Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr17 | 46973027 | . | C | A | CCDS11539.1:NM_001002027.1:c.307Ctc>Atc_NP_001002027.1:p.103L>I | Homo sapiens ATP synthase, H+ transporting, mitochondrial Fo complex subunit C1 (subunit 9) (ATP5G1), transcript variant 1, mRNA. |
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PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
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PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
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2020-09-23 | LEU | N:103 | 1:42 | 95.0 | 0.559 | G | -119.7 | 47.2 | 45.0 | 0.265 | 0.294 |
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N:P17605:0.3 |
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O:P17605:0.224 |
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T:P17605:0.247 |
|||||||||||||
6za9 | 1 | P17605 | 91.91 | 1e-83 |
EM |
2020-09-23 | LEU | A:103 | 1:42 | 94.0 | 0.553 | G | -119.3 | 48.0 | 51.0 | 0.3 | 0.253 |
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|||||||||||||
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B:P17605:0.247 |
||||||||||||
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C:P17605:0.218 |
||||||||||||
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D:P17605:0.224 |
|||||||||||||
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||||||||||||
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F:P17605:0.247 |
|||||||||||||
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EM |
2020-09-09 | LEU | K:42 | K:42 | 78.0 | 0.459 | G | -89.2 | 37.1 | 31.0 | 0.182 | 0.277 |
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K:P07926:0.276 |
|||||||||||||
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|||||||||||||
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||||||||||||
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||||||||||||
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|||||||||||||
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||||||||||||
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EM |
2020-09-09 | LEU | K:42 | K:42 | 77.0 | 0.453 | G | -126.4 | 3.0 | 23.0 | 0.135 | 0.318 |
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||||||||||||
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EM |
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||||||||||||
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|||||||||||||
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|||||||||||||
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EM |
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|||||
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D:P07926:0.318 |
||||||||||||
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G:P07926:0.3 |
||||||||||||
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||||||||||||
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EM |
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||||||||||||
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||||||||||||
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H:P07926:0.259 |
||||||||||||
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||||||||||||
6zik | 4 | P07926 | 100.0 | 2e-46 |
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2020-09-09 | LEU | D:42 | K:42 | 90.0 | 0.529 | G | -126.9 | 27.5 | 37.0 | 0.218 | 0.311 |
