Variant
| Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr10 | 98092286 | . | G | A | CCDS7447.1:NM_004088.3:c.1292cGt>cAt_NP_004079.3:p.431R>H | Homo sapiens DNA nucleotidylexotransferase (DNTT), transcript variant 1, mRNA. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
|
PDB
| Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
| 1jms | 1 | P09838 | 81.27 | 0.0 |
X-RAY |
2002-01-23 | ARG | A:303 | A:432 | 32.0 | 0.142 | E | -77.8 | 131.1 | 32.0 | 0.142 | 0.0 |
MG NA HOH |
4.587 8.204 2.860 |
NH2 NE N |
MG NA O |
||
| 4iqt | 1 | P09838 | 81.27 | 0.0 |
X-RAY |
2013-09-04 | ARG | A:303 | A:432 | 30.0 | 0.133 | E | -79.0 | 124.3 | 30.0 | 0.133 | 0.0 |
1FO HOH |
7.385 2.894 |
O N |
FAF O |
||
| 4iqu | 1 | P09838 | 81.27 | 0.0 |
X-RAY |
2013-09-04 | ARG | A:303 | A:432 | 29.0 | 0.129 | E | -76.8 | 124.3 | 29.0 | 0.129 | 0.0 |
NA 1FQ HOH |
8.364 7.753 2.703 |
NE NH2 N |
NA OAC O |
||
| 4i27 | 1 | P09838 | 81.27 | 0.0 |
X-RAY |
2013-07-24 | ARG | A:322 | A:432 | 22.0 | 0.098 | E | -74.2 | 125.8 | 22.0 | 0.098 | 0.0 |
DA DA 2DT MG D3T NA HOH |
8.591 3.154 3.074 7.391 7.046 8.404 2.680 |
NE NH2 NH2 O NH2 NE N |
O3' O3' OP1 MG O1A NA O |
||
| 4i28 | 1 | P09838 | 81.27 | 0.0 |
X-RAY |
2013-07-24 | ARG | A:322 | A:432 | 19.0 | 0.084 | E | -76.5 | 127.4 | 19.0 | 0.084 | 0.0 |
DA DA DA DA NA ZN MG HOH |
8.822 3.397 2.914 5.831 8.640 4.521 7.456 2.791 |
NE NH2 NH2 NH2 NE NH2 O NE |
O3' O3' OP1 OP1 NA ZN MG O |
||
| 4i29 | 1 | P09838 | 81.27 | 0.0 |
X-RAY |
2013-07-24 | ARG | A:322 | A:432 | 35.0 | 0.156 | E | -78.5 | 127.2 | 35.0 | 0.156 | 0.0 |
DA 8BA DA DA NA MN MN HOH |
9.190 3.545 3.020 6.330 8.719 4.525 7.359 2.785 |
NH2 NH2 NH2 NH2 NE NH2 O NE |
O3' O3' OP1 OP1 NA MN MN O |
||
| 4i2a | 1 | P09838 | 81.27 | 0.0 |
X-RAY |
2013-07-24 | ARG | A:322 | A:432 | 29.0 | 0.129 | E | -77.8 | 125.4 | 29.0 | 0.129 | 0.0 |
BRU DA DA MG NA HOH |
8.645 3.203 3.177 7.956 8.555 2.795 |
NH2 NH2 NH2 O NE N |
O3' O3' OP1 MG NA O |
||
| 4i2b | 1 | P09838 | 81.27 | 0.0 |
X-RAY |
2013-07-24 | ARG | A:322 | A:432 | 31.0 | 0.138 | E | -75.1 | 128.2 | 31.0 | 0.138 | 0.0 |
DA DA NA MG APC MG HOH |
8.812 2.598 8.573 7.481 6.460 4.780 2.812 |
NH2 NH2 NE O NH2 NH2 N |
O3' O3' NA MG O2A MG O |
||
| 4i2c | 1 | P09838 | 81.27 | 0.0 |
X-RAY |
