Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr10 | 126094075 | . | C | A | CCDS7639.1:NM_000274.3:c.578aGt>aTt_NP_000265.1:p.193S>I | Homo sapiens ornithine aminotransferase (OAT), transcript variant 1, mRNA. |
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
1oat | 1 | P04181 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
1998-04-01 | SER | A:193 | A:193 | 9.0 | 0.078 | H | -80.6 | -34.9 | 6.0 | 0.052 | 0.026 |
B:P04181:0.026 |
HOH |
2.758 |
O |
O |
|
SER | B:193 | B:193 | 9.0 | 0.078 | H | -82.9 | -32.0 | 5.0 | 0.043 | 0.035 |
A:P04181:0.035 |
HOH |
2.725 |
O |
O |
||||||||
SER | C:193 | C:193 | 9.0 | 0.078 | H | -78.3 | -33.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
2oat | 1 | P04181 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
1998-12-09 | SER | A:193 | A:193 | 3.0 | 0.026 | H | -78.7 | -42.7 | NA | NA | NA | ||||||
SER | B:193 | B:193 | 3.0 | 0.026 | H | -78.2 | -45.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | C:193 | C:193 | 4.0 | 0.035 | H | -75.2 | -42.0 | 4.0 | 0.035 | 0.0 |
PFM PFM HOH |
7.926 7.926 2.494 |
OG OG OG |
OB OB O |
|||||||||
2byj | 1 | P04181 | 99.77 | 0.0 |
X-RAY |
2005-09-07 | SER | A:193 | A:193 | 3.0 | 0.026 | H | -74.9 | -42.0 | 2.0 | 0.017 | 0.009 |
B:P04181:0.009 |
HOH |
3.558 |
OG |
O |
|
SER | B:193 | B:193 | 3.0 | 0.026 | H | -74.4 | -41.5 | 2.0 | 0.017 | 0.009 |
A:P04181:0.009 |
HOH |
3.330 |
OG |
O |
||||||||
SER | C:193 | C:193 | 2.0 | 0.017 | H | -76.0 | -41.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
2byl | 1 | P04181 | 99.32 | 0.0 |
X-RAY |
2005-09-07 | SER | A:193 | A:193 | 4.0 | 0.035 | H | -76.7 | -37.9 | 0.0 | 0.0 | 0.035 |
B:P04181:0.035 |
HOH |
2.728 |
O |
O |
|
SER | B:193 | B:193 | 9.0 | 0.078 | H | -80.0 | -31.3 | 5.0 | 0.043 | 0.035 |
A:P04181:0.035 |
HOH |
2.595 |
O |
O |
||||||||
SER | C:193 | C:193 | 3.0 | 0.026 | H | -76.2 | -38.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6hx7 | 1 | P04181 | 99.76 | 0.0 |
X-RAY |
2019-06-05 | SER | A:169 | A:193 | 27.0 | 0.235 | H | -80.9 | -42.4 | 16.0 | 0.139 | 0.096 |
A:P04181:0.096 |
HOH |
2.585 |
O |
O |
|
SER | B:169 | B:193 | 30.0 | 0.261 | H | -75.0 | -44.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | C:169 | C:193 | 24.0 | 0.209 | H | -87.7 | -41.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
5vwo | 1 | P04181 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2017-08-30 | SER | A:158 | A:193 | 3.0 | 0.026 | H | -76.9 | -39.0 | 3.0 | 0.026 | 0.0 |
9QJ HOH |
5.461 2.569 |
OG OG |
O2F O |
||
SER | B:158 | B:193 | 3.0 | 0.026 | H | -75.2 | -39.9 | 2.0 | 0.017 | 0.009 |
A:P04181:0.009 |
9QJ HOH |
5.444 2.635 |
OG O |
O1F O |
||||||||
SER | C:158 | C:193 | 4.0 | 0.035 | H | -80.4 | -37.1 | 4.0 | 0.035 | 0.0 |
9QJ HOH |
5.289 2.647 |
OG O |
O2F O |
|||||||||
6oia | 1 | P04181 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2019-09-18 | SER | A:158 | A:193 | 5.0 | 0.043 | H | -75.9 | -39.3 | 4.0 | 0.035 | 0.008 |
B:P04181:0.009 |
HOH |
2.735 |
O |
O |
|
SER | B:158 | B:193 | 5.0 | 0.043 | H | -76.3 | -41.3 | 4.0 | 0.035 | 0.008 |
A:P04181:0.009 |
MQ4 HOH |
8.756 2.599 |
OG OG |
O11 O |
||||||||
SER | C:158 | C:193 | 3.0 | 0.026 | H | -78.5 | -40.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6v8c | 1 | P04181 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2020-12-16 | SER | A:158 | A:193 | 3.0 | 0.026 | H | -79.2 | -41.9 | 2.0 | 0.017 | 0.009 |
A:P04181:0.009 |
QRM HOH |
9.550 2.651 |
OG O |
O9 O |
|
