Variant
| Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr12 | 96259164 | . | A | C | CCDS9055.1:NM_003095.2:c.192atA>atC_NP_003086.1:p.64I>I | Homo sapiens small nuclear ribonucleoprotein polypeptide F (SNRPF), mRNA. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
|
PDB
| Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
| 4f7u | 4 | P62321 | 100.0 | 1e-58 |
X-RAY |
2013-01-30 | ILE | G:64 | F:4064 | 12.0 | 0.069 | E | -105.1 | 121.0 | 0.0 | 0.0 | 0.069 |
B:P62317:0.069 |
HOH |
6.246 |
O |
O |
|
| ILE | H:64 | I:4064 | 10.0 | 0.057 | E | -108.3 | 118.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 4v98 | 4 | P62306 | 100.0 | 1e-58 |
X-RAY |
2014-07-09 | ILE | D:64 | AL:4058 | 10.0 | 0.057 | E | -108.0 | 117.1 | 0.0 | 0.0 | 0.057 |
B:P62316:0.057 |
|||||
| ILE | L:64 | AD:4058 | 10.0 | 0.057 | E | -107.8 | 117.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | T:64 | AT:4058 | 11.0 | 0.063 | E | -108.4 | 117.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | BA:64 | Ab:4058 | 11.0 | 0.063 | E | -108.0 | 117.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | JA:64 | Aj:4058 | 10.0 | 0.057 | E | -108.1 | 118.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | RA:64 | Ar:4058 | 11.0 | 0.063 | E | -108.2 | 117.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | DB:64 | Az:4058 | 11.0 | 0.063 | E | -108.1 | 117.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | HB:64 | BD:4058 | 11.0 | 0.063 | E | -108.2 | 117.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | PB:64 | BL:4058 | 11.0 | 0.063 | E | -108.1 | 117.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | XB:64 | BT:4058 | 11.0 | 0.063 | E | -108.1 | 117.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | FC:64 | Bb:4058 | 10.0 | 0.057 | E | -108.1 | 117.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | NC:64 | Bj:4058 | 10.0 | 0.057 | E | -108.2 | 117.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | VC:64 | Br:4058 | 11.0 | 0.063 | E | -108.2 | 117.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | HD:64 | Bz:4058 | 11.0 | 0.063 | E | -108.2 | 117.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | LD:64 | CD:4058 | 11.0 | 0.063 | E | -108.0 | 117.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | TD:64 | CL:4058 | 11.0 | 0.063 | E | -108.6 | 118.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | BE:64 | CT:4058 | 10.0 | 0.057 | E | -107.7 | 117.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | JE:64 | Cb:4058 | 10.0 | 0.057 | E | -107.8 | 117.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | RE:64 | Cj:4058 | 10.0 | 0.057 | E | -108.1 | 118.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | ZE:64 | Cr:4058 | 12.0 | 0.069 | E | -108.2 | 118.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 4wzj | 5 | P62306 | 100.0 | 1e-58 |
