Variant
| Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr10 | 103339475 | . | C | A | CCDS7513.1:NM_001174084.1:c.1463cGc>cTc_NP_001167555.1:p.488R>L | Homo sapiens DNA polymerase lambda (POLL), transcript variant 1, mRNA. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
|
PDB
| Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
| 4xq8 | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ARG | A:247 | B:488 | 27.0 | 0.12 | E | -81.3 | 131.8 | 27.0 | 0.12 | 0.0 |
DG DT DA DC HOH |
9.726 4.383 2.585 5.755 2.816 |
NH1 NH1 NH1 NH1 N |
O3' O3' OP1 OP1 O |
||
| ARG | B:247 | A:488 | 54.0 | 0.24 | E | -72.5 | 129.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 5ca7 | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ARG | A:247 | B:488 | 25.0 | 0.111 | E | -72.3 | 131.2 | 25.0 | 0.111 | 0.0 |
DG DT DA DC HOH |
9.995 4.637 2.943 6.243 3.181 |
NE NH2 NH2 NH2 N |
O3' O3' OP1 OP1 O |
||
| ARG | B:247 | A:488 | 53.0 | 0.236 | E | -67.3 | 135.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 5iii | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-08-17 | ARG | A:247 | A:488 | 20.0 | 0.089 | E | -77.4 | 136.7 | 20.0 | 0.089 | 0.0 |
DT DA DOC DTP NA MG HOH |
9.714 4.359 2.890 6.596 9.525 7.050 2.900 |
NH2 NH2 NH2 NH2 NE O N |
O3' O3' OP1 O1A NA MG O |
||
| 5iij | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-08-17 | ARG | A:247 | A:488 | 19.0 | 0.084 | E | -76.6 | 138.0 | 19.0 | 0.084 | 0.0 |
DT DA DOC DCT MG NA HOH |
9.566 4.300 2.889 6.604 7.120 9.504 2.896 |
NH2 NH2 NH2 NH2 O NE N |
O3' O3' OP1 O1A MG NA O |
||
| 5iik | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-08-17 | ARG | A:247 | A:488 | 49.0 | 0.218 | E | -72.3 | 127.5 | 49.0 | 0.218 | 0.0 |
DA DC DT CIT NA NA HOH |
6.106 3.700 5.215 3.001 9.568 6.375 2.701 |
NH1 NH1 NH1 NH2 CD NH1 NH1 |
O3' OP1 OP2 O1 NA NA O |
||
| 5iil | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-08-17 | ARG | A:247 | A:488 | 50.0 | 0.222 | E | -76.1 | 130.6 | 50.0 | 0.222 | 0.0 |
DA DA DT CIT NA NA HOH |
6.047 3.622 5.158 2.882 9.611 6.385 2.669 |
NH1 NH1 NH1 NH2 CD NH1 NH2 |
O3' OP1 OP2 O1 NA NA O |
||
| 5iim | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-09-07 | ARG | A:247 | A:488 | 22.0 | 0.098 | E | -76.1 | 132.9 | 22.0 | 0.098 | 0.0 |
DT DA DA DUP NA NA HOH |
9.948 4.543 2.890 6.495 7.199 9.785 2.778 |
NH2 NH2 NH2 NH2 O NE N |
O3' O3' OP1 O2A NA NA O |
||
| 5iin | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-08-17 | ARG | A:247 | A:488 | 22.0 | 0.098 | E | -75.1 | 137.6 | 22.0 | 0.098 | 0.0 |
DA DC DUP NA MG HOH |
4.515 2.922 6.270 9.876 7.211 2.830 |
NH2 NH2 NH2 NE O N |
O3' OP1 O1A NA MG O |
||
| 5iio | 4 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-08-17 | ARG | M:247 | A:488 | 20.0 | 0.089 | E | -74.5 | 125.6 | 20.0 | 0.089 | 0.0 |
