Variant

Genome Chromosome Position VCF ID Ref Alt mRNA Change mRNA Info
GRCh37 chr1 76255030 . A C CCDS669.1:NM_004582.3:c.298Agt>Cgt_NP_004573.2:p.100S>R Homo sapiens Rab geranylgeranyltransferase beta subunit (RABGGTB), transcript variant 1, mRNA.
pdb_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 
alphafold_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 

PDB

Entity Residue Monomer BioUnit Ligand View
PDB Entity Uniprot Identity Evalue ExpMethod Date Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ ASA rASA ΔASA Interaction Name Distance Atom(p) Atom(l)
6o60 2 P53611 100.0 0.0 X-RAY
 2019-06-26 SER B:101 B:100 4.0 0.035 H -54.0 -54.4 4.0 0.035 0.0 HOH
 3.105
 OG
 O
6j6x 2 P53611 100.0 0.0 X-RAY
 2020-01-22 SER B:105 B:100 7.0 0.061 H -54.8 -45.5 7.0 0.061 0.0
6j74 2 P53611 100.0 0.0 X-RAY
 2020-01-22 SER B:105 B:100 7.0 0.061 H -63.3 -35.2 7.0 0.061 0.0
6j7f 2 P53611 100.0 0.0 X-RAY
 2020-01-22 SER B:105 B:100 7.0 0.061 H -57.8 -45.4 7.0 0.061 0.0 GER
 6.100
 OG
 C16
6j7x 2 P53611 100.0 0.0 X-RAY
 2020-01-22 SER B:105 B:100 6.0 0.052 H -55.2 -45.6 6.0 0.052 0.0 GRG
 6.437
 OG
 C16
1dce 2 Q08603 95.77 0.0 X-RAY
 2000-03-24 SER B:100 B:100 7.0 0.061 H -53.0 -50.1 7.0 0.061 0.0 HOH
 2.530
 OG
 O
SER D:100 D:100 6.0 0.052 H -51.4 -44.8 NA NA NA
1ltx 2 Q08603 95.77 0.0 X-RAY
 2003-05-21 SER B:100 B:100 8.0 0.07 H -54.5 -39.2 8.0 0.07 0.0 FAR
HOH
 5.540
4.293
 OG
OG
 C14
O
3c72 2 Q08603 95.77 0.0 X-RAY
 2008-07-22 SER B:100 B:100 6.0 0.052 H -57.4 -42.7 6.0 0.052 0.0 CX1
HOH
 6.326
2.864
 OG
OG
 C1
O
3dss 2 Q08603 95.77 0.0 X-RAY
 2008-09-09 SER B:100 B:100 6.0 0.052 H -53.6 -44.7 6.0 0.052 0.0 HOH
 2.783
 OG
 O
3dst 2 Q08603 95.77 0.0 X-RAY
 2008-09-09 SER B:100 B:100 6.0 0.052 H -55.7 -43.6 6.0 0.052 0.0 GRG
HOH
 6.535
2.885
 OG
OG
 C16
O
3dsu 2 Q08603 95.77 0.0 X-RAY
 2008-09-09 SER B:100 B:100 5.0 0.043 H -56.9 -43.5 5.0 0.043 0.0 FPP
HOH
 6.682
2.764
 OG
OG
 C11
O
3dsv 2 Q08603 95.77 0.0 X-RAY
 2008-09-09 SER B:100 B:100 6.0 0.052 H -55.4 -46.1 6.0 0.052 0.0 GER
HOH
 6.424
2.755
 OG
OG
 C16
O
3dsw 2 Q08603 95.77 0.0 X-RAY
 2008-09-09 SER B:100 B:100 6.0 0.052 H -55.7 -43.7 6.0 0.052 0.0 GER
HOH
 6.582
2.877
 OG
OG
 C16
O
3dsx 2 Q08603 95.77 0.0 X-RAY
 2008-09-09 SER B:100 B:100 5.0 0.043 H -56.7 -42.9 5.0 0.043 0.0 GER
HOH
 6.610
2.792
 OG
OG
 C16
O
3hxb 2 Q08603 95.77 0.0 X-RAY
 2009-09-08 SER B:100 B:100 6.0 0.052 H -60.7 -38.3 6.0 0.052 0.0 BD5
HOH
 3.710
2.925
 OG
OG
 O20
O
3hxc 2 Q08603 95.77 0.0 X-RAY
 2009-09-08 SER B:100 B:100 1.0 0.009 H -52.9 -46.6 1.0 0.009 0.0 BD6
HOH
 4.075
2.849
 OG
OG
 OAF
O
3hxd 2 Q08603 95.77 0.0 X-RAY
 2009-09-08 SER B:100 B:100 2.0 0.017 H -52.8 -47.1 2.0 0.017 0.0 BD7
HOH
 4.510
2.863
 OG
OG
 OAF
O
3hxe 2 Q08603 95.77 0.0 X-RAY
 2009-09-08 SER B:100 B:100 4.0 0.035 H -54.9 -43.2 4.0 0.035 0.0 BD8
HOH
 5.742
2.900
 OG
OG
 CAT
O
3hxf 2 Q08603 95.77 0.0 X-RAY
 2009-09-08 SER B:100 B:100 7.0 0.061 H -53.2 -45.4 7.0 0.061 0.0 BD9
HOH
 4.318
2.806
 OG
OG
 C40
O
3pz1 2 Q08603 95.76 0.0 X-RAY
 2011-05-11 SER B:99 B:100 6.0 0.052 H -55.0 -46.3 6.0 0.052 0.0 3PZ
DMS
DMS
HOH
 7.379
7.031
6.410
2.861
 OG
OG
OG
OG
 C17
C2
O
O
3pz2 2 Q08603 95.76 0.0 X-RAY
 2011-05-11 SER B:99 B:100 6.0 0.052 H -55.0 -44.6 6.0 0.052 0.0 3PZ
GRG
HOH
 7.401
6.857
2.830
 OG
OG
OG
 C17
C19
O
3pz3 2 Q08603 95.76 0.0 X-RAY
 2011-05-11 SER B:99 B:100 6.0 0.052 H -52.0 -46.4 6.0 0.052 0.0 PZ3
HOH
 6.254
2.785
 OG
OG
 NBH
O
4ehm 2 Q08603 95.76 0.0 X-RAY
 2012-05-30 SER B:99 B:100 6.0 0.052 H -51.6 -43.0 6.0 0.052 0.0 PJA
HOH
 6.604
2.801
 OG
OG
 CAC
O
4gts 2 Q08603 95.76 0.0 X-RAY
 2012-10-24 SER B:99 B:100 6.0 0.052 H -54.7 -43.6 6.0 0.052 0.0 7TP
HOH
 5.220
2.801
 OG
OG
 OAF
O
4gtt 2 Q08603 95.76 0.0 X-RAY
 2012-10-24 SER B:99 B:100 6.0 0.052 H -53.7 -44.1 6.0 0.052 0.0 7TQ
HOH
 5.581
2.673
 OG
OG
 CAL
O
4gtv 2 Q08603 95.76 0.0 X-RAY
 2012-10-24 SER B:99 B:100 5.0 0.043 H -51.8 -48.4 5.0 0.043 0.0 7TR
HOH
 7.349
2.875
 OG
OG
 CAB
O

AlphaFold DB

Entity Residue Monomer View
ID Entity Uniprot Identity Evalue Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ
af-p53611-f1 1 P53611 100.0 0.0 SER A:100 A:100 7.0 0.061 H -56.7 -43.4