Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr1 | 230384989 | . | C | A | CCDS1582.1:NM_004481.3:c.877Cgg>Agg_NP_004472.1:p.293R>R | Homo sapiens polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 (GALNT2), mRNA. |
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
4d0t | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | ARG | A:293 | A:293 | 39.0 | 0.173 | T | -102.2 | -4.7 | NA | NA | NA | ||||||
ARG | B:293 | B:293 | 41.0 | 0.182 | T | -99.0 | -4.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | C:293 | C:293 | 40.0 | 0.178 | T | -101.8 | -3.7 | 40.0 | 0.178 | 0.0 |
HOH |
2.904 |
NH1 |
O |
|||||||||
ARG | D:293 | D:293 | 37.0 | 0.164 | T | -101.7 | -4.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | E:293 | E:293 | 41.0 | 0.182 | T | -99.2 | -4.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | F:293 | F:293 | 42.0 | 0.187 | T | -97.3 | -4.1 | 42.0 | 0.187 | 0.0 |
HOH |
2.968 |
NH1 |
O |
|||||||||
4d0z | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | ARG | A:293 | A:293 | 37.0 | 0.164 | H | -99.8 | -10.2 | NA | NA | NA | ||||||
ARG | B:293 | B:293 | 41.0 | 0.182 | H | -100.2 | -9.5 | 41.0 | 0.182 | 0.0 |
HOH |
7.059 |
NH2 |
O |
|||||||||
ARG | C:293 | C:293 | 42.0 | 0.187 | H | -98.3 | -9.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | D:293 | D:293 | 33.0 | 0.147 | H | -99.5 | -10.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | E:293 | E:293 | 38.0 | 0.169 | T | -100.0 | -9.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | F:293 | F:293 | 38.0 | 0.169 | H | -99.8 | -10.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
4d11 | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | ARG | A:293 | A:293 | 40.0 | 0.178 | H | -95.4 | -22.1 | 40.0 | 0.178 | 0.0 | ||||||
ARG | B:293 | B:293 | 39.0 | 0.173 | H | -95.9 | -22.1 | 39.0 | 0.173 | 0.0 | |||||||||||||
ARG | D:293 | D:293 | 23.0 | 0.102 | H | -75.1 | -41.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | E:293 | E:293 | 38.0 | 0.169 | H | -95.5 | -22.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | F:293 | F:293 | 40.0 | 0.178 | H | -95.7 | -21.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
5ajn | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2015-03-11 | ARG | A:293 | A:293 | 38.0 | 0.169 | H | -67.1 | -39.2 | 38.0 | 0.169 | 0.0 |
SO4 EDO EDO HOH |
2.821 9.716 9.640 2.872 |
NH1 CD O NH1 |
O3 C2 C1 O |
||
5ajo | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2015-03-11 | ARG | A:293 | A:293 | 41.0 | 0.182 | H | -62.8 | -39.7 | 41.0 | 0.182 | 0.0 |
SO4 HOH |
2.696 2.948 |
NH1 NH2 |
O3 O |
||
5ajp | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2015-03-11 | ARG | A:293 | A:293 | 40.0 | 0.178 | H | -62.6 | -42.1 | 40.0 | 0.178 | 0.0 |
SO4 HOH |
2.719 2.890 |
NH2 NH1 |
O4 O |
||
5fv9 | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2016-03-09 | ARG | A:293 | A:293 | 38.0 | 0.169 | T | -99.9 | -1.1 | NA | NA | NA | ||||||
ARG | B:293 | B:293 | 38.0 | 0.169 | H | -98.9 | -4.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | C:293 | C:293 | 36.0 | 0.16 | T | -101.4 | 1.7 | 36.0 | 0.16 | 0.0 |
EDO HOH |
9.786 2.594 |
CD NE |
O2 O |
|||||||||
ARG | D:293 | D:293 | 38.0 | 0.169 | H | -93.4 | -5.6 | 38.0 | 0.169 | 0.0 |
HOH |
2.473 |
NE |
O |
|||||||||
ARG | E:293 | E:293 | 34.0 | 0.151 | H | -108.3 | -1.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | F:293 | F:293 | 11.0 | 0.049 | H | -65.9 | -38.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
5ndf | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2017-11-01 | ARG | A:293 | A:293 | 38.0 | 0.169 | H | -99.0 | -8.2 | NA | NA | NA | ||||||
ARG | B:293 | B:293 | 39.0 | 0.173 | T | -100.2 | -6.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | C:293 | C:293 | 38.0 | 0.169 | T | -100.3 | -5.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | D:293 | D:293 | 36.0 | 0.16 | T | -100.5 | -6.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | E:293 | E:293 | 39.0 | 0.173 | T | -99.1 | -7.1 | 39.0 | 0.173 | 0.0 |
HOH |
2.994 |
NH2 |
O |
|||||||||
ARG | F:293 | F:293 | 25.0 | 0.111 | T | -102.0 | -4.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
4d11 | 2 | Q10471 | 99.65 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | ARG | C:293 | C:293 | 38.0 | 0.169 | H | -95.5 | -22.4 | NA | NA | NA | ||||||
6nqt | 1 | Q10471 | 99.65 | 0.0 |
X-RAY |
2020-01-29 | ARG | A:293 | A:293 | 35.0 | 0.156 | T | -105.5 | 10.4 | 35.0 | 0.156 | 0.0 |
HOH |
5.671 |
O |
O |
||
ARG | B:293 | B:293 | 38.0 | 0.169 | T | -53.5 | -102.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | C:293 | C:293 | 41.0 | 0.182 | T | -104.5 | 21.4 | 41.0 | 0.182 | 0.0 | |||||||||||||
ARG | D:293 | D:293 | 36.0 | 0.16 | H | -94.4 | -42.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | E:293 | E:293 | 22.0 | 0.098 | H | -110.6 | -11.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | F:293 | F:293 | 45.0 | 0.2 | H | -98.6 | -19.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
2ffu | 1 | Q10471 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-01-31 | ARG | A:223 | A:293 | 40.0 | 0.178 | T | -96.0 | 5.1 | 40.0 | 0.178 | 0.0 |
HOH |
2.960 |
NH2 |
O |
||
2ffv | 1 | Q10471 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-01-31 | ARG | A:223 | A:293 | 23.0 | 0.102 | H | -81.2 | -24.4 | 23.0 | 0.102 | 0.0 | ||||||
ARG | B:223 | B:293 | 18.0 | 0.08 | H | -71.0 | -30.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6e7i | 1 | Q10471 | 99.6 | 0.0 |
X-RAY |
2020-01-29 | ARG | A:250 | A:293 | 41.0 | 0.182 | T | -98.1 | -3.3 | 41.0 | 0.182 | 0.0 |
HOH |
2.885 |
NH2 |
O |
||
6egs | 1 | Q10471 | 99.6 | 0.0 |
X-RAY |
2018-04-11 | ARG | A:225 | A:293 | 21.0 | 0.093 | H | -82.6 | -5.6 | 21.0 | 0.093 | 0.0 | ||||||
ARG | B:225 | B:293 | 33.0 | 0.147 | G | -86.1 | 9.2 | NA | NA | NA |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-q10471-f1 | 1 | Q10471 | 100.0 | 0.0 | ARG | A:293 | A:293 | 31.0 | 0.138 | H | -86.2 | -11.9 |