Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr19 | 46190846 | . | C | A | CCDS33053.1:NM_004597.5:c.322Gtg>Ttg_NP_004588.1:p.108V>L | Homo sapiens small nuclear ribonucleoprotein D2 polypeptide (SNRPD2), transcript variant 1, mRNA. |
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
1b34 | 2 | P62316 | 100.0 | 5e-83 |
X-RAY |
2000-01-13 | VAL | B:108 | B:108 | 69.0 | 0.445 | E | -135.4 | 141.3 | 69.0 | 0.445 | 0.0 | ||||||
4f7u | 2 | P62317 | 100.0 | 5e-83 |
X-RAY |
2013-01-30 | VAL | B:108 | B:2108 | 62.0 | 0.4 | E | -135.6 | 148.2 | 0.0 | 0.0 | 0.4 |
G:P62321:0.4 |
HOH |
3.939 |
CG2 |
O |
|
VAL | D:108 | D:2108 | 62.0 | 0.4 | E | -136.4 | 159.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
4pjo | 4 | P62316 | 100.0 | 5e-83 |
X-RAY |
2014-12-31 | VAL | D:108 | D:108 | 81.0 | 0.523 | E | -148.2 | 136.0 | 0.0 | 0.0 | 0.523 |
H:P08621:0.103 F:P62306:0.477 |
HOH |
6.738 |
N |
O |
|
VAL | O:108 | d:108 | 81.0 | 0.523 | E | -145.6 | 136.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | Z:108 | R:108 | 83.0 | 0.535 | E | -150.4 | 136.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | KA:108 | r:108 | 82.0 | 0.529 | E | -148.2 | 138.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
4v98 | 2 | P62316 | 100.0 | 5e-83 |
X-RAY |
2014-07-09 | VAL | B:108 | AJ:2090 | 67.0 | 0.432 | E | -134.5 | 153.9 | 0.0 | 0.0 | 0.432 |
D:P62306:0.432 |
|||||
VAL | J:108 | AB:2090 | 65.0 | 0.419 | E | -134.1 | 154.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | R:108 | AR:2090 | 68.0 | 0.439 | E | -134.0 | 154.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | Z:108 | AZ:2090 | 68.0 | 0.439 | E | -134.3 | 154.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | HA:108 | Ah:2090 | 69.0 | 0.445 | E | -134.6 | 154.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | PA:108 | Ap:2090 | 68.0 | 0.439 | E | -134.2 | 154.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | BB:108 | Ax:2090 | 68.0 | 0.439 | E | -134.9 | 154.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | FB:108 | BB:2090 | 69.0 | 0.445 | E | -134.4 | 154.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | NB:108 | BJ:2090 | 67.0 | 0.432 | E | -134.4 | 154.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | VB:108 | BR:2090 | 67.0 | 0.432 | E | -134.3 | 154.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | DC:108 | BZ:2090 | 68.0 | 0.439 | E | -135.0 | 154.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | LC:108 | Bh:2090 | 68.0 | 0.439 | E | -135.2 | 154.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | TC:108 | Bp:2090 | 67.0 | 0.432 | E | -134.9 | 154.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | FD:108 | Bx:2090 | 67.0 | 0.432 | E | -134.8 | 154.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | JD:108 | CB:2090 | 68.0 | 0.439 | E | -135.0 | 155.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | RD:108 | CJ:2090 | 63.0 | 0.406 | E | -135.2 | 154.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | ZD:108 | CR:2090 | 70.0 | 0.452 | E | -134.5 | 154.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | HE:108 | CZ:2090 | 68.0 | 0.439 | E | -134.7 | 154.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | PE:108 | Ch:2090 | 69.0 | 0.445 | E | -134.7 | 154.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | XE:108 | Cp:2090 | 67.0 | 0.432 | E | -135.5 | 154.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
