Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr1 | 230381819 | . | G | A | CCDS1582.1:NM_004481.3:c.740cGg>cAg_NP_004472.1:p.247R>Q | Homo sapiens polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 (GALNT2), mRNA. |
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
4d0t | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | ARG | A:247 | A:247 | 35.0 | 0.156 | E | -86.7 | 134.0 | NA | NA | NA | ||||||
ARG | B:247 | B:247 | 37.0 | 0.164 | E | -85.8 | 132.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | C:247 | C:247 | 36.0 | 0.16 | E | -85.6 | 132.9 | 36.0 | 0.16 | 0.0 |
HOH |
3.120 |
NE |
O |
|||||||||
ARG | D:247 | D:247 | 37.0 | 0.164 | E | -85.5 | 132.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | E:247 | E:247 | 34.0 | 0.151 | E | -88.4 | 134.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | F:247 | F:247 | 36.0 | 0.16 | E | -87.1 | 132.7 | 36.0 | 0.16 | 0.0 |
HOH |
3.806 |
NH2 |
O |
|||||||||
4d0z | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | ARG | A:247 | A:247 | 40.0 | 0.178 | E | -87.7 | 128.9 | NA | NA | NA | ||||||
ARG | B:247 | B:247 | 37.0 | 0.164 | E | -86.4 | 128.6 | 37.0 | 0.164 | 0.0 |
HOH |
2.706 |
O |
O |
|||||||||
ARG | C:247 | C:247 | 37.0 | 0.164 | E | -85.3 | 130.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | D:247 | D:247 | 37.0 | 0.164 | E | -86.1 | 128.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | E:247 | E:247 | 39.0 | 0.173 | E | -86.2 | 127.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | F:247 | F:247 | 40.0 | 0.178 | E | -85.7 | 129.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
4d11 | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | ARG | A:247 | A:247 | 39.0 | 0.173 | E | -72.2 | 125.6 | 39.0 | 0.173 | 0.0 | ||||||
ARG | B:247 | B:247 | 39.0 | 0.173 | E | -69.9 | 125.9 | 39.0 | 0.173 | 0.0 | |||||||||||||
ARG | D:247 | D:247 | 40.0 | 0.178 | E | -71.6 | 125.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | E:247 | E:247 | 40.0 | 0.178 | E | -72.5 | 127.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | F:247 | F:247 | 39.0 | 0.173 | E | -71.3 | 126.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
5ajn | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2015-03-11 | ARG | A:247 | A:247 | 31.0 | 0.138 | E | -88.8 | 133.7 | 31.0 | 0.138 | 0.0 |
EDO EDO HOH |
7.050 3.553 2.714 |
NH2 NE O |
O2 C1 O |
||
5ajo | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2015-03-11 | ARG | A:247 | A:247 | 33.0 | 0.147 | E | -90.4 | 127.6 | 33.0 | 0.147 | 0.0 |
SO4 SO4 SO4 HOH |
2.812 7.170 5.789 2.763 |
NE N NH1 O |
O1 O1 O4 O |
||
5ajp | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2015-03-11 | ARG | A:247 | A:247 | 34.0 | 0.151 | E | -86.6 | 130.2 | 34.0 | 0.151 | 0.0 |
SO4 SO4 HOH |
6.744 2.876 2.640 |
N NE O |
O4 O3 O |
||
5fv9 | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2016-03-09 | ARG | A:247 | A:247 | 38.0 | 0.169 | E | -86.0 | 128.5 | NA | NA | NA | ||||||
ARG | B:247 | B:247 | 37.0 | 0.164 | E | -90.0 | 128.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | C:247 | C:247 | 38.0 | 0.169 | E | -86.5 | 129.1 | 38.0 | 0.169 | 0.0 |
HOH |
2.474 |
O |
O |
|||||||||
ARG | D:247 | D:247 | 35.0 | 0.156 | E | -91.2 | 127.0 | 35.0 | 0.156 | 0.0 |
HOH |
2.654 |
O |
O |
|||||||||
ARG | E:247 | E:247 | 39.0 | 0.173 | E | -89.1 | 133.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | F:247 | F:247 | 34.0 | 0.151 | E | -79.0 | 130.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
5ndf | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2017-11-01 | ARG | A:247 | A:247 | 33.0 | 0.147 | E | -85.0 | 128.8 | NA | NA | NA | ||||||
ARG | B:247 | B:247 | 34.0 | 0.151 | E | -84.8 | 128.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | C:247 | C:247 | 33.0 | 0.147 | E | -84.8 | 129.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | D:247 | D:247 | 33.0 | 0.147 | E | -85.1 | 129.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | E:247 | E:247 | 33.0 | 0.147 | E | -85.3 | 128.9 | 33.0 | 0.147 | 0.0 |
HOH |
2.653 |
O |
O |
|||||||||
ARG | F:247 | F:247 | 34.0 | 0.151 | E | -84.1 | 129.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
4d11 | 2 | Q10471 | 99.65 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | ARG | C:247 | C:247 | 39.0 | 0.173 | E | -70.7 | 127.3 | NA | NA | NA | ||||||
6nqt | 1 | Q10471 | 99.65 | 0.0 |
X-RAY |
2020-01-29 | ARG | A:247 | A:247 | 38.0 | 0.169 | E | -73.1 | 131.2 | 38.0 | 0.169 | 0.0 |
HOH |
8.105 |
NH1 |
O |
||
ARG | B:247 | B:247 | 32.0 | 0.142 | E | -71.8 | 132.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | C:247 | C:247 | 37.0 | 0.164 | E | -73.3 | 131.5 | 37.0 | 0.164 | 0.0 | |||||||||||||
ARG | D:247 | D:247 | 24.0 | 0.107 | E | -73.1 | 132.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | E:247 | E:247 | 31.0 | 0.138 | E | -75.2 | 131.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | F:247 | F:247 | 39.0 | 0.173 | E | -73.4 | 131.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
2ffu | 1 | Q10471 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-01-31 | ARG | A:177 | A:247 | 36.0 | 0.16 | E | -92.0 | 125.9 | 36.0 | 0.16 | 0.0 |
HOH |
2.719 |
O |
O |
||
2ffv | 1 | Q10471 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-01-31 | ARG | A:177 | A:247 | 35.0 | 0.156 | E | -93.1 | 121.8 | 35.0 | 0.156 | 0.0 | ||||||
ARG | B:177 | B:247 | 38.0 | 0.169 | E | -82.8 | 123.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6e7i | 1 | Q10471 | 99.6 | 0.0 |
X-RAY |
2020-01-29 | ARG | A:204 | A:247 | 36.0 | 0.16 | E | -86.6 | 128.1 | 36.0 | 0.16 | 0.0 |
HOH |
2.664 |
O |
O |
||
6egs | 1 | Q10471 | 99.6 | 0.0 |
X-RAY |
2018-04-11 | ARG | A:179 | A:247 | 31.0 | 0.138 | E | -80.8 | 140.5 | 31.0 | 0.138 | 0.0 | ||||||
ARG | B:179 | B:247 | 33.0 | 0.147 | E | -81.3 | 141.6 | NA | NA | NA |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-q10471-f1 | 1 | Q10471 | 100.0 | 0.0 | ARG | A:247 | A:247 | 40.0 | 0.178 | E | -83.9 | 126.1 |