2013-07-24 | ARG | A:322 | A:432 | 18.0 | 0.08 | E | -77.4 | 126.7 | 18.0 | 0.08 | 0.0 |
DA DA NA APC MN MN HOH |
8.655 3.375 8.690 4.442 4.724 7.334 2.807 |
NH2 NH2 NE NH2 NH2 O NE |
C2' O3' NA N6 MN MN O |
||
| 4i2d | 1 | P09838 | 81.27 | 0.0 |
X-RAY |
2013-07-24 | ARG | A:322 | A:432 | 32.0 | 0.142 | E | -77.4 | 128.1 | 32.0 | 0.142 | 0.0 |
MG NA APC ZN HOH |
7.484 8.559 6.618 4.852 2.760 |
O NE NH2 NH2 NE |
MG NA O1A ZN O |
||
| 4i2e | 1 | P09838 | 81.27 | 0.0 |
X-RAY |
2013-07-24 | ARG | A:322 | A:432 | 31.0 | 0.138 | E | -74.3 | 125.1 | 31.0 | 0.138 | 0.0 |
DA DA CO NA APC CO HOH |
8.692 2.996 7.222 8.718 4.275 4.689 2.663 |
NH2 NH2 O NE NH2 NH2 N |
O3' O3' CO NA N6 CO O |
||
| 4i2f | 1 | P09838 | 81.27 | 0.0 |
X-RAY |
2013-07-24 | ARG | A:322 | A:432 | 18.0 | 0.08 | E | -77.4 | 129.3 | 18.0 | 0.08 | 0.0 |
DA DA DA DA MG NA ZN HOH |
8.594 3.378 3.108 5.719 7.967 8.592 4.629 2.808 |
NH2 NH2 NH2 NH2 O NE NH2 N |
C2' O3' OP1 OP1 MG NA ZN O |
||
| 4i2g | 1 | P09838 | 81.27 | 0.0 |
X-RAY |
2013-07-24 | ARG | A:322 | A:432 | 32.0 | 0.142 | E | -79.2 | 125.8 | 32.0 | 0.142 | 0.0 |
DA DA DA DA CO NA MG HOH |
8.687 3.634 3.997 6.073 4.804 8.497 7.640 2.776 |
NH2 NH2 NH2 NH2 NH2 NE O N |
O3' O3' O5' OP1 CO NA MG O |
||
| 4i2h | 1 | P09838 | 81.27 | 0.0 |
X-RAY |
2013-07-24 | ARG | A:322 | A:432 | 33.0 | 0.147 | E | -79.5 | 125.6 | 33.0 | 0.147 | 0.0 |
DA DA MG NA ZN APC HOH |
8.586 5.418 7.867 8.589 4.758 6.234 2.922 |
NH2 NH2 O NE NH2 NH2 N |
O3' C5' MG NA ZN O1A O |
||
| 4i2i | 1 | P09838 | 81.27 | 0.0 |
X-RAY |
2013-07-24 | ARG | A:322 | A:432 | 34.0 | 0.151 | E | -75.6 | 127.4 | 34.0 | 0.151 | 0.0 |
AP5 ZN MG HOH |
4.167 4.751 7.255 2.804 |
NH2 NH2 O N |
N6B ZN MG O |
||
| 4i2j | 1 | P09838 | 81.27 | 0.0 |
X-RAY |
2013-07-24 | ARG | A:322 | A:432 | 33.0 | 0.147 | E | -79.8 | 126.1 | 33.0 | 0.147 | 0.0 |
DCP ZN ZN HOH |
6.661 4.774 7.145 3.004 |
NH2 NH2 O NE |
O2A ZN ZN O |
||
| 4qz8 | 1 | P09838 | 81.27 | 0.0 |
X-RAY |
2015-06-10 | ARG | A:322 | A:432 | 21.0 | 0.093 | E | -76.5 | 123.0 | 21.0 | 0.093 | 0.0 |
DA DA DC MG NA DCT HOH |
8.755 3.297 2.941 7.176 8.846 6.830 7.144 |
NH2 NH2 NH2 O NE NH2 O |
O3' O3' OP1 MG NA O2A O |
||
| 4qz9 | 1 | P09838 | 81.27 | 0.0 |
X-RAY |
2015-06-10 | ARG | A:322 | A:432 | 20.0 | 0.089 | E | -76.8 | 125.1 | 20.0 | 0.089 | 0.0 |
DA DA DC MG MG NA DCT HOH |
