Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr17 | 34624865 | . | C | A | CCDS11310.1:NM_021006.4:c.97Gcc>Tcc_NP_066286.1:p.33A>S | Homo sapiens chemokine (C-C motif) ligand 3-like 1 (CCL3L1), mRNA. |
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|
|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
2x69 | 1 | P10147 | 95.71 | 5e-45 |
X-RAY |
2010-11-03 | ALA | A:10 | A:10 | 47.0 | 0.409 | -85.0 | 133.2 | NA | NA | NA | |||||||
ALA | B:10 | B:10 | 61.0 | 0.53 | -82.7 | 127.1 | 42.0 | 0.365 | 0.165 |
C:P10147:0.165 |
HOH |
4.853 |
O |
O |
|||||||||
ALA | C:10 | C:10 | 44.0 | 0.383 | -72.5 | 129.9 | 27.0 | 0.235 | 0.148 |
B:P10147:0.148 |
HOH |
7.117 |
N |
O |
|||||||||
ALA | D:10 | D:10 | 47.0 | 0.409 | -68.0 | 128.9 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
ALA | E:10 | E:10 | 62.0 | 0.539 | -72.7 | 124.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
3h44 | 2 | P10147 | 95.71 | 5e-45 |
X-RAY |
2010-04-14 | ALA | C:10 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
ALA | D:10 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
5cor | 1 | P10147 | 95.71 | 5e-45 |
X-RAY |
2016-04-13 | ALA | A:10 | A:10 | 53.0 | 0.461 | -78.2 | 128.1 | 53.0 | 0.461 | 0.0 |
HEZ HOH |
9.853 2.879 |
O O |
O1 O |
|||
ALA | B:10 | B:10 | 54.0 | 0.47 | -77.1 | 128.8 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
ALA | C:10 | C:10 | 59.0 | 0.513 | -74.4 | 127.7 | 59.0 | 0.513 | 0.0 |
HOH |
2.623 |
O |
O |
||||||||||
ALA | D:10 | D:10 | 54.0 | 0.47 | -75.1 | 126.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
ALA | E:10 | E:10 | 55.0 | 0.478 | -73.2 | 127.9 | 55.0 | 0.478 | 0.0 |
HOH |
2.628 |
O |
O |
||||||||||
ALA | F:10 | F:10 | 56.0 | 0.487 | -80.4 | 126.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
ALA | G:10 | G:10 | 55.0 | 0.478 | -79.5 | 124.9 | 55.0 | 0.478 | 0.0 |
ACT HOH |
6.068 2.864 |
CB O |
CH3 O |
||||||||||
ALA | H:10 | H:10 | 54.0 | 0.47 | -78.4 | 128.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
ALA | I:10 | I:10 | 56.0 | 0.487 | -74.7 | 127.7 | 56.0 | 0.487 | 0.0 |
HOH |
2.654 |
O |
O |
||||||||||
ALA | J:10 | J:10 | 52.0 | 0.452 | -78.2 | 132.8 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
5d65 | 1 | P10147 | 95.71 | 5e-45 |
X-RAY |
2016-04-20 | ALA | A:10 | A:10 | 53.0 | 0.461 | -76.3 | 123.8 | 25.0 | 0.217 | 0.244 |
C:P10147:0.243 |
||||||
ALA | B:10 | B:10 | 62.0 | 0.539 | -74.6 | 123.4 | 4.0 | 0.035 | 0.504 |
C:P10147:0.139 D:P10147:0.296 A:P10147:0.226 |
CL BGC |
8.102 6.304 |
C N |
CL O1 |
|||||||||
ALA | C:10 | C:10 | 47.0 | 0.409 | -77.9 | 114.6 | 1.0 | 0.009 | 0.4 |
A:P10147:0.339 B:P10147:0.113 |
CL |
8.260 |
C |
CL |
|||||||||
ALA | D:10 | D:10 | 62.0 | 0.539 | -69.5 | 120.5 | 17.0 | 0.148 | 0.391 |
E:P10147:0.157 B:P10147:0.235 |
BGC CL |
7.944 8.305 |
N C |
O3 CL |
|||||||||
ALA | E:10 | E:10 | 58.0 | 0.504 | -75.5 | 109.8 | 43.0 | 0.374 | 0.13 |
D:P10147:0.13 |
BGC CL |
9.444 8.333 |
C C |
O3 CL |
|||||||||
4zkb | 2 | P10147 | 97.06 | 1e-44 |
X-RAY |
2015-07-08 | ALA | B:9 | B:9 | 64.0 | 0.557 | -88.5 | 152.0 | 44.0 | 0.383 | 0.174 |
A:Q2F862:0.174 |
NAG NAG |
9.873 9.782 |
CB N |
O3 N2 |
||
3kbx | 1 | P10147 | 92.86 | 3e-44 |
X-RAY |
2010-10-27 | ALA | A:10 | A:10 | 44.0 | 0.383 | -76.6 | 135.2 | 28.0 | 0.243 | 0.14 |
A:P10147:0.139 |
HOH |
2.517 |
O |
O |
||
ALA | B:10 | B:10 | 48.0 | 0.417 | -71.5 | 134.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
ALA | C:10 | C:10 | 41.0 | 0.357 | -79.5 | 139.9 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
ALA | D:10 | D:10 | 48.0 | 0.417 | -79.3 | 127.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
