Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr17 | 34624851 | . | G | A | CCDS11310.1:NM_021006.4:c.111agC>agT_NP_066286.1:p.37S>S | Homo sapiens chemokine (C-C motif) ligand 3-like 1 (CCL3L1), mRNA. |
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
2x69 | 1 | P10147 | 95.71 | 5e-45 |
X-RAY |
2010-11-03 | SER | A:14 | A:14 | 84.0 | 0.73 | -155.9 | 176.5 | NA | NA | NA | |||||||
SER | B:14 | B:14 | 87.0 | 0.757 | S | -152.7 | 174.4 | 56.0 | 0.487 | 0.27 |
C:P10147:0.27 |
HOH |
3.974 |
N |
O |
||||||||
SER | C:14 | C:14 | 92.0 | 0.8 | S | -134.8 | 159.0 | 63.0 | 0.548 | 0.252 |
B:P10147:0.252 |
||||||||||||
SER | D:14 | D:14 | 91.0 | 0.791 | S | -155.6 | 159.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | E:14 | E:14 | 91.0 | 0.791 | S | -154.1 | 157.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
3h44 | 2 | P10147 | 95.71 | 5e-45 |
X-RAY |
2010-04-14 | SER | C:14 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
SER | D:14 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
5cor | 1 | P10147 | 95.71 | 5e-45 |
X-RAY |
2016-04-13 | SER | A:14 | A:14 | 97.0 | 0.843 | S | -120.2 | 130.1 | 51.0 | 0.443 | 0.4 |
C:P10147:0.4 |
HOH |
6.746 |
C |
O |
|
SER | B:14 | B:14 | 90.0 | 0.783 | S | -157.5 | 150.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | C:14 | C:14 | 90.0 | 0.783 | S | -155.6 | 138.0 | 42.0 | 0.365 | 0.418 |
E:P10147:0.417 |
HOH |
6.642 |
N |
O |
||||||||
SER | D:14 | D:14 | 95.0 | 0.826 | S | -142.3 | 121.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | E:14 | E:14 | 89.0 | 0.774 | S | -162.8 | 145.2 | 73.0 | 0.635 | 0.139 |
G:P10147:0.139 |
HOH |
6.544 |
N |
O |
||||||||
SER | F:14 | F:14 | 94.0 | 0.817 | S | -134.2 | 140.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | G:14 | G:14 | 93.0 | 0.809 | S | -138.3 | 139.7 | 44.0 | 0.383 | 0.426 |
I:P10147:0.426 |
HOH |
7.176 |
N |
O |
||||||||
SER | H:14 | H:14 | 93.0 | 0.809 | S | -161.3 | 145.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | I:14 | I:14 | 91.0 | 0.791 | S | -159.0 | 149.8 | 91.0 | 0.791 | 0.0 |
HOH |
3.564 |
N |
O |
|||||||||
SER | J:14 | J:14 | 96.0 | 0.835 | S | -135.8 | 134.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
5d65 | 1 | P10147 | 95.71 | 5e-45 |
X-RAY |
2016-04-20 | SER | A:14 | A:14 | 88.0 | 0.765 | S | -145.0 | 129.9 | 88.0 | 0.765 | 0.0 |
BGC |
9.206 |
C |
O6 |
||
SER | B:14 | B:14 | 88.0 | 0.765 | S | -158.7 | 145.8 | 13.0 | 0.113 | 0.652 |
C:P10147:0.261 A:P10147:0.47 |
||||||||||||
SER | C:14 | C:14 | 98.0 | 0.852 | S | -147.0 | 113.4 | 21.0 | 0.183 | 0.669 |
D:P10147:0.53 B:P10147:0.27 |
BGC |
3.634 |
CB |
O6 |
||||||||
SER | D:14 | D:14 | 96.0 | 0.835 | S | -146.4 | 110.6 | 66.0 | 0.574 | 0.261 |
E:P10147:0.261 |
||||||||||||
SER | E:14 | E:14 | 96.0 | 0.835 | S | -153.5 | 122.1 | 23.0 | 0.2 | 0.635 |
D:P10147:0.243 B:P10147:0.504 |
BGC GLC |
3.264 9.097 |
CB OG |
O2 O1 |
||||||||
4zkb | 2 | P10147 | 97.06 | 1e-44 |
X-RAY |
2015-07-08 | SER | B:13 | B:13 | 101.0 | 0.878 | -147.9 | 134.6 | 30.0 | 0.261 | 0.617 |
A:Q2F862:0.617 |
||||||
3kbx | 1 | P10147 | 92.86 | 3e-44 |
X-RAY |
2010-10-27 | SER | A:14 | A:14 | 86.0 | 0.748 | S | -152.7 | 154.8 | 50.0 | 0.435 | 0.313 |
A:P10147:0.313 |
ACT HOH |
7.232 6.829 |
CB C |
CH3 O |
|
SER | B:14 | B:14 | 90.0 | 0.783 | S | -151.0 | 159.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | C:14 | C:14 | 93.0 | 0.809 | S | -138.1 | 156.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | D:14 | D:14 | 90.0 | 0.783 | S | -157.8 | 154.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | E:14 | E:14 | 91.0 | 0.791 | S | -153.8 | 151.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
3fpu | 2 | P10147 | 95.59 | 5e-44 |
