Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr17 | 34522711 | . | C | A | CCDS32626.1:NM_001001437.3:c.256Gtc>Ttc_NP_001001437.2:p.86V>F | Homo sapiens C-C motif chemokine ligand 3 like 3 (CCL3L3), mRNA. |
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
2x69 | 1 | P10147 | 95.71 | 5e-45 |
X-RAY |
2010-11-03 | VAL | A:63 | A:63 | 28.0 | 0.181 | H | -65.7 | -50.2 | NA | NA | NA | ||||||
VAL | B:63 | B:63 | 25.0 | 0.161 | H | -69.7 | -44.3 | 25.0 | 0.161 | 0.0 | |||||||||||||
VAL | C:63 | C:63 | 23.0 | 0.148 | H | -66.5 | -56.4 | 23.0 | 0.148 | 0.0 | |||||||||||||
VAL | D:63 | D:63 | 29.0 | 0.187 | H | -58.5 | -59.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | E:63 | E:63 | 28.0 | 0.181 | H | -62.6 | -61.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
3h44 | 2 | P10147 | 95.71 | 5e-45 |
X-RAY |
2010-04-14 | VAL | C:63 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
VAL | D:63 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
5cor | 1 | P10147 | 95.71 | 5e-45 |
X-RAY |
2016-04-13 | VAL | A:63 | A:63 | 24.0 | 0.155 | H | -58.9 | -48.4 | 24.0 | 0.155 | 0.0 |
HEZ HOH |
4.786 5.207 |
CG1 N |
C6 O |
||
VAL | B:63 | B:63 | 27.0 | 0.174 | H | -64.4 | -40.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | C:63 | C:63 | 23.0 | 0.148 | H | -66.4 | -42.2 | 12.0 | 0.077 | 0.071 |
A:P10147:0.071 |
HEZ HOH |
5.477 4.296 |
N CB |
O1 O |
||||||||
VAL | D:63 | D:63 | 28.0 | 0.181 | H | -61.6 | -44.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | E:63 | E:63 | 26.0 | 0.168 | H | -63.7 | -40.9 | 13.0 | 0.084 | 0.084 |
C:P10147:0.084 |
HEZ HEZ HOH |
9.267 3.877 4.441 |
N CG1 CG1 |
C6 C1 O |
||||||||
VAL | F:63 | F:63 | 23.0 | 0.148 | H | -61.3 | -44.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | G:63 | G:63 | 24.0 | 0.155 | H | -62.5 | -47.5 | 13.0 | 0.084 | 0.071 |
E:P10147:0.071 |
HEZ HOH |
5.012 4.919 |
CG1 N |
C3 O |
||||||||
VAL | H:63 | H:63 | 25.0 | 0.161 | H | -62.5 | -45.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | I:63 | I:63 | 27.0 | 0.174 | H | -61.7 | -43.2 | 15.0 | 0.097 | 0.077 |
G:P10147:0.077 |
ACT |
9.430 |
N |
O |
||||||||
VAL | J:63 | J:63 | 20.0 | 0.129 | H | -64.1 | -43.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
5d65 | 1 | P10147 | 95.71 | 5e-45 |
X-RAY |
2016-04-20 | VAL | A:63 | A:63 | 29.0 | 0.187 | H | -63.7 | -40.9 | 17.0 | 0.11 | 0.077 |
B:P10147:0.077 |
BGC BGC |
7.855 6.814 |
O C |
O2 O6 |
|
VAL | B:63 | B:63 | 29.0 | 0.187 | H | -62.4 | -44.0 | 17.0 | 0.11 | 0.077 |
E:P10147:0.077 |
IDS SGN IDS SGN BGC |
7.989 8.780 9.709 9.357 4.457 |
N O N N CG1 |
O6A O2S O2S O3 O3 |
||||||||
VAL | C:63 | C:63 | 23.0 | 0.148 | H | -61.5 | -41.5 | 23.0 | 0.148 | 0.0 |
BGC |
6.151 |
N |
O6 |
|||||||||
VAL | D:63 | D:63 | 31.0 | 0.2 | H | -67.1 | -43.8 | 17.0 | 0.11 | 0.09 |
C:P10147:0.09 |
||||||||||||
VAL | E:63 | E:63 | 29.0 | 0.187 | H | -67.8 | -42.6 | 29.0 | 0.187 | 0.0 | |||||||||||||
4zkb | 2 | P10147 | 97.06 | 1e-44 |
X-RAY |
2015-07-08 | VAL | B:62 | B:62 | 75.0 | NA | I | -83.6 | -61.8 | 75.0 | NA | NA | ||||||
3kbx | 1 | P10147 | 92.86 | 3e-44 |
X-RAY |
2010-10-27 | MSE | A:63 | A:63 | 24.0 | 0.13 | H | -68.7 | -44.1 | 24.0 | 0.13 | 0.0 | ||||||
MSE | B:63 | B:63 | 22.0 | 0.119 | H | -65.1 | -44.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
MSE | C:63 | C:63 | 18.0 | 0.097 | H | -72.4 | -43.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
MSE | D:63 | D:63 | 14.0 | 0.076 | H | -69.0 | -54.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
MSE | E:63 | E:63 | 22.0 | 0.119 | H | -67.7 | -56.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
