Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr14 | 90432500 | . | C | A | CCDS9888.1:NM_001008744.1:c.569tCt>tAt_NP_001008744.1:p.190S>Y | Homo sapiens tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 (TDP1), transcript variant 1, mRNA. |
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
1qzq | 1 | Q9NUW8 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2004-05-11 | SER | A:65 | A:190 | 20.0 | 0.174 | S | -66.8 | 149.6 | 20.0 | 0.174 | 0.0 |
HOH |
3.280 |
O |
O |
||
SER | B:65 | B:190 | 22.0 | 0.191 | -54.2 | 151.3 | 22.0 | 0.191 | 0.0 | ||||||||||||||
6dhu | 1 | Q9NUW8 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2019-05-29 | SER | A:43 | A:190 | 20.0 | 0.174 | S | -66.4 | 152.0 | 20.0 | 0.174 | 0.0 |
HOH |
3.104 |
O |
O |
||
SER | B:43 | B:190 | 22.0 | 0.191 | S | -63.6 | 154.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6die | 1 | Q9NUW8 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2019-05-29 | SER | A:43 | A:190 | 20.0 | 0.174 | S | -64.5 | 154.1 | 20.0 | 0.174 | 0.0 |
HOH |
2.956 |
OG |
O |
||
SER | B:43 | B:190 | 21.0 | 0.183 | S | -65.3 | 153.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6dih | 1 | Q9NUW8 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2019-05-29 | SER | A:43 | A:190 | 20.0 | 0.174 | S | -72.6 | 156.7 | 20.0 | 0.174 | 0.0 |
HOH |
2.902 |
OG |
O |
||
SER | B:43 | B:190 | 20.0 | 0.174 | S | -63.9 | 153.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6dim | 1 | Q9NUW8 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2019-05-29 | SER | A:43 | A:190 | 22.0 | 0.191 | S | -62.9 | 153.1 | 22.0 | 0.191 | 0.0 |
HOH |
3.042 |
O |
O |
||
SER | B:43 | B:190 | 20.0 | 0.174 | S | -54.8 | 150.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6djd | 1 | Q9NUW8 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2019-05-29 | SER | A:43 | A:190 | 19.0 | 0.165 | S | -65.9 | 151.6 | 19.0 | 0.165 | 0.0 |
HOH |
3.055 |
O |
O |
||
SER | B:43 | B:190 | 22.0 | 0.191 | S | -65.8 | 152.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6dje | 1 | Q9NUW8 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2019-05-29 | SER | A:43 | A:190 | 19.0 | 0.165 | S | -71.5 | 154.5 | 19.0 | 0.165 | 0.0 |
HOH |
3.124 |
O |
O |
||
SER | B:43 | B:190 | 22.0 | 0.191 | S | -65.0 | 154.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6djf | 1 | Q9NUW8 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2019-05-29 | SER | A:43 | A:190 | 21.0 | 0.183 | S | -67.6 | 153.2 | 21.0 | 0.183 | 0.0 |
HOH |
2.986 |
O |
O |
||
SER | B:43 | B:190 | 22.0 | 0.191 | S | -65.6 | 154.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6djg | 1 | Q9NUW8 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2019-05-29 | SER | A:43 | A:190 | 19.0 | 0.165 | S | -62.7 | 152.0 | 19.0 | 0.165 | 0.0 |
HOH |
3.063 |
O |
O |
||
SER | B:43 | B:190 | 21.0 | 0.183 | S | -61.2 | 153.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6djh | 1 | Q9NUW8 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2019-05-29 | SER | A:43 | A:190 | 18.0 | 0.157 | S | -61.5 | 153.6 | 18.0 | 0.157 | 0.0 |
HOH |
3.023 |
O |
O |
||
SER | B:43 | B:190 | 23.0 | 0.2 | S | -67.7 | 154.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6dji | 1 | Q9NUW8 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2019-05-29 | SER | A:43 | A:190 | 18.0 | 0.157 | S | -65.2 | 151.2 | 18.0 | 0.157 | 0.0 |
HOH |
3.017 |
O |
O |
||
SER | B:43 | B:190 | 21.0 | 0.183 | S | -62.5 | 151.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6djj | 1 | Q9NUW8 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2019-05-29 | SER | A:43 | A:190 | 21.0 | 0.183 | S | -63.3 | 156.9 | 21.0 | 0.183 | 0.0 |
