Variant

Genome Chromosome Position VCF ID Ref Alt mRNA Change mRNA Info
GRCh37 chr16 87426041 . C A CCDS10960.1:NM_022818.4:c.8tCg>tAg_NP_073729.1:p.3S>* Homo sapiens microtubule associated protein 1 light chain 3 beta (MAP1LC3B), mRNA.
pdb_id
label_asym_id
label_seq_id
label_comp_id
auth_asym_id
auth_seq_id
alphafold_id
label_asym_id
label_seq_id
label_comp_id
auth_asym_id
auth_seq_id

PDB

Entity Residue Monomer BioUnit Ligand View
PDB Entity Uniprot Identity Evalue ExpMethod Date Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ ASA rASA ΔASA Interaction Name Distance Atom(p) Atom(l)
5gmv 1 Q9GZQ8 100.0 1e-89 X-RAY
2017-03-08 SER A:3 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER C:3 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
2zjd 1 Q9GZQ8 100.0 1e-89 X-RAY
2008-06-03 SER A:8 A:3 74.0 0.643 -147.4 147.3 74.0 0.643 0.0 HOH
2.621
O
O
SER C:8 C:3 65.0 0.565 -146.4 155.5 NA NA NA
5d94 1 Q9GZQ8 100.0 1e-89 X-RAY
2015-10-21 SER A:8 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
6lan 1 Q8IVM0,Q9GZQ8 99.2 1e-88 X-RAY
2020-09-30 SER A:13 A:3 80.0 0.696 -62.4 138.6 80.0 0.696 0.0 HOH
2.390
HG
O
5wrd 1 Q9CQV6 95.2 2e-86 X-RAY
2017-03-29 SER A:3 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER B:3 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
5yiq 1 Q9CQV6 95.2 2e-86 X-RAY
2018-05-23 SER A:3 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
5yis 1 Q9CQV6 95.2 2e-86 X-RAY
2018-05-23 SER A:3 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER B:3 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
2n9x 1 Q9GZQ8 100.0 3e-86 NMR
2016-12-14 SER A:3 A:3 112.0 0.974 S -88.4 -29.3 111.0 0.965 0.009 B:Q8IVP5:0.009
6j04 1 Q9GZQ8 99.19 6e-86 X-RAY
2019-11-06 SER A:3 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER B:3 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER C:3 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER D:3 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
2z0e 2 Q62625 95.97 6e-86 X-RAY
2007-05-22 SER B:8 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
2zzp 2 Q62625 95.97 6e-86 X-RAY
2009-03-03 SER B:8 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
5xad 1 Q9GZQ8 100.0 2e-85 X-RAY
2017-07-12 SER A:2 A:3 84.0 0.73 -121.5 124.5 42.0 0.365 0.365 C:A0A129J378:0.365
HOH
4.959
N
O
SER B:2 B:3 74.0 0.643 -114.9 123.2 NA NA NA
2k6q 1 Q62625 98.33 3e-85 NMR
2008-09-02 SER A:4 A:3 118.0 1.0 -119.0 -58.6 118.0 1.0 0.0
5xac 1 Q9GZQ8 100.0 4e-85 X-RAY
2017-07-12 SER A:13 A:3 124.0 1.0 -60.3 148.8 124.0 1.0 0.0 HOH
1.890
O
O
SER B:13 B:3 102.0 0.887 -54.9 127.7 101.0 0.878 0.009 A:Q9GZQ8:0.009
HOH
2.779
OG
O
SER C:13 C:3 71.0 0.617 -151.7 106.3 71.0 0.617 0.0 HOH
4.376
OG
O
SER D:13 D:3 54.0 0.47 -67.2 139.4 33.0 0.287 0.183 C:Q9GZQ8:0.183
HOH
2.647
O
O
5xae 1 Q9GZQ8 100.0 4e-85 X-RAY
2017-07-12 SER A:25 A:1 102.0 0.887 -56.8 140.1 99.0 0.861 0.026 B:Q9GZQ8:0.026
HOH
4.972
O
O
SER B:25 B:1 114.0 0.991 -62.5 141.4 114.0 0.991 0.0 HOH
8.079
C
O
SER C:25 C:1 103.0 0.896 -56.9 130.9 101.0 0.878 0.018 B:Q9GZQ8:0.017
HOH
4.318
N
O
SER D:25 D:1 98.0 0.852 -55.7 132.5 98.0 0.852 0.0 HOH
3.751
C
O
1ugm 1 Q62625 98.33 5e-85 X-RAY
2004-07-06 SER A:8 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
2z0d 2 Q62625 98.33 5e-85 X-RAY
2007-05-22 SER B:8 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
5ms2 2 Q9GZQ8 100.0 6e-85 X-RAY
2017-04-19 SER B:8 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
5v4k 1 Q9GZQ8 100.0 2e-84 X-RAY
