Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr17 | 34624828 | . | T | A | CCDS11310.1:NM_021006.4:c.134cAg>cTg_NP_066286.1:p.45Q>L | Homo sapiens chemokine (C-C motif) ligand 3-like 1 (CCL3L1), mRNA. |
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|
|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
2x69 | 1 | P10147 | 95.71 | 5e-45 |
X-RAY |
2010-11-03 | GLN | A:22 | A:22 | 69.0 | 0.383 | G | -68.1 | -26.1 | NA | NA | NA | ||||||
GLN | B:22 | B:22 | 74.0 | 0.411 | G | -61.4 | -31.6 | 74.0 | 0.411 | 0.0 | |||||||||||||
GLN | C:22 | C:22 | 81.0 | 0.45 | G | -54.0 | -24.5 | 81.0 | 0.45 | 0.0 | |||||||||||||
GLN | D:22 | D:22 | 70.0 | 0.389 | G | -42.4 | -41.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLN | E:22 | E:22 | 69.0 | 0.383 | T | -63.0 | -31.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
3h44 | 2 | P10147 | 95.71 | 5e-45 |
X-RAY |
2010-04-14 | GLN | C:22 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
GLN | D:22 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
5cor | 1 | P10147 | 95.71 | 5e-45 |
X-RAY |
2016-04-13 | GLN | A:22 | A:22 | 71.0 | 0.394 | G | -57.1 | -33.5 | 71.0 | 0.394 | 0.0 |
HOH |
2.889 |
NE2 |
O |
||
GLN | B:22 | B:22 | 80.0 | 0.444 | G | -60.5 | -30.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLN | C:22 | C:22 | 85.0 | 0.472 | G | -61.5 | -26.8 | 85.0 | 0.472 | 0.0 |
HEZ HEZ HOH |
3.256 8.773 7.089 |
NE2 N N |
O1 C1 O |
|||||||||
GLN | D:22 | D:22 | 75.0 | 0.417 | G | -62.1 | -28.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLN | E:22 | E:22 | 82.0 | 0.456 | G | -61.1 | -31.9 | 82.0 | 0.456 | 0.0 |
HEZ HEZ HOH |
2.977 8.303 3.139 |
N N NE2 |
O1 C4 O |
|||||||||
GLN | F:22 | F:22 | 66.0 | 0.367 | G | -60.0 | -29.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLN | G:22 | G:22 | 76.0 | 0.422 | G | -59.3 | -27.7 | 76.0 | 0.422 | 0.0 |
HOH |
2.624 |
OE1 |
O |
|||||||||
GLN | H:22 | H:22 | 74.0 | 0.411 | G | -61.7 | -33.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLN | I:22 | I:22 | 74.0 | 0.411 | G | -63.5 | -29.3 | 74.0 | 0.411 | 0.0 |
ACT |
4.923 |
OE1 |
CH3 |
|||||||||
GLN | J:22 | J:22 | 69.0 | 0.383 | G | -58.2 | -29.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
5d65 | 1 | P10147 | 95.71 | 5e-45 |
X-RAY |
2016-04-20 | GLN | A:22 | A:22 | 70.0 | 0.389 | G | -59.7 | -31.9 | 70.0 | 0.389 | 0.0 |
BGC BGC |
4.321 5.356 |
O OE1 |
O1 O6 |
||
GLN | B:22 | B:22 | 62.0 | 0.344 | G | -60.5 | -22.0 | 62.0 | 0.344 | 0.0 |
IDS SGN IDS SGN BGC |
3.253 6.100 4.360 2.622 6.031 |
O O OE1 OE1 N |
O5 O5 O3 O3 O1 |
|||||||||
GLN | C:22 | C:22 | 88.0 | 0.489 | G | -64.6 | -39.3 | 88.0 | 0.489 | 0.0 |
BGC |
2.730 |
O |
O4 |
|||||||||
GLN | D:22 | D:22 | 91.0 | 0.506 | G | -56.4 | -28.6 | 91.0 | 0.506 | 0.0 |
BGC |
8.615 |
N |
C1 |
|||||||||
GLN | E:22 | E:22 | 70.0 | 0.389 | G | -58.3 | -34.7 | 70.0 | 0.389 | 0.0 |
BGC |
8.037 |
N |
O6 |
|||||||||
4zkb | 2 | P10147 | 97.06 | 1e-44 |
X-RAY |
2015-07-08 | GLN | B:21 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
3kbx | 1 | P10147 | 92.86 | 3e-44 |
X-RAY |
2010-10-27 | GLN | A:22 | A:22 | 64.0 | 0.356 | G | -66.2 | -26.8 | 64.0 | 0.356 | 0.0 | ||||||
GLN | B:22 | B:22 | 65.0 | 0.361 | G | -68.7 | -33.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLN | C:22 | C:22 | 63.0 | 0.35 | G | -53.0 | -32.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLN | D:22 | D:22 | 68.0 | 0.378 | G | -56.6 | -37.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLN | E:22 | E:22 | 62.0 | 0.344 | G | -56.7 | -28.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
3fpu | 2 | P10147 | 95.59 | 5e-44 |
