Variant
| Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr10 | 103344399 | . | T | A | CCDS7513.1:NM_001174084.1:c.851aAt>aTt_NP_001167555.1:p.284N>I | Homo sapiens DNA polymerase lambda (POLL), transcript variant 1, mRNA. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
|
PDB
| Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
| 4xq8 | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ASN | A:43 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| ASN | B:43 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 5ca7 | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ASN | A:43 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| ASN | B:43 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 5iii | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-08-17 | ASN | A:43 | A:284 | 71.0 | 0.444 | H | -66.8 | -45.0 | 71.0 | 0.444 | 0.0 |
HOH |
5.793 |
ND2 |
O |
||
| 5iij | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-08-17 | ASN | A:43 | A:284 | 53.0 | 0.331 | H | -71.3 | -41.8 | 53.0 | 0.331 | 0.0 |
HOH |
3.879 |
CB |
O |
||
| 5iik | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-08-17 | ASN | A:43 | A:284 | 35.0 | 0.219 | H | -65.4 | -44.9 | 35.0 | 0.219 | 0.0 |
HOH |
3.778 |
OD1 |
O |
||
| 5iil | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-08-17 | ASN | A:43 | A:284 | 36.0 | 0.225 | H | -65.5 | -43.6 | 36.0 | 0.225 | 0.0 |
HOH |
2.978 |
OD1 |
O |
||
| 5iim | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-09-07 | ASN | A:43 | A:284 | 42.0 | 0.263 | H | -63.6 | -42.6 | 42.0 | 0.263 | 0.0 |
HOH |
2.965 |
OD1 |
O |
||
| 5iin | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-08-17 | ASN | A:43 | A:284 | 47.0 | 0.294 | H | -68.4 | -44.7 | 47.0 | 0.294 | 0.0 |
HOH |
7.592 |
ND2 |
O |
||
| 5iio | 4 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-08-17 | ASN | M:43 | A:284 | 43.0 | 0.269 | H | -64.0 | -54.6 | 43.0 | 0.269 | 0.0 |
HOH |
2.987 |
ND2 |
O |
||
| ASN | N:43 | E:284 | 58.0 | 0.362 | H | -51.5 | -49.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | O:43 | I:284 | 17.0 | 0.106 | H | -60.0 | -42.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | P:43 | M:284 | 16.0 | 0.1 | H | -61.7 | -44.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 1xsl | 4 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2005-01-18 | ASN | M:44 | A:284 | 42.0 | 0.263 | H | -66.0 | -52.5 | 42.0 | 0.263 | 0.0 |
HOH |
7.776 |
CB |
O |
||
| ASN | N:44 | E:284 | 22.0 | 0.138 | H | -67.0 | -38.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | O:44 | I:284 | 19.0 | 0.119 | H | -63.1 | -39.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | P:44 | M:284 | 17.0 | 0.106 | H | -63.3 | -39.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 2bcq | 4 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-03-07 | ASN | D:44 | A:284 | 60.0 | 0.375 | H | -60.8 | -44.5 | 60.0 | 0.375 | 0.0 |
HOH |
3.307 |
ND2 |
O |
||
| 2bcr | 4 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-03-07 | ASN | D:44 | A:284 | 49.0 | 0.306 | H | -56.4 | -29.5 | 49.0 | 0.306 | 0.0 |
DC HOH |
9.301 3.058 |
ND2 OD1 |
OP2 O |
||
| 2bcs | 4 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-03-07 | ASN | D:44 | A:284 | 70.0 | 0.438 | H | -68.2 | -43.8 | 70.0 | 0.438 | 0.0 |
HOH |
6.641 |
ND2 |
O |
||
| 2bcu | 4 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-03-07 | ASN | D:44 | A:284 | 63.0 | 0.394 | H | -57.4 | -18.4 | 63.0 | 0.394 | 0.0 |
