Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr1 | 230415148 | . | G | A | CCDS1582.1:NM_004481.3:c.1660Gtg>Atg_NP_004472.1:p.554V>M | Homo sapiens polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 (GALNT2), mRNA. |
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
4d0t | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | VAL | A:554 | A:554 | 73.0 | 0.471 | E | -60.3 | 132.0 | NA | NA | NA | ||||||
VAL | B:554 | B:554 | 69.0 | 0.445 | E | -60.2 | 134.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | C:554 | C:554 | 82.0 | 0.529 | E | -58.9 | 132.6 | 82.0 | 0.529 | 0.0 | |||||||||||||
VAL | D:554 | D:554 | 81.0 | 0.523 | E | -59.5 | 131.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | E:554 | E:554 | 83.0 | 0.535 | E | -60.6 | 132.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | F:554 | F:554 | 83.0 | 0.535 | E | -59.3 | 132.2 | 83.0 | 0.535 | 0.0 | |||||||||||||
4d0z | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | VAL | A:554 | A:554 | 68.0 | 0.439 | E | -64.1 | 134.3 | NA | NA | NA | ||||||
VAL | B:554 | B:554 | 78.0 | 0.503 | E | -61.9 | 133.9 | 78.0 | 0.503 | 0.0 |
HOH |
7.695 |
CG1 |
O |
|||||||||
VAL | C:554 | C:554 | 75.0 | 0.484 | E | -62.3 | 134.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | D:554 | D:554 | 86.0 | 0.555 | E | -60.1 | 133.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | E:554 | E:554 | 70.0 | 0.452 | E | -60.3 | 134.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | F:554 | F:554 | 78.0 | 0.503 | E | -61.4 | 135.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
4d11 | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | VAL | A:554 | A:554 | 72.0 | 0.465 | E | -63.9 | 127.4 | 72.0 | 0.465 | 0.0 | ||||||
VAL | B:554 | B:554 | 71.0 | 0.458 | E | -63.9 | 127.2 | 71.0 | 0.458 | 0.0 | |||||||||||||
VAL | D:554 | D:554 | 73.0 | 0.471 | E | -63.3 | 127.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | E:554 | E:554 | 77.0 | 0.497 | E | -64.6 | 127.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | F:554 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
5ajn | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2015-03-11 | VAL | A:554 | A:554 | 72.0 | 0.465 | E | -49.4 | 128.8 | 72.0 | 0.465 | 0.0 |
SO4 SO4 HOH |
9.977 9.577 2.755 |
O N O |
O4 O3 O |
||
5ajo | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2015-03-11 | VAL | A:554 | A:554 | 69.0 | 0.445 | E | -53.4 | 128.8 | 69.0 | 0.445 | 0.0 |
SO4 SO4 HOH |
4.074 9.584 2.698 |
CG1 O O |
O1 O4 O |
||
5ajp | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2015-03-11 | VAL | A:554 | A:554 | 71.0 | 0.458 | E | -51.2 | 128.6 | 71.0 | 0.458 | 0.0 |
SO4 SO4 HOH |
9.408 9.062 2.587 |
O N O |
O2 O2 O |
||
5fv9 | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2016-03-09 | VAL | A:554 | A:554 | 65.0 | 0.419 | E | -55.4 | 132.1 | NA | NA | NA | ||||||
VAL | B:554 | B:554 | 82.0 | 0.529 | E | -59.1 | 133.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | C:554 | C:554 | 65.0 | 0.419 | E | -46.5 | 133.1 | 65.0 | 0.419 | 0.0 |
HOH |
8.063 |
O |
O |
|||||||||
VAL | D:554 | D:554 | 185.0 | 1.0 | -110.5 | 360.0 | 185.0 | 1.0 | 0.0 |
HOH |
8.111 |
CG1 |
O |
||||||||||
VAL | E:554 | E:554 | 82.0 | 0.529 | E | -45.5 | 132.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | F:554 | F:554 | 83.0 | 0.535 | E | -53.2 | 137.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
5ndf | 1 | Q10471 | 99.82 | 0.0 |
X-RAY |
2017-11-01 | VAL | A:554 | A:554 | 78.0 | 0.503 | E | -64.5 | 132.8 | NA | NA | NA | ||||||
VAL | B:554 | B:554 | 87.0 | 0.561 | E | -64.3 | 132.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | C:554 | C:554 | 79.0 | 0.51 | E | -64.5 | 133.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | D:554 | D:554 | 80.0 | 0.516 | E | -63.5 | 132.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | E:554 | E:554 | 78.0 | 0.503 | E | -64.6 | 133.1 | 78.0 | 0.503 | 0.0 |
HOH |
9.637 |
N |
O |
|||||||||
VAL | F:554 | F:554 | 78.0 | 0.503 | E | -64.5 | 132.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
4d11 | 2 | Q10471 | 99.65 | 0.0 |
X-RAY |
2014-05-28 | VAL | C:554 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
6nqt | 1 | Q10471 | 99.65 | 0.0 |
X-RAY |
2020-01-29 | VAL | A:554 | A:554 | 84.0 | 0.542 | E | -72.4 | 127.8 | 84.0 | 0.542 | 0.0 |
HOH |
8.258 |
O |
O |
||
VAL | B:554 | B:554 | 75.0 | 0.484 | -68.0 | -24.9 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
VAL | C:554 | C:554 | 84.0 | 0.542 | -51.7 | -26.1 | 84.0 | 0.542 | 0.0 |
HOH |
4.863 |
O |
O |
||||||||||
VAL | D:554 | D:554 | 65.0 | 0.419 | E | -75.3 | 135.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | E:554 | E:554 | 79.0 | NA | E | -67.3 | 133.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | F:554 | F:554 | 71.0 | 0.458 | E | -75.7 | 132.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
2ffu | 1 | Q10471 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-01-31 | VAL | A:484 | A:554 | 70.0 | 0.452 | E | -54.7 | 128.7 | 70.0 | 0.452 | 0.0 |
HOH |
2.629 |
O |
O |
||
2ffv | 1 | Q10471 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-01-31 | VAL | A:484 | A:554 | 76.0 | 0.49 | E | -78.8 | 127.1 | 76.0 | 0.49 | 0.0 | ||||||
VAL | B:484 | B:554 | 72.0 | 0.465 | E | -68.1 | 127.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6e7i | 1 | Q10471 | 99.6 | 0.0 |
X-RAY |
2020-01-29 | VAL | A:511 | A:554 | 71.0 | 0.458 | E | -58.4 | 131.3 | 71.0 | 0.458 | 0.0 |
HOH |
2.710 |
O |
O |
||
6egs | 1 | Q10471 | 99.6 | 0.0 |
X-RAY |
2018-04-11 | VAL | A:486 | A:554 | 73.0 | 0.471 | E | -71.5 | 127.1 | 73.0 | 0.471 | 0.0 | ||||||
VAL | B:486 | B:554 | 76.0 | 0.49 | E | -70.6 | 126.3 | NA | NA | NA |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-q10471-f1 | 1 | Q10471 | 100.0 | 0.0 | VAL | A:554 | A:554 | 72.0 | 0.465 | E | -55.8 | 129.5 |