DA DC NA HOH |
4.565 2.751 9.771 2.698 |
NH2 NH2 NE N |
O3' OP1 NA O |
||
| ARG | N:247 | E:488 | 29.0 | 0.129 | E | -72.0 | 116.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | O:247 | I:488 | 21.0 | 0.093 | E | -74.1 | 126.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | P:247 | M:488 | 26.0 | 0.116 | E | -69.0 | 122.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 1xsl | 4 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2005-01-18 | ARG | M:248 | A:488 | 22.0 | 0.098 | E | -75.2 | 121.6 | 22.0 | 0.098 | 0.0 |
DG DC NA HOH |
4.352 2.712 9.700 2.873 |
NH2 NH2 NE N |
O3' OP1 NA O |
||
| ARG | N:248 | E:488 | 21.0 | 0.093 | E | -73.1 | 116.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | O:248 | I:488 | 20.0 | 0.089 | E | -72.5 | 126.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | P:248 | M:488 | 24.0 | 0.107 | E | -74.9 | 125.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 2bcq | 4 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-03-07 | ARG | D:248 | A:488 | 13.0 | 0.058 | E | -84.4 | 133.6 | 13.0 | 0.058 | 0.0 |
DT DA DC DG NA MG PPV HOH |
9.805 4.388 2.996 6.260 9.680 7.128 7.393 2.855 |
NH2 NH2 NH2 NH2 NE O CB N |
O3' O3' OP1 OP1 NA MG O31 O |
||
| 2bcr | 4 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-03-07 | ARG | D:248 | A:488 | 54.0 | 0.24 | E | -78.6 | 131.5 | 54.0 | 0.24 | 0.0 |
DA DC DG MG NA PPV HOH |
6.076 3.645 5.042 6.309 9.697 4.511 2.568 |
NH1 NH1 NH1 NH1 CD NH2 NH2 |
O3' OP1 OP2 MG NA O31 O |
||
| 2bcs | 4 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-03-07 | ARG | D:248 | A:488 | 54.0 | 0.24 | E | -79.2 | 134.0 | 54.0 | 0.24 | 0.0 |
DA DC DG MG NA PPV HOH |
6.236 3.789 5.092 6.088 9.658 4.503 2.813 |
NH1 NH1 NH1 NH1 CD NH2 N |
O3' OP1 OP2 MG NA O31 O |
||
| 2bcu | 4 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-03-07 | ARG | D:248 | A:488 | 55.0 | 0.244 | E | -78.1 | 131.3 | 55.0 | 0.244 | 0.0 |
DT DC DG NA NA PPV HOH |
5.700 3.226 4.953 6.095 9.744 5.087 2.691 |
NH1 NH1 NH1 NH2 CD NH2 NH1 |
O3' OP1 OP2 NA NA O31 O |
||
| 2bcv | 4 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-03-07 | ARG | D:248 | A:488 | 58.0 | 0.258 | E | -77.2 | 138.5 | 58.0 | 0.258 | 0.0 |
DA O2C MG NA NA TTP HOH |
5.832 3.653 6.482 9.263 5.621 5.139 2.717 |
NH1 NH1 NH2 NH1 NH1 NH2 NH1 |
O3' O1P MG NA NA O2G O |
||
| 2gws | 4 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-09-05 | ARG | M:248 | A:488 | 19.0 | 0.084 | E | -72.3 | 122.1 | 19.0 | 0.084 | 0.0 |
DG DG NA HOH |
4.371 2.846 9.843 2.972 |
NH2 NH2 NE N |
O3' OP1 NA O |
||
