Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr10 | 103340055 | . | C | A | CCDS7513.1:NM_001174084.1:c.1313cGg>cTg_NP_001167555.1:p.438R>L | Homo sapiens DNA polymerase lambda (POLL), transcript variant 1, mRNA. |
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
4xq8 | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ARG | A:197 | B:438 | 150.0 | 0.667 | S | -127.1 | -48.1 | 150.0 | 0.667 | 0.0 |
HOH |
7.327 |
O |
O |
||
ARG | B:197 | A:438 | 167.0 | 0.742 | S | -123.3 | -52.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
5ca7 | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ARG | A:197 | B:438 | 178.0 | 0.791 | S | -125.3 | -40.7 | 178.0 | 0.791 | 0.0 |
HOH |
3.760 |
N |
O |
||
ARG | B:197 | A:438 | 169.0 | 0.751 | S | -144.6 | -4.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
5iii | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-08-17 | ARG | A:197 | A:438 | 60.0 | NA | S | -140.7 | -34.7 | 60.0 | NA | NA |
HOH |
3.488 |
N |
O |
||
5iij | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-08-17 | ARG | A:197 | A:438 | 42.0 | NA | S | -145.0 | -23.3 | 42.0 | NA | NA |
HOH |
3.102 |
CB |
O |
||
5iik | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-08-17 | ARG | A:197 | A:438 | 70.0 | NA | S | -139.2 | -18.9 | 70.0 | NA | NA |
HOH |
4.740 |
O |
O |
||
5iil | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-08-17 | ARG | A:197 | A:438 | 53.0 | NA | S | -125.0 | -40.2 | 53.0 | NA | NA |
HOH |
5.738 |
N |
O |
||
5iim | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-09-07 | ARG | A:197 | A:438 | 66.0 | NA | S | -141.6 | -35.3 | 66.0 | NA | NA |
HOH |
6.144 |
N |
O |
||
5iin | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-08-17 | ARG | A:197 | A:438 | 66.0 | NA | S | -132.7 | -44.5 | 66.0 | NA | NA |
HOH |
9.064 |
N |
O |
||
5iio | 4 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-08-17 | ARG | M:197 | A:438 | 164.0 | 0.729 | S | -136.2 | -31.8 | 164.0 | 0.729 | 0.0 |
HOH |
3.342 |
O |
O |
||
ARG | N:197 | E:438 | 115.0 | NA | S | -133.9 | -35.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | O:197 | I:438 | 166.0 | 0.738 | S | -130.5 | -30.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | P:197 | M:438 | 159.0 | 0.707 | S | -132.5 | -34.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1xsl | 4 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2005-01-18 | ARG | M:198 | A:438 | 155.0 | 0.689 | S | -134.7 | -18.0 | 155.0 | 0.689 | 0.0 |
HOH |
3.390 |
NH1 |
O |
||
ARG | N:198 | E:438 | 175.0 | 0.778 | S | -140.6 | -19.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | O:198 | I:438 | 170.0 | 0.756 | S | -134.4 | -35.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | P:198 | M:438 | 166.0 | 0.738 | S | -126.9 | -28.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
2bcq | 4 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-03-07 | ARG | D:198 | A:438 | 41.0 | NA | S | -149.5 | -31.1 | 41.0 | NA | NA |
HOH |
2.958 |
CB |
O |
||
2bcr | 4 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-03-07 | ARG | D:198 | A:438 | 33.0 | NA | S | -159.3 | -35.1 | 33.0 | NA | NA |
HOH |
3.337 |
O |
O |
||
2bcs | 4 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-03-07 | ARG | D:198 | A:438 | 36.0 | NA | S | -149.3 | -27.3 | 36.0 | NA | NA |
HOH |
3.634 |
N |
O |
||
2bcu | 4 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-03-07 | ARG | D:198 | A:438 | 65.0 | NA | S | -150.5 | -27.8 | 65.0 | NA | NA |
HOH |
3.703 |
N |
O |
||