HOH |
2.891 |
O |
O |
||
SER | B:43 | B:190 | 21.0 | 0.183 | S | -65.2 | 153.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6myz | 1 | Q9NUW8 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2019-11-06 | SER | A:43 | A:190 | 23.0 | 0.2 | S | -64.5 | 153.1 | 23.0 | 0.2 | 0.0 |
HOH |
3.048 |
O |
O |
||
SER | B:43 | B:190 | 22.0 | 0.191 | S | -58.4 | 154.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6mz0 | 1 | Q9NUW8 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2019-11-06 | SER | A:43 | A:190 | 20.0 | 0.174 | S | -52.1 | 150.3 | 20.0 | 0.174 | 0.0 |
HOH |
2.913 |
O |
O |
||
SER | B:43 | B:190 | 22.0 | 0.191 | S | -59.7 | 151.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6n0d | 1 | Q9NUW8 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2019-11-13 | SER | A:43 | A:190 | 20.0 | 0.174 | S | -64.4 | 154.2 | 20.0 | 0.174 | 0.0 |
HOH |
2.801 |
OG |
O |
||
SER | B:43 | B:190 | 20.0 | 0.174 | S | -62.0 | 154.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6n0n | 1 | Q9NUW8 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2019-11-13 | SER | A:43 | A:190 | 22.0 | 0.191 | S | -61.6 | 152.4 | 22.0 | 0.191 | 0.0 |
HOH |
2.680 |
OG |
O |
||
SER | B:43 | B:190 | 21.0 | 0.183 | S | -64.2 | 153.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6n0o | 1 | Q9NUW8 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2019-11-13 | SER | A:43 | A:190 | 19.0 | 0.165 | S | -59.4 | 150.9 | 19.0 | 0.165 | 0.0 |
HOH |
3.098 |
O |
O |
||
SER | B:43 | B:190 | 21.0 | 0.183 | S | -61.3 | 152.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6n0r | 1 | Q9NUW8 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2019-11-13 | SER | A:43 | A:190 | 18.0 | 0.157 | S | -62.1 | 152.2 | 18.0 | 0.157 | 0.0 |
HOH |
2.970 |
O |
O |
||
SER | B:43 | B:190 | 21.0 | 0.183 | S | -61.8 | 153.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6n17 | 1 | Q9NUW8 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2019-07-03 | SER | A:43 | A:190 | 21.0 | 0.183 | S | -66.1 | 152.3 | 21.0 | 0.183 | 0.0 |
HOH |
3.072 |
O |
O |
||
SER | B:43 | B:190 | 20.0 | 0.174 | S | -63.2 | 151.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6n19 | 1 | Q9NUW8 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2019-07-03 | SER | A:43 | A:190 | 19.0 | 0.165 | S | -59.5 | 153.7 | 19.0 | 0.165 | 0.0 |
HOH |
2.838 |
OG |
O |
||
SER | B:43 | B:190 | 18.0 | 0.157 | S | -64.0 | 154.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6w4r | 1 | Q9NUW8 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2021-03-17 | SER | A:43 | A:190 | 23.0 | 0.2 | S | -65.2 | 154.3 | 23.0 | 0.2 | 0.0 |
HOH |
3.050 |
O |
O |
||
SER | B:43 | B:190 | 25.0 | 0.217 | S | -60.4 | 153.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6w7j | 1 | Q9NUW8 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2021-03-24 | SER | A:43 | A:190 | 21.0 | 0.183 | S | -63.2 | 153.2 | 21.0 | 0.183 | 0.0 |
HOH |
3.013 |
O |
O |
||
SER | B:43 | B:190 | 22.0 | 0.191 | S | -64.9 | 154.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6w7k | 1 | Q9NUW8 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2021-03-24 | SER | A:43 | A:190 | 21.0 | 0.183 | S | -67.5 | 156.3 | 21.0 | 0.183 | 0.0 |
HOH |
2.968 |
O |
O |
||
SER | B:43 | B:190 | 19.0 | 0.165 | S | -64.0 | 151.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6w7l | 1 | Q9NUW8 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2021-03-24 | SER | A:43 | A:190 | 22.0 | 0.191 | S | -68.3 | 155.0 | 22.0 | 0.191 | 0.0 |
HOH |
2.959 |
O |
O |
||