2017-05-17 SER A:16 A:1003 90.0 NA T -64.9 -33.2 90.0 NA NA
SER B:16 B:1003 73.0 NA -58.3 136.1 73.0 NA NA HOH
9.330
N
O
3vtw 1 Q96CV9,Q9GZQ8 100.0 3e-84 X-RAY
2013-06-26 SER A:33 A:18 104.0 0.904 -51.7 140.3 104.0 0.904 0.0 HOH
6.639
OG
O
SER B:33 B:18 101.0 0.878 -51.8 152.2 NA NA NA
SER C:33 C:18 99.0 0.861 -80.8 150.6 NA NA NA
3wao 1 O75143,Q9GZQ8 100.0 3e-84 X-RAY
2013-12-25 SER A:18 A:19 50.0 0.435 -172.8 152.7 50.0 0.435 0.0
SER B:18 B:19 54.0 0.47 S 44.5 42.4 NA NA NA
SER C:18 C:19 88.0 0.765 -60.1 135.8 NA NA NA
SER D:18 D:19 79.0 0.687 42.0 60.1 NA NA NA
3x0w 1 Q9GZQ8 100.0 5e-84 X-RAY
2015-01-14 SER A:18 A:30 83.0 0.722 G -65.5 -23.8 83.0 0.722 0.0 HOH
9.152
O
O
SER B:18 B:30 90.0 0.783 -58.0 150.9 NA NA NA
3vtv 1 Q96CV9,Q9GZQ8 100.0 5e-84 X-RAY
2013-06-26 SER A:18 A:18 95.0 0.826 -74.4 159.8 95.0 0.826 0.0 HOH
4.226
O
O
4waa 1 Q9GZQ8 100.0 6e-84 X-RAY
2015-09-09 SER A:18 A:19 76.0 0.661 -117.4 -176.2 76.0 0.661 0.0 HOH
4.973
CB
O
SER B:18 B:19 70.0 0.609 S -71.3 138.1 70.0 0.609 0.0 HOH
3.015
OG
O
5dcn 1 Q9GZQ8 100.0 6e-84 X-RAY
2016-03-09 SER A:10 A:3 97.0 0.843 -71.1 152.2 97.0 0.843 0.0 SO4
SO4
HOH
8.493
9.139
4.539
N
OG
N
O4
O1
O
3vtu 1 Q9GZQ8 99.16 7e-84 X-RAY
2013-06-26 SER A:7 A:7 106.0 0.922 -69.1 153.3 106.0 0.922 0.0 HOH
3.209
N
O
7elg 1 Q9GZQ8 99.16 7e-84 X-RAY
2021-10-13 SER A:7 A:7 113.0 0.983 -70.9 152.1 113.0 0.983 0.0 HOH
3.456
CA
O
5ms5 1 Q5ZUV9,Q9GZQ8 100.0 9e-84 X-RAY
2017-04-19 SER A:21 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER B:21 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
5ms6 1 Q9GZQ8 100.0 9e-84 X-RAY
2017-04-19 SER A:21 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER B:21 B:3 139.0 1.0 360.0 -23.4 NA NA NA
7r9w 1 Q9H492 82.5 3e-72 X-RAY
2022-01-12 SER A:5 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
7r9z 1 Q9H492 82.5 3e-72 X-RAY
2022-01-12 SER A:5 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
7ra0 1 Q9H492 82.5 3e-72 X-RAY
2022-01-12 SER A:5 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
5cx3 1 Q9H492 82.5 4e-72 X-RAY
2016-08-03 SER A:3 A:3 129.0 1.0 360.0 157.5 129.0 1.0 0.0 HOH
9.407
C
O
SER B:3 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER C:3 C:3 135.0 1.0 360.0 159.3 135.0 1.0 0.0 HOH
4.446
OG
O
SER D:3 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
3eci 1 Q9H492 82.5 5e-72 X-RAY
2008-10-14 SER A:4 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER B:4 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
3wal 1 Q9H492 80.99 4e-71 X-RAY
2013-12-25 SER A:7 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
5dpr 1 Q9Y4G2,Q9H492 81.67 5e-71 X-RAY
2016-09-28 SER A:18 A:14 73.0 0.635 T -83.7 -23.9 73.0 0.635 0.0 HOH
2.576
HB2
O
SER B:18 B:14 70.0 0.609 T -94.7 76.2 NA NA NA
SER C:18 C:14 57.0 0.496 S -87.8 78.6 NA NA NA
SER D:18 D:14 71.0 0.617 S 92.6 -44.1 NA NA NA
3wan 1 O75143,Q9H492 81.67 5e-71 X-RAY
2013-12-25 SER A:18 A:19 91.0 0.791 G -72.4 -10.5 91.0 0.791 0.0 HOH
2.741
OG
O
SER B:18 B:19 50.0 0.435 -64.8 144.8 50.0 0.435 0.0 HOH
2.623
O
O
4zdv 1 Q9H492 82.35 6e-71 X-RAY
2015-06-03 SER A:15 A:3 65.0 0.565 G -60.5 -30.3 65.0 0.565 0.0 HOH
2.720
O
O

AlphaFold DB

Entity Residue Monomer View
ID Entity Uniprot Identity Evalue Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ
af-q9gzq8-f1 1 Q9GZQ8 100.0 4e-90 SER A:3 A:3 71.0 0.617 -52.6 128.6
af-a6nce7-f1 1 A6NCE7 99.2 5e-89 SER A:3 A:3 71.0 0.617 -56.2 130.5
af-q9h492-f1 1 Q9H492 82.5 1e-72 SER A:3 A:3 53.0 0.461 -58.9 126.5