Variant

Genome Chromosome Position VCF ID Ref Alt mRNA Change mRNA Info
GRCh37 chr1 22413000 . T A CCDS221.1:NM_001039802.1:c.247Tca>Aca_NP_001034891.1:p.83S>T Homo sapiens cell division cycle 42 (CDC42), transcript variant 1, mRNA.
pdb_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 
alphafold_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 

PDB

Entity Residue Monomer BioUnit Ligand View
PDB Entity Uniprot Identity Evalue ExpMethod Date Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ ASA rASA ΔASA Interaction Name Distance Atom(p) Atom(l)
2odb 1 P60953 100.0 1e-141 X-RAY
 2007-01-30 SER A:84 A:83 3.0 0.026 E -90.9 126.9 3.0 0.026 0.0 GCP
HOH
 7.497
5.559
 OG
N
 C5
O
5c2j 2 P60766 100.0 1e-141 X-RAY
 2016-06-22 SER B:90 B:83 4.0 0.035 E -89.5 125.2 4.0 0.035 0.0 GDP
HOH
 7.263
5.259
 OG
N
 O4'
O
2dfk 2 P60953 100.0 1e-141 X-RAY
 2006-05-02 SER B:86 B:83 1.0 0.009 E -86.4 133.1 1.0 0.009 0.0 SO4
HOH
 7.594
5.479
 N
N
 O4
O
SER D:86 D:83 0.0 0.0 E -96.4 134.8 NA NA NA
1grn 1 P60953 100.0 2e-141 X-RAY
 1999-12-22 SER A:83 A:83 5.0 0.043 E -75.8 130.2 5.0 0.043 0.0 GDP
HOH
 7.205
5.760
 OG
N
 C4
O
2ngr 1 P60953 100.0 2e-141 X-RAY
 1999-01-06 SER A:83 A:83 5.0 0.043 E -78.4 131.3 5.0 0.043 0.0 GDP
HOH
 7.432
5.569
 OG
N
 C5
O
4itr 2 P60953 100.0 2e-141 X-RAY
 2013-02-20 SER C:83 C:83 6.0 0.052 E -79.2 133.1 6.0 0.052 0.0 GDP
SO4
HOH
 7.701
6.980
4.003
 OG
O
CB
 C5
O1
O
SER D:83 D:83 5.0 0.043 E -83.4 127.7 5.0 0.043 0.0 GDP
SO4
HOH
 7.388
7.072
5.503
 OG
O
N
 C5
O3
O
6siu 2 P60953 100.0 3e-141 X-RAY
 2020-03-18 SER C:84 C:83 2.0 0.017 E -81.4 128.4 2.0 0.017 0.0 GDP
SO4
HOH
 7.416
7.359
2.971
 OG
O
OG
 O4'
O3
O
SER D:84 D:83 3.0 0.026 E -84.2 123.1 3.0 0.026 0.0 GDP
SO4
HOH
 7.453
6.980
4.858
 OG
O
N
 C5
O2
O
5fi1 2 P60953 100.0 3e-141 X-RAY
 2016-04-20 SER B:86 B:83 2.0 0.017 E -83.2 135.0 2.0 0.017 0.0
1an0 1 P60953 100.0 1e-140 X-RAY
 1999-01-13 SER A:83 A:83 5.0 0.043 E -77.3 123.8 5.0 0.043 0.0 GDP
HOH
 7.356
5.113
 OG
CB
 O4'
O
SER B:83 B:83 4.0 0.035 E -75.5 110.9 4.0 0.035 0.0 GDP
HOH
 6.796
6.894
 OG
OG
 C4
O
1a4r 1 P60953 99.48 4e-140 X-RAY
 1999-03-02 SER A:83 A:83 6.0 0.052 E -89.0 134.3 6.0 0.052 0.0 GDP
HOH
 7.277
5.575
 OG
N
 C5
O
SER B:83 B:283 5.0 0.043 E -87.4 133.0 5.0 0.043 0.0 GNH
 7.150
 OG
 C6
2qrz 1 P60953 100.0 4e-140 X-RAY
 2008-03-18 SER A:83 A:83 4.0 0.035 E -88.9 136.6 4.0 0.035 0.0 GCP
HOH
 7.357
5.443
 OG
N
 O4'
O
SER B:83 B:83 4.0 0.035 E -79.1 127.8 4.0 0.035 0.0 GCP