| ARG | N:248 | E:488 | 24.0 | 0.107 | E | -81.2 | 114.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | O:248 | I:488 | 24.0 | 0.107 | E | -69.7 | 124.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | P:248 | M:488 | 23.0 | 0.102 | E | -76.6 | 113.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 4xrh | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ARG | A:248 | B:488 | 27.0 | 0.12 | E | -87.6 | 129.1 | 27.0 | 0.12 | 0.0 |
DT DA DC |
5.462 3.317 6.056 |
NH2 NE NH2 |
O3' OP1 OP1 |
||
| ARG | B:248 | A:488 | 55.0 | 0.244 | E | -69.5 | 140.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 5ddm | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ARG | A:248 | B:488 | 28.0 | 0.124 | E | -74.9 | 122.2 | 28.0 | 0.124 | 0.0 |
DT DA DC NA HOH |
4.878 3.016 6.249 9.612 3.148 |
NH1 NH1 NH1 CD NH1 |
O3' OP1 OP1 NA O |
||
| ARG | B:248 | A:488 | 47.0 | 0.209 | E | -70.9 | 128.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 5ddy | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ARG | A:248 | A:488 | 56.0 | 0.249 | E | -71.7 | 132.5 | 56.0 | 0.249 | 0.0 |
MG MN DCP MN HOH |
6.258 5.610 4.731 7.559 4.570 |
NH1 NH1 NH1 NH2 CZ |
MG MN O2G MN O |
||
| ARG | B:248 | C:488 | 54.0 | 0.24 | E | -68.5 | 146.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | C:248 | E:488 | 46.0 | 0.204 | E | -72.5 | 144.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | D:248 | G:488 | 47.0 | 0.209 | E | -73.5 | 148.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 3c5g | 1 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2008-07-29 | ARG | A:248 | A:488 | 16.0 | 0.071 | E | -77.0 | 136.6 | 16.0 | 0.071 | 0.0 |
DT DA 2DT MG NA NA D3T HOH |
9.852 4.555 3.132 6.898 4.650 9.527 6.839 2.840 |
NE NH2 NH2 O NH2 NE NH2 N |
O3' O3' OP1 MG NA NA O1A O |
||
| ARG | E:248 | B:488 | 16.0 | 0.071 | E | -78.7 | 134.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 5chg | 1 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ARG | A:247 | A:488 | 25.0 | 0.111 | E | -78.1 | 128.6 | 25.0 | 0.111 | 0.0 |
DT DA DC MG HOH |
4.767 3.202 6.364 9.802 2.871 |
NH2 NH2 NH2 NE N |
O3' OP1 OP1 MG O |
||
| ARG | B:247 | B:488 | 50.0 | 0.222 | E | -75.5 | 140.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 5cj7 | 1 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ARG | A:247 | A:488 | 28.0 | 0.124 | E | -78.1 | 130.2 | 28.0 | 0.124 | 0.0 |
DT DA DC |
4.786 3.415 6.534 |
NH2 NH2 NH2 |
O3' OP1 OP1 |
||
| ARG | B:247 | B:488 | 36.0 | 0.16 | E | -81.4 | 136.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 5cp2 | 1 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ARG | A:247 | A:488 | 51.0 | 0.227 | E | -67.3 | 131.7 | 51.0 | 0.227 | 0.0 |
SO4 HOH |
5.907 2.958 |
NH1 N |
O1 O |
||
