Variant

Genome Chromosome Position VCF ID Ref Alt mRNA Change mRNA Info
GRCh37 chr19 8464791 . T A CCDS12201.1:NM_004218.3:c.85Tcg>Acg_NP_004209.2:p.29S>T Homo sapiens RAB11B, member RAS oncogene family (RAB11B), mRNA.
pdb_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 
alphafold_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 

PDB

Entity Residue Monomer BioUnit Ligand View
PDB Entity Uniprot Identity Evalue ExpMethod Date Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ ASA rASA ΔASA Interaction Name Distance Atom(p) Atom(l)
4ojk 1 Q15907 100.0 3e-146 X-RAY
 2014-08-06 SER A:24 A:29 8.0 0.07 H -71.4 -31.3 8.0 0.07 0.0 GDP
HOH
 6.841
2.951
 OG
OG
 O1A
O
SER B:24 B:29 3.0 0.026 H -64.2 -35.7 NA NA NA
5fbl 2 P62491 91.28 1e-145 X-RAY
 2016-12-28 SER B:34 B:29 13.0 0.113 H -76.3 -33.0 13.0 0.113 0.0 GSP
 7.575
 CB
 O1A
5fbq 2 P62491 91.28 1e-145 X-RAY
 2016-12-28 SER B:34 B:29 13.0 0.113 H -76.0 -33.1 13.0 0.113 0.0 GDP
 8.181
 CB
 O2A
2f9l 1 Q15907 99.49 2e-145 X-RAY
 2006-04-04 SER A:23 A:29 17.0 0.148 H -69.1 -31.9 17.0 0.148 0.0 MG
GDP
HOH
 9.077
6.422
2.924
 N
OG
OG
 MG
O1A
O
2f9m 1 Q15907 99.49 2e-145 X-RAY
 2006-04-04 SER A:23 A:29 5.0 0.043 H -64.2 -39.1 5.0 0.043 0.0 MG
GNP
HOH
 8.970
6.619
2.963
 N
OG
OG
 MG
O1A
O
5fbr 2 P62491 90.83 2e-144 X-RAY
 2016-12-28 SER B:34 B:29 10.0 0.087 H -75.9 -32.9 10.0 0.087 0.0 GSP
 6.603
 OG
 O2A
5fbv 2 P62491 90.83 2e-144 X-RAY
 2016-12-28 SER B:34 B:29 11.0 0.096 H -75.5 -31.8 11.0 0.096 0.0 GSP
 7.379
 OG
 O1A
5fbw 2 P62491 90.83 2e-144 X-RAY
 2016-12-28 SER B:34 B:29 8.0 0.07 H -75.7 -34.7 8.0 0.07 0.0 GSP
 7.643
 CB
 O1A
4d0l 2 P62491 90.83 3e-144 X-RAY
 2014-05-28 SER B:32 B:29 11.0 0.096 H -76.2 -31.7 11.0 0.096 0.0 GSP
MG
HOH
 6.844
8.899
9.744
 OG
N
N
 O1A
MG
O
SER D:32 D:29 23.0 0.2 H -77.1 -31.3 NA NA NA
SER F:32 F:29 26.0 0.226 H -77.0 -32.4 NA NA NA
4d0m 2 P62491 90.83 3e-144 X-RAY
 2014-05-28 SER B:32 B:29 13.0 0.113 H -67.0 -33.8 13.0 0.113 0.0 GSP
MG
 6.873
8.908
 OG
N
 O1A
MG
SER D:32 D:29 14.0 0.122 H -66.7 -33.5 14.0 0.122 0.0 GSP
MG
 6.663
8.750
 OG
N
 O1A
MG
SER H:32 H:29 13.0 0.113 H -66.8 -33.8 NA NA NA
SER J:32 J:29 13.0 0.113 H -66.8 -34.0 NA NA NA
