Variant

Genome Chromosome Position VCF ID Ref Alt mRNA Change mRNA Info
GRCh37 chr1 156453035 . C A CCDS1143.1:NM_005920.3:c.50cGa>cTa_NP_005911.1:p.17R>L Homo sapiens myocyte enhancer factor 2D (MEF2D), transcript variant 1, mRNA.
pdb_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 
alphafold_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 

PDB

Entity Residue Monomer BioUnit Ligand View
PDB Entity Uniprot Identity Evalue ExpMethod Date Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ ASA rASA ΔASA Interaction Name Distance Atom(p) Atom(l)
5f28 1 Q8CFN5 88.42 7e-55 X-RAY
 2016-07-13 ARG A:17 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
ARG B:17 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
ARG C:17 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
ARG D:17 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
6byy 1 Q02078,Q02080 87.37 1e-54 X-RAY
 2018-01-31 ARG A:17 A:17 55.0 0.244 H -57.4 -39.3 22.0 0.098 0.146 B:Q02078+Q02080:0.147
 DA
DG
HOH
 8.110
8.731
3.235
 O
N
NH2
 OP2
OP2
O
ARG B:17 B:17 45.0 0.2 H -61.1 -42.2 10.0 0.044 0.156 A:Q02078+Q02080:0.156
 DA
DA
1PG
HOH
 7.780
8.838
8.608
2.676
 O
N
O
NE
 OP2
OP2
O4
O
ARG C:17 C:17 65.0 0.289 H -65.8 -59.1 NA NA NA
ARG D:17 D:17 51.0 0.227 H -64.9 -31.0 NA NA NA
6wc2 1 Q02078,Q02080 87.37 1e-54 X-RAY
 2020-07-22 ARG A:17 A:17 51.0 0.227 H -59.2 -46.1 23.0 0.102 0.125 B:Q02078+Q02080:0.124
 DA
DG
DT
HOH
 8.085
8.612
9.908
5.308
 O
N
N
CG
 OP2
OP2
C7
O
ARG B:17 B:17 61.0 0.271 H -60.4 -45.2 34.0 0.151 0.12 A:Q02078+Q02080:0.12
 DA
DA
DG
HOH
 9.466
7.090
9.516
2.753
 O
O
N
NH2
 O3'
OP2
OP2
O
ARG C:17 C:17 38.0 0.169 H -58.6 -45.6 NA NA NA
ARG D:17 D:17 42.0 0.187 H -60.6 -44.3 NA NA NA
ARG I:17 I:17 56.0 0.249 H -59.0 -46.5 NA NA NA
ARG J:17 J:17 63.0 0.28 H -59.5 -44.8 NA NA NA
3kov 1 Q02078 92.22 2e-54 X-RAY
 2010-02-16 ARG A:16 A:17 43.0 0.191 H -57.8 -58.4 16.0 0.071 0.12 B:Q02078:0.12
 DT
DA
DA
DA
DG
 8.934
6.938
8.748
8.390
8.964
 O
O
N
O
N
 O3'
OP2
OP2
OP2
OP2
ARG B:16 B:17 44.0 0.196 H -56.5 -56.6 16.0 0.071 0.125 A:Q02078:0.124
 DT
DA
DA
DT
DA
DG
 9.783
7.361
7.994
9.345
9.164
9.137
 O
O
N
N
O
N
 O3'
OP2
OP2
C7
OP2
OP2
ARG C:16 I:17 43.0 0.191 H -58.0 -56.6 NA NA NA
ARG D:16 J:17 44.0 0.196 H -59.5 -54.4 NA NA NA
3p57 1 Q02078 92.22 2e-54 X-RAY
 2011-08-10 ARG A:16 A:17 64.0 0.284 H -61.3 -40.7 29.0 0.129 0.155 B:Q02078:0.156
 DA
DA
DT
HOH
 8.087
8.686
9.511
4.307
 O
N
N
O
 OP2
OP2
C7
O
ARG B:16 B:17 62.0 0.276 H -57.6 -43.2 33.0 0.147 0.129 A:Q02078:0.129
 DA
DG
HOH
 8.104
8.753
2.841
 O
N
NE
 OP2
OP2
O
ARG C:16 C:17 66.0 0.293 H -53.1 -46.9 35.0 0.156 0.137 D:Q02078:0.138
 DA
DG
DT
HOH
 8.369
8.583
9.763
6.649
 O
N
N
N
 OP2
OP2
C7
O
ARG D:16 D:17 51.0 0.227 H -57.7 -42.7 19.0 0.084 0.143 C:Q02078:0.142
 DA
DA
HOH
 7.973
8.980
3.894
 O
N
CB
 OP2
OP2
O
ARG E:16 I:17 46.0 0.204 H -62.7 -43.7 18.0 0.08 0.124 F:Q02078:0.124
 DA
DG
DT
HOH
 8.076
9.006
9.755
3.097
 O
N
N
NH2
 OP2
OP2
C7
O