3fpu | 2 | P10147 | 95.59 | 5e-44 |
X-RAY |
2010-01-12 | VAL | B:63 | B:63 | 25.0 | 0.161 | H | -57.0 | -53.1 | 25.0 | 0.161 | 0.0 |
HOH |
4.631 |
N |
O |
||
2x6g | 1 | P10147 | 94.29 | 8e-44 |
X-RAY |
2010-11-03 | VAL | A:63 | A:63 | 20.0 | 0.129 | H | -60.8 | -53.2 | NA | NA | NA | ||||||
VAL | B:63 | B:63 | 25.0 | 0.161 | H | -54.8 | -44.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | C:63 | C:63 | 23.0 | 0.148 | H | -59.6 | -54.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | D:63 | D:63 | 28.0 | 0.181 | H | -65.1 | -46.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | E:63 | E:63 | 22.0 | 0.142 | H | -68.9 | -46.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | F:63 | F:63 | 17.0 | 0.11 | H | -66.4 | -45.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | G:63 | G:63 | 29.0 | 0.187 | H | -59.9 | -47.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | H:63 | H:63 | 47.0 | 0.303 | H | -57.5 | -50.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | I:63 | I:63 | 23.0 | 0.148 | H | -60.1 | -46.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | J:63 | J:63 | 32.0 | 0.206 | H | -58.9 | -48.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | K:63 | K:63 | 29.0 | 0.187 | H | -56.0 | -54.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | L:63 | L:63 | 30.0 | 0.194 | H | -60.9 | -41.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | M:63 | M:63 | 25.0 | 0.161 | H | -65.9 | -42.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | N:63 | N:63 | 25.0 | 0.161 | H | -68.3 | -46.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | O:63 | O:63 | 42.0 | 0.271 | H | -68.6 | -36.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | P:63 | P:63 | 45.0 | 0.29 | H | -61.9 | -44.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | Q:63 | Q:63 | 30.0 | 0.194 | H | -56.5 | -39.9 | 30.0 | 0.194 | 0.0 |
HOH |
2.719 |
CG1 |
O |
|||||||||
VAL | R:63 | R:63 | 12.0 | 0.077 | H | -64.1 | -45.4 | 12.0 | 0.077 | 0.0 |
HOH |
5.044 |
CG2 |
O |
|||||||||
1b50 | 1 | P10147 | 95.59 | 2e-43 |
NMR |
1999-07-22 | VAL | A:62 | A:62 | 9.0 | 0.058 | T | -59.9 | -13.3 | 9.0 | 0.058 | 0.0 | ||||||
VAL | B:62 | B:62 | 8.0 | 0.052 | T | -59.9 | -13.3 | 8.0 | 0.052 | 0.0 | |||||||||||||
1b53 | 1 | P10147 | 95.59 | 2e-43 |
NMR |
1999-07-22 | VAL | A:62 | A:62 | 15.0 | 0.097 | H | -103.4 | -33.8 | 15.0 | 0.097 | 0.0 | ||||||
VAL | B:62 | B:62 | 15.0 | 0.097 | H | -103.4 | -33.9 | 15.0 | 0.097 | 0.0 | |||||||||||||
4ra8 | 1 | P10147 | 94.2 | 2e-43 |
X-RAY |
2014-09-24 | VAL | A:63 | A:63 | 28.0 | 0.181 | H | -65.7 | -46.0 | 28.0 | 0.181 | 0.0 |
HOH |
4.045 |
CB |
O |
||
VAL | B:63 | B:63 | 30.0 | 0.194 | H | -65.8 | -47.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | C:63 | C:63 | 29.0 | 0.187 | H | -65.0 | -47.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | D:63 | D:63 | 29.0 | 0.187 | H | -61.5 | -43.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | E:63 | E:63 | 24.0 | 0.155 | H | -64.6 | -47.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
7f1q | 1 | P10147,P51681 | 95.59 | 2e-40 |
EM |
2021-07-14 | VAL | A:62 | R:62 | 23.0 | 0.148 | H | -67.0 | -21.6 | 23.0 | 0.148 | 0.0 | ||||||
7f1t | 1 | P10147,P51681,P00268 | 95.59 | 7e-40 |
X-RAY |
2021-07-14 | VAL | A:62 | A:-34 | 24.0 | 0.155 | H | -65.6 | -49.3 | 24.0 | 0.155 | 0.0 |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-p16619-f1 | 1 | P16619 | 100.0 | 6e-65 | VAL | A:86 | A:86 | 17.0 | 0.11 | H | -58.5 | -50.3 | |
af-p10147-f1 | 1 | P10147 | 94.62 | 3e-59 | VAL | A:85 | A:85 | 16.0 | 0.103 | H | -58.8 | -50.9 |