Variant
| Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr11 | 61070101 | . | G | A | CCDS31576.1:NM_001923.4:c.3065aCc>aTc_NP_001914.3:p.1022T>I | Homo sapiens damage specific DNA binding protein 1 (DDB1), mRNA. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
|
PDB
| Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
| 3e0c | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2008-09-16 | THR | A:1022 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 5hxb | 2 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-06-29 | THR | B:1022 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| THR | D:1022 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 5jk7 | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-10-05 | THR | A:1022 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| THR | B:1022 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 5v3o | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2017-05-03 | THR | A:1022 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 6dsz | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2018-12-12 | THR | A:1022 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| THR | B:1022 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 6pai | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2019-09-18 | THR | A:1022 | A:1022 | 152.0 | 1.0 | 360.0 | 130.2 | 152.0 | 1.0 | 0.0 | |||||||
| 6sj7 | 2 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
EM |
2019-12-18 | THR | B:1022 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 6uml | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2020-04-15 | THR | A:1022 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 6xk9 | 2 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2020-12-02 | THR | B:1022 | Y:1022 | 155.0 | 1.0 | 360.0 | 95.1 | 155.0 | 1.0 | 0.0 | |||||||
| THR | E:1022 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 7lps | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2021-06-02 | THR | A:1022 | A:1022 | 95.0 | 0.679 | -84.0 | 133.2 | 95.0 | 0.679 | 0.0 | |||||||
| THR | D:1022 | D:1022 | 93.0 | 0.664 | -83.9 | 132.9 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| THR | G:1022 | G:1022 | 95.0 | 0.679 | -84.6 | 133.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| THR | J:1022 | J:1022 | 94.0 | 0.671 | -85.4 | 132.7 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 7oop | 26 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
EM |
2021-10-06 | THR | Z:1022 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 6zue | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2021-07-28 | THR | A:1024 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 6zx9 | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2021-07-21 | THR | A:1024 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 7oo3 | 20 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
EM |
2021-10-06 | THR | T:1025 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 7oob | 14 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
EM |
2021-10-13 | THR | N:1025 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 7opc | 26 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
EM |
2021-10-13 | THR | Z:1025 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 7opd | 26 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
EM |
2021-10-06 | THR | Z:1025 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 4a0l | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2011-12-14 | THR | A:1026 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| THR | C:1026 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 6r8y | 8 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
EM |
2019-06-12 | THR | K:1026 | K:1022 | 23.0 | 0.164 | -109.7 | 159.2 | 23.0 | 0.164 | 0.0 | |||||||
| 6r8z | 7 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
EM |
2019-06-12 | THR | K:1045 | K:1022 | 45.0 | 0.321 | -123.8 | 160.8 | 45.0 | 0.321 | 0.0 | |||||||
| 6r90 | 7 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
EM |
2019-06-12 | THR | K:1045 | K:1022 | 41.0 | 0.293 | -109.0 | 158.3 | 41.0 | 0.293 | 0.0 | |||||||
| 6r91 | 7 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
EM |
2019-06-12 | THR | K:1045 | K:1022 | 24.0 | 0.171 | -125.1 | 162.9 | 24.0 | 0.171 | 0.0 | |||||||
| 6r92 | 8 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
EM |
2019-06-12 | THR | L:1045 | K:1022 | 30.0 | 0.214 | -101.1 | 163.1 | 30.0 | 0.214 | 0.0 | |||||||
| 4a0k | 3 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2011-12-14 | THR | C:1041 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 4a11 | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2011-12-07 | THR | A:1041 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 7okq | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
EM |
2021-10-13 | THR | A:1041 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| THR | E:1041 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | I:1041 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | M:1041 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 3ei1 | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2009-01-20 | THR | A:1040 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 3ei2 | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2009-01-20 | THR | A:1040 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 3ei3 | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2009-01-20 | THR | A:1040 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 4ci1 | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2014-07-16 | THR | A:1040 | A:1022 | 171.0 | 1.0 | 360.0 | 150.6 | 171.0 | 1.0 | 0.0 | |||||||
| 4ci2 | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2014-07-16 | THR | A:1040 | A:1022 | 172.0 | 1.0 | 360.0 | 158.7 | 172.0 | 1.0 | 0.0 | |||||||
| 4ci3 | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2014-07-16 | THR | A:1040 | A:1022 | 170.0 | 1.0 | 360.0 | 157.3 | 170.0 | 1.0 | 0.0 | |||||||
| 6fcv | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2019-01-30 | THR | A:1040 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 4tz4 | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2014-08-06 | THR | A:1021 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 3i7h | 1 | Q16531 | 99.74 | 0.0 |