| ARG | B:247 | B:488 | 30.0 | 0.133 | E | -74.9 | 130.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 5cr0 | 1 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ARG | A:247 | A:488 | 26.0 | 0.116 | E | -79.7 | 132.1 | 26.0 | 0.116 | 0.0 |
DT DA DC HOH |
4.837 3.299 6.390 9.885 |
NH2 NH2 NH2 NE |
O3' OP1 OP1 O |
||
| ARG | B:247 | B:488 | 39.0 | 0.173 | E | -75.9 | 132.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 3c5f | 4 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2008-09-02 | ARG | G:248 | A:488 | 20.0 | 0.089 | E | -82.6 | 124.6 | 20.0 | 0.089 | 0.0 |
DA DC NA HOH |
4.612 3.146 9.713 2.599 |
NH2 NH2 NE N |
O3' OP1 NA O |
||
| ARG | H:248 | B:488 | 15.0 | 0.067 | E | -82.7 | 123.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 1xsn | 4 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2005-01-18 | ARG | D:248 | A:488 | 55.0 | 0.244 | E | -78.1 | 138.4 | 55.0 | 0.244 | 0.0 |
DA 2DT MG NA D3T HOH |
5.775 3.538 6.301 9.332 5.007 2.836 |
NH1 NH1 NH1 CD NH2 N |
O3' OP1 MG NA O3G O |
||
| 1xsp | 4 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2005-01-18 | ARG | D:248 | A:488 | 56.0 | 0.249 | E | -78.9 | 131.1 | 56.0 | 0.249 | 0.0 |
DA DC DG NA NA PPV HOH |
5.756 3.332 5.031 6.308 9.508 5.199 2.670 |
NH1 NH1 NH1 NH2 NH1 NH2 NH1 |
O3' OP1 OP2 NA NA O31 O |
||
| 2pfn | 4 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2007-05-15 | ARG | D:248 | A:488 | 18.0 | 0.08 | E | -78.0 | 136.4 | 18.0 | 0.08 | 0.0 |
DT DA DC NA MG NA NA DUP HOH |
9.765 4.417 2.986 6.810 6.919 4.762 9.550 6.640 2.768 |
NH2 NH2 NH2 NE O NH2 NE NH2 N |
O3' O3' OP1 NA MG NA NA O2A O |
||
| 2pfo | 4 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2007-05-15 | ARG | D:248 | A:488 | 23.0 | 0.102 | E | -77.4 | 138.4 | 23.0 | 0.102 | 0.0 |
DA DC MG MN NA DUP HOH |
4.514 3.040 7.399 4.532 9.897 6.356 2.757 |
NH2 NH2 O NH2 NE NH2 N |
O3' OP1 MG MN NA O2A O |
||
| 2pfp | 4 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2007-05-15 | ARG | D:248 | A:488 | 22.0 | 0.098 | E | -79.6 | 134.0 | 22.0 | 0.098 | 0.0 |
DT DA DC MG NA NA DCP HOH |
9.894 4.433 2.803 7.066 4.574 9.701 6.647 2.645 |
NH2 NH2 NH2 O NH2 NE NH2 N |
O3' O3' OP1 MG NA NA O2A O |
||
| 2pfq | 4 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2007-05-15 | ARG | D:248 | A:488 | 28.0 | 0.124 | E | -79.2 | 135.9 | 28.0 | 0.124 | 0.0 |
DT DA DC DC MG NA MN MN NA DCP PPV HOH |
9.528 4.127 2.798 5.993 7.131 4.815 7.039 4.763 9.424 6.641 7.508 2.796 |
NH2 NH2 NH2 NH2 O NH2 O NH2 NE NH2 CB N |
O3' O3' OP1 OP2 MG NA MN MN NA O2A O12 O |
||
| 3hw8 | 1 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2009-08-25 | ARG | A:248 | A:488 | 34.0 | 0.151 | E | -78.5 | 142.3 | 34.0 | 0.151 | 0.0 |
DT DA DT NA NA HOH |
9.249 4.215 2.567 5.030 9.168 2.831 |
NH1 NH1 NH1 NH1 NH1 N |
O3' O3' OP1 NA NA O |
||
