Variant

Genome Chromosome Position VCF ID Ref Alt mRNA Change mRNA Info
GRCh37 chr17 49238549 . C A CCDS11578.1:NM_198175.1:c.332aCg>aAg_NP_937818.1:p.111T>K Homo sapiens NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 1 (NME1), transcript variant 1, mRNA.
pdb_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 
alphafold_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 

PDB

Entity Residue Monomer BioUnit Ligand View
PDB Entity Uniprot Identity Evalue ExpMethod Date Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ ASA rASA ΔASA Interaction Name Distance Atom(p) Atom(l)
3l7u 1 P15531 100.0 6e-113 X-RAY
 2010-11-10 THR A:106 A:86 39.0 0.279 H -66.9 -39.0 18.0 0.129 0.15 C:P15531:0.15
 HOH
 2.657
 OG1
 O
THR B:106 B:86 41.0 0.293 H -73.2 -30.7 16.0 0.114 0.179 A:P15531:0.179
 HOH
 3.185
 CG2
 O
THR C:106 C:86 42.0 0.3 H -69.8 -29.6 15.0 0.107 0.193 B:P15531:0.193
 HOH
 3.299
 CG2
 O
1jxv 1 P15531 100.0 6e-113 X-RAY
 2002-04-10 THR A:86 A:86 36.0 0.257 H -64.8 -42.0 20.0 0.143 0.114 B:P15531:0.114
 HOH
 2.605
 OG1
 O
THR B:86 B:86 36.0 0.257 H -63.8 -40.5 24.0 0.171 0.086 C:P15531:0.086
 HOH
 3.773
 CG2
 O
THR C:86 C:86 35.0 0.25 H -63.7 -43.0 19.0 0.136 0.114 A:P15531:0.114
 HOH
 5.839
 CG2
 O
THR D:86 D:86 36.0 0.257 H -63.9 -40.3 20.0 0.143 0.114 E:P15531:0.114
 HOH
 3.309
 OG1
 O
THR E:86 E:86 36.0 0.257 H -64.5 -42.8 22.0 0.157 0.1 F:P15531:0.1
 HOH
 2.525
 OG1
 O
THR F:86 F:86 35.0 0.25 H -67.2 -40.5 20.0 0.143 0.107 D:P15531:0.107
 HOH
 3.698
 OG1
 O
2hvd 1 P15531 100.0 6e-113 X-RAY
 2006-09-19 THR A:86 A:86 34.0 0.243 H -62.8 -34.3 9.0 0.064 0.179 C:P15531:0.179
 HOH
 3.478
 CG2
 O
THR B:86 B:86 45.0 0.321 H -80.6 -17.0 14.0 0.1 0.221 A:P15531:0.221
 HOH
 4.069
 CB
 O
THR C:86 C:86 27.0 0.193 H -63.6 -42.4 11.0 0.079 0.114 B:P15531:0.114
 HOH
 3.514
 CG2
 O
4eno 1 P15531 100.0 6e-113 X-RAY
 2013-03-27 THR A:86 A:86 35.0 0.25 H -57.0 -39.4 11.0 0.079 0.171 A:P15531:0.171
 HOH
 5.738
 C
 O
THR B:86 B:86 36.0 0.257 H -61.2 -40.4 18.0 0.129 0.128 B:P15531:0.129
 HOH
 7.199
 O
 O
5ui4 1 P15531 100.0 7e-113 X-RAY
 2018-01-17 THR A:93 A:86 38.0 0.271 H -63.8 -37.2 20.0 0.143 0.128 C:P15531:0.129
 HOH
 6.030
 C
 O
THR B:93 B:86 37.0 0.264 H -64.0 -37.0 16.0 0.114 0.15 A:P15531:0.15
 HOH
 4.805
 N
 O
THR C:93 C:86 37.0 0.264 H -64.7 -36.6 18.0 0.129 0.135 B:P15531:0.136
 HOH
 3.056
 CG2
 O
THR D:93 D:86 37.0 0.264 H -63.9 -37.3 16.0 0.114 0.15 F:P15531:0.15
 HOH
 5.975
 C
 O
THR E:93 E:86 37.0 0.264 H -63.7 -37.1 20.0 0.143 0.121 D:P15531:0.121
 HOH
 5.912
 C
 O
THR F:93 F:86 36.0 0.257 H -63.8 -37.1 19.0 0.136 0.121 E:P15531:0.121
 HOH
 4.902
 N
 O
2hve 1 P15531 99.34 4e-112 X-RAY