8.752 3.350 3.128 7.201 4.695 8.803 6.814 2.787 |
NE NH2 NH2 O NH2 NE NH2 N |
O3' O3' OP1 MG MG NA O2A O |
||
| 4qza | 1 | P09838 | 81.27 | 0.0 |
X-RAY |
2015-06-10 | ARG | A:322 | A:432 | 20.0 | 0.089 | E | -76.7 | 124.9 | 20.0 | 0.089 | 0.0 |
DA DA DC MG MG NA DCT HOH |
8.773 3.256 2.900 7.374 4.799 8.860 6.824 2.804 |
NH2 NH2 NH2 O NH2 NE NH2 N |
O3' O3' OP1 MG MG NA O2A O |
||
| 4qzb | 1 | P09838 | 81.27 | 0.0 |
X-RAY |
2015-06-10 | ARG | A:322 | A:432 | 20.0 | 0.089 | E | -76.9 | 124.2 | 20.0 | 0.089 | 0.0 |
DA DA DC MG NA DCT HOH |
8.799 3.332 3.030 7.444 8.863 6.894 2.802 |
NH2 NH2 NH2 O NE NH2 N |
O3' O3' OP1 MG NA O2A O |
||
| 5d46 | 1 | Q3UZ80 | 81.27 | 0.0 |
X-RAY |
2016-07-27 | ARG | A:322 | A:432 | 31.0 | 0.138 | E | -77.4 | 118.4 | 31.0 | 0.138 | 0.0 |
DT DT DG DC MG NA POP HOH |
8.822 3.728 2.749 6.650 6.728 8.618 7.984 7.952 |
NH2 NH2 NH2 NH2 O NE O NH2 |
O3' O3' OP1 OP1 MG NA O5 O |
||
| 5d49 | 1 | Q3UZ80 | 81.27 | 0.0 |
X-RAY |
2016-07-27 | ARG | A:322 | A:432 | 31.0 | 0.138 | E | -73.2 | 127.8 | 31.0 | 0.138 | 0.0 |
DT DG DG DC MG NA SO4 HOH |
8.897 3.388 2.930 6.665 7.433 8.694 9.499 2.808 |
NH2 NH2 NH2 NH2 O NE O N |
O3' O3' OP1 OP1 MG NA O4 O |
||
| 5d4b | 1 | Q3UZ80 | 81.27 | 0.0 |
X-RAY |
2016-07-27 | ARG | A:322 | A:432 | 31.0 | 0.138 | E | -77.6 | 120.2 | 31.0 | 0.138 | 0.0 |
DA DA DA DC MG NA SO4 HOH |
8.929 3.450 3.047 6.828 7.199 8.698 9.391 2.811 |
NH2 NH2 NH2 NH2 O NE O N |
O3' O3' OP1 OP1 MG NA O2 O |
||
| ARG | B:322 | B:432 | 30.0 | 0.133 | E | -77.3 | 122.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 4iqw | 1 | P09838 | 81.0 | 0.0 |
X-RAY |
2013-09-04 | ARG | A:303 | A:432 | 28.0 | 0.124 | E | -78.1 | 124.7 | 28.0 | 0.124 | 0.0 |
DC DC NA 1FQ HOH |
8.563 3.491 8.278 7.585 2.792 |
NH2 NH2 NE NH2 N |
O3' O3' NA OAC O |
||
| 4iqv | 1 | P09838 | 81.0 | 0.0 |
X-RAY |
2013-09-04 | ARG | A:303 | A:432 | 29.0 | 0.129 | E | -76.7 | 124.6 | 29.0 | 0.129 | 0.0 |
DC DC NA 1FO HOH |
8.795 3.447 8.519 7.365 2.694 |
NH2 NH2 NE O N |
O3' O3' NA CAK O |
||
| 4qzc | 1 | P09838 | 81.0 | 0.0 |
X-RAY |
2015-06-10 | ARG | A:322 | A:432 | 28.0 | 0.124 | E | -76.2 | 124.3 | 28.0 | 0.124 | 0.0 |
DA DA DC MG MG NA DCT HOH |
8.009 3.712 3.650 6.947 5.006 7.838 6.612 4.496 |
NH2 NH2 NH2 O NH2 NE NH2 N |
O3' O3' OP1 MG MG NA O2A O |