X-RAY |
2015-01-14 | ILE | E:64 | F:64 | 11.0 | 0.063 | E | -111.6 | 119.7 | 0.0 | 0.0 | 0.063 |
D:P62316:0.063 |
A G |
7.914 9.512 |
O C |
C2 OP2 |
|
| ILE | L:64 | M:64 | 10.0 | 0.057 | E | -111.4 | 120.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | S:64 | T:64 | 10.0 | 0.057 | E | -110.8 | 120.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | Z:64 | FF:64 | 10.0 | 0.057 | E | -111.8 | 120.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | GA:64 | MM:64 | 10.0 | 0.057 | E | -110.4 | 119.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | NA:64 | TT:64 | 10.0 | 0.057 | E | -110.4 | 119.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | UA:64 | FFF:64 | 9.0 | 0.051 | E | -111.9 | 120.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | BB:64 | MMM:64 | 10.0 | 0.057 | E | -110.0 | 120.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | IB:64 | TTT:64 | 11.0 | 0.063 | E | -111.2 | 121.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | PB:64 | FFFF:64 | 10.0 | 0.057 | E | -111.1 | 119.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | WB:64 | MMMM:64 | 9.0 | 0.051 | E | -109.9 | 120.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | DC:64 | TTTT:64 | 10.0 | 0.057 | E | -110.8 | 120.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 5mqf | 23 | P62306 | 100.0 | 1e-58 |
EM |
2017-03-22 | ILE | Z:64 | b:64 | 55.0 | NA | E | -122.3 | 131.5 | 47.0 | NA | NA |
Y:P62316:NA |
U |
6.756 |
O |
N3 |
|
| ILE | GA:64 | i:64 | 51.0 | NA | E | -111.8 | 120.0 | 44.0 | NA | NA |
FA:P62316:NA |
G G |
6.193 9.451 |
O C |
N2 OP2 |
||||||||
| 5o9z | 20 | P62306 | 100.0 | 1e-58 |
EM |
2017-08-16 | ILE | T:64 | b:64 | 66.0 | NA | -118.4 | 143.7 | 51.0 | NA | NA |
S:P62316:NA |
U G |
6.526 9.878 |
O C |
N3 OP2 |
||
| ILE | AA:64 | i:64 | 65.0 | NA | -114.8 | 134.7 | 45.0 | NA | NA |
Z:P62316:NA |
A U |
5.313 8.324 |
C O |
N1 OP2 |
|||||||||
| ILE | UA:64 | T:64 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
G |
8.484 |
CA |
N2 |
|||||||||
| 5xjc | 31 | P62306 | 100.0 | 1e-58 |
EM |
2017-07-05 | ILE | EA:64 | f:64 | 10.0 | 0.057 | E | -111.7 | 119.7 | 0.0 | 0.0 | 0.057 |
DA:P62316:0.057 |
A U |
7.913 9.513 |
O C |
C2 OP2 |
|
| ILE | LA:64 | m:64 | 11.0 | 0.063 | E | -111.6 | 119.7 | 0.0 | 0.0 | 0.063 |
KA:P62316:0.063 |
G G |
6.676 9.512 |
O C |
N2 OP2 |
||||||||
| 5xjl | 5 | P62306 | 100.0 | 1e-58 |
X-RAY |
