Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr1 | 226589978 | . | A | C | CCDS1554.1:NM_001618.3:c.223Tct>Gct_NP_001609.2:p.75S>A | Homo sapiens poly(ADP-ribose) polymerase 1 (PARP1), mRNA. |
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PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
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PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
2n8a | 1 | P09874 | 100.0 | 1e-152 |
NMR |
2015-12-02 | SER | A:75 | A:75 | 76.0 | 0.661 | G | -61.5 | -21.1 | 76.0 | 0.661 | 0.0 | ||||||
4av1 | 1 | P09874 | 98.02 | 1e-140 |
X-RAY |
2012-06-13 | SER | A:96 | A:75 | 106.0 | 0.922 | T | -79.0 | -4.9 | 106.0 | 0.922 | 0.0 | ||||||
SER | B:96 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | C:96 | C:75 | 109.0 | 0.948 | G | -75.2 | 6.9 | 109.0 | 0.948 | 0.0 | |||||||||||||
SER | D:96 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
4opx | 1 | P09874 | 100.0 | 5e-62 |
X-RAY |
2014-07-02 | SER | A:75 | A:75 | 31.0 | 0.27 | T | -67.4 | -30.5 | 31.0 | 0.27 | 0.0 | ||||||
SER | C:75 | D:75 | 32.0 | 0.278 | T | -67.5 | -30.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
4oqa | 1 | P09874 | 100.0 | 5e-62 |
X-RAY |
2014-07-02 | SER | A:75 | A:75 | 33.0 | 0.287 | T | -68.3 | -29.3 | 33.0 | 0.287 | 0.0 | ||||||
SER | C:75 | D:75 | 33.0 | 0.287 | T | -68.4 | -29.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
4oqb | 1 | P09874 | 100.0 | 5e-62 |
X-RAY |
2014-07-02 | SER | A:75 | A:75 | 31.0 | 0.27 | T | -67.8 | -29.7 | 31.0 | 0.27 | 0.0 | ||||||
SER | C:75 | D:75 | 32.0 | 0.278 | T | -67.8 | -29.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
2l30 | 1 | P09874 | 100.0 | 4e-71 |
NMR |
2011-02-02 | SER | A:75 | A:75 | 97.0 | 0.843 | G | -62.9 | -19.3 | 97.0 | 0.843 | 0.0 | ||||||
3od8 | 1 | P09874 | 100.0 | 1e-62 |
X-RAY |
2011-01-12 | SER | A:95 | A:75 | 79.0 | 0.687 | G | -70.4 | -19.6 | 79.0 | 0.687 | 0.0 |
HOH |
6.226 |
N |
O |
||
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HOH |
2.711 |
O |
O |
|||||||||
SER | C:95 | C:75 | 88.0 | 0.765 | G | -73.4 | -20.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | D:95 | D:75 | 83.0 | 0.722 | G | -69.4 | -12.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | E:95 | E:75 | 85.0 | 0.739 | G | -70.9 | -19.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | F:95 | F:75 | 88.0 | 0.765 | G | -73.2 | -9.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | G:95 | G:75 | 90.0 | 0.783 | G | -71.7 | -13.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | H:95 | H:75 | 83.0 | 0.722 | G | -72.4 | -8.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
3oda | 1 | P09874 | 100.0 | 1e-62 |
X-RAY |
2011-01-12 | SER | A:95 | A:75 | 81.0 | 0.704 | T | -63.4 | -34.7 | 81.0 | 0.704 | 0.0 |
HOH |
2.631 |
OG |
O |
||
SER | B:95 | B:75 | 83.0 | 0.722 | G | -72.2 | -10.0 | 83.0 | 0.722 | 0.0 |
HOH |
2.702 |
OG |
O |
|||||||||
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SER | E:95 | E:75 | 79.0 | 0.687 | T | -60.8 | -38.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | F:95 | F:75 | 83.0 | 0.722 | G | -71.8 | -9.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | G:95 | G:75 | 78.0 | 0.678 | T | -60.6 | -36.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | H:95 | H:75 | 84.0 | 0.73 | G | -69.5 | -10.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
4dqy | 1 | P09874 | 100.0 | 1e-62 |
X-RAY |
2012-05-30 | SER | A:95 | A:75 | 87.0 | 0.757 | T | -69.5 | -32.7 | 32.0 | 0.278 | 0.479 |
B:P09874:0.478 |
|||||
SER | D:95 | D:75 | 86.0 | 0.748 | T | -69.2 | -33.3 | NA | NA | NA |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
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ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-p09874-f1 | 1 | P09874 | 100.0 | 0.0 | SER | A:75 | A:75 | 29.0 | 0.252 | G | -64.6 | -20.0 |