Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr1 | 230386238 | . | A | C | CCDS1582.1:NM_004481.3:c.941gAt>gCt_NP_004472.1:p.314D>A | Homo sapiens polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 (GALNT2), mRNA. |
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
4d0t | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | ASP | A:314 | A:314 | 10.0 | 0.067 | E | -57.0 | 129.7 | NA | NA | NA | ||||||
ASP | B:314 | B:314 | 10.0 | 0.067 | E | -55.8 | 131.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASP | C:314 | C:314 | 20.0 | 0.133 | E | -56.4 | 130.9 | 20.0 | 0.133 | 0.0 |
HOH |
6.495 |
OD2 |
O |
|||||||||
ASP | D:314 | D:314 | 23.0 | 0.153 | E | -57.3 | 129.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASP | E:314 | E:314 | 10.0 | 0.067 | E | -59.4 | 130.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASP | F:314 | F:314 | 10.0 | 0.067 | E | -57.6 | 130.8 | 10.0 | 0.067 | 0.0 | |||||||||||||
4d0z | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | ASP | A:314 | A:314 | 18.0 | 0.12 | E | -55.4 | 129.4 | NA | NA | NA | ||||||
ASP | B:314 | B:314 | 26.0 | 0.173 | E | -52.6 | 127.8 | 26.0 | 0.173 | 0.0 |
EDO HOH |
5.541 2.796 |
OD1 N |
C2 O |
|||||||||
ASP | C:314 | C:314 | 19.0 | 0.127 | E | -57.8 | 130.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASP | D:314 | D:314 | 25.0 | 0.167 | E | -57.3 | 130.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASP | E:314 | E:314 | 18.0 | 0.12 | E | -58.9 | 129.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASP | F:314 | F:314 | 25.0 | 0.167 | E | -55.7 | 128.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
4d11 | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | ASP | A:314 | A:314 | 16.0 | 0.107 | E | -60.1 | 124.4 | 16.0 | 0.107 | 0.0 | ||||||
ASP | B:314 | B:314 | 17.0 | 0.113 | E | -58.8 | 124.4 | 17.0 | 0.113 | 0.0 | |||||||||||||
ASP | D:314 | D:314 | 22.0 | 0.147 | E | -58.8 | 124.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASP | E:314 | E:314 | 16.0 | 0.107 | E | -60.8 | 124.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASP | F:314 | F:314 | 16.0 | 0.107 | E | -60.1 | 124.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
5ajn | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2015-03-11 | ASP | A:314 | A:314 | 23.0 | 0.153 | E | -54.1 | 130.6 | 23.0 | 0.153 | 0.0 |
EDO HOH |
8.572 2.826 |
OD2 OD2 |
O1 O |
||
5ajo | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2015-03-11 | ASP | A:314 | A:314 | 24.0 | 0.16 | E | -52.8 | 131.8 | 24.0 | 0.16 | 0.0 |
SO4 HOH |
6.098 2.618 |
OD2 OD2 |
O1 O |
||
5ajp | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2015-03-11 | ASP | A:314 | A:314 | 23.0 | 0.153 | E | -54.6 | 129.3 | 23.0 | 0.153 | 0.0 |
SO4 HOH |
5.744 2.840 |
OD2 N |
O3 O |
||
5fv9 | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2016-03-09 | ASP | A:314 | A:314 | 12.0 | 0.08 | E | -56.9 | 129.2 | NA | NA | NA | ||||||
ASP | B:314 | B:314 | 21.0 | 0.14 | E | -52.5 | 131.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASP | C:314 | C:314 | 22.0 | 0.147 | E | -43.6 | 130.6 | 22.0 | 0.147 | 0.0 |
HOH |
3.018 |
OD2 |
O |
|||||||||
ASP | D:314 | D:314 | 10.0 | 0.067 | E | -52.6 | 132.4 | 10.0 | 0.067 | 0.0 |
HOH |
2.687 |
N |
O |
|||||||||
ASP | E:314 | E:314 | 6.0 | 0.04 | E | -50.6 | 130.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASP | F:314 | F:314 | 26.0 | 0.173 | E | -51.0 | 129.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
5ndf | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2017-11-01 | ASP | A:314 | A:314 | 11.0 | 0.073 | E | -54.0 | 131.3 | NA | NA | NA | ||||||
ASP | B:314 | B:314 | 17.0 | 0.113 | E | -51.3 | 130.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASP | C:314 | C:314 | 22.0 | 0.147 | E | -53.5 | 131.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASP | D:314 | D:314 | 11.0 | 0.073 | E | -52.6 | 130.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASP | E:314 | E:314 | 12.0 | 0.08 | E | -53.2 | 131.0 | 12.0 | 0.08 | 0.0 |
HOH |
2.666 |
OD2 |
O |
|||||||||
ASP | F:314 | F:314 | 24.0 | 0.16 | E | -53.2 | 131.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
4d11 | 2 | Q10471 | 99.65 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | ASP | C:314 | C:314 | 21.0 | 0.14 | E | -61.0 | 125.4 | NA | NA | NA | ||||||
6nqt | 1 | Q10471 | 99.65 | 0.0 |
X-RAY |
2020-01-29 | ASP | A:314 | A:314 | 22.0 | 0.147 | E | -58.8 | 130.1 | 22.0 | 0.147 | 0.0 |
HOH |
7.293 |
O |
O |
||
ASP | B:314 | B:314 | 13.0 | 0.087 | E | -58.3 | 130.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASP | C:314 | C:314 | 29.0 | 0.193 | E | -57.0 | 130.9 | 29.0 | 0.193 | 0.0 | |||||||||||||
ASP | D:314 | D:314 | 25.0 | 0.167 | E | -56.8 | 128.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASP | E:314 | E:314 | 24.0 | 0.16 | E | -59.1 | 131.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASP | F:314 | F:314 | 11.0 | 0.073 | E | -59.7 | 129.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
2ffu | 1 | Q10471 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-01-31 | ASP | A:244 | A:314 | 26.0 | 0.173 | E | -55.7 | 131.8 | 26.0 | 0.173 | 0.0 |
HOH |
2.805 |
OD1 |
O |
||
2ffv | 1 | Q10471 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-01-31 | ASP | A:244 | A:314 | 26.0 | 0.173 | E | -66.7 | 138.3 | 26.0 | 0.173 | 0.0 | ||||||
ASP | B:244 | B:314 | 12.0 | 0.08 | E | -52.0 | 134.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6e7i | 1 | Q10471 | 99.6 | 0.0 |
X-RAY |
2020-01-29 | ASP | A:271 | A:314 | 28.0 | 0.187 | E | -48.9 | 131.3 | 28.0 | 0.187 | 0.0 |
HOH |
2.635 |
OD1 |
O |
||
6egs | 1 | Q10471 | 99.6 | 0.0 |
X-RAY |
2018-04-11 | ASP | A:246 | A:314 | 26.0 | 0.173 | E | -52.5 | 133.5 | 26.0 | 0.173 | 0.0 |
HOH |
8.871 |
C |
O |
||
ASP | B:246 | B:314 | 22.0 | 0.147 | E | -52.2 | 132.1 | NA | NA | NA |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-q10471-f1 | 1 | Q10471 | 100.0 | 0.0 | ASP | A:314 | A:314 | 20.0 | 0.133 | E | -59.1 | 132.6 |