HOH
 7.295
5.378
 OG
C
 O4'
O
2wm9 2 P60953 100.0 1e-139 X-RAY
 2009-09-22 SER B:85 B:83 1.0 0.009 E -82.0 136.3 1.0 0.009 0.0 GOL
HOH
 8.515
6.762
 CB
OG
 O2
O
2wmn 2 P60953 100.0 1e-139 X-RAY
 2009-09-22 SER B:85 B:83 2.0 0.017 E -89.7 131.1 2.0 0.017 0.0 GDP
HOH
 7.334
7.369
 OG
OG
 C5
O
2wmo 2 P60953 100.0 1e-139 X-RAY
 2009-09-22 SER B:85 B:83 2.0 0.017 E -83.2 128.9 2.0 0.017 0.0 GTP
HOH
 7.337
3.712
 OG
OG
 C6
O
1nf3 1 P60953 98.95 1e-139 X-RAY
 2003-03-04 SER A:87 A:83 5.0 0.043 E -80.6 130.6 5.0 0.043 0.0 GNP
HOH
 7.251
4.735
 OG
CB
 C4
O
SER B:87 B:83 5.0 0.043 E -79.9 131.8 NA NA NA
1doa 1 P60953 100.0 1e-139 X-RAY
 2000-02-09 SER A:86 A:83 6.0 0.052 E -75.2 141.0 6.0 0.052 0.0 GDP
 7.567
 OG
 O4'
6tky 2 P60953 100.0 2e-139 X-RAY
 2020-01-22 SER B:83 C:83 2.0 0.017 E -98.1 139.3 NA NA NA
SER C:83 D:83 0.0 0.0 E -83.1 139.3 0.0 0.0 0.0 GOL
HOH
 8.525
7.450
 N
OG
 O3
O
6tkz 2 P60953 100.0 2e-139 X-RAY
 2020-01-22 SER B:83 C:83 2.0 0.017 E -92.2 135.7 NA NA NA
SER C:83 D:83 0.0 0.0 E -91.1 135.5 0.0 0.0 0.0 GDP
HOH
 7.330
7.651
 OG
CB
 C5
O
6aj4 2 P60953 100.0 1e-138 X-RAY
 2019-03-20 SER B:90 B:83 0.0 0.0 E -92.0 132.1 0.0 0.0 0.0
SER D:90 D:83 0.0 0.0 E -103.9 124.4 NA NA NA
SER F:90 F:83 1.0 0.009 E -91.7 127.8 NA NA NA
SER H:90 H:83 1.0 0.009 E -101.1 117.6 NA NA NA
6ajl 2 P60953 100.0 1e-138 X-RAY
 2019-03-20 SER B:90 B:83 1.0 0.009 E -92.9 132.8 1.0 0.009 0.0
SER D:90 D:83 0.0 0.0 E -91.7 132.6 NA NA NA
SER F:90 F:83 2.0 0.017 E -92.8 129.4 NA NA NA
SER H:90 H:83 3.0 0.026 E -92.7 117.2 NA NA NA
1ki1 1 P60953 100.0 1e-138 X-RAY
 2002-05-29 SER A:83 A:83 1.0 0.009 E -82.3 126.3 1.0 0.009 0.0 SO4
HOH
 8.256
4.284
 N
OG
 O2
O
SER C:83 C:83 0.0 0.0 E -82.3 126.6 NA NA NA
1kz7 2 P60953 100.0 1e-138 X-RAY
 2002-03-20 SER B:83 B:83 2.0 0.017 E -83.2 131.2 2.0 0.017 0.0 HOH
 5.470
 N
 O
SER D:83 D:1083 1.0 0.009 E -80.3 133.7 NA NA NA
1kzg 2 P60953 100.0 1e-138 X-RAY
 2002-03-20 SER B:83 B:83 0.0 0.0 E -87.2 132.0 0.0 0.0 0.0 HOH
 5.459
 N
 O
SER D:83 D:1083 1.0 0.009 E -87.1 130.8 NA NA NA
3vhl 2 P60953 99.47 6e-138 X-RAY
 2012-06-20 SER B:90 B:83 2.0 0.017 E -89.7 131.7 2.0 0.017 0.0 PO4
HOH
 8.122
5.644
 N
N
 O2
O
4did 1 P60953 100.0 2e-135 X-RAY
 2012-02-29 SER A:93 A:83 2.0 0.017 E -79.1 136.7 2.0 0.017 0.0 GDP
HOH
 7.506
5.772
 OG
N
 C5
O
1e0a 1 P60953 99.46 1e-134 NMR
 2000-04-18 SER A:83 A:83 13.0 0.113 -51.4 160.8 13.0 0.113 0.0 GNP
 5.553
 HA
 H5'2
5hzk 1 P60953 96.79 3e-134 X-RAY