X-RAY |
2010-01-12 | SER | B:14 | B:14 | 88.0 | 0.765 | S | -149.1 | 174.6 | 42.0 | 0.365 | 0.4 |
A:P0C8E7:0.4 |
HOH |
3.130 |
CB |
O |
|
2x6g | 1 | P10147 | 94.29 | 8e-44 |
X-RAY |
2010-11-03 | SER | A:14 | A:14 | 90.0 | 0.783 | S | -145.8 | 169.6 | NA | NA | NA | ||||||
SER | B:14 | B:14 | 87.0 | 0.757 | S | -160.3 | 164.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | C:14 | C:14 | 93.0 | 0.809 | S | -141.2 | 166.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | D:14 | D:14 | 90.0 | 0.783 | S | -155.4 | 148.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | E:14 | E:14 | 87.0 | 0.757 | S | -149.6 | 157.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | F:14 | F:14 | 91.0 | 0.791 | S | -141.0 | 161.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | G:14 | G:14 | 90.0 | 0.783 | S | -148.6 | 152.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | H:14 | H:14 | 88.0 | 0.765 | S | -157.8 | 147.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | I:14 | I:14 | 84.0 | 0.73 | S | -164.0 | 170.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | J:14 | J:14 | 89.0 | 0.774 | S | -157.5 | 155.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | K:14 | K:14 | 77.0 | 0.67 | S | -148.0 | 149.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | L:14 | L:14 | 91.0 | 0.791 | S | -149.7 | 171.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | M:14 | M:14 | 88.0 | 0.765 | S | -134.5 | 166.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | N:14 | N:14 | 82.0 | 0.713 | S | -171.6 | 163.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | O:14 | O:14 | 90.0 | 0.783 | S | -141.5 | 159.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | P:14 | P:14 | 93.0 | 0.809 | S | -128.9 | 145.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | Q:14 | Q:14 | 88.0 | 0.765 | -137.1 | 157.6 | 52.0 | 0.452 | 0.313 |
R:P10147:0.313 |
HOH |
5.327 |
OG |
O |
|||||||||
SER | R:14 | R:14 | 96.0 | 0.835 | S | -135.1 | 144.8 | 51.0 | 0.443 | 0.392 |
Q:P10147:0.391 |
HOH |
3.672 |
N |
O |
||||||||
1b50 | 1 | P10147 | 95.59 | 2e-43 |
NMR |
1999-07-22 | SER | A:13 | A:13 | 99.0 | 0.861 | -167.3 | 124.6 | 96.0 | 0.835 | 0.026 |
B:P10147:0.026 |
||||||
SER | B:13 | B:13 | 99.0 | 0.861 | -167.3 | 124.5 | 97.0 | 0.843 | 0.018 |
A:P10147:0.017 |
|||||||||||||
1b53 | 1 | P10147 | 95.59 | 2e-43 |
NMR |
1999-07-22 | SER | A:13 | A:13 | 97.0 | 0.843 | S | -114.2 | 104.2 | 33.0 | 0.287 | 0.556 |
B:P10147:0.557 |
|||||
SER | B:13 | B:13 | 98.0 | 0.852 | S | -114.2 | 104.1 | 47.0 | 0.409 | 0.443 |
A:P10147:0.443 |
||||||||||||
4ra8 | 1 | P10147 | 94.2 | 2e-43 |
X-RAY |
2014-09-24 | SER | A:14 | A:14 | 89.0 | 0.774 | S | -160.8 | 151.1 | 72.0 | 0.626 | 0.148 |
A:P10147:0.148 |
HOH |
4.161 |
N |
O |
|
SER | B:14 | B:14 | 88.0 | 0.765 | S | -155.6 | 157.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | C:14 | C:14 | 91.0 | 0.791 | S | -152.8 | 146.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | D:14 | D:14 | 93.0 | 0.809 | S | -155.5 | 127.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | E:14 | E:14 | 91.0 | 0.791 | S | -149.0 | 150.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
7f1q | 1 | P10147,P51681 | 95.59 | 2e-40 |
EM |
2021-07-14 | SER | A:13 | R:13 | 54.0 | 0.47 | -120.0 | 133.0 | 54.0 | 0.47 | 0.0 | |||||||
7f1t | 1 | P10147,P51681,P00268 | 95.59 | 7e-40 |
X-RAY |
2021-07-14 | SER | A:13 | A:-83 | 53.0 | 0.461 | S | -157.4 | 169.9 | 53.0 | 0.461 | 0.0 |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-p16619-f1 | 1 | P16619 | 100.0 | 6e-65 | SER | A:37 | A:37 | 88.0 | 0.765 | S | -139.2 | 158.7 | |
af-p10147-f1 | 1 | P10147 | 94.62 | 3e-59 | SER | A:36 | A:36 | 88.0 | 0.765 | S | -138.4 | 159.5 |