HOH |
5.883 |
ND2 |
O |
||
| 2bcv | 4 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-03-07 | ASN | D:44 | A:284 | 68.0 | 0.425 | H | -66.1 | -42.2 | 68.0 | 0.425 | 0.0 |
HOH |
4.053 |
CB |
O |
||
| 2gws | 4 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-09-05 | ASN | M:44 | A:284 | 38.0 | 0.237 | H | -71.6 | -46.2 | 38.0 | 0.237 | 0.0 |
HOH |
2.942 |
ND2 |
O |
||
| ASN | N:44 | E:284 | 46.0 | 0.287 | H | -66.2 | -47.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | O:44 | I:284 | 19.0 | 0.119 | H | -61.8 | -21.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | P:44 | M:284 | 18.0 | 0.113 | H | -58.9 | -40.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 4xrh | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ASN | A:44 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| ASN | B:44 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 5ddm | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ASN | A:44 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| ASN | B:44 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 5ddy | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ASN | A:44 | A:284 | 99.0 | 0.619 | H | -62.8 | -42.2 | 99.0 | 0.619 | 0.0 | ||||||
| ASN | B:44 | C:284 | 111.0 | 0.694 | H | -61.7 | -28.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | C:44 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | D:44 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 3c5g | 1 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2008-07-29 | ASN | A:44 | A:284 | 37.0 | 0.231 | H | -74.1 | -34.3 | 37.0 | 0.231 | 0.0 |
HOH |
2.841 |
ND2 |
O |
||
| ASN | E:44 | B:284 | 33.0 | 0.206 | H | -62.0 | -38.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 5chg | 1 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ASN | A:43 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| ASN | B:43 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 5cj7 | 1 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ASN | A:43 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| ASN | B:43 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 5cp2 | 1 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ASN | A:43 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| ASN | B:43 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 5cr0 | 1 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ASN | A:43 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| ASN | B:43 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 3c5f | 4 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2008-09-02 | ASN | G:44 | A:284 | 16.0 | 0.1 | H | -63.0 | -43.3 | 16.0 | 0.1 | 0.0 |
HOH |
2.759 |
OD1 |
O |
||
| ASN | H:44 | B:284 | 21.0 | 0.131 | H | -65.8 | -34.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 1xsn | 4 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2005-01-18 | ASN | D:44 | A:284 | 59.0 | 0.369 | H | -65.1 | -2.9 | 59.0 | 0.369 | 0.0 |
HOH |
2.709 |
ND2 |
O |
||
| 1xsp | 4 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2005-01-18 | ASN | D:44 | A:284 | 68.0 | 0.425 | H | -63.3 | -44.5 | 68.0 | 0.425 | 0.0 |
HOH |
7.724 |
O |
O |
||
| 2pfn | 4 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2007-05-15 | ASN | D:44 | A:284 | 59.0 | 0.369 | H | -62.2 | -53.9 | 59.0 | 0.369 | 0.0 |
HOH |
2.768 |
ND2 |
O |
||
