Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr10 | 81109472 | . | C | A | CCDS7358.1:NM_005729.3:c.278tCc>tAc_NP_005720.1:p.93S>Y | Homo sapiens peptidylprolyl isomerase F (PPIF), mRNA. |
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
2bit | 1 | P30405 | 99.39 | 3e-120 |
X-RAY |
2005-01-26 | SER | A:51 | X:51 | 1.0 | 0.009 | -86.5 | 178.4 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
HOH |
2.505 |
OG |
O |
|||
2biu | 1 | P30405 | 99.39 | 3e-120 |
X-RAY |
2005-01-26 | SER | A:51 | X:51 | 1.0 | 0.009 | -88.4 | -179.0 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
HOH |
2.682 |
OG |
O |
|||
4o8h | 1 | P30405 | 99.39 | 3e-120 |
X-RAY |
2014-06-11 | SER | A:51 | A:51 | 2.0 | 0.017 | -93.7 | -178.3 | 2.0 | 0.017 | 0.0 |
HOH |
2.636 |
OG |
O |
|||
4o8i | 1 | P30405 | 99.39 | 3e-120 |
X-RAY |
2014-06-11 | SER | A:51 | A:51 | 1.0 | 0.009 | -85.7 | 173.1 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
HOH |
2.316 |
OG |
O |
|||
5a0e | 1 | P30405 | 99.39 | 3e-120 |
X-RAY |
2015-12-30 | SER | A:51 | A:51 | 1.0 | 0.009 | -90.9 | 171.8 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
HOH |
3.485 |
N |
O |
|||
SER | B:51 | B:51 | 1.0 | 0.009 | -88.7 | 172.8 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
3r49 | 1 | P30405 | 99.39 | 3e-120 |
X-RAY |
2012-03-21 | SER | A:52 | A:93 | 1.0 | 0.009 | -92.0 | 175.0 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
HOH |
2.501 |
OG |
O |
|||
3r4g | 1 | P30405 | 99.39 | 3e-120 |
X-RAY |
2012-03-21 | SER | A:52 | A:93 | 1.0 | 0.009 | -88.6 | -179.8 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
HOH |
2.598 |
OG |
O |
|||
3r54 | 1 | P30405 | 99.39 | 3e-120 |
X-RAY |
2012-03-21 | SER | A:52 | A:93 | 0.0 | 0.0 | -88.5 | -178.1 | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
HOH |
2.638 |
OG |
O |
|||
3r56 | 1 | P30405 | 99.39 | 3e-120 |
X-RAY |
2012-03-21 | SER | A:52 | A:93 | 1.0 | 0.009 | -85.8 | 174.9 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
HOH |
2.518 |
OG |
O |
|||
3r57 | 1 | P30405 | 99.39 | 3e-120 |
X-RAY |
2012-03-21 | SER | A:52 | A:93 | 2.0 | 0.017 | -84.4 | -178.5 | 2.0 | 0.017 | 0.0 |
HOH |
2.592 |
OG |
O |
|||
3r59 | 1 | P30405 | 99.39 | 3e-120 |
X-RAY |
2012-03-21 | SER | A:52 | A:93 | 0.0 | 0.0 | -87.8 | 177.4 | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
HOH |
2.498 |
OG |
O |
|||
3rcf | 1 | P30405 | 99.39 | 3e-120 |
X-RAY |
2012-03-21 | SER | A:52 | A:93 | 1.0 | 0.009 | -88.7 | -178.3 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
HOH |
2.602 |
OG |
O |
|||
3rcg | 1 | P30405 | 99.39 | 3e-120 |
X-RAY |
2012-03-21 | SER | A:52 | A:93 | 0.0 | 0.0 | -92.0 | -177.8 | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
HOH |
2.144 |
HB3 |
H2 |
|||
3rci | 1 | P30405 | 99.39 | 3e-120 |
X-RAY |
2012-03-21 | SER | A:52 | X:93 | 1.0 | 0.009 | -90.6 | -178.4 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
HOH |
2.672 |
OG |
O |
|||
3rck | 1 | P30405 | 99.39 | 3e-120 |
X-RAY |
2012-03-21 | SER | A:52 | X:93 | 1.0 | 0.009 | -92.3 | -180.0 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
HOH |
2.644 |
OG |
O |
|||
3rcl | 1 | P30405 | 99.39 | 3e-120 |
X-RAY |
2012-03-21 | SER | A:52 | A:93 | 1.0 | 0.009 | -88.0 | -179.9 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
HOH |
2.605 |
OG |
O |
|||
3rd9 | 1 | P30405 | 99.39 | 3e-120 |
X-RAY |
2012-03-21 | SER | A:52 | X:93 | 0.0 | 0.0 | -88.6 | -179.3 | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