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D:P07926:0.253 |
||||||||||||
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||||||||||||
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F:P07926:0.247 |
||||||||||||
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||||||||||||
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H:P07926:0.3 |
||||||||||||
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||||||||||||
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||||||||||||
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2020-09-09 | LEU | I:42 | M:42 | 89.0 | 0.524 | -129.1 | 6.3 | 89.0 | 0.524 | 0.0 | |||||||
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|||||||||||||
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|||||||||||||
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EM |
2020-09-09 | LEU | I:42 | R:42 | 62.0 | 0.365 | -137.9 | 29.0 | 62.0 | 0.365 | 0.0 | |||||||
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|||||||||||||
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|||||
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||||||||||||
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|||||||||||||
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||||||||||||
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E:F1RWF6:0.253 |
|||||||||||||
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F:F1RWF6:0.253 |
||||||||||||
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||||||||||||
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H:F1RWF6:0.241 |
|||||||||||||
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EM |
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|||||
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|||||||||||||
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C:F1RWF6:NA |
||||||||||||
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E:F1RWF6:0.212 |
|||||||||||||
LEU | G:42 | AP:42 | 45.0 | NA | G | -127.6 | 6.6 | 22.0 | NA | NA |
F:F1RWF6:NA |
||||||||||||
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|||||||||||||
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Z:F1RWF6:NA |
|||||||||||||
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||||||||||||
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LEU | K:41 | K:42 | 48.0 | NA | I | -66.2 | -57.5 | 48.0 | NA | NA | |||||||||||||
LEU | L:41 | L:42 | 54.0 | NA | I | -67.6 | -66.2 | 54.0 | NA | NA | |||||||||||||
LEU | M:41 | M:42 | 70.0 | NA | T | -71.0 | 125.0 | 70.0 | NA | NA | |||||||||||||
LEU | N:41 | N:42 | 41.0 | NA | I | -73.1 | -58.9 | 41.0 | NA | NA | |||||||||||||
LEU | O:41 | O:42 | 50.0 | NA | I | -72.5 | -77.1 | 50.0 | NA | NA | |||||||||||||
LEU | P:41 | P:42 | 41.0 | NA | I | -65.6 | -78.3 | 41.0 | NA | NA | |||||||||||||
LEU | Q:41 | Q:42 | 46.0 | NA | T | -104.9 | -51.4 | 46.0 | NA | NA | |||||||||||||
6j54 | 10 | Q4VT52 | 98.61 | 1e-43 |
EM |
2019-06-26 | LEU | J:41 | K:42 | 36.0 | 0.212 | I | -72.1 | -43.7 | 10.0 | 0.059 | 0.153 |
K:Q4VT52:0.153 |
|||||
LEU | K:41 | L:42 | 49.0 | 0.288 | I | -76.4 | -32.3 | 17.0 | 0.1 | 0.188 |
L:Q4VT52:0.188 |
||||||||||||
LEU | L:41 | M:42 | 23.0 | 0.135 | I | -74.8 | -27.2 | 6.0 | 0.035 | 0.1 |
M:Q4VT52:0.1 |
||||||||||||
LEU | M:41 | N:42 | 88.0 | 0.518 | T | -66.8 | -26.2 | 30.0 | 0.176 | 0.342 |
N:Q4VT52:0.341 |
