Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr14 | 55895598 | . | T | A | CCDS9724.1:NM_199047.2:c.883Atg>Ttg_NP_950248.1:p.295M>L | Homo sapiens TATA-box binding protein like 2 (TBPL2), mRNA. |
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|
|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
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PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
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EM |
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O O N N C O |
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EM |
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DA DA DA DT DT DA |
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O N N C C C |
N3 O4' C5' O2 O2 O4' |
||
5iy7 | 16 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
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DT DA DA DT DT DA |
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O O N C C O |
O2 O4' C5' O2 O2 C2 |
||
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EM |
2016-05-18 | MET | P:258 | P:258 | 14.0 | 0.076 | E | -127.8 | 144.6 | 14.0 | 0.076 | 0.0 |
DT DA DA DC DT DA |
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O O N C C O |
O2 O4' C5' O2 O2 C2 |
||
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EM |
2016-05-18 | MET | P:258 | P:258 | 0.0 | 0.0 | E | -132.1 | 140.2 | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
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O O N N N C O |
O2 O4' O4' OP1 O2 O2 C2 |
||
5iya | 16 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
2016-05-18 | MET | P:258 | P:258 | 1.0 | 0.005 | E | -131.7 | 142.9 | 1.0 | 0.005 | 0.0 |
DA DA DA DT DT DA |
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O N N C C C |
N3 O4' O4' O2 O2 O4' |
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5iyb | 16 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
2016-05-18 | MET | P:258 | P:258 | 10.0 | 0.054 | E | -130.4 | 142.1 | 10.0 | 0.054 | 0.0 |
DT DA DA DT DT DA |
9.307 6.702 6.573 8.324 8.085 9.592 |
O O N C C O |
O2 O4' C5' O2 O2 C2 |
||
5iyc | 16 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
2016-05-18 | MET | P:258 | P:258 | 14.0 | 0.076 | E | -127.8 | 144.7 | 14.0 | 0.076 | 0.0 |
DT DA DA DT DT DA |
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O O N C C O |
O2 O4' C5' O2 O2 C2 |
||
5iyd | 16 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
2016-05-18 | MET | P:258 | P:258 | 0.0 | 0.0 | E | -132.1 | 140.2 | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
DT DA DA DA DT DT DA |
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O O N N N C O |
O2 O4' O4' OP1 O2 O2 C2 |
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EM |
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EM |
2018-11-28 | MET | T:258 | T:258 | 1.0 | 0.005 | E | -138.4 | 139.3 | 1.0 | 0.005 | 0.0 | ||||||
6mzm | 12 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
2018-11-28 | MET | L:258 | T:258 | 1.0 | 0.005 | E | -137.4 | 135.0 | 1.0 | 0.005 | 0.0 |
DT DT DA DT DA DA |
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N C O O O N |
O2 O2 N3 O2 N3 O4' |
||
6o9l | 16 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
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DA DA DT DT |
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N N C C |
C2 O4' O2 O2 |
||
7edx | 12 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
2021-05-05 | MET | L:258 | P:258 | 2.0 | 0.011 | E | -130.0 | 127.7 | 2.0 | 0.011 | 0.0 |
DT DT DT DA DA DA |
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O C N N C C |
O2 O2 O4' N1 C2 N3 |
||
7eg7 | 12 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
2021-05-05 | MET | L:258 | P:258 | 2.0 | 0.011 | E | -130.0 | 127.7 | 2.0 | 0.011 | 0.0 |
DA DA DT DA |
8.173 7.698 8.289 9.871 |
C N C C |
N3 O4' O2 N3 |
||
7eg8 | 12 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
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DC DT DC DA DG DT |
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N N N N C C |
O2 C5' OP1 C2 N2 O2 |
||
7eg9 | 12 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
2021-05-05 | MET | L:258 | P:258 | 2.0 | 0.011 | E | -130.1 | 127.6 | 2.0 | 0.011 | 0.0 |
DA DA DA DT DT DT |
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O N N N C C |
N3 N3 O4' O2 O2 O2 |
||
7ega | 12 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
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DC DT DC DA DG DT |