4wzj | 4 | P62316 | 100.0 | 5e-83 |
X-RAY |
2015-01-14 | VAL | D:108 | D:108 | 72.0 | 0.465 | E | -134.6 | 149.6 | 5.0 | 0.032 | 0.433 |
E:P62306:0.432 |
|||||
VAL | K:108 | K:108 | 72.0 | 0.465 | E | -133.9 | 148.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | R:108 | R:108 | 74.0 | 0.477 | E | -135.2 | 148.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | Y:108 | DD:108 | 72.0 | 0.465 | E | -135.7 | 149.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | FA:108 | KK:108 | 72.0 | 0.465 | E | -136.7 | 149.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | MA:108 | RR:108 | 71.0 | 0.458 | E | -132.4 | 150.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | TA:108 | DDD:108 | 72.0 | 0.465 | E | -135.9 | 148.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | AB:108 | KKK:108 | 73.0 | 0.471 | E | -135.0 | 149.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | HB:108 | RRR:108 | 72.0 | 0.465 | E | -134.2 | 149.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | OB:108 | DDDD:108 | 71.0 | 0.458 | E | -135.7 | 148.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | VB:108 | KKKK:108 | 72.0 | 0.465 | E | -134.3 | 150.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | CC:108 | RRRR:108 | 73.0 | 0.471 | E | -132.9 | 149.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
5mqf | 22 | P62316 | 100.0 | 5e-83 |
EM |
2017-03-22 | VAL | Y:108 | a:108 | 58.0 | NA | E | -131.9 | 118.8 | 47.0 | NA | NA |
Z:P62306:NA |
|||||
VAL | FA:108 | h:108 | 53.0 | NA | E | -135.8 | 148.5 | 38.0 | NA | NA |
GA:P62306:NA |
G |
9.965 |
N |
OP2 |
||||||||
5o9z | 19 | P62316 | 100.0 | 5e-83 |
EM |
2017-08-16 | VAL | S:108 | a:108 | 63.0 | NA | E | -157.0 | 161.8 | 39.0 | NA | NA |
T:P62306:NA |
U G |
8.033 9.510 |
N N |
O2 OP2 |
|
VAL | Z:108 | h:108 | 62.0 | NA | E | -156.8 | 161.9 | 39.0 | NA | NA |
AA:P62306:NA |
A |
4.736 |
N |
C2 |
||||||||
VAL | TA:108 | S:108 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | |||||||||||||
5xjc | 30 | P62316 | 100.0 | 5e-83 |
EM |
2017-07-05 | VAL | DA:108 | d:108 | 73.0 | 0.471 | E | -134.5 | 149.6 | 5.0 | 0.032 | 0.439 |
EA:P62306:0.439 |
|||||
VAL | KA:108 | k:108 | 74.0 | 0.477 | E | -134.5 | 149.6 | 6.0 | 0.039 | 0.438 |
LA:P62306:0.439 |
||||||||||||
5xjl | 3 | P62316 | 100.0 | 5e-83 |
X-RAY |
2018-05-02 | VAL | C:108 | B:108 | 71.0 | 0.458 | E | -132.6 | 153.5 | 0.0 | 0.0 | 0.458 |
E:P62306:0.458 |
|||||
5xjq | 3 | P62316 | 100.0 | 5e-83 |
X-RAY |
2018-07-04 | VAL | C:108 | B:108 | 70.0 | 0.452 | E | -132.2 | 165.5 | 0.0 | 0.0 | 0.452 |
E:P62306:0.452 |
|||||
5xjr | 3 | P62316 | 100.0 | 5e-83 |
X-RAY |
2018-07-04 | VAL | C:108 | B:108 | 69.0 | 0.445 | E | -132.9 | 164.1 | 0.0 | 0.0 | 0.445 |