||||||||||||
LEU | N:41 | O:42 | 60.0 | 0.353 | T | -79.2 | -54.8 | 28.0 | 0.165 | 0.188 |
O:Q4VT52:0.188 |
||||||||||||
LEU | O:41 | P:42 | 67.0 | 0.394 | I | -71.6 | -54.8 | 20.0 | 0.118 | 0.276 |
P:Q4VT52:0.276 |
||||||||||||
LEU | P:41 | Q:42 | 62.0 | 0.365 | I | -70.1 | -59.5 | 17.0 | 0.1 | 0.265 |
Q:Q4VT52:0.265 |
||||||||||||
LEU | Q:41 | R:42 | 60.0 | 0.353 | I | -76.5 | -41.2 | 28.0 | 0.165 | 0.188 |
J:Q4VT52:0.188 |
||||||||||||
6j5a | 10 | Q4VT52 | 98.61 | 1e-43 |
EM |
2019-06-26 | LEU | J:41 | K:42 | 38.0 | 0.224 | I | -72.2 | -43.7 | 10.0 | 0.059 | 0.165 |
K:Q4VT52:0.165 |
|||||
LEU | K:41 | L:42 | 51.0 | 0.3 | I | -76.4 | -32.3 | 18.0 | 0.106 | 0.194 |
L:Q4VT52:0.194 |
||||||||||||
LEU | L:41 | M:42 | 23.0 | 0.135 | I | -74.7 | -27.3 | 6.0 | 0.035 | 0.1 |
M:Q4VT52:0.1 |
||||||||||||
LEU | M:41 | N:42 | 88.0 | 0.518 | T | -66.8 | -26.2 | 30.0 | 0.176 | 0.342 |
N:Q4VT52:0.341 |
||||||||||||
LEU | N:41 | O:42 | 58.0 | 0.341 | T | -79.2 | -54.8 | 27.0 | 0.159 | 0.182 |
O:Q4VT52:0.182 |
||||||||||||
LEU | O:41 | P:42 | 66.0 | 0.388 | I | -71.5 | -54.8 | 21.0 | 0.124 | 0.264 |
P:Q4VT52:0.265 |
||||||||||||
LEU | P:41 | Q:42 | 59.0 | 0.347 | I | -70.1 | -59.6 | 15.0 | 0.088 | 0.259 |
Q:Q4VT52:0.259 |
||||||||||||
LEU | Q:41 | R:42 | 60.0 | 0.353 | I | -76.5 | -41.2 | 27.0 | 0.159 | 0.194 |
J:Q4VT52:0.194 |
||||||||||||
6j5i | 18 | Q4VT52 | 98.61 | 1e-43 |
EM |
2019-06-26 | LEU | V:41 | K:42 | 37.0 | 0.218 | I | -72.2 | -43.7 | 9.0 | 0.053 | 0.165 |
W:Q4VT52:0.165 |
|||||
LEU | W:41 | L:42 | 50.0 | 0.294 | I | -76.4 | -32.3 | 17.0 | 0.1 | 0.194 |
X:Q4VT52:0.194 |
||||||||||||
LEU | X:41 | M:42 | 24.0 | 0.141 | I | -74.6 | -27.3 | 7.0 | 0.041 | 0.1 |
Y:Q4VT52:0.1 |
||||||||||||
LEU | Y:41 | N:42 | 87.0 | 0.512 | T | -66.7 | -26.2 | 28.0 | 0.165 | 0.347 |
Z:Q4VT52:0.347 |
||||||||||||
LEU | Z:41 | O:42 | 60.0 | 0.353 | T | -79.1 | -54.9 | 28.0 | 0.165 | 0.188 |
AA:Q4VT52:0.188 |
||||||||||||
LEU | AA:41 | P:42 | 66.0 | 0.388 | I | -71.5 | -54.8 | 19.0 | 0.112 | 0.276 |
BA:Q4VT52:0.276 |
||||||||||||
LEU | BA:41 | Q:42 | 61.0 | 0.359 | I | -70.1 | -59.5 | 17.0 | 0.1 | 0.259 |
CA:Q4VT52:0.259 |
||||||||||||
LEU | CA:41 | R:42 | 57.0 | 0.335 | I | -76.5 | -41.2 | 25.0 | 0.147 | 0.188 |
V:Q4VT52:0.188 |
||||||||||||
6j5j | 18 | Q4VT52 | 98.61 | 1e-43 |
EM |
2019-06-26 | LEU | V:41 | K:42 | 38.0 | 0.224 | I | -72.0 | -43.8 | 10.0 | 0.059 | 0.165 |
W:Q4VT52:0.165 |
|||||
LEU | W:41 | L:42 | 51.0 | 0.3 | I | -76.4 | -32.3 | 18.0 | 0.106 | 0.194 |
X:Q4VT52:0.194 |
||||||||||||
LEU | X:41 | M:42 | 24.0 | 0.141 | I | -74.7 | -27.3 | 7.0 | 0.041 | 0.1 |
Y:Q4VT52:0.1 |
||||||||||||
LEU | Y:41 | N:42 | 88.0 | 0.518 | T | -66.8 | -26.2 | 30.0 | 0.176 | 0.342 |
Z:Q4VT52:0.341 |
||||||||||||
LEU | Z:41 | O:42 | 59.0 | 0.347 | T | -79.2 | -54.8 | 26.0 | 0.153 | 0.194 |
AA:Q4VT52:0.194 |
||||||||||||
LEU | AA:41 | P:42 | 65.0 | 0.382 | I | -71.6 | -54.8 | 20.0 | 0.118 | 0.264 |
BA:Q4VT52:0.265 |
||||||||||||
LEU | BA:41 | Q:42 | 61.0 | 0.359 | I | -70.1 | -59.6 | 16.0 | 0.094 | 0.265 |
CA:Q4VT52:0.265 |
||||||||||||
LEU | CA:41 | R:42 | 56.0 | 0.329 | I | -76.5 | -41.2 | 25.0 | 0.147 | 0.182 |
V:Q4VT52:0.182 |
||||||||||||
6j5k | 18 | Q4VT52 | 98.61 | 1e-43 |
EM |
2019-06-26 | LEU | V:41 | K:42 | 38.0 | 0.224 | I | -72.0 | -43.8 | 10.0 | 0.059 | 0.165 |
W:Q4VT52:0.165 |
|||||