| 3hwt | 1 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2009-08-25 | ARG | A:248 | A:488 | 61.0 | 0.271 | E | -80.9 | 141.5 | 61.0 | 0.271 | 0.0 |
DA 2DT D3T MG NA HOH |
5.981 3.732 4.910 6.205 9.421 2.818 |
NH1 NH1 NH2 NH2 CD NH1 |
O3' OP1 O3G MG NA O |
||
| 1rzt | 4 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2004-03-02 | ARG | M:244 | A:488 | 19.0 | 0.084 | E | -76.2 | 133.2 | 19.0 | 0.084 | 0.0 |
DC DG NA HOH |
9.834 4.600 9.736 2.797 |
NH2 NH2 NE N |
O3' O3' NA O |
||
| ARG | N:244 | E:488 | 24.0 | 0.107 | E | -79.6 | 117.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | O:244 | I:488 | 20.0 | 0.089 | E | -69.8 | 134.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | P:244 | M:488 | 19.0 | 0.084 | E | -80.1 | 128.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 4k4g | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2014-07-16 | ARG | A:245 | A:488 | 17.0 | 0.076 | E | -78.8 | 130.3 | 17.0 | 0.076 | 0.0 |
DT DA DC 1S0 CA CA CA HOH |
9.823 4.427 3.136 7.061 6.898 4.860 9.629 2.922 |
NH2 NH2 NH2 NH2 O NH2 NE N |
O3' O3' OP1 OAJ CA CA CA O |
||
| ARG | E:245 | E:488 | 19.0 | 0.084 | E | -74.8 | 134.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | I:245 | I:488 | 24.0 | 0.107 | E | -75.7 | 128.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | M:245 | M:488 | 21.0 | 0.093 | E | -79.2 | 125.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 4k4h | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2014-07-16 | ARG | A:245 | A:488 | 18.0 | 0.08 | E | -67.6 | 128.2 | 18.0 | 0.08 | 0.0 |
DT DA DC 1RZ CA CA CA HOH |
9.923 4.434 2.980 7.012 6.993 4.828 9.593 2.919 |
NH2 NH2 NH2 NH2 O NH2 NE N |
O3' O3' OP1 O2A CA CA CA O |
||
| ARG | E:245 | E:488 | 20.0 | 0.089 | E | -75.8 | 134.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | I:245 | I:488 | 17.0 | 0.076 | E | -66.7 | 132.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | M:245 | M:488 | 19.0 | 0.084 | E | -78.6 | 126.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 4k4i | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2014-07-16 | ARG | A:245 | A:488 | 16.0 | 0.071 | E | -71.7 | 129.3 | 16.0 | 0.071 | 0.0 |
DT DA DC 1RY CA CA CA HOH |
9.905 4.353 3.003 7.178 9.632 7.040 5.007 2.900 |
NH2 NH2 NH2 NH2 NE O NH2 N |
O3' O3' OP1 OAD CA CA CA O |
||
| ARG | E:245 | E:488 | 24.0 | 0.107 | E | -71.0 | 129.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | I:245 | I:488 | 16.0 | 0.071 | E | -70.8 | 130.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | M:245 | M:488 | 16.0 | 0.071 | E | -77.4 | 126.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 3hx0 | 1 | Q9UGP5 | 98.8 | 0.0 |
X-RAY |
2009-08-25 | ARG | A:248 | A:488 | 60.0 | 0.267 | E | -81.5 | 125.1 | 60.0 | 0.267 | 0.0 |
