Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr1 | 230338931 | . | C | A | CCDS1582.1:NM_004481.3:c.269aCg>aAg_NP_004472.1:p.90T>K | Homo sapiens polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 (GALNT2), mRNA. |
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
4d0t | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | THR | A:90 | A:90 | 49.0 | 0.35 | S | -103.2 | 14.8 | NA | NA | NA | ||||||
THR | B:90 | B:90 | 20.0 | 0.143 | T | -128.4 | 19.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
THR | C:90 | C:90 | 49.0 | 0.35 | S | -103.1 | 14.6 | 49.0 | 0.35 | 0.0 |
HOH |
2.973 |
OG1 |
O |
|||||||||
THR | D:90 | D:90 | 51.0 | 0.364 | S | -103.3 | 15.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
THR | E:90 | E:90 | 19.0 | 0.136 | S | -102.6 | 14.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
THR | F:90 | F:90 | 22.0 | 0.157 | S | -91.2 | 14.7 | 22.0 | 0.157 | 0.0 | |||||||||||||
4d0z | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | THR | A:90 | A:90 | 19.0 | 0.136 | S | -120.6 | 14.1 | NA | NA | NA | ||||||
THR | B:90 | B:90 | 19.0 | 0.136 | S | -120.8 | 14.8 | 19.0 | 0.136 | 0.0 |
HOH |
5.703 |
CG2 |
O |
|||||||||
THR | C:90 | C:90 | 22.0 | 0.157 | T | -136.3 | 17.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
THR | D:90 | D:90 | 48.0 | 0.343 | T | -134.6 | 15.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
THR | E:90 | E:90 | 20.0 | 0.143 | S | -119.9 | 13.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
THR | F:90 | F:90 | 20.0 | 0.143 | S | -120.8 | 14.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
4d11 | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | THR | A:90 | A:90 | 20.0 | 0.143 | T | -118.8 | 17.0 | 20.0 | 0.143 | 0.0 | ||||||
THR | B:90 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
THR | D:90 | D:90 | 48.0 | 0.343 | T | -123.7 | 23.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
THR | E:90 | E:90 | 17.0 | 0.121 | S | -121.9 | 13.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
THR | F:90 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
5ajn | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2015-03-11 | THR | A:90 | A:90 | 49.0 | 0.35 | G | -83.0 | 0.5 | 49.0 | 0.35 | 0.0 |
SO4 HOH |
4.487 2.582 |
N OG1 |
O3 O |
||
5ajo | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2015-03-11 | THR | A:90 | A:90 | 36.0 | 0.257 | G | -87.7 | 0.6 | 36.0 | 0.257 | 0.0 |
HOH |
2.659 |
O |
O |
||
5ajp | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2015-03-11 | THR | A:90 | A:90 | 51.0 | 0.364 | T | -104.4 | 11.2 | 51.0 | 0.364 | 0.0 |
HOH |
2.697 |
CG2 |
O |
||
5fv9 | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2016-03-09 | THR | A:90 | A:90 | 24.0 | 0.171 | S | -92.8 | 4.7 | NA | NA | NA | ||||||
THR | B:90 | B:90 | 34.0 | 0.243 | S | -143.2 | 68.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
THR | C:90 | C:90 | 49.0 | 0.35 | T | -148.1 | 21.5 | 49.0 | 0.35 | 0.0 |
HOH |
2.544 |
OG1 |
O |
|||||||||
THR | D:90 | D:90 | 21.0 | 0.15 | T | -88.7 | 6.7 | 21.0 | 0.15 | 0.0 |
HOH |
3.336 |
OG1 |
O |
|||||||||
THR | E:90 | E:90 | 26.0 | 0.186 | S | -93.9 | 4.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
THR | F:90 | F:90 | 31.0 | 0.221 | S | -143.3 | 13.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
5ndf | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2017-11-01 | THR | A:90 | A:90 | 24.0 | 0.171 | S | -94.5 | 13.3 | NA | NA | NA | ||||||
THR | B:90 | B:90 | 23.0 | 0.164 | S | -93.8 | 12.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
THR | C:90 | C:90 | 49.0 | 0.35 | S | -93.6 | 11.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
THR | D:90 | D:90 | 22.0 | 0.157 | S | -94.5 | 12.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
THR | E:90 | E:90 | 24.0 | 0.171 | S | -94.1 | 11.7 | 24.0 | 0.171 | 0.0 |
HOH |
3.122 |
OG1 |
O |
|||||||||
THR | F:90 | F:90 | 23.0 | 0.164 | S | -94.3 | 11.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
4d11 | 2 | Q10471 | 99.65 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | THR | C:90 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
6nqt | 1 | Q10471 | 99.65 | 0.0 |
X-RAY |
2020-01-29 | THR | A:90 | A:90 | 41.0 | 0.293 | S | -34.5 | 66.5 | 41.0 | 0.293 | 0.0 |
HOH |
4.193 |
O |
O |
||
THR | B:90 | B:90 | 37.0 | 0.264 | S | -58.3 | 70.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
THR | C:90 | C:90 | 73.0 | 0.521 | T | -177.3 | -48.6 | 73.0 | 0.521 | 0.0 |
HOH |
3.927 |
N |
O |
|||||||||
THR | D:90 | D:90 | 48.0 | 0.343 | T | -146.2 | 42.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
THR | E:90 | E:90 | 148.0 | 1.0 | -110.8 | 360.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
THR | F:90 | F:90 | 109.0 | 0.779 | -140.4 | 360.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
2ffu | 1 | Q10471 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-01-31 | THR | A:20 | A:90 | 19.0 | 0.136 | T | -148.3 | 19.5 | 19.0 | 0.136 | 0.0 |
HOH |
2.649 |
OG1 |
O |
||
2ffv | 1 | Q10471 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-01-31 | THR | A:20 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
THR | B:20 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
6e7i | 1 | Q10471 | 99.6 | 0.0 |
X-RAY |
2020-01-29 | THR | A:47 | A:90 | 45.0 | 0.321 | T | -138.1 | 27.4 | 45.0 | 0.321 | 0.0 |
HOH |
2.688 |
OG1 |
O |
||
6egs | 1 | Q10471 | 99.6 | 0.0 |
X-RAY |
2018-04-11 | THR | A:22 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
THR | B:22 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-q10471-f1 | 1 | Q10471 | 100.0 | 0.0 | THR | A:90 | A:90 | 19.0 | 0.136 | T | -130.8 | 9.1 |