Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr17 | 34416569 | . | A | C | CCDS11307.1:NM_002983.2:c.148Tac>Gac_NP_002974.1:p.50Y>D | Homo sapiens C-C motif chemokine ligand 3 (CCL3), mRNA. |
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
4zkb | 2 | P10147 | 100.0 | 2e-47 |
X-RAY |
2015-07-08 | TYR | B:27 | B:27 | 69.0 | NA | B | -140.3 | -171.4 | 69.0 | NA | NA | ||||||
2x69 | 1 | P10147 | 100.0 | 2e-47 |
X-RAY |
2010-11-03 | TYR | A:28 | A:28 | 51.0 | 0.222 | E | -150.5 | 151.3 | NA | NA | NA | ||||||
TYR | B:28 | B:28 | 39.0 | 0.17 | E | -153.9 | 160.4 | 39.0 | 0.17 | 0.0 | |||||||||||||
TYR | C:28 | C:28 | 47.0 | 0.204 | E | -158.1 | 150.4 | 47.0 | 0.204 | 0.0 | |||||||||||||
TYR | D:28 | D:28 | 41.0 | 0.178 | E | -157.7 | 158.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
TYR | E:28 | E:28 | 40.0 | 0.174 | E | -147.4 | 173.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
3h44 | 2 | P10147 | 100.0 | 2e-47 |
X-RAY |
2010-04-14 | TYR | C:28 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
TYR | D:28 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
5cor | 1 | P10147 | 100.0 | 2e-47 |
X-RAY |
2016-04-13 | TYR | A:28 | A:28 | 47.0 | 0.204 | E | -142.7 | 155.8 | 47.0 | 0.204 | 0.0 |
HEZ HEZ HOH |
3.220 6.391 7.721 |
OH O CB |
C2 C1 O |
||
TYR | B:28 | B:28 | 48.0 | 0.209 | E | -134.4 | 152.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
TYR | C:28 | C:28 | 49.0 | 0.213 | E | -129.9 | 154.9 | 16.0 | 0.07 | 0.143 |
A:P10147:0.143 |
HEZ HOH |
7.475 5.726 |
CB O |
O1 O |
||||||||
TYR | D:28 | D:28 | 41.0 | 0.178 | E | -138.6 | 158.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
TYR | E:28 | E:28 | 44.0 | 0.191 | E | -142.8 | 156.6 | 17.0 | 0.074 | 0.117 |
C:P10147:0.117 |
HEZ HOH |
3.185 7.000 |
OH CE2 |
C3 O |
||||||||
TYR | F:28 | F:28 | 46.0 | 0.2 | E | -145.1 | 153.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
TYR | G:28 | G:28 | 42.0 | 0.183 | E | -137.9 | 156.9 | 11.0 | 0.048 | 0.135 |
E:P10147:0.135 |
HEZ HOH |
3.433 4.280 |
OH CE2 |
O6 O |
||||||||
TYR | H:28 | H:28 | 41.0 | 0.178 | E | -135.1 | 159.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
TYR | I:28 | I:28 | 43.0 | 0.187 | E | -133.8 | 157.3 | 20.0 | 0.087 | 0.1 |
G:P10147:0.1 |
HOH |
6.961 |
O |
O |
||||||||
TYR | J:28 | J:28 | 45.0 | 0.196 | E | -137.3 | 152.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
5d65 | 1 | P10147 | 100.0 | 2e-47 |
X-RAY |
2016-04-20 | TYR | A:28 | A:28 | 47.0 | 0.204 | E | -147.7 | 148.7 | 15.0 | 0.065 | 0.139 |
B:P10147:0.139 |
BGC |
8.380 |
N |
O4 |
|
TYR | B:28 | B:28 | 49.0 | 0.213 | E | -138.6 | 153.7 | 17.0 | 0.074 | 0.139 |
E:P10147:0.139 |
IDS SGN BGC |
9.197 7.850 6.708 |
N N CE2 |
O6A O2S O2 |
||||||||
TYR | C:28 | C:28 | 34.0 | 0.148 | E | -156.4 | 162.8 | 34.0 | 0.148 | 0.0 |
BGC |
8.393 |
CB |
O6 |
|||||||||
TYR | D:28 | D:28 | 41.0 | 0.178 | E | -143.6 | 150.9 | 15.0 | 0.065 | 0.113 |
C:P10147:0.113 |
||||||||||||
TYR | E:28 | E:28 | 46.0 | 0.2 | E | -137.1 | 150.4 | 46.0 | 0.2 | 0.0 | |||||||||||||
3kbx | 1 | P10147 | 97.14 | 1e-46 |
X-RAY |
2010-10-27 | TYR | A:28 | A:28 | 40.0 | 0.174 | E | -165.6 | 159.9 | 40.0 | 0.174 | 0.0 |
HOH |
9.855 |
C |
O |
||
TYR | B:28 | B:28 | 40.0 | 0.174 | E | -161.9 | 156.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
TYR | C:28 | C:28 | 43.0 | 0.187 | E | -156.9 | 156.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
TYR | D:28 | D:28 | 42.0 | 0.183 | E | -160.1 | 162.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
TYR | E:28 | E:28 | 43.0 | 0.187 | E | -163.7 | 179.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
3fpu | 2 | P10147 | 98.55 | 3e-46 |