DA DT D3T MG HOH |
6.154 3.837 5.104 5.859 3.724 |
NH1 NH1 NH2 NH1 NH2 |
O3' OP1 O3G MG O |
||
| ARG | E:248 | F:488 | 59.0 | 0.262 | E | -80.7 | 125.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | I:248 | K:488 | 57.0 | 0.253 | E | -81.8 | 136.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | M:248 | P:488 | 41.0 | 0.182 | E | -85.3 | 134.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 5dkw | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ARG | A:240 | A:488 | 25.0 | 0.111 | E | -76.0 | 127.3 | 25.0 | 0.111 | 0.0 |
DA DC DTP CA HOH |
4.809 2.880 6.697 6.639 2.607 |
NH2 NH2 NH2 O N |
O3' OP1 O1A CA O |
||
| ARG | B:240 | B:488 | 24.0 | 0.107 | E | -78.1 | 126.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 5cb1 | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ARG | A:239 | A:488 | 34.0 | 0.151 | E | -72.2 | 136.7 | 34.0 | 0.151 | 0.0 | ||||||
| ARG | B:239 | B:488 | 47.0 | 0.209 | E | -63.2 | 142.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 4x5v | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2015-10-28 | ARG | A:238 | A:488 | 52.0 | 0.231 | E | -81.6 | 142.4 | 52.0 | 0.231 | 0.0 |
DA DC 8OG NA MG CIT HOH |
5.416 3.040 4.987 6.898 8.899 2.862 2.820 |
NH1 NH1 NH1 NH2 NH1 NH2 N |
O3' OP1 OP2 NA MG O2 O |
||
| 4xa5 | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-10 | ARG | A:238 | A:488 | 18.0 | 0.08 | E | -75.8 | 135.2 | 18.0 | 0.08 | 0.0 |
DT DA DOC 8DG MG MG HOH |
9.882 4.374 3.019 6.471 6.841 9.632 2.866 |
NH2 NH2 NH2 NH2 O NE N |
O3' O3' OP1 O2A MG MG O |
||
| 4xus | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-03 | ARG | A:238 | A:488 | 52.0 | 0.231 | E | -80.0 | 144.0 | 52.0 | 0.231 | 0.0 |
DA TTP MG MG DOC HOH |
6.383 5.182 9.566 6.207 3.975 2.724 |
NH1 NH2 CD NH1 NH1 NH1 |
O3' O2G MG MG OP2 O |
||
| 5cwr | 1 | Q9UGP5 | 99.69 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ARG | A:239 | A:488 | 17.0 | 0.076 | E | -80.3 | 129.4 | 17.0 | 0.076 | 0.0 |
DT DA DC DCP CA CA HOH |
9.793 4.376 3.071 6.910 4.818 6.713 3.278 |
NH2 NH2 NH2 NH2 NH2 O NE |
O3' O3' OP1 O2A CA CA O |
||
| ARG | D:239 | B:488 | 15.0 | 0.067 | E | -81.2 | 129.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 3mda | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2010-04-28 | ARG | A:238 | A:488 | 50.0 | 0.222 | E | -76.2 | 132.7 | 50.0 | 0.222 | 0.0 |
DA DC CAR PPV NA MG HOH |
5.862 3.470 5.316 4.706 9.481 6.402 2.588 |
NH1 NH1 NH1 NH2 NH1 NH2 NH2 |
O3' OP1 OP1 O22 NA MG O |
||
| 3mdc | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2010-04-28 | ARG | A:238 | A:488 | 25.0 | 0.111 | E | -76.4 | 133.6 | 25.0 | 0.111 | 0.0 |
NA HOH |
9.872 3.003 |
N N |
NA O |
||
| 3mgh | 1 | Q9UGP5 | 97.6 | 0.0 |
X-RAY |