SER | B:158 | B:193 | 4.0 | 0.035 | H | -77.2 | -40.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | C:158 | C:193 | 3.0 | 0.026 | H | -78.9 | -41.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6v8d | 1 | P04181 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2020-12-16 | SER | A:158 | A:193 | 3.0 | 0.026 | H | -82.2 | -35.8 | 1.0 | 0.009 | 0.017 |
B:P04181:0.017 |
O78 HOH |
7.977 2.844 |
OG O |
C7 O |
|
SER | B:158 | B:193 | 2.0 | 0.017 | H | -82.0 | -36.2 | 2.0 | 0.017 | 0.0 |
O78 HOH |
8.054 3.853 |
OG OG |
C7 O |
|||||||||
SER | C:158 | C:193 | 9.0 | 0.078 | H | -84.2 | -35.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
7jx9 | 1 | P04181 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2021-01-06 | SER | A:158 | A:193 | 2.0 | 0.017 | H | -76.4 | -42.4 | 1.0 | 0.009 | 0.008 |
A:P04181:0.009 |
IF1 HOH |
8.143 2.609 |
OG O |
F29 O |
|
SER | B:158 | B:193 | 3.0 | 0.026 | H | -78.3 | -41.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | C:158 | C:193 | 4.0 | 0.035 | H | -75.3 | -44.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
7lnm | 1 | P04181 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2021-08-25 | SER | A:158 | B:193 | 2.0 | 0.017 | H | -75.8 | -44.5 | 1.0 | 0.009 | 0.008 |
B:P04181:0.009 |
Y7S HOH |
8.770 2.586 |
OG O |
O19 O |
|
SER | B:158 | C:193 | 4.0 | 0.035 | H | -79.7 | -41.3 | 2.0 | 0.017 | 0.018 |
A:P04181:0.017 |
Y7S HOH |
9.020 2.607 |
OG O |
O20 O |
||||||||
SER | C:158 | E:193 | 3.0 | 0.026 | H | -75.9 | -44.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | D:158 | F:193 | 2.0 | 0.017 | H | -76.4 | -42.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | E:158 | I:193 | 3.0 | 0.026 | H | -79.4 | -42.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | F:158 | J:193 | 2.0 | 0.017 | H | -79.3 | -43.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
7lom | 1 | P04181 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2021-08-25 | SER | A:158 | A:193 | 2.0 | 0.017 | H | -84.4 | -39.6 | 2.0 | 0.017 | 0.0 |
HOH |
2.618 |
OG |
O |
||
SER | B:158 | B:193 | 4.0 | 0.035 | H | -93.8 | -31.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | C:158 | C:193 | 3.0 | 0.026 | H | -77.4 | -44.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
7lon | 1 | P04181 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2021-08-25 | SER | A:158 | B:193 | 5.0 | 0.043 | H | -78.6 | -33.9 | 3.0 | 0.026 | 0.017 |
A:P04181:0.017 |
7QP HOH |
8.890 2.561 |
CB O |
O05 O |
|
SER | B:158 | A:193 | 4.0 | 0.035 | H | -78.7 | -40.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | C:158 | C:193 | 4.0 | 0.035 | H | -77.4 | -41.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1gbn | 1 | P04181 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
1998-06-03 | SER | A:156 | A:193 | 2.0 | 0.017 | H | -88.5 | -39.8 | 2.0 | 0.017 | 0.0 |
GAB PLP HOH |
9.431 9.815 2.443 |
HG HG HG |
O1' C4A O |
||
SER | B:156 | B:193 | 3.0 | 0.026 | H | -89.4 | -38.3 | 2.0 | 0.017 | 0.009 |
A:P04181:0.009 |
GBC PLP HOH |
9.489 9.894 2.412 |
HG HG HG |
O2 C4A O |
||||||||
SER | C:156 | C:193 | 2.0 | 0.017 | H | -89.5 | -39.5 | 2.0 | 0.017 | 0.0 |
GBC PLP HOH |
9.457 9.830 2.610 |
HG HG OG |
O1 C4A O |
|||||||||
2can | 1 | P04181 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
1998-06-03 | SER | A:156 | A:193 | 3.0 | 0.026 | H | -94.3 | -26.5 | 2.0 | 0.017 | 0.009 |
B:P04181:0.009 |
CAN HOH |
8.227 2.625 |
CB O |
OXT O |
|
SER | B:156 | B:193 | 4.0 | 0.035 | H | -93.7 | -26.6 | 2.0 | 0.017 | 0.018 |
A:P04181:0.017 |
CAN HOH |
8.272 2.825 |
CB O |
O O |
||||||||
SER | C:156 | C:193 | 3.0 | 0.026 | H | -94.3 | -26.3 | NA | NA | NA |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-p04181-f1 | 1 | P04181 | 100.0 | 0.0 | SER | A:193 | A:193 | 6.0 | 0.052 | H | -85.7 | -34.6 |