 2006-09-19 THR A:86 A:86 37.0 0.264 H -70.7 -37.1 11.0 0.079 0.185 C:P15531:0.186
 HOH
 5.550
 CG2
 O
THR B:86 B:86 45.0 0.321 H -72.3 -30.8 18.0 0.129 0.192 A:P15531:0.193
 HOH
 4.891
 N
 O
THR C:86 C:86 28.0 0.2 H -64.0 -40.6 11.0 0.079 0.121 B:P15531:0.121
 HOH
 6.232
 C
 O
1ucn 1 P15531 98.68 2e-110 X-RAY
 2003-09-30 THR A:86 A:86 32.0 0.229 H -67.0 -38.4 11.0 0.079 0.15 C:P15531:0.15
 HOH
 3.725
 CG2
 O
THR B:86 B:86 30.0 0.214 H -68.8 -36.1 9.0 0.064 0.15 A:P15531:0.15
 HOH
 2.844
 CG2
 O
THR C:86 C:86 33.0 0.236 H -70.0 -30.4 9.0 0.064 0.172 B:P15531:0.171
 HOH
 2.843
 CG2
 O
1bhn 1 P52174 94.08 8e-108 X-RAY
 1999-02-16 THR A:86 A:86 34.0 0.243 H -57.3 -54.4 14.0 0.1 0.143 C:P52174:0.143
 HOH
 4.813
 N
 O
THR B:86 B:86 31.0 0.221 H -64.5 -39.1 19.0 0.136 0.085 A:P52174:0.086
 HOH
 2.638
 OG1
 O
THR C:86 C:86 34.0 0.243 H -72.5 -39.0 10.0 0.071 0.172 B:P52174:0.171
 HOH
 3.911
 CG2
 O
THR D:86 D:86 29.0 0.207 H -59.9 -62.3 12.0 0.086 0.121 F:P52174:0.121
 HOH
 5.349
 N
 O
THR E:86 E:86 36.0 0.257 H -62.2 -31.6 14.0 0.1 0.157 D:P52174:0.157
 HOH
 2.322
 OG1
 O
THR F:86 F:86 28.0 0.2 H -73.6 -35.7 13.0 0.093 0.107 E:P52174:0.107
 HOH
 2.412
 OG1
 O
1be4 1 P52175 93.38 2e-105 X-RAY
 1999-01-13 THR A:85 A:86 27.0 0.193 H -70.1 -49.3 13.0 0.093 0.1 C:P52175:0.1
 HOH
 2.333
 OG1
 O
THR B:85 B:86 23.0 0.164 H -59.6 -46.0 10.0 0.071 0.093 A:P52175:0.093
 HOH
 3.620
 OG1
 O
THR C:85 C:86 22.0 0.157 H -40.7 -53.3 12.0 0.086 0.071 B:P52175:0.071
 HOH
 2.812
 OG1
 O
1nsk 1 P22392 88.16 4e-100 X-RAY
 1995-10-15 THR A:86 R:86 39.0 0.279 H -66.7 -37.8 19.0 0.136 0.143 D:P22392:0.143
THR B:86 L:86 38.0 0.271 H -66.6 -37.1 18.0 0.129 0.142 F:P22392:0.143
THR C:86 T:86 40.0 0.286 H -69.5 -36.1 20.0 0.143 0.143 A:P22392:0.143
THR D:86 U:86 40.0 0.286 H -65.8 -38.4 20.0 0.143 0.143 C:P22392:0.143
THR E:86 N:86 41.0 0.293 H -66.2 -39.1 19.0 0.136 0.157 B:P22392:0.157
THR F:86 O:86 38.0 0.271 H -69.9 -35.6 18.0 0.129 0.142 E:P22392:0.143
7kpf 1 P22392 88.16 4e-100 X-RAY
 2022-02-02 THR A:86 A:86 33.0 0.236 H -66.2 -40.4 17.0 0.121 0.115 B:P22392:0.114
 HOH
 1.944
 HG1
 O
THR B:86 B:86 32.0 0.229 H -67.6 -40.6 20.0 0.143 0.086 F:P22392:0.086
 HOH
 2.576
 OG1
 O
THR C:86 C:86 34.0 0.243 H -66.5 -40.1 17.0 0.121 0.122 D:P22392:0.121
 HOH
 4.306
 H
 O
THR D:86 D:86 41.0 0.293 H -62.4 -37.6 28.0 0.2 0.093 E:P22392:0.093
 HOH
 4.241
 H
 O
THR E:86 E:86 37.0 0.264 H -62.3 -38.4 26.0 0.186 0.078 C:P22392:0.079
 HOH
 1.851
 HG1
 O
THR F:86 F:86 37.0 0.264 H -62.5 -38.0 23.0 0.164 0.1 A:P22392:0.1
 MG
HOH
 9.727
4.204
 O
H
 MG
O
1nue 1 P22392 88.08 4e-99 X-RAY