E:P62306:0.445 |
|||||
5xjs | 3 | P62316 | 100.0 | 5e-83 |
X-RAY |
2018-07-04 | VAL | C:108 | B:108 | 69.0 | 0.445 | E | -142.7 | 163.3 | 0.0 | 0.0 | 0.445 |
E:P62306:0.445 |
|||||
5yzg | 36 | P62316 | 100.0 | 5e-83 |
EM |
2018-08-08 | VAL | MA:108 | k:108 | 73.0 | 0.471 | E | -134.5 | 149.6 | 6.0 | 0.039 | 0.432 |
NA:P62306:0.432 |
|||||
VAL | VA:108 | d:108 | 73.0 | 0.471 | E | -134.5 | 149.6 | 5.0 | 0.032 | 0.439 |
WA:P62306:0.439 |
||||||||||||
5z56 | 9 | P62316 | 100.0 | 5e-83 |
EM |
2018-09-19 | VAL | I:108 | d:108 | 53.0 | NA | E | -134.5 | 149.5 | 38.0 | NA | NA |
J:P62306:NA |
|||||
VAL | S:108 | k:108 | 53.0 | NA | E | -134.5 | 149.7 | 38.0 | NA | NA |
T:P62306:NA |
||||||||||||
5z57 | 9 | P62316 | 100.0 | 5e-83 |
EM |
2018-09-19 | VAL | I:108 | d:108 | 53.0 | NA | E | -134.5 | 149.5 | 38.0 | NA | NA |
J:P62306:NA |
|||||
VAL | S:108 | k:108 | 53.0 | NA | E | -134.5 | 149.7 | 38.0 | NA | NA |
T:P62306:NA |
||||||||||||
5z58 | 9 | P62316 | 100.0 | 5e-83 |
EM |
2018-09-19 | VAL | I:108 | d:108 | 53.0 | NA | E | -134.5 | 149.5 | 38.0 | NA | NA |
J:P62306:NA |
|||||
VAL | S:108 | k:108 | 53.0 | NA | E | -134.5 | 149.7 | 38.0 | NA | NA |
T:P62306:NA |
||||||||||||
6ah0 | 4 | P62316 | 100.0 | 5e-83 |
EM |
2018-11-14 | VAL | D:108 | a:108 | 49.0 | NA | E | -157.0 | 161.8 | 33.0 | NA | NA |
E:P62306:NA |
U G |
7.404 9.649 |
N N |
O2 OP2 |
|
VAL | Z:108 | k:108 | 45.0 | NA | E | -134.6 | 149.8 | 35.0 | NA | NA |
AA:P62306:NA |
||||||||||||
VAL | VA:108 | P:108 | 49.0 | NA | E | -157.0 | 161.8 | 35.0 | NA | NA |
WA:P62306:NA |
A |
6.782 |
N |
C2 |
||||||||
6ahd | 15 | P62316 | 100.0 | 5e-83 |
EM |
2018-11-14 | VAL | O:108 | c:108 | 44.0 | NA | E | -134.5 | 149.6 | 34.0 | NA | NA |
P:None:NA |
U G |
7.131 9.069 |
N N |
O2 OP2 |
|
VAL | FA:108 | k:108 | 44.0 | NA | E | -134.6 | 149.6 | 33.0 | NA | NA |
GA:None:NA |
||||||||||||
VAL | VA:108 | P:108 | 48.0 | NA | E | -157.0 | 161.8 | 33.0 | NA | NA |
WA:None:NA |
G A C G |
9.874 6.363 9.220 9.152 |
N N N N |
N2 N6 O2 O6 |
||||||||
6ff7 | 39 | P62316 | 100.0 | 5e-83 |
EM |
2019-03-13 | VAL | PA:108 | a:108 | 57.0 | NA | E | -156.8 | 153.7 | 40.0 | NA | NA |
QA:P62306:NA |
|||||
VAL | WA:108 | h:108 | 53.0 | NA | E | -135.8 | 148.5 | 38.0 | NA | NA |
XA:P62306:NA |
||||||||||||
6icz | 32 | P62316 | 100.0 | 5e-83 |
EM |
2019-03-13 | VAL | FA:108 | k:108 | 53.0 | NA | E | -134.6 | 149.7 | 38.0 | NA | NA |
GA:P62306:NA |
|||||
VAL | PA:108 | d:108 | 51.0 | NA | E | -134.6 | 149.6 | 37.0 | NA | NA |
QA:P62306:NA |
||||||||||||
6id0 | 23 | P62316 | 100.0 | 5e-83 |
EM |
2019-03-13 | VAL | W:108 | d:108 | 51.0 | NA | E | -134.6 | 149.6 | 37.0 | NA | NA |
X:P62306:NA |
|||||
VAL | IA:108 | k:108 | 54.0 | NA | E | -134.5 | 149.7 | 39.0 | NA | NA |
JA:P62306:NA |
C |
9.873 |
N |
O4' |
||||||||
6id1 | 22 | P62316 | 100.0 | 5e-83 |
EM |
2019-03-13 | VAL | V:108 | d:108 | 51.0 | NA | E | -134.5 | 149.7 | 37.0 | NA | NA |
W:P62306:NA |
|||||
VAL | KA:108 | k:108 | 51.0 | NA | E | -134.5 | 149.7 | 36.0 | NA | NA |
LA:P62306:NA |
C |
9.938 |
N |