2018-05-02 | ILE | E:64 | F:64 | 12.0 | 0.069 | E | -113.4 | 131.3 | 0.0 | 0.0 | 0.069 |
C:P62316:0.069 |
HOH |
6.417 |
O |
O |
|
| 5xjq | 5 | P62306 | 100.0 | 1e-58 |
X-RAY |
2018-07-04 | ILE | E:64 | F:64 | 9.0 | 0.051 | E | -113.4 | 128.8 | 0.0 | 0.0 | 0.051 |
C:P62316:0.051 |
|||||
| 5xjr | 5 | P62306 | 100.0 | 1e-58 |
X-RAY |
2018-07-04 | ILE | E:64 | F:64 | 10.0 | 0.057 | E | -116.3 | 120.9 | 0.0 | 0.0 | 0.057 |
C:P62316:0.057 |
|||||
| 5xjs | 5 | P62306 | 100.0 | 1e-58 |
X-RAY |
2018-07-04 | ILE | E:64 | F:64 | 11.0 | 0.063 | E | -111.1 | 121.6 | 0.0 | 0.0 | 0.063 |
C:P62316:0.063 |
|||||
| 5xjt | 5 | P62306 | 100.0 | 1e-58 |
X-RAY |
2018-07-04 | ILE | E:64 | F:64 | 8.0 | 0.046 | E | -111.5 | 113.5 | 0.0 | 0.0 | 0.046 |
C:P62316:0.046 |
|||||
| 5xju | 5 | P62306 | 100.0 | 1e-58 |
X-RAY |
2018-07-04 | ILE | E:64 | F:64 | 10.0 | 0.057 | E | -120.6 | 119.9 | 0.0 | 0.0 | 0.057 |
C:P62316:0.057 |
|||||
| 5yzg | 37 | P62306 | 100.0 | 1e-58 |
EM |
2018-08-08 | ILE | NA:64 | m:64 | 10.0 | 0.057 | E | -111.6 | 119.7 | 0.0 | 0.0 | 0.057 |
MA:P62316:0.057 |
G G |
6.675 9.513 |
O C |
N2 OP2 |
|
| ILE | WA:64 | f:64 | 10.0 | 0.057 | E | -111.7 | 119.7 | 0.0 | 0.0 | 0.057 |
VA:P62316:0.057 |
A U |
7.914 9.514 |
O C |
C2 OP2 |
||||||||
| 5z56 | 10 | P62306 | 100.0 | 1e-58 |
EM |
2018-09-19 | ILE | J:64 | f:64 | 52.0 | NA | E | -111.7 | 119.7 | 44.0 | NA | NA |
I:P62316:NA |
A U |
7.915 9.514 |
O C |
C2 OP2 |
|
| ILE | T:64 | m:64 | 53.0 | NA | E | -111.6 | 119.7 | 45.0 | NA | NA |
S:P62316:NA |
G G |
6.675 9.513 |
O C |
N2 OP2 |
||||||||
| 5z57 | 10 | P62306 | 100.0 | 1e-58 |
EM |
2018-09-19 | ILE | J:64 | f:64 | 52.0 | NA | E | -111.7 | 119.7 | 44.0 | NA | NA |
I:P62316:NA |
A U |
7.915 9.514 |
O C |
C2 OP2 |
|
| ILE | T:64 | m:64 | 53.0 | NA | E | -111.6 | 119.7 | 45.0 | NA | NA |
S:P62316:NA |
G G |
6.675 9.513 |
O C |
N2 OP2 |
||||||||
| 5z58 | 10 | P62306 | 100.0 | 1e-58 |
EM |
2018-09-19 | ILE | J:64 | f:64 | 52.0 | NA | E | -111.7 | 119.7 | 44.0 | NA | NA |
I:P62316:NA |
A U |
7.915 9.514 |
O C |
C2 OP2 |
|
| ILE | T:64 | m:64 | 53.0 | NA | E | -111.6 | 119.7 | 45.0 | NA | NA |
S:P62316:NA |
G G |
6.675 9.513 |
O C |
N2 OP2 |
||||||||
| 6ah0 | 5 | P62306 | 100.0 | 1e-58 |
EM |
2018-11-14 | ILE | E:64 | b:64 | 48.0 | NA | -118.4 | 143.7 | 37.0 | NA | NA |
D:P62316:NA |
U |
5.860 |
O |
O4 |
||
| ILE | AA:64 | m:64 | 43.0 | NA | E | -111.6 | 119.6 | 36.0 | NA | NA |
Z:P62316:NA |
G G |
6.673 9.669 |
O C |
N2 OP2 |
||||||||
| ILE | WA:64 | Q:64 | 48.0 | NA | -114.9 | 134.8 | 32.0 | NA | NA |
VA:P62316:NA |
A |
7.797 |
C |
N1 |
|||||||||
| 6ahd | 16 | ? | 100.0 | 1e-58 |
EM |