LEU | W:41 | L:42 | 48.0 | 0.282 | I | -76.4 | -32.3 | 18.0 | 0.106 | 0.176 |
X:Q4VT52:0.176 |
||||||||||||
LEU | X:41 | M:42 | 25.0 | 0.147 | I | -74.7 | -27.3 | 6.0 | 0.035 | 0.112 |
Y:Q4VT52:0.112 |
||||||||||||
LEU | Y:41 | N:42 | 88.0 | 0.518 | T | -66.9 | -26.1 | 29.0 | 0.171 | 0.347 |
Z:Q4VT52:0.347 |
||||||||||||
LEU | Z:41 | O:42 | 59.0 | 0.347 | T | -79.2 | -54.8 | 25.0 | 0.147 | 0.2 |
AA:Q4VT52:0.2 |
||||||||||||
LEU | AA:41 | P:42 | 66.0 | 0.388 | I | -71.6 | -54.8 | 21.0 | 0.124 | 0.264 |
BA:Q4VT52:0.265 |
||||||||||||
LEU | BA:41 | Q:42 | 61.0 | 0.359 | I | -70.1 | -59.5 | 16.0 | 0.094 | 0.265 |
CA:Q4VT52:0.265 |
||||||||||||
LEU | CA:41 | R:42 | 58.0 | 0.341 | I | -76.5 | -41.2 | 26.0 | 0.153 | 0.188 |
V:Q4VT52:0.188 |
||||||||||||
LEU | ZA:41 | AK:42 | 38.0 | 0.224 | I | -72.0 | -43.8 | 10.0 | 0.059 | 0.165 |
AB:Q4VT52:0.165 |
||||||||||||
LEU | AB:41 | AL:42 | 51.0 | 0.3 | I | -76.4 | -32.3 | 18.0 | 0.106 | 0.194 |
BB:Q4VT52:0.194 |
||||||||||||
LEU | BB:41 | AM:42 | 23.0 | 0.135 | I | -74.8 | -27.3 | 6.0 | 0.035 | 0.1 |
CB:Q4VT52:0.1 |
||||||||||||
LEU | CB:41 | AN:42 | 87.0 | 0.512 | T | -66.9 | -26.2 | 29.0 | 0.171 | 0.341 |
DB:Q4VT52:0.341 |
||||||||||||
LEU | DB:41 | AO:42 | 60.0 | 0.353 | T | -79.3 | -54.8 | 26.0 | 0.153 | 0.2 |
EB:Q4VT52:0.2 |
||||||||||||
LEU | EB:41 | AP:42 | 66.0 | 0.388 | I | -71.6 | -54.8 | 19.0 | 0.112 | 0.276 |
FB:Q4VT52:0.276 |
||||||||||||
LEU | FB:41 | AQ:42 | 61.0 | 0.359 | I | -70.1 | -59.6 | 16.0 | 0.094 | 0.265 |
GB:Q4VT52:0.265 |
||||||||||||
LEU | GB:41 | AR:42 | 58.0 | 0.341 | I | -76.5 | -41.1 | 26.0 | 0.153 | 0.188 |
ZA:Q4VT52:0.188 |
||||||||||||
LEU | DC:41 | BK:42 | 37.0 | 0.218 | I | -72.2 | -43.7 | 9.0 | 0.053 | 0.165 |
EC:Q4VT52:0.165 |
||||||||||||
LEU | EC:41 | BL:42 | 50.0 | 0.294 | I | -76.4 | -32.3 | 17.0 | 0.1 | 0.194 |
FC:Q4VT52:0.194 |
||||||||||||
LEU | FC:41 | BM:42 | 22.0 | 0.129 | I | -74.6 | -27.3 | 5.0 | 0.029 | 0.1 |
GC:Q4VT52:0.1 |
||||||||||||
LEU | GC:41 | BN:42 | 88.0 | 0.518 | T | -66.7 | -26.2 | 30.0 | 0.176 | 0.342 |
HC:Q4VT52:0.341 |
||||||||||||
LEU | HC:41 | BO:42 | 59.0 | 0.347 | T | -79.1 | -55.0 | 26.0 | 0.153 | 0.194 |
IC:Q4VT52:0.194 |
||||||||||||
LEU | IC:41 | BP:42 | 67.0 | 0.394 | I | -71.5 | -54.8 | 21.0 | 0.124 | 0.27 |
JC:Q4VT52:0.271 |
||||||||||||
LEU | JC:41 | BQ:42 | 63.0 | 0.371 | I | -70.1 | -59.6 | 17.0 | 0.1 | 0.271 |
KC:Q4VT52:0.271 |
||||||||||||
LEU | KC:41 | BR:42 | 60.0 | 0.353 | I | -76.5 | -41.2 | 26.0 | 0.153 | 0.2 |
DC:Q4VT52:0.2 |
||||||||||||
LEU | HD:41 | CK:42 | 37.0 | 0.218 | I | -72.2 | -43.7 | 10.0 | 0.059 | 0.159 |
ID:Q4VT52:0.159 |
||||||||||||
LEU | ID:41 | CL:42 | 52.0 | 0.306 | I | -76.4 | -32.3 | 18.0 | 0.106 | 0.2 |
JD:Q4VT52:0.2 |
||||||||||||
LEU | JD:41 | CM:42 | 23.0 | 0.135 | I | -74.7 | -27.3 | 6.0 | 0.035 | 0.1 |
KD:Q4VT52:0.1 |
||||||||||||
LEU | KD:41 | CN:42 | 87.0 | 0.512 | T | -66.8 | -26.1 | 29.0 | 0.171 | 0.341 |
LD:Q4VT52:0.341 |
||||||||||||
LEU | LD:41 | CO:42 | 60.0 | 0.353 | T | -79.1 | -54.9 | 28.0 | 0.165 | 0.188 |
MD:Q4VT52:0.188 |
||||||||||||
LEU | MD:41 | CP:42 | 66.0 | 0.388 | I | -71.5 | -54.8 | 20.0 | 0.118 | 0.27 |
ND:Q4VT52:0.271 |
||||||||||||
LEU | ND:41 | CQ:42 | 60.0 | 0.353 | I | -70.1 | -59.5 | 15.0 | 0.088 | 0.265 |
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||||||||||||
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