HOH |
2.609 |
OG |
O |
|||
3rda | 1 | P30405 | 99.39 | 3e-120 |
X-RAY |
2012-03-21 | SER | A:52 | X:93 | 1.0 | 0.009 | -91.0 | -179.0 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
MIO MIO HOH |
7.327 6.722 2.638 |
OG N OG |
NAD CAA O |
|||
3rdb | 1 | P30405 | 99.39 | 3e-120 |
X-RAY |
2012-03-21 | SER | A:52 | A:93 | 1.0 | 0.009 | -85.1 | 177.5 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
HOH |
2.528 |
OG |
O |
|||
3rdc | 1 | P30405 | 99.39 | 3e-120 |
X-RAY |
2012-03-21 | SER | A:52 | A:93 | 1.0 | 0.009 | -82.8 | 172.3 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
HOH |
3.519 |
N |
O |
|||
2z6w | 1 | P30405 | 99.39 | 1e-119 |
X-RAY |
2008-04-29 | SER | A:51 | A:51 | 1.0 | 0.009 | -85.1 | 178.9 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
CIT HOH |
3.565 2.567 |
CA OG |
O2 O |
|||
SER | B:51 | B:51 | 0.0 | 0.0 | -90.9 | 162.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
5cbt | 1 | P30405 | 99.39 | 1e-119 |
X-RAY |
2016-07-20 | SER | A:51 | A:51 | 1.0 | 0.009 | -91.6 | 179.6 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
FMT HOH |
9.115 2.647 |
N OG |
O2 O |
|||
5cbu | 1 | P30405 | 99.39 | 1e-119 |
X-RAY |
2016-07-20 | SER | A:51 | A:51 | 2.0 | 0.017 | -93.2 | -175.9 | 2.0 | 0.017 | 0.0 |
EDO 4ZM HOH |
4.985 7.469 2.651 |
N C OG |
O2 C5 O |
|||
5cbv | 1 | P30405 | 99.39 | 1e-119 |
X-RAY |
2016-07-20 | SER | A:51 | A:51 | 2.0 | 0.017 | -95.4 | -176.7 | 2.0 | 0.017 | 0.0 |
FMT HOH |
9.012 2.675 |
N OG |
O2 O |
|||
5cbw | 1 | P30405 | 99.39 | 1e-119 |
X-RAY |
2016-07-20 | SER | A:51 | A:51 | 2.0 | 0.017 | -97.7 | -176.7 | 2.0 | 0.017 | 0.0 |
FMT HOH |
8.944 2.627 |
N OG |
O2 O |
|||
5ccr | 1 | P30405 | 99.39 | 1e-119 |
X-RAY |
2016-07-20 | SER | A:51 | A:51 | 2.0 | 0.017 | -95.0 | -179.8 | 2.0 | 0.017 | 0.0 |
FMT PEG HOH |
9.026 5.426 2.667 |
N CA OG |
O2 O4 O |
|||
6y3e | 1 | P30405 | 99.39 | 1e-119 |
X-RAY |
2020-03-04 | SER | A:51 | A:51 | 1.0 | 0.009 | -97.8 | -178.1 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
12P HOH |
5.210 2.582 |
CA OG |
C5 O |
|||
6ybm | 1 | P30405 | 99.39 | 1e-119 |
X-RAY |
2020-04-15 | SER | A:51 | A:51 | 0.0 | 0.0 | -96.7 | -179.6 | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
HOH |
2.553 |
OG |
O |
|||
SER | B:51 | B:51 | 1.0 | 0.009 | -82.0 | 171.8 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
HOH |
2.338 |
OG |
O |
||||||||||
SER | C:51 | C:51 | 2.0 | 0.017 | -93.6 | -173.9 | 1.0 | 0.009 | 0.008 |
B:P30405:0.009 |
HOH |
2.392 |
OG |
O |
|||||||||
3qyu | 1 | P30405 | 99.39 | 2e-119 |
X-RAY |
2011-08-24 | SER | A:50 | A:93 | 2.0 | 0.017 | -88.7 | 173.1 | 2.0 | 0.017 | 0.0 |
HOH |
2.375 |
OG |
O |
|||
4j58 | 1 | P30405 | 99.39 | 2e-119 |
X-RAY |
2014-02-19 | SER | A:50 | A:93 | 1.0 | 0.009 | -85.4 | 171.0 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
HOH |
2.317 |
OG |
O |
|||
4j59 | 1 | P30405 | 99.39 | 2e-119 |
X-RAY |
2014-02-19 | SER | A:50 | A:93 | 0.0 | 0.0 | -81.6 | 176.9 | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
HOH |
3.578 |
CB |
O |
|||
4j5a | 1 | P30405 | 99.39 | 2e-119 |
X-RAY |
2014-02-19 | SER | A:50 | X:93 | 1.0 | 0.009 | -88.9 | 174.2 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
HOH |
2.356 |
OG |
O |
|||
4j5b | 1 | P30405 | 99.39 | 2e-119 |
X-RAY |
2014-02-19 | SER | A:50 | A:93 | 1.0 | 0.009 | -90.9 | 178.5 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
HOH |
2.420 |
OG |
O |
|||
4j5c | 1 | P30405 | 99.39 | 2e-119 |
X-RAY |