2018-11-14 | ILE | P:64 | d:64 | 41.0 | NA | E | -111.7 | 119.7 | 36.0 | NA | NA |
O:P62316:NA |
U |
4.605 |
O |
O4 |
|
| ILE | GA:64 | l:64 | 41.0 | NA | E | -111.5 | 119.6 | 35.0 | NA | NA |
FA:P62316:NA |
G G |
6.673 9.512 |
O C |
N2 OP2 |
||||||||
| ILE | WA:64 | Q:64 | 48.0 | NA | -114.9 | 134.8 | 34.0 | NA | NA |
VA:P62316:NA |
U G A |
8.312 9.871 7.227 |
O C C |
OP2 N1 N6 |
|||||||||
| 6ff7 | 40 | P62306 | 100.0 | 1e-58 |
EM |
2019-03-13 | ILE | QA:64 | b:64 | 55.0 | NA | B | -121.5 | 114.8 | 44.0 | NA | NA |
PA:P62316:NA |
|||||
| ILE | XA:64 | i:64 | 52.0 | NA | E | -111.8 | 119.9 | 44.0 | NA | NA |
WA:P62316:NA |
||||||||||||
| 6icz | 33 | P62306 | 100.0 | 1e-58 |
EM |
2019-03-13 | ILE | GA:64 | m:64 | 52.0 | NA | E | -111.6 | 119.7 | 44.0 | NA | NA |
FA:P62316:NA |
|||||
| ILE | QA:64 | f:64 | 54.0 | NA | E | -111.7 | 119.8 | 45.0 | NA | NA |
PA:P62316:NA |
A U |
9.663 9.128 |
O C |
C2 OP2 |
||||||||
| 6id0 | 24 | P62306 | 100.0 | 1e-58 |
EM |
2019-03-13 | ILE | X:64 | f:64 | 54.0 | NA | E | -111.7 | 119.8 | 45.0 | NA | NA |
W:P62316:NA |
U |
9.128 |
C |
OP2 |
|
| ILE | JA:64 | m:64 | 51.0 | NA | E | -111.6 | 119.8 | 45.0 | NA | NA |
IA:P62316:NA |
||||||||||||
| 6id1 | 23 | P62306 | 100.0 | 1e-58 |
EM |
2019-03-13 | ILE | W:64 | f:64 | 54.0 | NA | E | -111.8 | 119.7 | 45.0 | NA | NA |
V:P62316:NA |
A A U |
9.319 9.745 9.128 |
O O C |
C2 N1 OP2 |
|
| ILE | LA:64 | m:64 | 52.0 | NA | E | -111.7 | 119.7 | 44.0 | NA | NA |
KA:P62316:NA |
||||||||||||
| 6qw6 | 12 | P62306 | 100.0 | 1e-58 |
EM |
2019-04-17 | ILE | L:64 | 4f:64 | 9.0 | 0.051 | E | -116.7 | 119.4 | 0.0 | 0.0 | 0.051 |
D:P62316:0.051 |
A G |
7.466 9.784 |
O C |
N1 OP2 |
|
| ILE | AA:64 | 5f:64 | 10.0 | 0.057 | E | -121.5 | 138.0 | 0.0 | 0.0 | 0.057 |
P:P62316:0.057 |
A U |
7.609 9.625 |
O C |
C2 OP2 |
||||||||
| 6qx9 | 13 | P62306 | 100.0 | 1e-58 |
EM |
2019-04-17 | ILE | M:64 | 1f:64 | 11.0 | 0.063 | E | -117.0 | 121.0 | 1.0 | 0.006 | 0.057 |
CB:P62316:0.057 |
A |
7.772 |
O |
N1 |
|
| ILE | Y:64 | 2f:64 | 8.0 | 0.046 | E | -109.1 | 124.2 | 0.0 | 0.0 | 0.046 |
Q:P62316:0.046 |
G |
8.295 |
O |
N2 |
||||||||
| ILE | HA:64 | 5f:64 | 10.0 | 0.057 | E | -121.5 | 138.0 | 0.0 | 0.0 | 0.057 |
BB:P62316:0.057 |
A U |
7.609 9.625 |
O C |
C2 OP2 |
||||||||
| ILE | OA:64 | 4f:64 | 9.0 | 0.051 | E | -116.8 | 119.4 | 0.0 | 0.0 | 0.051 |
CA:P62316:0.051 |
A G |
7.466 9.784 |
O C |
N1 OP2 |
||||||||
| 6v4x | 3 | P62306 | 100.0 | 1e-58 |
EM |
2020-02-19 | ILE | C:64 | F:64 | 12.0 | 0.069 | E | -87.1 | 129.6 | 0.0 | 0.0 | 0.069 |
G:P83369:0.069 |
A |
7.379 |
O |
N1 |
|
| 6y53 | 15 | P62306 | 100.0 | 1e-58 |
EM |
