Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr1 | 230372420 | . | C | A | CCDS1582.1:NM_004481.3:c.556Ctc>Atc_NP_004472.1:p.186L>I | Homo sapiens polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 (GALNT2), mRNA. |
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
4d0t | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | LEU | A:186 | A:186 | 60.0 | 0.353 | G | -59.6 | -28.0 | NA | NA | NA | ||||||
LEU | B:186 | B:186 | 42.0 | 0.247 | G | -60.5 | -29.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
LEU | C:186 | C:186 | 63.0 | 0.371 | G | -59.9 | -30.2 | 63.0 | 0.371 | 0.0 |
HOH |
6.525 |
O |
O |
|||||||||
LEU | D:186 | D:186 | 42.0 | 0.247 | G | -60.8 | -29.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
LEU | E:186 | E:186 | 43.0 | 0.253 | G | -58.9 | -29.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
LEU | F:186 | F:186 | 43.0 | 0.253 | G | -61.1 | -28.5 | 43.0 | 0.253 | 0.0 |
HOH |
6.759 |
O |
O |
|||||||||
4d0z | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | LEU | A:186 | A:186 | 41.0 | 0.241 | G | -62.9 | -29.7 | NA | NA | NA | ||||||
LEU | B:186 | B:186 | 39.0 | 0.229 | G | -62.3 | -27.8 | 39.0 | 0.229 | 0.0 |
HOH |
3.834 |
CD2 |
O |
|||||||||
LEU | C:186 | C:186 | 40.0 | 0.235 | G | -63.2 | -28.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
LEU | D:186 | D:186 | 40.0 | 0.235 | G | -63.2 | -28.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
LEU | E:186 | E:186 | 41.0 | 0.241 | G | -61.5 | -29.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
LEU | F:186 | F:186 | 35.0 | 0.206 | G | -61.7 | -30.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
4d11 | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | LEU | A:186 | A:186 | 40.0 | 0.235 | G | -57.1 | -38.8 | 40.0 | 0.235 | 0.0 | ||||||
LEU | B:186 | B:186 | 39.0 | 0.229 | G | -57.9 | -37.1 | 39.0 | 0.229 | 0.0 | |||||||||||||
LEU | D:186 | D:186 | 39.0 | 0.229 | G | -58.3 | -38.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
LEU | E:186 | E:186 | 40.0 | 0.235 | G | -58.0 | -38.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
LEU | F:186 | F:186 | 40.0 | 0.235 | G | -58.6 | -38.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
5ajn | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2015-03-11 | LEU | A:186 | A:186 | 58.0 | 0.341 | G | -56.4 | -28.7 | 58.0 | 0.341 | 0.0 |
SO4 HOH |
6.637 2.724 |
CD1 O |
O4 O |
||
5ajo | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2015-03-11 | LEU | A:186 | A:186 | 57.0 | 0.335 | G | -68.4 | -25.7 | 57.0 | 0.335 | 0.0 |
HOH |
2.782 |
O |
O |
||
5ajp | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2015-03-11 | LEU | A:186 | A:186 | 61.0 | 0.359 | G | -65.6 | -28.3 | 61.0 | 0.359 | 0.0 |
HOH |
3.671 |
CD1 |
O |
||
5fv9 | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2016-03-09 | LEU | A:186 | A:186 | 44.0 | 0.259 | G | -62.3 | -28.0 | NA | NA | NA | ||||||
LEU | B:186 | B:186 | 43.0 | 0.253 | G | -61.8 | -30.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
LEU | C:186 | C:186 | 59.0 | 0.347 | H | -67.2 | -29.9 | 59.0 | 0.347 | 0.0 |
HOH |
3.485 |
CD1 |
O |
|||||||||
LEU | D:186 | D:186 | 43.0 | 0.253 | G | -61.6 | -29.2 | 43.0 | 0.253 | 0.0 |
HOH |
5.432 |
CD1 |
O |
|||||||||
LEU | E:186 | E:186 | 46.0 | 0.271 | G | -65.2 | -19.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
LEU | F:186 | F:186 | 42.0 | 0.247 | G | -59.4 | -35.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
5ndf | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2017-11-01 | LEU | A:186 | A:186 | 43.0 | 0.253 | H | -63.2 | -31.8 | NA | NA | NA | ||||||
LEU | B:186 | B:186 | 41.0 | 0.241 | H | -62.8 | -32.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
LEU | C:186 | C:186 | 54.0 | 0.318 | H | -62.9 | -32.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
LEU | D:186 | D:186 | 56.0 | 0.329 | H | -62.9 | -31.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
LEU | E:186 | E:186 | 43.0 | 0.253 | H | -63.2 | -32.0 | 43.0 | 0.253 | 0.0 |
HOH |
3.844 |
CD1 |
O |
|||||||||
LEU | F:186 | F:186 | 41.0 | 0.241 | H | -63.4 | -31.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
4d11 | 2 | Q10471 | 99.65 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | LEU | C:186 | C:186 | 39.0 | 0.229 | G | -59.1 | -38.3 | NA | NA | NA | ||||||
6nqt | 1 | Q10471 | 99.65 | 0.0 |
X-RAY |
2020-01-29 | LEU | A:186 | A:186 | 48.0 | 0.282 | G | -59.3 | -30.1 | 48.0 | 0.282 | 0.0 |
HOH |
4.087 |
CD1 |
O |
||
LEU | B:186 | B:186 | 64.0 | 0.376 | G | -62.4 | -28.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
LEU | C:186 | C:186 | 58.0 | 0.341 | G | -59.0 | -29.7 | 58.0 | 0.341 | 0.0 |
HOH |
9.292 |
CD1 |
O |
|||||||||
LEU | D:186 | D:186 | 56.0 | 0.329 | G | -61.1 | -30.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
LEU | E:186 | E:186 | 59.0 | 0.347 | G | -63.7 | -17.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
LEU | F:186 | F:186 | 77.0 | NA | T | -68.1 | -6.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
2ffu | 1 | Q10471 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-01-31 | LEU | A:116 | A:186 | 60.0 | 0.353 | G | -65.5 | -27.6 | 60.0 | 0.353 | 0.0 |
HOH |
2.619 |
O |
O |
||
2ffv | 1 | Q10471 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-01-31 | LEU | A:116 | A:186 | 43.0 | 0.253 | T | -52.0 | -16.4 | 43.0 | 0.253 | 0.0 | ||||||
LEU | B:116 | B:186 | 29.0 | 0.171 | T | -53.0 | -19.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6e7i | 1 | Q10471 | 99.6 | 0.0 |
X-RAY |
2020-01-29 | LEU | A:143 | A:186 | 63.0 | 0.371 | G | -65.3 | -30.5 | 63.0 | 0.371 | 0.0 |
HOH |
3.757 |
CD1 |
O |
||
6egs | 1 | Q10471 | 99.6 | 0.0 |
X-RAY |
2018-04-11 | LEU | A:118 | A:186 | 37.0 | 0.218 | G | -59.9 | -27.5 | 37.0 | 0.218 | 0.0 |
HOH |
4.095 |
CD2 |
O |
||
LEU | B:118 | B:186 | 37.0 | 0.218 | G | -59.1 | -26.2 | NA | NA | NA |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-q10471-f1 | 1 | Q10471 | 100.0 | 0.0 | LEU | A:186 | A:186 | 58.0 | 0.341 | T | -65.3 | -39.0 |