Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr17 | 34523293 | . | G | A | CCDS32626.1:NM_001001437.3:c.95aCc>aTc_NP_001001437.2:p.32T>I | Homo sapiens C-C motif chemokine ligand 3 like 3 (CCL3L3), mRNA. |
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
2x69 | 1 | P10147 | 95.71 | 5e-45 |
X-RAY |
2010-11-03 | THR | A:9 | A:9 | 86.0 | 0.614 | -109.1 | 145.1 | NA | NA | NA | |||||||
THR | B:9 | B:9 | 87.0 | 0.621 | -100.3 | 141.8 | 36.0 | 0.257 | 0.364 |
C:P10147:0.364 |
HOH |
7.546 |
OG1 |
O |
|||||||||
THR | C:9 | C:9 | 80.0 | 0.571 | -107.3 | 136.5 | 34.0 | 0.243 | 0.328 |
B:P10147:0.329 |
HOH |
2.958 |
CG2 |
O |
|||||||||
THR | D:9 | D:9 | 82.0 | 0.586 | -101.4 | 135.5 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
THR | E:9 | E:9 | 86.0 | 0.614 | -105.8 | 132.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
3h44 | 2 | P10147 | 95.71 | 5e-45 |
X-RAY |
2010-04-14 | THR | C:9 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
THR | D:9 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
5cor | 1 | P10147 | 95.71 | 5e-45 |
X-RAY |
2016-04-13 | THR | A:9 | A:9 | 79.0 | 0.564 | -120.1 | 145.2 | 79.0 | 0.564 | 0.0 |
HEZ HOH |
9.293 3.435 |
CG2 CG2 |
O1 O |
|||
THR | B:9 | B:9 | 78.0 | 0.557 | -109.3 | 138.9 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
THR | C:9 | C:9 | 76.0 | 0.543 | -107.7 | 141.5 | 76.0 | 0.543 | 0.0 |
HOH |
4.086 |
CB |
O |
||||||||||
THR | D:9 | D:9 | 80.0 | 0.571 | -117.0 | 131.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
THR | E:9 | E:9 | 80.0 | 0.571 | -116.1 | 133.3 | 80.0 | 0.571 | 0.0 |
HOH |
3.337 |
CG2 |
O |
||||||||||
THR | F:9 | F:9 | 76.0 | 0.543 | -118.1 | 142.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
THR | G:9 | G:9 | 76.0 | 0.543 | -120.6 | 143.5 | 76.0 | 0.543 | 0.0 |
ACT HOH |
7.328 3.254 |
O CG2 |
CH3 O |
||||||||||
THR | H:9 | H:9 | 84.0 | 0.6 | -108.9 | 141.9 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
THR | I:9 | I:9 | 83.0 | 0.593 | -119.3 | 136.2 | 83.0 | 0.593 | 0.0 |
HOH |
3.203 |
CG2 |
O |
||||||||||
THR | J:9 | J:9 | 81.0 | 0.579 | -136.6 | 149.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
5d65 | 1 | P10147 | 95.71 | 5e-45 |
X-RAY |
2016-04-20 | THR | A:9 | A:9 | 91.0 | 0.65 | -72.8 | 140.3 | 62.0 | 0.443 | 0.207 |
C:P10147:0.207 |
||||||
THR | B:9 | B:9 | 80.0 | 0.571 | -120.0 | 132.9 | 27.0 | 0.193 | 0.378 |
C:P10147:0.321 D:P10147:0.043 A:P10147:0.014 |
CL BGC |
7.648 3.209 |
O OG1 |
CL O5 |
|||||||||
THR | C:9 | C:9 | 82.0 | 0.586 | -111.9 | 137.0 | 13.0 | 0.093 | 0.493 |
A:P10147:0.164 B:P10147:0.35 |
CL |
7.841 |
O |
CL |
|||||||||
THR | D:9 | D:9 | 78.0 | 0.557 | -104.0 | 131.8 | 24.0 | 0.171 | 0.386 |
E:P10147:0.307 B:P10147:0.079 |
BGC CL |
3.597 7.675 |
OG1 O |
O3 CL |
|||||||||
THR | E:9 | E:9 | 76.0 | 0.543 | -98.9 | 131.4 | 29.0 | 0.207 | 0.336 |
D:P10147:0.336 |
CL |
7.799 |
O |
CL |
|||||||||
4zkb | 2 | P10147 | 97.06 | 1e-44 |
X-RAY |
2015-07-08 | THR | B:8 | B:8 | 196.0 | 1.0 | 360.0 | 101.2 | 110.0 | 0.786 | 0.214 |
A:Q2F862:0.614 |
NAG NAG |
8.030 7.051 |
N N |
O4 N2 |
||
3kbx | 1 | P10147 | 92.86 | 3e-44 |
X-RAY |
2010-10-27 | THR | A:9 | A:9 | 83.0 | 0.593 | -123.5 | 139.6 | 35.0 | 0.25 | 0.343 |
A:P10147:0.343 |
HOH |
4.309 |
OG1 |
O |
||
THR | B:9 | B:9 | 84.0 | 0.6 | -108.3 | 131.5 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
THR | C:9 | C:9 | 86.0 | 0.614 | -106.1 | 137.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
THR | D:9 | D:9 | 83.0 | 0.593 | -99.1 | 134.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
THR | E:9 | E:9 | 80.0 | 0.571 | -107.1 | 125.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