ALA | E:10 | E:10 | 45.0 | 0.391 | -72.6 | 130.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
3fpu | 2 | P10147 | 95.59 | 5e-44 |
X-RAY |
2010-01-12 | THR | B:10 | B:10 | 59.0 | 0.421 | -138.2 | 164.6 | 3.0 | 0.021 | 0.4 |
A:P0C8E7:0.4 |
HOH |
2.741 |
OG1 |
O |
||
2x6g | 1 | P10147 | 94.29 | 8e-44 |
X-RAY |
2010-11-03 | ALA | A:10 | A:10 | 42.0 | 0.365 | -81.3 | 135.4 | NA | NA | NA | |||||||
ALA | B:10 | B:10 | 60.0 | 0.522 | -80.2 | 124.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
ALA | C:10 | C:10 | 58.0 | 0.504 | -74.5 | 130.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
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ALA | E:10 | E:10 | 38.0 | 0.33 | -73.7 | 133.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
ALA | F:10 | F:10 | 56.0 | 0.487 | -75.4 | 123.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
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ALA | I:10 | I:10 | 55.0 | 0.478 | -74.7 | 123.7 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
ALA | J:10 | J:10 | 61.0 | 0.53 | -78.2 | 122.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
ALA | K:10 | K:10 | 59.0 | 0.513 | -81.3 | 138.3 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
ALA | L:10 | L:10 | 55.0 | 0.478 | -72.6 | 145.3 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
ALA | M:10 | M:10 | 50.0 | 0.435 | -86.0 | 137.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
ALA | N:10 | N:10 | 44.0 | 0.383 | -77.7 | 127.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
ALA | O:10 | O:10 | 65.0 | 0.565 | -79.9 | 126.5 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
ALA | P:10 | P:10 | 58.0 | 0.504 | -87.1 | 130.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
ALA | Q:10 | Q:10 | 57.0 | 0.496 | -82.5 | 124.5 | 35.0 | 0.304 | 0.192 |
R:P10147:0.191 |
HOH |
2.685 |
O |
O |
|||||||||
ALA | R:10 | R:10 | 48.0 | 0.417 | -62.0 | 143.8 | 31.0 | 0.27 | 0.147 |
Q:P10147:0.148 |
HOH |
3.031 |
N |
O |
|||||||||
1b50 | 1 | P10147 | 95.59 | 2e-43 |
NMR |
1999-07-22 | ALA | A:9 | A:9 | 49.0 | 0.426 | -68.2 | 126.3 | 27.0 | 0.235 | 0.191 |
B:P10147:0.191 |
||||||
ALA | B:9 | B:9 | 50.0 | 0.435 | -68.2 | 126.3 | 28.0 | 0.243 | 0.192 |
A:P10147:0.191 |
|||||||||||||
1b53 | 1 | P10147 | 95.59 | 2e-43 |
NMR |
1999-07-22 | ALA | A:9 | A:9 | 37.0 | 0.322 | -48.2 | 108.4 | 24.0 | 0.209 | 0.113 |
B:P10147:0.113 |
||||||
ALA | B:9 | B:9 | 37.0 | 0.322 | -48.1 | 108.4 | 23.0 | 0.2 | 0.122 |
A:P10147:0.122 |
|||||||||||||
4ra8 | 1 | P10147 | 94.2 | 2e-43 |
X-RAY |
2014-09-24 | ALA | A:10 | A:10 | 43.0 | 0.374 | -79.1 | 133.0 | 30.0 | 0.261 | 0.113 |
A:P10147:0.113 |
HOH |
2.845 |
O |
O |
||
ALA | B:10 | B:10 | 55.0 | 0.478 | -71.4 | 128.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
ALA | C:10 | C:10 | 38.0 | 0.33 | -83.0 | 122.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
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ALA | E:10 | E:10 | 56.0 | 0.487 | -79.7 | 133.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
7f1q | 1 | P10147,P51681 | 95.59 | 2e-40 |
EM |
2021-07-14 | ALA | A:9 | R:9 | 0.0 | 0.0 | E | -158.4 | 132.4 | 0.0 | 0.0 | 0.0 | ||||||
7f1t | 1 | P10147,P51681,P00268 | 95.59 | 7e-40 |
X-RAY |
2021-07-14 | ALA | A:9 | A:-87 | 2.0 | 0.017 | E | -164.2 | 149.5 | 2.0 | 0.017 | 0.0 |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-p16619-f1 | 1 | P16619 | 100.0 | 6e-65 | ALA | A:33 | A:33 | 61.0 | 0.53 | -73.1 | 119.1 | ||
af-p10147-f1 | 1 | P10147 | 94.62 | 3e-59 | ALA | A:32 | A:32 | 59.0 | 0.513 | -74.8 | 123.7 |