ARG F:16 J:17 59.0 0.262 H -66.6 -36.3 29.0 0.129 0.133 E:Q02078:0.133
 DA
DA
HOH
 7.845
9.053
2.611
 O
N
NH1
 OP2
OP2
O
1tqe 3 Q02080 85.87 1e-53 X-RAY
 2004-12-21 ARG E:17 P:17 69.0 0.307 H -74.5 -6.7 43.0 0.191 0.116 F:Q02080:0.116
 DA
DA
DT
 8.594
9.736
7.758
 CA
N
N
 OP2
OP2
C7
ARG F:17 Q:17 70.0 0.311 H -75.2 -6.6 42.0 0.187 0.124 E:Q02080:0.124
 DA
DA
DG
 7.846
8.710
8.630
 C
CA
N
 O5'
OP2
OP2
ARG H:17 R:17 70.0 0.311 H -74.6 -7.1 NA NA NA
ARG I:17 S:17 69.0 0.307 H -75.2 -6.9 NA NA NA
6c9l 1 Q02080 85.87 1e-53 X-RAY
 2018-02-07 ARG A:17 A:17 57.0 0.253 H -64.4 -46.1 29.0 0.129 0.124 B:Q02080:0.124
 HOH
 3.502
 NH1
 O
ARG B:17 B:17 111.0 0.493 H -67.6 -47.5 109.0 0.484 0.009 A:Q02080:0.009
 HOH
 5.201
 CB
 O
ARG C:17 C:17 119.0 0.529 H -67.1 -47.4 NA NA NA
ARG D:17 D:17 50.0 0.222 H -64.4 -46.1 NA NA NA
ARG E:17 E:17 48.0 0.213 H -64.1 -46.1 NA NA NA
ARG F:17 F:17 60.0 0.267 H -64.0 -45.8 NA NA NA
6bz1 1 Q02078,Q02080 86.32 3e-53 X-RAY
 2018-02-07 ARG A:17 C:17 39.0 0.173 H -59.2 -38.2 11.0 0.049 0.124 B:Q02078+Q02080:0.124
 DA
DA
 8.304
8.843
 O
N
 OP2
OP2
ARG B:17 D:17 38.0 0.169 H -58.8 -38.9 10.0 0.044 0.125 A:Q02078+Q02080:0.124
 DA
DG
 8.184
8.621
 O
N
 OP2
OP2
ARG E:17 A:17 42.0 0.187 H -58.6 -39.0 NA NA NA
ARG F:17 B:17 41.0 0.182 H -59.3 -38.5 NA NA NA
1n6j 3 Q02080 85.71 8e-53 X-RAY
 2003-11-11 ARG C:16 A:17 63.0 0.28 H -65.3 -43.1 34.0 0.151 0.129 D:Q02080:0.129
 DA
DG
HOH
 7.872
8.692
2.183
 O
N
NH1
 OP2
OP2
O
ARG D:16 B:17 63.0 0.28 H -65.2 -43.9 34.0 0.151 0.129 C:Q02080:0.129
 DA
DA
HOH
 8.149
8.712
2.699
 O
N
NE
 OP2
OP2
O
6wc5 1 Q02080 85.56 6e-52 X-RAY
 2020-07-22 ARG A:16 A:17 58.0 0.258 H -57.3 -42.2 27.0 0.12 0.138 B:Q02080:0.138
 DA
DG
DT
 8.244
8.557
9.113
 O
N
N
 OP2
OP2
C7
ARG B:16 B:17 51.0 0.227 H -57.7 -41.5 22.0 0.098 0.129 A:Q02080:0.129
 DA
DA
DG
 9.755
7.372
9.264
 O
O
N
 O3'
OP2
OP2
ARG C:16 C:17 47.0 0.209 H -55.7 -42.1 NA NA NA
ARG D:16 D:17 55.0 0.244 H -58.1 -40.7 NA NA NA
1egw 3 Q02078 96.1 3e-47 X-RAY
 2000-03-20 ARG E:16 A:17 53.0 0.236 H -63.2 -41.2 27.0 0.12 0.116 F:Q02078:0.116
 DA
DG
DA
DG
HOH
 8.442
9.071
8.275
8.461
3.137
 O
N
O
N
NH2
 OP2
OP2
OP2
OP2
O
ARG F:16 B:17 50.0 0.222 H -62.7 -40.9 24.0 0.107 0.115 E:Q02078:0.116
 DA
DG
DA
DG
HOH
 8.298
8.498
7.812
9.115
3.845
 O
N
O
N
O
 OP2
OP2
OP2
OP2
O
ARG G:16 C:17 54.0 0.24 H -61.9 -42.2 NA NA NA
ARG H:16 D:17 49.0 0.218 H -63.7 -41.2 NA NA NA
3mu6 1 Q02078 94.37 6e-41 X-RAY
 2011-11-02 ARG A:16 A:17 49.0 0.218 H -77.5 -36.9 24.0 0.107 0.111 B:Q02078:0.111
 DA
DG
 8.471
9.148
 O
N
 OP2
OP2
ARG B:16 B:17 48.0 0.213 H -77.6 -37.3 24.0 0.107 0.106 A:Q02078:0.107
 DA
DG
 8.373
9.140
 O
N
 OP2
OP2
ARG E:16 C:17 50.0 0.222 H -77.4 -37.1 NA NA NA
ARG F:16 D:17 51.0 0.227 H -77.3 -37.1 NA NA NA

AlphaFold DB

Entity Residue Monomer View
ID Entity Uniprot Identity Evalue Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ
af-q14814-f1 1 Q14814 100.0 0.0 ARG A:17 A:17 50.0 0.222 H -61.3 -50.6