2bcv | 4 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-03-07 | ARG | D:198 | A:438 | 66.0 | NA | S | -144.6 | -25.8 | 66.0 | NA | NA |
HOH |
3.639 |
N |
O |
||
2gws | 4 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-09-05 | ARG | M:198 | A:438 | 46.0 | NA | S | -142.6 | -28.3 | 46.0 | NA | NA |
HOH |
3.504 |
N |
O |
||
ARG | N:198 | E:438 | 176.0 | 0.782 | S | -142.8 | -19.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | O:198 | I:438 | 164.0 | 0.729 | S | -132.5 | -40.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | P:198 | M:438 | 49.0 | NA | S | -144.8 | -24.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
4xrh | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ARG | A:198 | B:438 | 151.0 | 0.671 | S | -119.5 | -56.2 | 151.0 | 0.671 | 0.0 | ||||||
ARG | B:198 | A:438 | 187.0 | 0.831 | S | -134.0 | -24.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
5ddm | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ARG | A:198 | B:438 | 161.0 | 0.716 | S | -120.4 | -30.4 | 161.0 | 0.716 | 0.0 |
HOH |
6.582 |
O |
O |
||
ARG | B:198 | A:438 | 153.0 | 0.68 | S | -124.9 | -27.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
5ddy | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ARG | A:198 | A:438 | 189.0 | 0.84 | S | -103.3 | -40.2 | 189.0 | 0.84 | 0.0 | ||||||
ARG | B:198 | C:438 | 189.0 | 0.84 | S | -118.8 | -20.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | C:198 | E:438 | 178.0 | 0.791 | S | -126.8 | -29.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | D:198 | G:438 | 220.0 | 0.978 | S | -65.4 | -43.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
3c5g | 1 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2008-07-29 | ARG | A:198 | A:438 | 171.0 | 0.76 | S | -143.4 | -30.8 | 171.0 | 0.76 | 0.0 |
HOH |
3.191 |
O |
O |
||
ARG | E:198 | B:438 | 161.0 | 0.716 | S | -148.0 | -30.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
5chg | 1 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ARG | A:197 | A:438 | 166.0 | 0.738 | S | -127.4 | -40.7 | 166.0 | 0.738 | 0.0 | ||||||
ARG | B:197 | B:438 | 158.0 | 0.702 | S | -137.5 | -26.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
5cj7 | 1 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ARG | A:197 | A:438 | 150.0 | 0.667 | S | -135.1 | -25.4 | 150.0 | 0.667 | 0.0 | ||||||
ARG | B:197 | B:438 | 184.0 | 0.818 | S | -124.4 | -39.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
5cp2 | 1 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ARG | A:197 | A:438 | 150.0 | 0.667 | S | -124.1 | -14.4 | 150.0 | 0.667 | 0.0 |
HOH |
3.889 |
N |
O |
||
ARG | B:197 | B:438 | 169.0 | 0.751 | S | -134.9 | -35.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
5cr0 | 1 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ARG | A:197 | A:438 | 156.0 | 0.693 | S | -130.4 | -35.4 | 156.0 | 0.693 | 0.0 | ||||||
ARG | B:197 | B:438 | 167.0 | 0.742 | S | -126.9 | -28.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
3c5f | 4 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2008-09-02 | ARG | G:198 | A:438 | 31.0 | NA | S | -140.8 | -34.3 | 31.0 | NA | NA |
HOH |
3.464 |
N |
O |
||
ARG | H:198 | B:438 | 146.0 | 0.649 | S | -141.7 | -25.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1xsn | 4 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2005-01-18 | ARG | D:198 | A:438 | 64.0 | NA | S | -153.1 | -37.8 | 64.0 | NA | NA |
HOH |
4.581 |
N |
O |
||