X-RAY |
2010-01-12 | GLN | B:22 | B:22 | 82.0 | 0.456 | G | -57.1 | -37.8 | 82.0 | 0.456 | 0.0 |
HOH |
2.884 |
N |
O |
||
2x6g | 1 | P10147 | 94.29 | 8e-44 |
X-RAY |
2010-11-03 | GLN | A:22 | A:22 | 76.0 | 0.422 | G | -61.7 | -28.4 | NA | NA | NA | ||||||
GLN | B:22 | B:22 | 81.0 | 0.45 | G | -73.0 | -28.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLN | C:22 | C:22 | 79.0 | 0.439 | G | -67.5 | -36.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLN | D:22 | D:22 | 66.0 | 0.367 | G | -59.3 | -35.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLN | E:22 | E:22 | 76.0 | 0.422 | G | -63.4 | -33.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLN | F:22 | F:22 | 66.0 | 0.367 | G | -65.1 | -35.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLN | G:22 | G:22 | 68.0 | 0.378 | G | -55.8 | -38.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLN | H:22 | H:22 | 76.0 | 0.422 | G | -66.3 | -29.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLN | I:22 | I:22 | 73.0 | 0.406 | G | -71.5 | -32.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLN | J:22 | J:22 | 73.0 | 0.406 | G | -46.1 | -36.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLN | K:22 | K:22 | 70.0 | 0.389 | G | -67.3 | -23.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLN | L:22 | L:22 | 70.0 | 0.389 | G | -50.9 | -37.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLN | M:22 | M:22 | 58.0 | 0.322 | G | -57.3 | -31.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLN | N:22 | N:22 | 68.0 | 0.378 | G | -61.7 | -32.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLN | O:22 | O:22 | 82.0 | 0.456 | G | -52.5 | -39.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLN | P:22 | P:22 | 83.0 | 0.461 | G | -52.9 | -38.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLN | Q:22 | Q:22 | 105.0 | 0.583 | T | -66.1 | -9.7 | 105.0 | 0.583 | 0.0 |
HOH |
3.492 |
NE2 |
O |
|||||||||
GLN | R:22 | R:22 | 67.0 | 0.372 | G | -50.8 | -32.7 | 67.0 | 0.372 | 0.0 |
HOH |
3.250 |
O |
O |
|||||||||
1b50 | 1 | P10147 | 95.59 | 2e-43 |
NMR |
1999-07-22 | GLN | A:21 | A:21 | 104.0 | 0.578 | T | -75.1 | 14.2 | 104.0 | 0.578 | 0.0 | ||||||
GLN | B:21 | B:21 | 105.0 | 0.583 | T | -75.1 | 14.2 | 105.0 | 0.583 | 0.0 | |||||||||||||
1b53 | 1 | P10147 | 95.59 | 2e-43 |
NMR |
1999-07-22 | GLN | A:21 | A:21 | 111.0 | 0.617 | G | -65.9 | -28.9 | 111.0 | 0.617 | 0.0 | ||||||
GLN | B:21 | B:21 | 111.0 | 0.617 | G | -65.8 | -28.8 | 111.0 | 0.617 | 0.0 | |||||||||||||
4ra8 | 1 | P10147 | 94.2 | 2e-43 |
X-RAY |
2014-09-24 | GLN | A:22 | A:22 | 74.0 | 0.411 | G | -62.0 | -28.2 | 74.0 | 0.411 | 0.0 | ||||||
GLN | B:22 | B:22 | 76.0 | 0.422 | G | -61.3 | -25.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLN | C:22 | C:22 | 76.0 | 0.422 | G | -65.4 | -25.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLN | D:22 | D:22 | 75.0 | 0.417 | G | -60.9 | -28.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLN | E:22 | E:22 | 75.0 | 0.417 | G | -64.9 | -30.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
7f1q | 1 | P10147,P51681 | 95.59 | 2e-40 |
EM |
2021-07-14 | GLN | A:21 | R:21 | 87.0 | 0.483 | S | -73.6 | -31.2 | 87.0 | 0.483 | 0.0 | ||||||
7f1t | 1 | P10147,P51681,P00268 | 95.59 | 7e-40 |
X-RAY |
2021-07-14 | GLN | A:21 | A:-75 | 82.0 | 0.456 | G | -50.8 | -38.8 | 82.0 | 0.456 | 0.0 |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-p16619-f1 | 1 | P16619 | 100.0 | 6e-65 | GLN | A:45 | A:45 | 83.0 | 0.461 | G | -57.1 | -35.9 | |
af-p10147-f1 | 1 | P10147 | 94.62 | 3e-59 | GLN | A:44 | A:44 | 85.0 | 0.472 | G | -57.3 | -35.6 |