Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr14 | 55900358 | . | C | A | CCDS9724.1:NM_199047.2:c.778Gga>Tga_NP_950248.1:p.260G>* | Homo sapiens TATA-box binding protein like 2 (TBPL2), mRNA. |
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|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
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PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
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DA DA DA DT DT DT DA |
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N N N N CA O O |
C2 C2 C2 C2' O3' OP1 OP1 |
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5iy6 | 16 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
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DA DA DT DT DT DA |
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N N N CA O O |
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EM |
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DA DA DA DT DT DT DA |
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N N N N CA O O |
N1 C2 C2 O2 C4' OP1 OP1 |
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EM |
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N N N N CA O O |
C2 C2 C2 O2 O3' OP1 OP1 |
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N N N CA CA O |
C2 C2 O2 O3' OP1 OP1 |
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EM |
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DA DA DT DT DT DA |
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N N N CA O O |
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EM |
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DA DA DA DT DT DT DA |
8.331 8.177 9.940 6.875 4.203 4.668 8.617 |
N N N N CA O O |
N1 C2 C2 O2 C4' OP1 OP1 |
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EM |
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DA DA DA DT DT DT DA |
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N N N N CA O O |
C2 C2 C2 O2 O3' OP1 OP1 |
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EM |
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DA DA DT DT DT DA |
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N N N CA CA O |
C2 C2 O2 O3' OP1 OP1 |
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EM |
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EM |
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A:P21675:0.36 |
|||||
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EM |
2018-11-28 | GLY | L:223 | T:223 | 32.0 | 0.427 | E | 98.6 | -14.3 | 32.0 | 0.427 | 0.0 |
DT DT DT DA DA DA DA |
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N CA CA O N N N |
O3' O3' OP1 OP1 C2 C2 C2 |
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EM |
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DA DT DT DT DA |
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N N CA O O |
N1 O2 O3' OP1 P |
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7edx | 12 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
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DT DA DT DA DA DA |
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N N N N CA O |
O2 C2 C2' N3 C5' OP1 |
||
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EM |
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DA DT DT DT DA |
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N N CA CA O |
C2 O2 O3' OP1 OP1 |
||
7eg8 | 12 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
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DC DT DG DA DG DT |
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N N N CA O O |
O2 O2 C2' C4' OP1 P |
|||
7eg9 | 12 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
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DA DA DT DT DT DT |
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N N N CA CA O |
C2 C2 O3' O3' C5' OP1 |
||
7ega | 12 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
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N N N CA O O |
O2 O2 C2' C4' OP1 P |
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7egb | 22 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
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DA DA DA DT DT DT DA |
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N N N N CA CA O |
C2 C2 C2 C2' C4' OP1 OP1 |
||
7egc | 22 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
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DT DA DT DA DA DA |
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N N N CA O O |
O2 C2 C2' C4' C5' P |
||
7egd | 12 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
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DT DT DA DT |
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N N CA O |
O3' OP2 OP2 C7 |
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7ege | 11 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
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EM |
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EM |
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7egj | 12 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
2021-05-12 | GLY | L:223 | P:223 | 22.0 | 0.293 | E | 118.5 | -19.7 | 22.0 | 0.293 | 0.0 |
DT DT DA |
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N N O |
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EM |
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DA DA DT DT DT DA |
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N N N CA O O |
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EM |
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DA DA DA DT DT DT DA |
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N N N N CA O O |
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EM |
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DA DA DT DT DT DA |
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N N N CA O O |
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EM |
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DA DA DA DT DT DT DA |
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N N N N CA CA O |
C2 C2 C2 C2' O3' C5' OP1 |
||
7nvs | 15 | P20226 | 85.12 | 2e-126 |
EM |
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DA DA DA DT DT DT DA |
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N N N N CA CA O |
N1 C2 C2 C2' O3' C5' OP1 |
||
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EM |
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DA DA DA DT DT DT DA |
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N N N N CA CA O |
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EM |
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N N N N N CA O |
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EM |
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DA DA DA DT DT DT DA |
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DA DA DA DT DT DT DA |
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DA DA DA DT DT DT DA HOH |
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N N N N CA O O N |
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DA DA DA DT DT DT DA HOH |
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N CA O O N N N |
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X-RAY |
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