1xsp | 4 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2005-01-18 | ARG | D:198 | A:438 | 43.0 | NA | S | -146.5 | -31.9 | 43.0 | NA | NA |
HOH |
3.751 |
N |
O |
||
2pfn | 4 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2007-05-15 | ARG | D:198 | A:438 | 62.0 | NA | S | -152.1 | -27.4 | 62.0 | NA | NA |
HOH |
3.467 |
N |
O |
||
2pfo | 4 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2007-05-15 | ARG | D:198 | A:438 | 63.0 | NA | S | -151.5 | -31.6 | 63.0 | NA | NA |
HOH |
3.348 |
N |
O |
||
2pfp | 4 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2007-05-15 | ARG | D:198 | A:438 | 65.0 | NA | S | -148.6 | -26.0 | 65.0 | NA | NA |
HOH |
3.695 |
N |
O |
||
2pfq | 4 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2007-05-15 | ARG | D:198 | A:438 | 145.0 | 0.644 | S | -150.3 | -36.2 | 145.0 | 0.644 | 0.0 |
HOH |
2.753 |
NH2 |
O |
||
3hw8 | 1 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2009-08-25 | ARG | A:198 | A:438 | 58.0 | NA | S | -156.4 | -28.6 | 58.0 | NA | NA |
HOH |
3.430 |
N |
O |
||
3hwt | 1 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2009-08-25 | ARG | A:198 | A:438 | 61.0 | NA | S | -151.7 | -34.4 | 61.0 | NA | NA |
HOH |
3.586 |
N |
O |
||
1rzt | 4 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2004-03-02 | ARG | M:194 | A:438 | 49.0 | NA | S | -137.6 | -24.9 | 49.0 | NA | NA |
HOH |
3.522 |
N |
O |
||
ARG | N:194 | E:438 | 182.0 | 0.809 | S | -138.1 | -37.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | O:194 | I:438 | 50.0 | NA | S | -140.7 | -29.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | P:194 | M:438 | 46.0 | NA | S | -138.2 | -28.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
4k4g | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2014-07-16 | ARG | A:195 | A:438 | 144.0 | 0.64 | S | -135.9 | -30.6 | 144.0 | 0.64 | 0.0 |
HOH |
3.606 |
N |
O |
||
ARG | E:195 | E:438 | 152.0 | 0.676 | S | -138.3 | -30.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | I:195 | I:438 | 177.0 | 0.787 | S | -142.2 | -31.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | M:195 | M:438 | 153.0 | 0.68 | S | -144.3 | -16.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
4k4h | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2014-07-16 | ARG | A:195 | A:438 | 155.0 | 0.689 | S | -137.7 | -43.3 | 155.0 | 0.689 | 0.0 |
HOH |
3.411 |
N |
O |
||
ARG | E:195 | E:438 | 148.0 | 0.658 | S | -142.7 | -38.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | I:195 | I:438 | 193.0 | 0.858 | S | -146.9 | -44.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | M:195 | M:438 | 162.0 | 0.72 | S | -143.2 | -20.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
4k4i | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2014-07-16 | ARG | A:195 | A:438 | 151.0 | 0.671 | S | -129.1 | -37.3 | 151.0 | 0.671 | 0.0 |
HOH |
3.677 |
N |
O |
||
ARG | E:195 | E:438 | 159.0 | 0.707 | S | -145.4 | -30.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | I:195 | I:438 | 193.0 | 0.858 | S | -146.6 | -17.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | M:195 | M:438 | 144.0 | 0.64 | S | -146.6 | -19.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
3hx0 | 1 | Q9UGP5 | 98.8 | 0.0 |
X-RAY |
2009-08-25 | ARG | A:198 | A:438 | 175.0 | 0.778 | S | -163.9 | -37.0 | 175.0 | 0.778 | 0.0 | ||||||
ARG | E:198 | F:438 | 45.0 | NA | S | -146.3 | -34.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | I:198 | K:438 | 47.0 | NA | S | -150.9 | -35.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | M:198 | P:438 | 42.0 | NA | S | -159.6 | -26.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