||
| 4qzd | 1 | P09838 | 81.0 | 0.0 |
X-RAY |
2015-06-10 | ARG | A:322 | A:432 | 31.0 | 0.138 | E | -76.8 | 125.9 | 31.0 | 0.138 | 0.0 |
DA DA DC MG MG NA DCT HOH |
7.985 3.611 2.947 7.050 4.596 8.374 6.601 5.706 |
NH2 NH2 NH2 O NH2 NE NH2 NH2 |
O3' O3' OP1 MG MG NA O2A O |
||
| 4qze | 1 | P09838 | 81.0 | 0.0 |
X-RAY |
2015-06-10 | ARG | A:322 | A:432 | 20.0 | 0.089 | E | -75.6 | 125.2 | 20.0 | 0.089 | 0.0 |
DA DA DC MG MG NA DCT HOH |
8.710 3.313 2.971 7.258 4.789 8.883 6.553 2.899 |
NE NH2 NH2 O NH2 NE NH2 NE |
O3' O3' OP1 MG MG NA O2A O |
||
| 4qzf | 1 | P09838 | 81.0 | 0.0 |
X-RAY |
2015-06-10 | ARG | A:322 | A:432 | 23.0 | 0.102 | E | -76.1 | 125.5 | 23.0 | 0.102 | 0.0 |
DA DA DC MG MG NA DCT HOH |
8.460 3.148 3.170 6.873 4.334 8.192 6.785 6.199 |
NH2 NH2 NH2 O NH2 NE NH2 CG |
O3' O3' OP1 MG MG NA O2A O |
||
| 4qzg | 1 | P09838 | 81.0 | 0.0 |
X-RAY |
2015-06-10 | ARG | A:322 | A:432 | 19.0 | 0.084 | E | -75.6 | 124.6 | 19.0 | 0.084 | 0.0 |
DA DA DC MG MG NA DCT HOH |
8.369 3.198 2.906 7.112 5.130 8.223 6.845 2.943 |
NE NH2 NH2 O NH2 NE NH2 NE |
O3' O3' OP1 MG MG NA O2A O |
||
| 4qzh | 1 | P09838 | 81.0 | 0.0 |
X-RAY |
2015-06-10 | ARG | A:322 | A:432 | 17.0 | 0.076 | E | -76.6 | 125.9 | 17.0 | 0.076 | 0.0 |
DA DA DC MG MG NA DCT HOH |
8.479 3.157 3.116 4.619 7.060 8.234 6.761 3.309 |
NE NH2 NH2 NH2 O NE NH2 NE |
O3' O3' OP1 MG MG NA O2A O |
||
| 4qzi | 1 | P09838 | 81.0 | 0.0 |
X-RAY |
2015-06-10 | ARG | A:322 | A:432 | 23.0 | 0.102 | E | -77.2 | 126.6 | 23.0 | 0.102 | 0.0 |
DA DA DA DC ZN MG NA DCT HOH |
8.829 3.518 2.979 6.260 4.874 7.338 8.704 7.834 2.910 |
NE NH2 NH2 NH2 NH2 O NE O N |
O3' O3' OP1 OP1 ZN MG NA O3G O |
||
| 1kdh | 2 | 12802443 | 82.92 | 0.0 |
X-RAY |
2002-05-13 | ARG | B:285 | A:432 | 32.0 | 0.142 | E | -81.8 | 130.0 | 32.0 | 0.142 | 0.0 |
BRU BRU BRU BRU MG NA |
8.259 3.359 3.519 6.789 4.530 8.666 |
NH2 NH2 NH2 NH2 NH2 NE |
O3' O3' OP1 OP1 MG NA |
||
| 1kej | 1 | P09838 | 82.92 | 0.0 |
X-RAY |
2002-05-16 | ARG | A:285 | A:432 | 33.0 | 0.147 | E | -70.2 | 130.6 | 33.0 | 0.147 | 0.0 |
CO CO NA DAD |
6.587 4.192 8.653 5.563 |
NH2 NH2 NE NH2 |
CO CO NA O1A |
||
AlphaFold DB
| Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
| af-p04053-f1 | 1 | P04053 | 100.0 | 0.0 | ARG | A:431 | A:431 | 27.0 | 0.12 | E | -71.9 | 130.0 | |