 2016-12-21 SER A:85 A:83 2.0 0.017 E -73.9 130.8 2.0 0.017 0.0 GDP
 7.483
 OG
 C4
SER C:85 C:83 3.0 0.026 E -72.7 130.1 NA NA NA
4yc7 2 P60953 99.44 1e-131 X-RAY
 2015-05-13 SER B:85 A:82 4.0 0.035 E -78.6 129.6 4.0 0.035 0.0 GNP
HOH
 7.919
5.571
 CB
N
 O4'
O
4ydh 2 P60953 99.44 1e-131 X-RAY
 2015-05-13 SER B:85 B:83 1.0 0.009 E -99.7 142.1 1.0 0.009 0.0 GNP
 7.272
 OG
 N1
SER D:85 D:83 4.0 0.035 E -98.2 143.1 4.0 0.035 0.0 GNP
 7.097
 OG
 C6
1gzs 1 P25763 100.0 3e-131 X-RAY
 2002-09-12 SER A:85 A:83 1.0 0.009 E -90.2 130.7 1.0 0.009 0.0 SO4
SO4
HOH
 8.112
7.003
5.911
 N
O
CB
 O2
O1
O
SER C:85 C:83 2.0 0.017 E -79.3 142.1 NA NA NA
3eg5 1 P60766 99.44 6e-131 X-RAY
 2008-10-14 SER A:83 A:83 2.0 0.017 E -89.9 129.0 2.0 0.017 0.0 GNP
HOH
 7.320
5.422
 OG
N
 C5
O
SER C:83 C:83 2.0 0.017 E -90.3 127.9 2.0 0.017 0.0 GNP
HOH
 7.330
5.533
 OG
N
 C5
O
5upl 2 P60953 100.0 1e-130 X-RAY
 2017-12-27 SER B:83 B:83 7.0 0.061 E -79.3 129.3 7.0 0.061 0.0
3gcg 1 P60953 100.0 6e-130 X-RAY
 2009-07-21 SER A:87 A:83 1.0 0.009 E -85.3 127.0 1.0 0.009 0.0 HOH
 5.410
 N
 O
4js0 1 P60953 99.44 6e-130 X-RAY
 2014-03-05 SER A:83 A:83 1.0 0.009 E -81.4 134.2 1.0 0.009 0.0 GNP
PE4
HOH
 6.927
4.781
5.005
 HB2
HG
H
 O4'
C1
O
3qbv 1 P60953 99.44 6e-130 X-RAY
 2012-02-08 SER A:83 A:83 4.0 0.035 E -84.8 119.2 4.0 0.035 0.0 GDP
HOH
 7.342
5.765
 OG
N
 C5
O
SER C:83 C:83 7.0 0.061 E -84.8 120.3 NA NA NA
5cjp 1 A0A024RAE4 99.44 3e-129 X-RAY
 2016-08-10 SER A:85 A:83 2.0 0.017 E -85.1 128.8 2.0 0.017 0.0 GTP
HOH
 7.503
5.587
 OG
N
 C5
O
SER B:85 B:83 4.0 0.035 E -91.9 122.5 4.0 0.035 0.0 GTP
HOH
 7.659
2.314
 OG
OG
 C4
O
SER C:85 C:83 4.0 0.035 E -90.6 125.5 4.0 0.035 0.0 GTP
HOH
 7.191
5.591
 OG
OG
 C5
O
SER D:85 D:83 4.0 0.035 E -92.9 127.3 4.0 0.035 0.0 GTP
HOH
 7.485
6.754
 OG
C
 C5
O
5upk 3 P60953 98.87 4e-129 X-RAY
 2017-12-27 SER C:83 C:83 1.0 0.009 E -69.3 132.0 1.0 0.009 0.0 GNP
 7.296
 OG
 C4
1am4 2 P60953 99.43 7e-129 X-RAY
 1998-07-15 SER B:83 D:583 3.0 0.026 E -95.6 104.9 3.0 0.026 0.0 GNP
HOH
 7.405
8.213
 OG
CB
 C5
O
SER D:83 E:583 4.0 0.035 E -96.2 105.6 NA NA NA
SER F:83 F:583 3.0 0.026 E -96.1 105.4 NA NA NA
7s0y 2 P60953 99.43 8e-129 X-RAY
 2021-09-08 SER B:84 B:83 3.0 0.026 E -77.1 122.2 3.0 0.026 0.0 GDP
SO4
HOH
 7.418
7.000
7.381
 OG
O
C
 O4'
O4
O

AlphaFold DB

Entity Residue Monomer View
ID Entity Uniprot Identity Evalue Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ
af-p60953-f1 1 P60953 100.0 8e-142 SER A:83 A:83 2.0 0.017 E -87.0 131.0