171.3 43.0 0.374 0.139 B:Q96SW2:0.139
6q0r 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2019-11-13 SER A:505 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
6q0v 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2019-11-13 SER A:505 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
6q0w 1 Q16531 100.0 0.0 X-RAY
2019-11-13 SER A:505 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA

AlphaFold DB

Entity Residue Monomer View
ID Entity Uniprot Identity Evalue Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ
af-q16531-f1 1 Q16531 100.0 0.0 SER A:781 A:781 74.0 0.643 -66.6 131.2