Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr1 | 230391063 | . | C | A | CCDS1582.1:NM_004481.3:c.1109cCg>cAg_NP_004472.1:p.370P>Q | Homo sapiens polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 (GALNT2), mRNA. |
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
4d0t | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | PRO | A:370 | A:370 | 86.0 | 0.593 | T | -63.9 | 115.6 | NA | NA | NA | ||||||
PRO | B:370 | B:370 | 88.0 | 0.607 | T | -61.4 | 115.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
PRO | C:370 | C:370 | 88.0 | 0.607 | T | -67.7 | 122.1 | 88.0 | 0.607 | 0.0 |
UDP HOH |
7.456 7.798 |
CD CD |
O4 O |
|||||||||
PRO | D:370 | D:370 | 90.0 | 0.621 | T | -65.9 | 116.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
PRO | E:370 | E:370 | 89.0 | 0.614 | T | -60.4 | 114.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
PRO | F:370 | F:370 | 108.0 | 0.745 | S | -52.9 | -54.0 | 108.0 | 0.745 | 0.0 |
UD2 |
7.494 |
CD |
O4 |
|||||||||
4d0z | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | PRO | A:370 | A:370 | 79.0 | 0.545 | T | -50.0 | 113.1 | NA | NA | NA | ||||||
PRO | B:370 | B:370 | 82.0 | 0.566 | T | -50.0 | 114.2 | 82.0 | 0.566 | 0.0 |
HWU HOH |
7.016 3.913 |
CD CG |
O4 O |
|||||||||
PRO | C:370 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
PRO | D:370 | D:370 | 82.0 | 0.566 | T | -51.7 | 116.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
PRO | E:370 | E:370 | 79.0 | 0.545 | T | -53.1 | 114.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
PRO | F:370 | F:370 | 77.0 | 0.531 | T | -50.4 | 114.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
4d11 | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | PRO | A:370 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
PRO | B:370 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
PRO | D:370 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
PRO | E:370 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
PRO | F:370 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
5ajn | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2015-03-11 | PRO | A:370 | A:370 | 92.0 | 0.634 | S | -52.7 | 156.7 | 92.0 | 0.634 | 0.0 |
EDO EDO EDO HOH |
3.691 5.734 6.753 3.641 |
CB O CG CA |
C1 O1 O2 O |
||
5ajo | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2015-03-11 | PRO | A:370 | A:370 | 114.0 | 0.786 | S | -71.0 | 167.7 | 114.0 | 0.786 | 0.0 |
SO4 SO4 HOH |
5.408 6.976 3.045 |
N CB O |
O1 O1 O |
||
5ajp | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2015-03-11 | PRO | A:370 | A:370 | 68.0 | 0.469 | T | -56.1 | 124.7 | 68.0 | 0.469 | 0.0 |
UDP SO4 SO4 SO4 HOH |
6.375 6.054 4.781 3.842 2.665 |
CD CD N CG O |
O4 O1 O2 O4 O |
||
5fv9 | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2016-03-09 | PRO | A:370 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
PRO | B:370 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
PRO | C:370 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
PRO | D:370 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
PRO | E:370 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
PRO | F:370 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
5ndf | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2017-11-01 | PRO | A:370 | A:370 | 92.0 | 0.634 | T | -51.5 | 97.5 | NA | NA | NA | ||||||
PRO | B:370 | B:370 | 87.0 | 0.6 | T | -52.6 | 97.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
PRO | C:370 | C:370 | 87.0 | 0.6 | T | -53.4 | 97.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
PRO | D:370 | D:370 | 97.0 | 0.669 | T | -52.4 | 97.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
PRO | E:370 | E:370 | 92.0 | 0.634 | T | -52.9 | 97.4 | 92.0 | 0.634 | 0.0 |
UDP HOH |
7.557 4.878 |
CD C |
O4 O |
|||||||||
PRO | F:370 | F:370 | 89.0 | 0.614 | T | -52.3 | 97.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
4d11 | 2 | Q10471 | 99.65 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | PRO | C:370 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
6nqt | 1 | Q10471 | 99.65 | 0.0 |
X-RAY |
2020-01-29 | PRO | A:370 | A:370 | 102.0 | 0.703 | T | -35.6 | -62.9 | 102.0 | 0.703 | 0.0 |
LR7 HOH |
6.811 5.588 |
CD CG |
O4 O |
||
PRO | B:370 | B:370 | 86.0 | 0.593 | T | -77.2 | 108.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
PRO | C:370 | C:370 | 68.0 | 0.469 | T | -54.6 | 102.0 | 68.0 | 0.469 | 0.0 |
LR7 |
6.603 |
CD |
O4 |
|||||||||
PRO | D:370 | D:370 | 92.0 | 0.634 | T | -30.3 | -76.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
PRO | E:370 | E:370 | 99.0 | 0.683 | S | -80.5 | 76.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
PRO | F:370 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
2ffu | 1 | Q10471 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-01-31 | PRO | A:300 | A:370 | 92.0 | 0.634 | T | -61.3 | 118.8 | 92.0 | 0.634 | 0.0 |
UDP HOH |
7.448 2.788 |
CD O |
O4 O |
||
2ffv | 1 | Q10471 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-01-31 | PRO | A:300 | A:370 | 75.0 | 0.517 | T | -50.9 | 138.3 | 75.0 | 0.517 | 0.0 | ||||||
PRO | B:300 | B:370 | 78.0 | 0.538 | T | -50.7 | 115.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6e7i | 1 | Q10471 | 99.6 | 0.0 |
X-RAY |
2020-01-29 | PRO | A:327 | A:370 | 79.0 | 0.545 | T | -48.1 | 114.0 | 79.0 | 0.545 | 0.0 |
UDP HOH |
6.755 3.053 |
CD O |
O4 O |
||
6egs | 1 | Q10471 | 99.6 | 0.0 |
X-RAY |
2018-04-11 | PRO | A:302 | A:370 | 121.0 | 0.834 | -17.6 | 360.0 | 121.0 | 0.834 | 0.0 | |||||||
PRO | B:302 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-q10471-f1 | 1 | Q10471 | 100.0 | 0.0 | PRO | A:370 | A:370 | 96.0 | 0.662 | T | -56.9 | 116.9 |