O4' |
||||||||
6qdv | 39 | P62316 | 100.0 | 5e-83 |
EM |
2019-02-20 | VAL | MA:108 | j:108 | 76.0 | 0.49 | E | -147.3 | 147.3 | 2.0 | 0.013 | 0.477 |
IA:P62306:0.477 |
|||||
VAL | PA:108 | m:108 | 68.0 | 0.439 | E | -139.8 | 126.2 | 0.0 | 0.0 | 0.439 |
TA:P62306:0.439 |
||||||||||||
6qw6 | 4 | P62316 | 100.0 | 5e-83 |
EM |
2019-04-17 | VAL | D:108 | 42:108 | 75.0 | 0.484 | E | -131.3 | 137.6 | 0.0 | 0.0 | 0.484 |
L:P62306:0.445 LA:O43290:0.084 |
|||||
VAL | P:108 | 52:108 | 77.0 | 0.497 | E | -131.7 | 156.9 | 9.0 | 0.058 | 0.439 |
AA:P62306:0.439 |
||||||||||||
6qx9 | 16 | P62316 | 100.0 | 5e-83 |
EM |
2019-04-17 | VAL | Q:108 | 22:108 | 67.0 | 0.432 | E | -139.8 | 126.2 | 0.0 | 0.0 | 0.432 |
Y:P62306:0.432 |
|||||
VAL | CA:108 | 42:108 | 75.0 | 0.484 | E | -131.3 | 137.6 | 0.0 | 0.0 | 0.484 |
GA:O43290:0.084 OA:P62306:0.445 |
||||||||||||
VAL | BB:108 | 52:108 | 77.0 | 0.497 | E | -131.7 | 156.8 | 9.0 | 0.058 | 0.439 |
HA:P62306:0.439 |
||||||||||||
VAL | CB:108 | 12:108 | 81.0 | 0.523 | E | -148.2 | 138.2 | 0.0 | 0.0 | 0.523 |
I:P08621:0.097 M:P62306:0.477 |
||||||||||||
6y53 | 12 | P62316 | 100.0 | 5e-83 |
EM |
2020-06-17 | VAL | L:108 | h:108 | 45.0 | NA | E | -125.1 | 139.7 | 41.0 | NA | NA |
O:P62306:NA |
|||||
6y5q | 17 | P62316 | 100.0 | 5e-83 |
EM |
2020-06-17 | VAL | Q:108 | h:108 | 45.0 | NA | E | -125.1 | 139.7 | 41.0 | NA | NA |
T:P62306:NA |
|||||
7a5p | 24 | P62316 | 100.0 | 5e-83 |
EM |
2020-10-14 | VAL | AA:108 | d:108 | 54.0 | NA | E | -135.3 | 145.8 | 39.0 | NA | NA |
CA:P62306:NA |
|||||
VAL | EA:108 | h:108 | 55.0 | NA | E | -135.9 | 145.2 | 40.0 | NA | NA |
FA:P62306:NA |
||||||||||||
7abg | 43 | P62316 | 100.0 | 5e-83 |
EM |
2020-12-23 | VAL | QA:108 | h:108 | 59.0 | NA | E | -139.8 | 126.2 | 46.0 | NA | NA |
RA:P62306:NA |
|||||
VAL | ZA:108 | a:108 | 62.0 | NA | E | -156.6 | 161.7 | 38.0 | NA | NA |
CB:P62306:NA |
U |
8.986 |
N |
O2 |
||||||||
7abi | 32 | P62316 | 100.0 | 5e-83 |
EM |
2021-02-10 | VAL | FA:108 | h:108 | 59.0 | NA | E | -139.8 | 126.2 | 46.0 | NA | NA |
HA:P62306:NA |
|||||
VAL | ZA:108 | a:108 | 62.0 | NA | E | -153.4 | 158.3 | 38.0 | NA | NA |
C:P62306:NA |
U |
9.293 |
N |
O2 |
||||||||
7b0y | 19 | P62316 | 100.0 | 5e-83 |
EM |
2021-01-13 | VAL | S:108 | e:108 | 81.0 | 0.523 | E | -142.4 | 151.1 | 1.0 | 0.006 | 0.517 |
T:P62306:0.471 Q:P08621:0.09 |
|||||
7dvq | 9 | P62316 | 100.0 | 5e-83 |
EM |
2021-03-31 | VAL | I:108 | d:108 | 53.0 | NA | E | -134.6 | 149.5 | 38.0 | NA | NA |
J:P62306:NA |
|||||
VAL | S:108 | k:108 | 53.0 | NA | E | -134.6 | 149.6 | 37.0 | NA | NA |
T:P62306:NA |
||||||||||||
5xjt | 3 | P62316 | 99.15 | 4e-82 |
X-RAY |
2018-07-04 | VAL | C:108 | B:108 | 72.0 | 0.465 | E | -143.7 | 154.1 | 0.0 | 0.0 | 0.465 |
E:P62306:0.465 |
|||||
5xju | 3 | P62316 | 99.15 | 4e-82 |
X-RAY |
2018-07-04 | VAL | C:108 | B:108 | 75.0 | 0.484 | E | -133.0 | 162.8 | 0.0 | 0.0 | 0.484 |
E:P62306:0.484 |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-p62316-f1 | 1 | P62316 | 100.0 | 2e-83 | VAL | A:108 | A:108 | 65.0 | 0.419 | E | -137.9 | 139.2 |