X-RAY |
2009-12-08 | THR | A:1025 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 3i7k | 1 | Q16531 | 99.74 | 0.0 |
X-RAY |
2009-12-08 | THR | A:1025 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 3i7l | 1 | Q16531 | 99.74 | 0.0 |
X-RAY |
2009-12-08 | THR | A:1025 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 3i7n | 1 | Q16531 | 99.74 | 0.0 |
X-RAY |
2009-12-08 | THR | A:1025 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 3i7o | 1 | Q16531 | 99.74 | 0.0 |
X-RAY |
2009-12-08 | THR | A:1025 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 3i7p | 1 | Q16531 | 99.74 | 0.0 |
X-RAY |
2009-12-08 | THR | A:1025 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 3i89 | 1 | Q16531 | 99.74 | 0.0 |
X-RAY |
2009-12-08 | THR | A:1025 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 3i8c | 1 | Q16531 | 99.74 | 0.0 |
X-RAY |
2009-12-08 | THR | A:1025 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 3i8e | 1 | Q16531 | 99.74 | 0.0 |
X-RAY |
2009-12-08 | THR | A:1025 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| THR | B:1025 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 2b5l | 1 | 13435359 | 99.74 | 0.0 |
X-RAY |
2006-02-28 | THR | A:1022 | A:1022 | 67.0 | 0.479 | -150.9 | 138.9 | 67.0 | 0.479 | 0.0 | |||||||
| THR | B:1022 | B:1022 | 83.0 | 0.593 | -166.3 | 93.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 2b5m | 1 | 13435359 | 99.74 | 0.0 |
X-RAY |
2006-02-28 | THR | A:1022 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 2hye | 1 | Q16531 | 99.74 | 0.0 |
X-RAY |
2006-10-03 | THR | A:1022 | A:1022 | 78.0 | 0.557 | -116.9 | 138.4 | 78.0 | 0.557 | 0.0 | |||||||
| 4a0b | 1 | Q16531 | 99.91 | 0.0 |
X-RAY |
2011-11-30 | THR | A:1041 | A:1022 | 196.0 | 1.0 | 360.0 | 41.4 | 196.0 | 1.0 | 0.0 | |||||||
| THR | C:1041 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 4a0a | 1 | Q16531 | 99.91 | 0.0 |
X-RAY |
2011-11-30 | THR | A:1041 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 4a08 | 1 | Q16531 | 99.91 | 0.0 |
X-RAY |
2011-11-30 | THR | A:1041 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 4a09 | 1 | Q16531 | 99.91 | 0.0 |
X-RAY |
2011-11-30 | THR | A:1041 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 4e54 | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2012-08-08 | THR | A:1032 | A:1022 | 62.0 | NA | -75.0 | 146.1 | 62.0 | NA | NA | |||||||
| 4e5z | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2012-08-22 | THR | A:1032 | A:1022 | 70.0 | NA | -93.8 | 150.9 | 70.0 | NA | NA | |||||||
| 3ei4 | 1 | Q16531 | 99.74 | 0.0 |
X-RAY |
2009-01-20 | THR | A:1040 | A:1022 | 98.0 | 0.7 | T | -99.9 | 31.9 | 98.0 | 0.7 | 0.0 | ||||||
| THR | C:1040 | C:1022 | 100.0 | 0.714 | T | -100.1 | 31.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | E:1040 | E:1022 | 101.0 | 0.721 | T | -99.9 | 31.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 6ud7 | 2 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2019-12-18 | THR | B:718 | B:1022 | 100.0 | 0.714 | -69.2 | 140.1 | 100.0 | 0.714 | 0.0 |
HOH |
5.795 |
CG2 |
O |
|||
| 6ue5 | 2 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2019-12-18 | THR | B:718 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 6td3 | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2020-06-17 | THR | A:722 | A:1022 | 11.0 | 0.079 | -79.1 | 150.6 | 11.0 | 0.079 | 0.0 | |||||||
| THR | D:722 | D:1022 | 55.0 | 0.393 | -96.9 | 171.8 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| THR | G:722 | G:1022 | 71.0 | 0.507 | -139.9 | 151.3 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 5fqd | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | THR | A:738 | A:1022 | 82.0 | 0.586 | -79.5 | 139.0 | 82.0 | 0.586 | 0.0 | |||||||
| THR | D:738 | D:1022 | 70.0 | 0.5 | -100.0 | 134.8 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 6h0f | 1 | ? | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2018-11-07 | THR | A:738 | A:1022 | 90.0 | 0.643 | -70.5 | 132.7 | 90.0 | 0.643 | 0.0 | |||||||
| THR | D:738 | D:1022 | 147.0 | 1.0 | 360.0 | 133.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| THR | G:738 | G:1022 | 92.0 | 0.657 | -70.2 | 132.5 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| THR | J:738 | J:1022 | 94.0 | 0.671 | -67.1 | 131.9 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 6h0g | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2018-11-07 | THR | A:738 | A:1022 | 57.0 | 0.407 | -85.4 | 133.5 | 57.0 | 0.407 | 0.0 | |||||||
| THR | D:738 | D:1022 | 56.0 | 0.4 | -85.5 | 126.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 6bn7 | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2018-05-30 | THR | A:746 | A:1022 | 136.0 | 0.971 | 360.0 | 138.3 | 136.0 | 0.971 | 0.0 | |||||||
| 6bn8 | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2018-06-06 | THR | A:746 | A:1022 | 136.0 | 0.971 | 360.0 | 140.0 | 136.0 | 0.971 | 0.0 | |||||||
| 6bn9 | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2018-05-30 | THR | A:746 | A:1022 | 83.0 | 0.593 | -147.3 | 130.2 | 83.0 | 0.593 | 0.0 | |||||||
| 6bnb | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2018-05-30 | THR | A:746 | A:1022 | 88.0 | 0.629 | -93.7 | 124.5 | 88.0 | 0.629 | 0.0 | |||||||
| 6boy | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2018-05-30 | THR | A:746 | A:1022 | 74.0 | 0.529 | -155.8 | 131.6 | 74.0 | 0.529 | 0.0 | |||||||
| 6q0r | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2019-11-13 | THR | A:746 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 6q0v | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2019-11-13 | THR | A:746 | A:1022 | 161.0 | 1.0 | 360.0 | 122.7 | 161.0 | 1.0 | 0.0 | |||||||
| 6q0w | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2019-11-13 | THR | A:746 | A:1022 | 161.0 | 1.0 | 360.0 | 119.7 | 161.0 | 1.0 | 0.0 | |||||||
AlphaFold DB
| Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
| af-q16531-f1 | 1 | Q16531 | 100.0 | 0.0 | THR | A:1022 | A:1022 | 73.0 | 0.521 | -66.2 | 121.6 | ||