 1996-04-03 THR A:85 A:86 37.0 0.264 H -66.1 -39.2 17.0 0.121 0.143 C:P22392:0.143
 HOH
 3.616
 CG2
 O
THR B:85 B:86 37.0 0.264 H -67.5 -42.0 20.0 0.143 0.121 A:P22392:0.121
 HOH
 2.695
 OG1
 O
THR C:85 C:86 35.0 0.25 H -65.3 -36.9 14.0 0.1 0.15 B:P22392:0.15
 HOH
 3.541
 CG2
 O
THR D:85 D:86 35.0 0.25 H -68.8 -37.3 19.0 0.136 0.114 E:P22392:0.114
 HOH
 2.895
 OG1
 O
THR E:85 E:86 37.0 0.264 H -65.0 -38.0 19.0 0.136 0.128 F:P22392:0.129
 HOH
 2.929
 OG1
 O
THR F:85 F:86 35.0 0.25 H -69.9 -36.1 16.0 0.114 0.136 D:P22392:0.136
 HOH
 2.912
 OG1
 O
3bbb 1 P22392 88.08 4e-99 X-RAY
 2008-09-23 THR A:85 A:86 39.0 0.279 H -70.3 -37.9 19.0 0.136 0.143 C:P22392:0.143
 HOH
 2.748
 OG1
 O
THR B:85 B:86 37.0 0.264 H -65.1 -40.0 23.0 0.164 0.1 A:P22392:0.1
 HOH
 2.715
 OG1
 O
THR C:85 C:86 28.0 0.2 H -69.6 -36.9 15.0 0.107 0.093 B:P22392:0.093
 HOH
 2.669
 OG1
 O
THR D:85 D:86 36.0 0.257 H -67.2 -41.0 17.0 0.121 0.136 E:P22392:0.136
 HOH
 2.722
 OG1
 O
THR E:85 E:86 30.0 0.214 H -72.1 -34.0 19.0 0.136 0.078 F:P22392:0.079
 HOH
 2.746
 OG1
 O
THR F:85 F:86 38.0 0.271 H -65.6 -39.2 14.0 0.1 0.171 D:P22392:0.171
 HOH
 2.797
 OG1
 O
3bbf 1 P22392 88.08 4e-99 X-RAY
 2008-09-23 THR A:85 A:86 37.0 0.264 H -65.7 -41.6 15.0 0.107 0.157 C:P22392:0.157
 HOH
 3.061
 OG1
 O
THR B:85 B:86 34.0 0.243 H -75.0 -29.9 17.0 0.121 0.122 A:P22392:0.121
 HOH
 2.709
 OG1
 O
THR C:85 C:86 34.0 0.243 H -58.0 -43.4 17.0 0.121 0.122 B:P22392:0.121
 HOH
 3.855
 OG1
 O
THR D:85 D:86 35.0 0.25 H -71.8 -41.5 17.0 0.121 0.129 E:P22392:0.129
 HOH
 2.604
 OG1
 O
THR E:85 E:86 37.0 0.264 H -63.3 -41.5 16.0 0.114 0.15 F:P22392:0.15
 HOH
 2.864
 OG1
 O
THR F:85 F:86 36.0 0.257 H -73.1 -39.8 21.0 0.15 0.107 D:P22392:0.107
 HOH
 2.682
 OG1
 O
3bbc 1 P22392 87.42 3e-98 X-RAY
 2008-09-23 THR A:85 A:86 40.0 0.286 H -63.7 -43.3 16.0 0.114 0.172 C:P22392:0.171
 HOH
 2.882
 OG1
 O
THR B:85 B:86 37.0 0.264 H -64.9 -38.2 13.0 0.093 0.171 A:P22392:0.171
 HOH
 2.659
 OG1
 O
THR C:85 C:86 33.0 0.236 H -66.6 -44.5 17.0 0.121 0.115 B:P22392:0.114
 HOH
 2.732
 OG1
 O
THR D:85 D:86 39.0 0.279 H -71.8 -39.3 19.0 0.136 0.143 E:P22392:0.143
 HOH
 2.723
 OG1
 O
THR E:85 E:86 39.0 0.279 H -63.6 -44.8 27.0 0.193 0.086 F:P22392:0.086
 HOH
 2.561
 OG1
 O
THR F:85 F:86 31.0 0.221 H -71.2 -42.3 13.0 0.093 0.128 D:P22392:0.129
 HOH
 2.704
 OG1
 O

AlphaFold DB

Entity Residue Monomer View
ID Entity Uniprot Identity Evalue Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ
af-p15531-f1 1 P15531 100.0 3e-113 THR A:86 A:86 39.0 0.279 H -70.5 -38.4
af-p22392-f1 1 P22392 88.16 2e-100 THR A:86 A:86 40.0 0.286 H -70.3 -38.7
af-o60361-f1 1 O60361 84.67 2e-84 THR A:71 A:71 38.0 0.271 H -68.5 -36.9