5dkw | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ARG | A:190 | A:438 | 172.0 | 0.764 | S | -133.2 | -25.8 | 172.0 | 0.764 | 0.0 |
HOH |
3.969 |
N |
O |
||
ARG | B:190 | B:438 | 167.0 | 0.742 | S | -138.6 | -18.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
5cb1 | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ARG | A:189 | A:438 | 202.0 | 0.898 | S | -108.9 | -32.9 | 202.0 | 0.898 | 0.0 | ||||||
ARG | B:189 | B:438 | 184.0 | 0.818 | S | -134.8 | -16.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
4x5v | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2015-10-28 | ARG | A:188 | A:438 | 111.0 | NA | S | -89.7 | 66.2 | 111.0 | NA | NA |
HOH |
5.374 |
CA |
O |
||
4xa5 | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-10 | ARG | A:188 | A:438 | 59.0 | NA | S | -135.5 | -42.3 | 59.0 | NA | NA |
ACT GOL HOH |
7.349 9.286 3.369 |
O O N |
O O1 O |
||
4xus | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-03 | ARG | A:188 | A:438 | 71.0 | NA | S | -140.8 | -26.4 | 71.0 | NA | NA |
HOH |
3.998 |
N |
O |
||
5cwr | 1 | Q9UGP5 | 99.69 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ARG | A:189 | A:438 | 26.0 | NA | S | -127.0 | -41.6 | 26.0 | NA | NA |
HOH |
4.097 |
N |
O |
||
ARG | D:189 | B:438 | 135.0 | 0.6 | S | -127.9 | -45.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
3mda | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2010-04-28 | ARG | A:188 | A:438 | 43.0 | NA | S | -140.4 | -23.9 | 43.0 | NA | NA |
HOH |
3.803 |
N |
O |
||
3mdc | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2010-04-28 | ARG | A:188 | A:438 | 35.0 | NA | S | -152.9 | -24.2 | 35.0 | NA | NA |
HOH |
3.454 |
N |
O |
||
3mgh | 1 | Q9UGP5 | 97.6 | 0.0 |
X-RAY |
2010-05-19 | ARG | A:197 | A:438 | 52.0 | NA | S | -169.4 | 59.9 | 52.0 | NA | NA |
HOH |
4.982 |
CB |
O |
||
ARG | E:197 | C:438 | 38.0 | NA | S | -142.4 | -39.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
3mgi | 1 | Q9UGP5 | 97.6 | 0.0 |
X-RAY |
2010-05-19 | ARG | A:197 | A:438 | 55.0 | NA | S | -153.5 | -18.1 | 55.0 | NA | NA |
HOH |
5.694 |
N |
O |
||
3pml | 1 | Q9UGP5 | 97.6 | 0.0 |
X-RAY |
2011-01-26 | ARG | A:197 | A:438 | 51.0 | NA | S | -133.0 | -30.4 | 51.0 | NA | NA |
HOH |
4.663 |
N |
O |
||
ARG | B:197 | B:438 | 54.0 | NA | S | -152.1 | -41.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
3pmn | 1 | Q9UGP5 | 97.6 | 0.0 |
X-RAY |
2011-02-02 | ARG | A:197 | A:438 | 39.0 | NA | S | -146.9 | -19.6 | 39.0 | NA | NA |
HOH |
3.605 |
N |
O |
||
3pnc | 1 | Q9UGP5 | 97.6 | 0.0 |
X-RAY |
2011-02-02 | ARG | A:197 | A:438 | 57.0 | NA | S | -151.9 | -30.7 | 57.0 | NA | NA |
HOH |
3.439 |
N |
O |
||
3upq | 1 | Q9UGP5 | 97.6 | 0.0 |
X-RAY |
2012-05-23 | ARG | A:197 | A:438 | 41.0 | NA | S | -134.8 | -34.0 | 41.0 | NA | NA |
SO4 SO4 HOH |
8.437 6.564 3.471 |
O CA N |
O1 O2 O |
||
3uq0 | 1 | Q9UGP5 | 97.6 | 0.0 |
X-RAY |
2012-05-23 | ARG | A:197 | A:438 | 36.0 | NA | S | -134.7 | -41.7 | 36.0 | NA | NA |
SO4 SO4 HOH |
8.954 6.348 3.550 |
O O N |
O2 O3 O |
||
3uq2 | 1 | Q9UGP5 | 97.31 | 0.0 |
X-RAY |
2012-05-23 | ARG | A:197 | A:438 | 85.0 | NA | -101.3 | -3.4 | 85.0 | NA | NA |
HOH |
4.233 |
N |
O |
|||
4fo6 | 1 | Q9UGP5 | 97.31 | 0.0 |
X-RAY |
2012-07-11 | ARG | A:197 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-q9ugp5-f1 | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 | ARG | A:438 | A:438 | 187.0 | 0.831 | S | -128.8 | -43.4 |