3fpu | 2 | P10147 | 95.59 | 5e-44 |
X-RAY |
2010-01-12 | THR | B:9 | B:9 | 146.0 | 1.0 | -62.9 | 155.2 | 4.0 | 0.029 | 0.971 |
A:P0C8E7:1.0 |
HOH |
2.904 |
OG1 |
O |
||
2x6g | 1 | P10147 | 94.29 | 8e-44 |
X-RAY |
2010-11-03 | THR | A:9 | A:9 | 77.0 | 0.55 | -118.7 | 140.3 | NA | NA | NA | |||||||
THR | B:9 | B:9 | 79.0 | 0.564 | -119.1 | 142.3 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
THR | C:9 | C:9 | 85.0 | 0.607 | -120.5 | 137.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
THR | D:9 | D:9 | 79.0 | 0.564 | -106.4 | 131.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
THR | E:9 | E:9 | 78.0 | 0.557 | -102.8 | 132.8 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
THR | F:9 | F:9 | 82.0 | 0.586 | -114.0 | 135.9 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
THR | G:9 | G:9 | 80.0 | 0.571 | -112.1 | 132.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
THR | H:9 | H:9 | 81.0 | 0.579 | -98.8 | 144.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
THR | I:9 | I:9 | 75.0 | 0.536 | -120.0 | 133.7 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
THR | J:9 | J:9 | 70.0 | 0.5 | -117.1 | 138.3 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
THR | K:9 | K:9 | 92.0 | 0.657 | -121.9 | 140.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
THR | L:9 | L:9 | 88.0 | 0.629 | -62.9 | 128.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
THR | M:9 | M:9 | 91.0 | 0.65 | -100.2 | 149.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
THR | N:9 | N:9 | 87.0 | 0.621 | -113.6 | 146.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
THR | O:9 | O:9 | 74.0 | 0.529 | -116.7 | 141.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
THR | P:9 | P:9 | 79.0 | 0.564 | -119.7 | 149.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
THR | Q:9 | Q:9 | 81.0 | 0.579 | -104.4 | 136.6 | 33.0 | 0.236 | 0.343 |
R:P10147:0.343 |
HOH |
2.871 |
CG2 |
O |
|||||||||
THR | R:9 | R:9 | 78.0 | 0.557 | -133.9 | 119.8 | 31.0 | 0.221 | 0.336 |
Q:P10147:0.336 |
HOH |
3.057 |
CG2 |
O |
|||||||||
1b50 | 1 | P10147 | 95.59 | 2e-43 |
NMR |
1999-07-22 | THR | A:8 | A:8 | 70.0 | 0.5 | -87.1 | 95.3 | 15.0 | 0.107 | 0.393 |
B:P10147:0.393 |
||||||
THR | B:8 | B:8 | 72.0 | 0.514 | -87.1 | 95.3 | 15.0 | 0.107 | 0.407 |
A:P10147:0.407 |
|||||||||||||
1b53 | 1 | P10147 | 95.59 | 2e-43 |
NMR |
1999-07-22 | THR | A:8 | A:8 | 53.0 | 0.379 | -53.2 | 90.8 | 14.0 | 0.1 | 0.279 |
B:P10147:0.279 |
||||||
THR | B:8 | B:8 | 53.0 | 0.379 | -53.2 | 90.8 | 15.0 | 0.107 | 0.272 |
A:P10147:0.271 |
|||||||||||||
4ra8 | 1 | P10147 | 94.2 | 2e-43 |
X-RAY |
2014-09-24 | THR | A:9 | A:9 | 85.0 | 0.607 | -92.6 | 134.0 | 36.0 | 0.257 | 0.35 |
A:P10147:0.35 |
HOH |
3.063 |
OG1 |
O |
||
THR | B:9 | B:9 | 79.0 | 0.564 | -103.2 | 127.5 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
THR | C:9 | C:9 | 85.0 | 0.607 | -69.1 | 131.8 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
THR | D:9 | D:9 | 83.0 | 0.593 | -92.6 | 128.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
THR | E:9 | E:9 | 82.0 | 0.586 | -97.5 | 139.7 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
7f1q | 1 | P10147,P51681 | 95.59 | 2e-40 |
EM |
2021-07-14 | THR | A:8 | R:8 | 18.0 | 0.129 | S | -69.8 | -30.4 | 18.0 | 0.129 | 0.0 | ||||||
7f1t | 1 | P10147,P51681,P00268 | 95.59 | 7e-40 |
X-RAY |
2021-07-14 | THR | A:8 | A:-88 | 38.0 | 0.271 | S | -82.4 | -30.5 | 38.0 | 0.271 | 0.0 |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-p16619-f1 | 1 | P16619 | 100.0 | 6e-65 | THR | A:32 | A:32 | 62.0 | 0.443 | -87.7 | 131.9 | ||
af-p10147-f1 | 1 | P10147 | 94.62 | 3e-59 | THR | A:31 | A:31 | 65.0 | 0.464 | -97.7 | 136.3 |