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N N N N C C |
O2 C5' OP1 C2 N2 O2 |
||
7egb | 22 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
2021-05-05 | MET | V:258 | P:258 | 1.0 | 0.005 | E | -137.7 | 125.4 | 1.0 | 0.005 | 0.0 |
DT DA DA DT DT DA |
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O C N N C C |
O2 N3 O4' O2 O2 N3 |
||
7egc | 22 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
2021-05-12 | MET | V:258 | P:258 | 2.0 | 0.011 | E | -130.0 | 127.7 | 2.0 | 0.011 | 0.0 |
DT DT DT DA DA DA |
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O C N N C C |
O2 O2 O2 C2 C2 N3 |
||
7egd | 12 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
2021-05-12 | MET | L:258 | P:258 | 2.0 | 0.011 | E | -128.2 | 129.0 | 2.0 | 0.011 | 0.0 |
DT DA DT |
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C C C |
O3' OP1 OP1 |
||
7ege | 11 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
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EM |
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7egi | 12 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
2021-05-12 | MET | L:258 | P:258 | 2.0 | 0.011 | E | -128.1 | 129.7 | 2.0 | 0.011 | 0.0 | ||||||
7egj | 12 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
2021-05-12 | MET | L:258 | P:258 | 1.0 | 0.005 | E | -128.2 | 129.7 | 1.0 | 0.005 | 0.0 |
DG DT DA |
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N C C |
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||
7ena | 5 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
2021-05-26 | MET | E:258 | DP:258 | 2.0 | 0.011 | E | -133.9 | 103.9 | 2.0 | 0.011 | 0.0 |
DA DA DA DT DT DA |
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C N N C C C |
N3 N3 N3 O2 O2 N3 |
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EM |
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DT DA DA DT DT |
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O O N C C |
O2 N3 C5' O2 O2 |
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EM |
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DT DA DA DT DT DA |
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EM |
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O O N N N C O |
O2 N3 O4' O4' O2 O2 C2 |
||
7nvs | 15 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
2021-05-05 | MET | O:258 | O:258 | 0.0 | 0.0 | E | -128.3 | 137.9 | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
DT DA DA DT DT DA |
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O O N N C O |
O2 N3 O4' O2 O2 C2 |
||
7nvt | 15 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
2021-05-05 | MET | O:258 | O:258 | 1.0 | 0.005 | E | -127.1 | 137.2 | 1.0 | 0.005 | 0.0 |
DT DA DA DA DT DT DA |
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O O N N N C O |
O2 N3 O4' O4' O2 O2 C2 |
||
7nvu | 15 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
2021-05-05 | MET | O:258 | O:258 | 0.0 | 0.0 | E | -128.9 | 128.9 | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
DT DA DA DA DT DT DA |
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O O N N N C O |
O2 N3 O4' O4' O2 O2 N3 |
||
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EM |
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O2 N3 O4' O2 O2 C2 |
||
7nvz | 23 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
2021-05-05 | MET | W:258 | O:258 | 1.0 | 0.005 | E | -127.5 | 137.4 | 1.0 | 0.005 | 0.0 |
DT DA DA DA DT DT DA |
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O O N N N C O |
O2 N3 O4' O4' O2 O2 C2 |
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7nw0 | 23 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
2021-05-05 | MET | W:258 | O:258 | 0.0 | 0.0 | E | -129.3 | 129.7 | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
DT DA DA DA DT DT DA |
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O O N N N C O |
O2 N3 O4' O4' O2 O2 N3 |
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X-RAY |
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X-RAY |
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O2 N3 O4' O4' O2 O2 C2 O |
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X-RAY |
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O O N N N C O SD |
O2 N3 O4' O4' O2 O2 C2 O |
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X-RAY |
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X-RAY |
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O2 N3 O4' C2 O2 C2 O |
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X-RAY |
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