SER | B:43 | B:190 | 22.0 | 0.191 | S | -65.2 | 153.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6mj5 | 1 | Q9NUW8 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2019-07-03 | SER | A:42 | A:190 | 22.0 | 0.191 | S | -64.6 | 155.4 | 22.0 | 0.191 | 0.0 |
HOH |
2.974 |
O |
O |
||
SER | B:42 | B:190 | 25.0 | 0.217 | S | -67.6 | 152.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1jy1 | 1 | Q9NUW8 | 98.92 | 0.0 |
X-RAY |
2002-02-20 | SER | A:46 | A:190 | 18.0 | 0.157 | S | -63.3 | 151.9 | 18.0 | 0.157 | 0.0 |
HOH |
2.884 |
O |
O |
||
1mu7 | 1 | 20127586 | 98.92 | 0.0 |
X-RAY |
2003-01-07 | SER | A:67 | A:190 | 21.0 | 0.183 | S | -66.0 | 152.5 | 21.0 | 0.183 | 0.0 | ||||||
SER | B:67 | B:190 | 23.0 | 0.2 | S | -64.6 | 146.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1mu9 | 1 | 20127586 | 98.92 | 0.0 |
X-RAY |
2003-01-07 | SER | A:67 | A:190 | 20.0 | 0.174 | -64.2 | 151.4 | 20.0 | 0.174 | 0.0 |
HOH |
4.298 |
CA |
O |
|||
SER | B:67 | B:190 | 24.0 | 0.209 | S | -69.2 | 150.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1nop | 2 | 20127586 | 98.92 | 0.0 |
X-RAY |
2003-03-11 | SER | C:67 | A:190 | 23.0 | 0.2 | S | -59.7 | 151.0 | 23.0 | 0.2 | 0.0 | ||||||
SER | D:67 | B:190 | 25.0 | 0.217 | S | -64.3 | 148.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1rff | 2 | Q9NUW8 | 98.92 | 0.0 |
X-RAY |
2004-03-02 | SER | C:67 | A:190 | 26.0 | 0.226 | S | -67.8 | 155.7 | 26.0 | 0.226 | 0.0 |
HOH |
3.154 |
O |
O |
||
SER | D:67 | B:190 | 23.0 | 0.2 | S | -70.5 | 152.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1rfi | 2 | Q9NUW8 | 98.92 | 0.0 |
X-RAY |
2004-03-02 | SER | C:67 | A:190 | 23.0 | 0.2 | S | -63.1 | 155.0 | 23.0 | 0.2 | 0.0 |
HOH |
2.874 |
O |
O |
||
SER | D:67 | B:190 | 25.0 | 0.217 | S | -67.4 | 157.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1rg1 | 2 | Q9NUW8 | 98.92 | 0.0 |
X-RAY |
2004-03-02 | SER | C:67 | A:190 | 22.0 | 0.191 | S | -66.1 | 159.3 | 22.0 | 0.191 | 0.0 |
HOH |
5.617 |
O |
O |
||
SER | D:67 | B:190 | 23.0 | 0.2 | S | -63.8 | 149.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1rg2 | 2 | Q9NUW8 | 98.92 | 0.0 |
X-RAY |
2004-03-02 | SER | C:67 | A:190 | 24.0 | 0.209 | S | -66.7 | 150.9 | 24.0 | 0.209 | 0.0 |
HOH |
3.118 |
O |
O |
||
SER | D:67 | B:190 | 24.0 | 0.209 | S | -65.4 | 149.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1rgt | 2 | Q9NUW8 | 98.92 | 0.0 |
X-RAY |
2004-03-02 | SER | C:67 | A:190 | 22.0 | 0.191 | S | -64.0 | 156.1 | 22.0 | 0.191 | 0.0 |
HOH |
2.957 |
O |
O |
||
SER | D:67 | B:190 | 24.0 | 0.209 | S | -71.6 | 149.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1rgu | 2 | Q9NUW8 | 98.92 | 0.0 |
X-RAY |
2004-03-02 | SER | C:67 | A:190 | 23.0 | 0.2 | S | -61.7 | 154.8 | 23.0 | 0.2 | 0.0 |
HOH |
2.848 |
O |
O |
||
SER | D:67 | B:190 | 25.0 | 0.217 | S | -67.3 | 153.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1rh0 | 2 | Q9NUW8 | 98.92 | 0.0 |
X-RAY |
2004-03-02 | SER | C:67 | A:190 | 25.0 | 0.217 | S | -67.0 | 154.5 | 25.0 | 0.217 | 0.0 |
HOH |
2.890 |
O |
O |
||
SER | D:67 | B:190 | 24.0 | 0.209 | S | -67.8 | 157.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
5nw9 | 1 | Q9NUW8 | 98.92 | 0.0 |
X-RAY |
2018-01-10 | SER | A:67 | A:190 | 19.0 | 0.165 | S | -53.3 | 145.2 | 19.0 | 0.165 | 0.0 |
HOH |
3.038 |
O |
O |
||
SER | B:67 | B:190 | 22.0 | 0.191 | -48.2 | 153.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
5nwa | 1 | Q9NUW8 | 98.92 | 0.0 |
X-RAY |
2018-01-10 | SER | A:67 | A:190 | 21.0 | 0.183 | -51.6 | 151.8 | 21.0 | 0.183 | 0.0 | |||||||
SER | C:67 | B:190 | 18.0 | 0.157 | S | -66.1 | 158.5 | NA | NA | NA |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-q9nuw8-f1 | 1 | Q9NUW8 | 100.0 | 0.0 | SER | A:190 | A:190 | 25.0 | 0.217 | -66.6 | 142.3 |