| 2pfo | 4 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2007-05-15 | ASN | D:44 | A:284 | 59.0 | 0.369 | H | -65.6 | -29.7 | 59.0 | 0.369 | 0.0 |
DA HOH |
9.935 3.225 |
ND2 O |
OP2 O |
||
| 2pfp | 4 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2007-05-15 | ASN | D:44 | A:284 | 83.0 | 0.519 | H | -63.8 | -44.4 | 83.0 | 0.519 | 0.0 |
HOH |
3.974 |
CB |
O |
||
| 2pfq | 4 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2007-05-15 | ASN | D:44 | A:284 | 66.0 | 0.412 | H | -63.8 | -20.3 | 66.0 | 0.412 | 0.0 |
HOH |
2.500 |
ND2 |
O |
||
| 3hw8 | 1 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2009-08-25 | ASN | A:44 | A:284 | 88.0 | 0.55 | H | -62.3 | -34.3 | 88.0 | 0.55 | 0.0 |
DC HOH |
3.653 3.057 |
ND2 ND2 |
N4 O |
||
| 3hwt | 1 | Q9UGP5 | 99.7 | 0.0 |
X-RAY |
2009-08-25 | ASN | A:44 | A:284 | 59.0 | NA | H | -60.6 | -37.2 | 59.0 | NA | NA |
DA HOH |
6.833 3.453 |
CB CB |
N6 O |
||
| 1rzt | 4 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2004-03-02 | ASN | M:40 | A:284 | 48.0 | 0.3 | H | -61.2 | -51.1 | 48.0 | 0.3 | 0.0 |
HOH |
2.861 |
OD1 |
O |
||
| ASN | N:40 | E:284 | 46.0 | 0.287 | H | -71.2 | -36.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | O:40 | I:284 | 19.0 | 0.119 | H | -71.3 | -37.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | P:40 | M:284 | 18.0 | 0.113 | H | -64.0 | -39.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 4k4g | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2014-07-16 | ASN | A:41 | A:284 | 17.0 | 0.106 | H | -59.7 | -46.3 | 17.0 | 0.106 | 0.0 |
HOH |
4.328 |
CB |
O |
||
| ASN | E:41 | E:284 | 27.0 | 0.169 | H | -66.3 | -37.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | I:41 | I:284 | 13.0 | 0.081 | H | -52.8 | -60.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | M:41 | M:284 | 14.0 | 0.087 | H | -67.9 | -46.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 4k4h | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2014-07-16 | ASN | A:41 | A:284 | 12.0 | 0.075 | H | -55.4 | -44.1 | 12.0 | 0.075 | 0.0 |
HOH |
3.438 |
ND2 |
O |
||
| ASN | E:41 | E:284 | 27.0 | 0.169 | H | -62.1 | -35.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | I:41 | I:284 | 15.0 | 0.094 | H | -55.5 | -64.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | M:41 | M:284 | 19.0 | 0.119 | H | -66.8 | -47.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 4k4i | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2014-07-16 | ASN | A:41 | A:284 | 12.0 | 0.075 | H | -58.2 | -45.2 | 12.0 | 0.075 | 0.0 |
HOH |
4.057 |
CB |
O |
||
| ASN | E:41 | E:284 | 20.0 | 0.125 | H | -64.7 | -32.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | I:41 | I:284 | 15.0 | 0.094 | H | -55.4 | -63.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | M:41 | M:284 | 18.0 | 0.113 | H | -77.1 | -50.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 3hx0 | 1 | Q9UGP5 | 98.8 | 0.0 |
X-RAY |
2009-08-25 | ASN | A:44 | A:284 | 39.0 | 0.244 | H | -57.3 | -38.3 | 39.0 | 0.244 | 0.0 |
DA |
5.193 |
ND2 |
N6 |
||
| ASN | E:44 | F:284 | 39.0 | 0.244 | H | -63.5 | -38.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | I:44 | K:284 | 37.0 | 0.231 | H | -78.9 | -40.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | M:44 | P:284 | 40.0 | 0.25 | H | -69.0 | -43.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 5dkw | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ASN | A:36 | A:284 | 20.0 | 0.125 | H | -62.9 | -45.5 | 20.0 | 0.125 | 0.0 |