2020-06-17 | ILE | O:64 | i:64 | 46.0 | NA | E | -121.1 | 131.1 | 39.0 | NA | NA |
L:P62316:NA |
G G |
6.920 9.794 |
O C |
N2 OP2 |
|
| 6y5q | 20 | P62306 | 100.0 | 1e-58 |
EM |
2020-06-17 | ILE | T:64 | i:64 | 46.0 | NA | E | -121.1 | 131.1 | 39.0 | NA | NA |
Q:P62316:NA |
G G |
6.920 9.794 |
O C |
N2 OP2 |
|
| 7a5p | 26 | P62306 | 100.0 | 1e-58 |
EM |
2020-10-14 | ILE | CA:64 | f:64 | 53.0 | NA | E | -112.0 | 119.7 | 44.0 | NA | NA |
AA:P62316:NA |
U |
8.797 |
O |
O4 |
|
| ILE | FA:64 | i:64 | 51.0 | NA | E | -112.7 | 119.5 | 42.0 | NA | NA |
EA:P62316:NA |
G |
7.918 |
O |
N2 |
||||||||
| 7abg | 44 | P62306 | 100.0 | 1e-58 |
EM |
2020-12-23 | ILE | RA:64 | i:64 | 51.0 | NA | E | -109.1 | 124.2 | 41.0 | NA | NA |
QA:P62316:NA |
G |
7.011 |
O |
N2 |
|
| ILE | CB:64 | b:64 | 65.0 | NA | -118.9 | 138.2 | 52.0 | NA | NA |
ZA:P62316:NA |
U |
6.556 |
O |
N3 |
|||||||||
| 7abi | 3 | P62306 | 100.0 | 1e-58 |
EM |
2021-02-10 | ILE | C:64 | b:64 | 70.0 | NA | -119.0 | 139.2 | 54.0 | NA | NA |
ZA:P62316:NA |
U |
6.919 |
O |
N3 |
||
| ILE | HA:64 | i:64 | 51.0 | NA | E | -109.1 | 124.2 | 41.0 | NA | NA |
FA:P62316:NA |
G |
7.038 |
O |
N2 |
||||||||
| 7b0y | 20 | P62306 | 100.0 | 1e-58 |
EM |
2021-01-13 | ILE | T:64 | f:64 | 21.0 | 0.12 | E | -129.8 | 136.7 | 4.0 | 0.023 | 0.097 |
S:P62316:0.097 |
A |
7.991 |
O |
N1 |
|
| 7dvq | 10 | P62306 | 100.0 | 1e-58 |
EM |
2021-03-31 | ILE | J:64 | f:64 | 52.0 | NA | E | -111.6 | 119.7 | 44.0 | NA | NA |
I:P62316:NA |
A U |
7.939 9.955 |
O O |
C2 OP2 |
|
| ILE | T:64 | m:64 | 49.0 | NA | E | -111.8 | 119.7 | 43.0 | NA | NA |
S:P62316:NA |
A G |
7.912 9.515 |
O C |
C2 OP2 |
||||||||
| 4pjo | 6 | P62306 | 100.0 | 1e-50 |
X-RAY |
2014-12-31 | ILE | F:64 | F:64 | 10.0 | 0.057 | E | -116.9 | 122.7 | 0.0 | 0.0 | 0.057 |
D:P62316:0.057 |
A HOH |
7.693 8.536 |
O C |
N1 O |
|
| ILE | Q:64 | f:64 | 9.0 | 0.051 | E | -122.2 | 121.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | BA:64 | T:64 | 10.0 | 0.057 | E | -114.4 | 119.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | MA:64 | t:64 | 10.0 | 0.057 | E | -117.0 | 121.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 6qdv | 35 | P62306 | 100.0 | 2e-48 |
EM |
2019-02-20 | ILE | IA:61 | f:64 | 10.0 | 0.057 | E | -99.6 | 152.9 | 0.0 | 0.0 | 0.057 |
MA:P62316:0.057 |
A U |
7.923 9.526 |
O C |
C2 OP2 |
|
| ILE | TA:61 | q:64 | 7.0 | 0.04 | E | -109.1 | 124.3 | 0.0 | 0.0 | 0.04 |
PA:P62316:0.04 |
G |
8.296 |
O |
N2 |
||||||||
AlphaFold DB
| Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
| af-p62306-f1 | 1 | P62306 | 100.0 | 5e-59 | ILE | A:64 | A:64 | 11.0 | 0.063 | E | -100.1 | 123.4 | |