Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr1 | 230401006 | . | A | C | CCDS1582.1:NM_004481.3:c.1333Ata>Cta_NP_004472.1:p.445I>L | Homo sapiens polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 (GALNT2), mRNA. |
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
4d0t | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | ILE | A:445 | A:445 | 80.0 | 0.457 | S | -82.6 | -36.6 | NA | NA | NA | ||||||
ILE | B:445 | B:445 | 79.0 | 0.451 | S | -85.5 | -34.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | C:445 | C:445 | 80.0 | 0.457 | S | -86.0 | -36.0 | 80.0 | 0.457 | 0.0 |
HOH |
6.445 |
O |
O |
|||||||||
ILE | D:445 | D:445 | 79.0 | 0.451 | S | -84.9 | -36.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | E:445 | E:445 | 80.0 | 0.457 | S | -86.2 | -35.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | F:445 | F:445 | 109.0 | 0.623 | S | -84.6 | -36.2 | 109.0 | 0.623 | 0.0 | |||||||||||||
4d0z | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | ILE | A:445 | A:445 | 72.0 | 0.411 | S | -82.9 | -35.0 | NA | NA | NA | ||||||
ILE | B:445 | B:445 | 72.0 | 0.411 | S | -84.0 | -34.7 | 72.0 | 0.411 | 0.0 |
EDO HOH |
9.893 5.116 |
N N |
O1 O |
|||||||||
ILE | C:445 | C:445 | 82.0 | 0.469 | S | -85.2 | -33.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | D:445 | D:445 | 73.0 | 0.417 | S | -84.2 | -35.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | E:445 | E:445 | 70.0 | 0.4 | S | -86.5 | -34.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | F:445 | F:445 | 85.0 | 0.486 | S | -84.1 | -34.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
4d11 | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | ILE | A:445 | A:445 | 69.0 | 0.394 | S | -81.3 | -42.5 | 69.0 | 0.394 | 0.0 | ||||||
ILE | B:445 | B:445 | 55.0 | 0.314 | S | -82.7 | -42.8 | 55.0 | 0.314 | 0.0 | |||||||||||||
ILE | D:445 | D:445 | 75.0 | 0.429 | S | -81.2 | -43.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | E:445 | E:445 | 73.0 | 0.417 | S | -79.4 | -44.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | F:445 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
5ajn | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2015-03-11 | ILE | A:445 | A:445 | 63.0 | 0.36 | S | -84.0 | -38.9 | 63.0 | 0.36 | 0.0 |
HOH |
3.673 |
CD1 |
O |
||
5ajo | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2015-03-11 | ILE | A:445 | A:445 | 61.0 | 0.349 | S | -86.1 | -40.0 | 61.0 | 0.349 | 0.0 |
SO4 HOH |
8.509 3.646 |
O CG2 |
O3 O |
||
5ajp | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2015-03-11 | ILE | A:445 | A:445 | 58.0 | 0.331 | S | -84.6 | -39.5 | 58.0 | 0.331 | 0.0 |
SO4 HOH |
8.497 3.655 |
O CD1 |
O1 O |
||
5fv9 | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2016-03-09 | ILE | A:445 | A:445 | 65.0 | 0.371 | S | -91.7 | -40.5 | NA | NA | NA | ||||||
ILE | B:445 | B:445 | 67.0 | 0.383 | S | -81.5 | -30.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | C:445 | C:445 | 68.0 | 0.389 | S | -94.4 | -34.4 | 68.0 | 0.389 | 0.0 |
HOH |
3.014 |
CD1 |
O |
|||||||||
ILE | D:445 | D:445 | 95.0 | 0.543 | S | -71.7 | -40.9 | 95.0 | 0.543 | 0.0 | |||||||||||||
ILE | E:445 | E:445 | 79.0 | 0.451 | S | -70.1 | -36.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | F:445 | F:445 | 75.0 | 0.429 | S | -79.2 | -39.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
5ndf | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2017-11-01 | ILE | A:445 | A:445 | 78.0 | 0.446 | S | -82.8 | -45.5 | NA | NA | NA | ||||||
ILE | B:445 | B:445 | 82.0 | 0.469 | S | -83.8 | -44.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | C:445 | C:445 | 81.0 | 0.463 | S | -83.4 | -45.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | D:445 | D:445 | 81.0 | 0.463 | S | -83.1 | -44.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | E:445 | E:445 | 109.0 | 0.623 | S | -84.2 | -45.1 | 109.0 | 0.623 | 0.0 | |||||||||||||
ILE | F:445 | F:445 | 79.0 | 0.451 | S | -83.7 | -45.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
4d11 | 2 | Q10471 | 99.65 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | ILE | C:445 | C:445 | 77.0 | 0.44 | S | -80.2 | -42.8 | NA | NA | NA | ||||||
6nqt | 1 | Q10471 | 99.65 | 0.0 |
X-RAY |
2020-01-29 | ILE | A:445 | A:445 | 64.0 | 0.366 | S | -91.3 | -42.9 | 64.0 | 0.366 | 0.0 |
HOH |
7.746 |
N |
O |
||
ILE | B:445 | B:445 | 65.0 | 0.371 | S | -91.9 | -43.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | C:445 | C:445 | 65.0 | 0.371 | E | -102.3 | -43.5 | 65.0 | 0.371 | 0.0 |
HOH |
7.377 |
N |
O |
|||||||||
ILE | D:445 | D:445 | 71.0 | 0.406 | S | -92.5 | -44.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | E:445 | E:445 | 55.0 | 0.314 | E | -92.4 | -46.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | F:445 | F:445 | 76.0 | 0.434 | E | -92.5 | -44.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
2ffu | 1 | Q10471 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-01-31 | ILE | A:375 | A:445 | 73.0 | 0.417 | -63.4 | 132.3 | 73.0 | 0.417 | 0.0 |
HOH |
2.853 |
CD1 |
O |
|||
2ffv | 1 | Q10471 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-01-31 | ILE | A:375 | A:445 | 34.0 | 0.194 | S | -94.1 | -28.1 | 34.0 | 0.194 | 0.0 | ||||||
ILE | B:375 | B:445 | 45.0 | 0.257 | E | -74.8 | -42.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6e7i | 1 | Q10471 | 99.6 | 0.0 |
X-RAY |
2020-01-29 | ILE | A:402 | A:445 | 46.0 | 0.263 | S | -128.9 | 140.2 | 46.0 | 0.263 | 0.0 |
HOH |
3.441 |
CD1 |
O |
||
6egs | 1 | Q10471 | 99.6 | 0.0 |
X-RAY |
2018-04-11 | ILE | A:377 | A:445 | 47.0 | 0.269 | S | -80.4 | -40.9 | 47.0 | 0.269 | 0.0 | ||||||
ILE | B:377 | B:445 | 76.0 | 0.434 | E | -81.0 | -40.1 | NA | NA | NA |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-q10471-f1 | 1 | Q10471 | 100.0 | 0.0 | ILE | A:445 | A:445 | 22.0 | 0.126 | E | -85.5 | -38.8 |