HOH |
7.166 |
O |
O |
||
| ASN | B:36 | B:284 | 40.0 | 0.25 | H | -66.6 | -42.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 5cb1 | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ASN | A:35 | A:284 | 104.0 | 0.65 | H | -63.1 | -41.2 | 104.0 | 0.65 | 0.0 | ||||||
| ASN | B:35 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 4x5v | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2015-10-28 | ASN | A:34 | A:284 | 56.0 | 0.35 | H | -82.2 | -32.1 | 56.0 | 0.35 | 0.0 |
HOH |
5.094 |
OD1 |
O |
||
| 4xa5 | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-10 | ASN | A:34 | A:284 | 58.0 | 0.362 | H | -57.3 | -48.8 | 58.0 | 0.362 | 0.0 |
HOH |
6.667 |
ND2 |
O |
||
| 4xus | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-03 | ASN | A:34 | A:284 | 33.0 | 0.206 | H | -67.2 | -44.2 | 33.0 | 0.206 | 0.0 |
HOH |
3.830 |
N |
O |
||
| 5cwr | 1 | Q9UGP5 | 99.69 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | ASN | A:35 | A:284 | 30.0 | 0.188 | H | -59.5 | -43.8 | 30.0 | 0.188 | 0.0 |
HOH |
2.833 |
ND2 |
O |
||
| ASN | D:35 | B:284 | 34.0 | 0.212 | H | -62.9 | -36.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 3mda | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2010-04-28 | ASN | A:34 | A:284 | 54.0 | 0.338 | H | -51.3 | -45.5 | 54.0 | 0.338 | 0.0 |
HOH |
6.792 |
ND2 |
O |
||
| 3mdc | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2010-04-28 | ASN | A:34 | A:284 | 106.0 | 0.662 | H | -60.0 | -51.9 | 106.0 | 0.662 | 0.0 |
DC HOH |
9.674 5.368 |
N ND2 |
C4' O |
||
| 3mgh | 1 | Q9UGP5 | 97.6 | 0.0 |
X-RAY |
2010-05-19 | ASN | A:43 | A:284 | 17.0 | 0.106 | H | -63.2 | -43.9 | 17.0 | 0.106 | 0.0 |
HOH |
5.616 |
ND2 |
O |
||
| ASN | E:43 | C:284 | 18.0 | 0.113 | H | -70.9 | -39.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 3mgi | 1 | Q9UGP5 | 97.6 | 0.0 |
X-RAY |
2010-05-19 | ASN | A:43 | A:284 | 103.0 | 0.644 | H | -81.7 | -47.9 | 103.0 | 0.644 | 0.0 |
HOH |
8.319 |
OD1 |
O |
||
| 3pml | 1 | Q9UGP5 | 97.6 | 0.0 |
X-RAY |
2011-01-26 | ASN | A:43 | A:284 | 25.0 | 0.156 | H | -58.2 | -37.3 | 25.0 | 0.156 | 0.0 |
HOH |
3.847 |
OD1 |
O |
||
| ASN | B:43 | B:284 | 14.0 | 0.087 | H | -66.0 | -44.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 3pmn | 1 | Q9UGP5 | 97.6 | 0.0 |
X-RAY |
2011-02-02 | ASN | A:43 | A:284 | 25.0 | 0.156 | H | -52.9 | -39.3 | 25.0 | 0.156 | 0.0 |
HOH |
3.722 |
CB |
O |
||
| 3pnc | 1 | Q9UGP5 | 97.6 | 0.0 |
X-RAY |
2011-02-02 | ASN | A:43 | A:284 | 25.0 | 0.156 | H | -55.6 | -41.3 | 25.0 | 0.156 | 0.0 |
HOH |
2.694 |
ND2 |
O |
||
| 3upq | 1 | Q9UGP5 | 97.6 | 0.0 |
X-RAY |
2012-05-23 | ASN | A:43 | A:284 | 95.0 | 0.594 | H | -55.8 | -19.1 | 95.0 | 0.594 | 0.0 |
HOH |
7.343 |
ND2 |
O |
||
| 3uq0 | 1 | Q9UGP5 | 97.6 | 0.0 |
X-RAY |
2012-05-23 | ASN | A:43 | A:284 | 92.0 | 0.575 | H | -61.3 | -41.6 | 92.0 | 0.575 | 0.0 |
HOH |
6.648 |
ND2 |
O |
||
| 3uq2 | 1 | Q9UGP5 | 97.31 | 0.0 |
X-RAY |
2012-05-23 | ASN | A:43 | A:284 | 55.0 | 0.344 | H | -52.2 | -53.7 | 55.0 | 0.344 | 0.0 |
HOH |
6.673 |
ND2 |
O |
||
| 4fo6 | 1 | Q9UGP5 | 97.31 | 0.0 |
X-RAY |
2012-07-11 | ASN | A:43 | A:284 | 56.0 | NA | H | -62.2 | -42.5 | 56.0 | NA | NA |
HOH |
7.027 |
O |
O |
||
AlphaFold DB
| Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
| af-q9ugp5-f1 | 1 | Q9UGP5 | 100.0 | 0.0 | ASN | A:284 | A:284 | 22.0 | 0.138 | H | -59.8 | -45.2 | |