X-RAY |
2010-01-12 | TYR | B:28 | B:28 | 70.0 | 0.304 | E | -145.9 | 158.8 | 70.0 | 0.304 | 0.0 |
HOH |
2.831 |
O |
O |
||
2x6g | 1 | P10147 | 98.57 | 3e-46 |
X-RAY |
2010-11-03 | TYR | A:28 | A:28 | 57.0 | 0.248 | E | -148.4 | 168.7 | NA | NA | NA | ||||||
TYR | B:28 | B:28 | 41.0 | 0.178 | E | -140.3 | 156.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
TYR | C:28 | C:28 | 47.0 | 0.204 | E | -138.4 | 154.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
TYR | D:28 | D:28 | 52.0 | 0.226 | E | -143.9 | 168.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
TYR | E:28 | E:28 | 63.0 | 0.274 | E | -144.9 | 173.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
TYR | F:28 | F:28 | 48.0 | 0.209 | E | -148.0 | 157.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
TYR | G:28 | G:28 | 40.0 | 0.174 | E | -142.7 | 163.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
TYR | H:28 | H:28 | 61.0 | 0.265 | E | -146.0 | 157.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
TYR | I:28 | I:28 | 34.0 | 0.148 | E | -141.8 | 157.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
TYR | J:28 | J:28 | 58.0 | 0.252 | E | -126.0 | 161.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
TYR | K:28 | K:28 | 75.0 | 0.326 | E | -149.2 | 166.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
TYR | L:28 | L:28 | 68.0 | 0.296 | E | -139.2 | 164.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
TYR | M:28 | M:28 | 54.0 | 0.235 | E | -139.9 | 148.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
TYR | N:28 | N:28 | 52.0 | 0.226 | E | -160.3 | 160.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
TYR | O:28 | O:28 | 73.0 | 0.317 | E | -129.6 | 160.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
TYR | P:28 | P:28 | 83.0 | 0.361 | E | -144.8 | 154.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
TYR | Q:28 | Q:28 | 56.0 | 0.243 | E | -134.8 | 164.5 | 56.0 | 0.243 | 0.0 |
HOH |
7.295 |
OH |
O |
|||||||||
TYR | R:28 | R:28 | 69.0 | 0.3 | E | -146.1 | 163.2 | 69.0 | 0.3 | 0.0 |
HOH |
7.841 |
CE2 |
O |
|||||||||
1b50 | 1 | P10147 | 98.55 | 1e-45 |
NMR |
1999-07-22 | TYR | A:27 | A:27 | 49.0 | 0.213 | E | 175.6 | 175.1 | 49.0 | 0.213 | 0.0 | ||||||
TYR | B:27 | B:27 | 47.0 | 0.204 | E | 175.7 | 175.0 | 47.0 | 0.204 | 0.0 | |||||||||||||
1b53 | 1 | P10147 | 98.55 | 1e-45 |
NMR |
1999-07-22 | TYR | A:27 | A:27 | 36.0 | 0.157 | 178.8 | -43.5 | 36.0 | 0.157 | 0.0 | |||||||
TYR | B:27 | B:27 | 36.0 | 0.157 | 178.8 | -43.5 | 36.0 | 0.157 | 0.0 | ||||||||||||||
4ra8 | 1 | P10147 | 98.55 | 1e-45 |
X-RAY |
2014-09-24 | TYR | A:28 | A:28 | 52.0 | 0.226 | E | -152.3 | 156.8 | 52.0 | 0.226 | 0.0 |
HOH |
3.050 |
OH |
O |
||
TYR | B:28 | B:28 | 42.0 | 0.183 | E | -137.8 | 157.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
TYR | C:28 | C:28 | 49.0 | 0.213 | E | -155.5 | 157.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
TYR | D:28 | D:28 | 55.0 | 0.239 | E | -150.0 | 171.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
TYR | E:28 | E:28 | 44.0 | 0.191 | E | -141.0 | 157.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
7f1t | 1 | P10147,P51681,P00268 | 98.55 | 3e-43 |
X-RAY |
2021-07-14 | TYR | A:27 | A:-69 | 36.0 | 0.157 | E | -147.5 | 163.9 | 36.0 | 0.157 | 0.0 | ||||||
7f1q | 1 | P10147,P51681 | 98.55 | 8e-43 |
EM |
2021-07-14 | TYR | A:27 | R:27 | 69.0 | 0.3 | E | -123.6 | 144.1 | 69.0 | 0.3 | 0.0 |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-p10147-f1 | 1 | P10147 | 100.0 | 3e-64 | TYR | A:50 | A:50 | 47.0 | 0.204 | E | -140.5 | 157.3 | |
af-p16619-f1 | 1 | P16619 | 94.62 | 3e-59 | TYR | A:51 | A:51 | 45.0 | 0.196 | E | -139.9 | 157.6 |