2014-02-19 | SER | A:50 | X:93 | 0.0 | 0.0 | -89.6 | 176.1 | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
HOH |
2.443 |
OG |
O |
|||
4j5d | 1 | P30405 | 99.39 | 2e-119 |
X-RAY |
2014-02-19 | SER | A:50 | X:93 | 0.0 | 0.0 | -83.9 | 171.9 | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
HOH |
2.289 |
OG |
O |
|||
4j5e | 1 | P30405 | 99.39 | 2e-119 |
X-RAY |
2014-02-19 | SER | A:50 | X:93 | 0.0 | 0.0 | -88.6 | 173.5 | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
HOH |
2.421 |
OG |
O |
|||
4xnc | 1 | P30405 | 99.39 | 2e-119 |
X-RAY |
2015-08-12 | SER | A:50 | A:93 | 1.0 | 0.009 | -88.9 | 173.4 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
HOH |
3.716 |
CB |
O |
|||
4zsc | 1 | P30405 | 99.39 | 2e-119 |
X-RAY |
2015-08-12 | SER | A:50 | A:93 | 2.0 | 0.017 | -84.1 | 169.5 | 2.0 | 0.017 | 0.0 |
HOH |
3.642 |
CA |
O |
|||
4zsd | 1 | P30405 | 99.39 | 2e-119 |
X-RAY |
2015-08-12 | SER | A:50 | A:93 | 2.0 | 0.017 | -88.5 | 175.9 | 2.0 | 0.017 | 0.0 |
HOH |
2.450 |
OG |
O |
|||
5ccn | 1 | P30405 | 99.39 | 2e-119 |
X-RAY |
2016-07-20 | SER | A:50 | A:51 | 2.0 | 0.017 | -95.7 | -177.3 | 2.0 | 0.017 | 0.0 |
FMT HOH |
9.060 2.759 |
N OG |
O2 O |
|||
5ccq | 1 | P30405 | 99.39 | 2e-119 |
X-RAY |
2016-07-20 | SER | A:50 | A:51 | 2.0 | 0.017 | -91.6 | -179.9 | 2.0 | 0.017 | 0.0 |
FMT HOH |
9.011 2.565 |
N OG |
O2 O |
|||
6r8l | 1 | P30405 | 99.39 | 2e-119 |
X-RAY |
2019-11-27 | SER | A:50 | A:93 | 1.0 | 0.009 | -96.9 | 174.1 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
HOH |
2.666 |
OG |
O |
|||
6r8o | 1 | P30405 | 99.39 | 2e-119 |
X-RAY |
2019-11-27 | SER | A:50 | A:93 | 1.0 | 0.009 | -102.1 | 177.3 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
HOH |
2.548 |
OG |
O |
|||
6r8w | 1 | P30405 | 99.39 | 2e-119 |
X-RAY |
2019-11-27 | SER | A:50 | A:93 | 1.0 | 0.009 | -98.5 | 178.0 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
HOH |
2.617 |
OG |
O |
|||
6r9s | 1 | P30405 | 99.39 | 2e-119 |
X-RAY |
2019-11-27 | SER | A:50 | A:93 | 1.0 | 0.009 | -96.0 | -179.8 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
HOH |
2.589 |
OG |
O |
|||
6r9u | 1 | P30405 | 99.39 | 2e-119 |
X-RAY |
2019-11-27 | SER | A:50 | A:93 | 1.0 | 0.009 | -93.9 | 179.0 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
PGE HOH |
5.218 2.587 |
N OG |
C4 O |
|||
6r9x | 1 | P30405 | 99.39 | 2e-119 |
X-RAY |
2019-11-27 | SER | A:50 | A:93 | 1.0 | 0.009 | -80.3 | 172.3 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
HOH |
2.587 |
OG |
O |
|||
6ra1 | 1 | P30405 | 99.39 | 2e-119 |
X-RAY |
2019-11-27 | SER | A:50 | A:93 | 1.0 | 0.009 | -93.2 | 176.5 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
HOH |
2.645 |
OG |
O |
|||
5ccs | 1 | P30405 | 98.78 | 3e-119 |
X-RAY |
2016-07-20 | SER | A:51 | X:51 | 1.0 | 0.009 | -92.5 | 177.0 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
HOH |
3.279 |
CB |
O |
|||
4tot | 1 | P29117 | 96.32 | 7e-116 |
X-RAY |
2014-11-12 | SER | A:51 | A:51 | 1.0 | 0.009 | -88.9 | 175.5 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
HOH |
2.671 |
OG |
O |
|||
SER | B:51 | B:51 | 1.0 | 0.009 | -86.5 | 177.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
SER | C:51 | C:51 | 1.0 | 0.009 | -88.0 | -176.9 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
SER | D:51 | D:51 | 1.0 | 0.009 | -87.3 | -176.8 | NA | NA | NA |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-p30405-f1 | 1 | P30405 | 100.0 | 5e-154 | SER | A:93 | A:93 | 0.0 | 0.0 | -73.4 | 167.7 |