2010-05-19 | ARG | A:242 | A:488 | 20.0 | 0.089 | E | -75.2 | 130.0 | 20.0 | 0.089 | 0.0 |
DT DA DC NA HOH |
9.704 4.500 2.967 8.993 2.674 |
NE NH2 NH2 NE N |
O3' O3' OP1 NA O |
||
| ARG | E:242 | C:488 | 22.0 | 0.098 | E | -94.9 | 121.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 3mgi | 1 | Q9UGP5 | 97.6 | 0.0 |
X-RAY |
2010-05-19 | ARG | A:242 | A:488 | 49.0 | 0.218 | E | -74.6 | 130.9 | 49.0 | 0.218 | 0.0 |
DA DT D3T MG NA HOH |
6.277 3.757 4.911 5.907 8.657 2.706 |
NH1 NH1 NH2 NH2 CD N |
O3' OP1 O3G MG NA O |
||
| 3pml | 1 | Q9UGP5 | 97.6 | 0.0 |
X-RAY |
2011-01-26 | ARG | A:242 | A:488 | 23.0 | 0.102 | E | -64.6 | 135.0 | 23.0 | 0.102 | 0.0 |
DT DA DC 1GC MG MG NA HOH |
9.274 3.886 2.942 6.424 7.237 4.934 9.056 2.927 |
NH2 NH2 NH2 NH2 O NH2 NE N |
O3' O3' OP1 O1A MG MG NA O |
||
| ARG | B:242 | B:488 | 22.0 | 0.098 | E | -71.7 | 119.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 3pmn | 1 | Q9UGP5 | 97.6 | 0.0 |
X-RAY |
2011-02-02 | ARG | A:242 | A:488 | 25.0 | 0.111 | E | -77.7 | 140.6 | 25.0 | 0.111 | 0.0 |
DT DA DG 1GC MG MN NA MN HOH |
9.734 4.355 2.789 6.154 7.178 4.532 9.498 9.797 2.887 |
NH2 NH2 NH2 NH2 O NH2 NE N N |
O3' O3' OP1 O1A MG MN NA MN O |
||
| 3pnc | 1 | Q9UGP5 | 97.6 | 0.0 |
X-RAY |
2011-02-02 | ARG | A:242 | A:488 | 19.0 | 0.084 | E | -79.6 | 138.8 | 19.0 | 0.084 | 0.0 |
DT DA DG 1GC MG NA NA TRS HOH |
9.831 4.386 2.863 6.149 7.067 4.705 9.567 3.289 2.821 |
NH2 NH2 NH2 NH2 O NH2 NE NE N |
O3' O3' OP1 O1A MG NA NA O3 O |
||
| 3upq | 1 | Q9UGP5 | 97.6 | 0.0 |
X-RAY |
2012-05-23 | ARG | A:242 | A:488 | 23.0 | 0.102 | E | -73.2 | 140.7 | 23.0 | 0.102 | 0.0 |
DT DA DC ZAN MN MN MN NA HOH |
9.769 4.407 2.828 6.419 7.191 4.554 9.737 9.344 2.883 |
NH2 NH2 NH2 NH2 O NH2 N NE N |
O3' O3' OP1 O1A MN MN MN NA O |
||
| 3uq0 | 1 | Q9UGP5 | 97.6 | 0.0 |
X-RAY |
2012-05-23 | ARG | A:242 | A:488 | 31.0 | 0.138 | E | -76.3 | 130.4 | 31.0 | 0.138 | 0.0 |
DA DC A NA SO4 HOH |
5.053 4.235 6.229 9.822 8.681 2.899 |
NH2 NH2 NH2 NE O N |
O3' OP1 OP2 NA O3 O |
||
| 3uq2 | 1 | Q9UGP5 | 97.31 | 0.0 |
X-RAY |
2012-05-23 | ARG | A:242 | A:488 | 59.0 | 0.262 | E | -78.8 | 135.2 | 59.0 | 0.262 | 0.0 |
DT DA C DA PPV MG NA HOH |
9.906 5.226 2.878 5.487 5.824 7.164 8.705 3.421 |
NH1 NH1 NH1 NH1 NH2 NH1 NH1 NH1 |
O3' O3' OP1 OP2 O32 MG NA O |
||
| 4fo6 | 1 | Q9UGP5 | 97.31 | 0.0 |
X-RAY |
2012-07-11 | ARG | A:242 | A:488 | 25.0 | 0.111 | E | -76.3 | 138.4 | 25.0 | 0.111 | 0.0 |
DA C MG MN NA F2A HOH |
4.598 2.966 7.210 4.566 9.900 6.198 2.884 |
NH2 NH2 O NH2 NE NH2 N |
O3' OP1 MG MN NA O2A O |
||
AlphaFold DB
| Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
| af-q9ugp5-f1 | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 | ARG | A:488 | A:488 | 17.0 | 0.076 | E | -75.2 | 131.9 | |