SER N:32 N:29 13.0 0.113 H -67.7 -33.5 NA NA NA
SER P:32 P:29 15.0 0.13 H -67.5 -33.6 15.0 0.13 0.0 GSP
MG
 6.627
8.735
 OG
N
 O1A
MG
SER R:32 R:29 13.0 0.113 H -66.6 -34.0 NA NA NA
SER T:32 T:29 14.0 0.122 H -67.2 -33.8 14.0 0.122 0.0 GSP
MG
 6.670
8.649
 OG
N
 O1A
MG
SER X:32 X:29 13.0 0.113 H -67.3 -33.5 NA NA NA
SER Z:32 Z:29 14.0 0.122 H -66.8 -33.6 NA NA NA
SER DA:32 d:29 14.0 0.122 H -66.8 -33.6 NA NA NA
SER HA:32 h:29 13.0 0.113 H -66.9 -33.6 NA NA NA
5c46 2 P62491 90.83 3e-144 X-RAY
 2016-01-20 SER B:32 F:29 7.0 0.061 H -68.6 -31.2 7.0 0.061 0.0 GSP
MG
 6.918
8.836
 OG
OG
 O2A
MG
5c4g 1 P62491 90.83 3e-144 X-RAY
 2016-01-20 SER A:32 B:29 32.0 0.278 H -80.9 -37.2 32.0 0.278 0.0 MG
GDP
 9.253
6.998
 OG
OG
 MG
O2A
5euq 1 P62491 90.83 3e-144 X-RAY
 2016-02-24 SER A:32 B:29 29.0 0.252 H -64.2 -50.9 29.0 0.252 0.0 GDP
 7.455
 OG
 O1A
6djl 1 P62491 90.83 3e-144 X-RAY
 2018-09-26 SER A:32 A:29 76.0 0.661 T -57.9 -16.6 76.0 0.661 0.0
SER F:32 F:29 77.0 0.67 T -62.7 -38.5 NA NA NA
SER G:32 G:29 67.0 0.583 T -62.3 -18.8 NA NA NA
SER H:32 H:29 69.0 0.6 T -65.6 -35.5 NA NA NA
4uj4 1 P62491 95.63 9e-128 X-RAY
 2015-08-12 SER A:28 A:29 7.0 0.061 H -62.9 -34.6 NA NA NA
SER D:28 D:29 8.0 0.07 H -64.3 -37.0 8.0 0.07 0.0 GNP
MG
 6.922
8.889
 OG
N
 O1A
MG
SER G:28 G:29 8.0 0.07 H -63.2 -37.4 8.0 0.07 0.0 GNP
MG
 6.873
9.004
 OG
N
 O1A
MG
SER J:28 J:29 9.0 0.078 H -64.6 -37.2 NA NA NA
4uj3 1 P62491 95.08 3e-127 X-RAY
 2015-08-12 SER A:30 A:29 6.0 0.052 H -62.9 -34.8 6.0 0.052 0.0 GNP
MG
HOH
 6.915
9.052
3.300
 OG
N
OG
 O1A
MG
O
SER D:30 D:29 8.0 0.07 H -64.2 -36.6 NA NA NA
SER G:30 G:29 9.0 0.078 H -63.2 -37.0 NA NA NA
SER J:30 J:29 9.0 0.078 H -64.2 -36.9 NA NA NA
SER M:30 M:29 28.0 0.243 H -63.5 -36.0 NA NA NA
SER P:30 P:29 19.0 0.165 H -61.6 -37.5 NA NA NA
SER S:30 S:29 25.0 0.217 H -63.5 -37.3 NA NA NA
SER V:30 V:29 9.0 0.078 H -63.0 -37.6 NA NA NA
5jcz 1 P62491 97.74 3e-126 X-RAY
 2016-09-28 SER A:31 A:29 9.0 0.078 H -65.8 -35.9 9.0 0.078 0.0 MG
GDP
EDO
GOL
HOH
 9.158
6.836
7.833
9.364
3.329
 N
OG
CB
CB
OG
 MG
O1A
O2
O1
O
SER D:31 D:29 9.0 0.078 H -68.4 -34.6 NA NA NA
SER F:31 I:29 28.0 0.243 H -69.1 -35.1 NA NA NA
4lwz 1 P62491 97.74 3e-126 X-RAY
 2013-11-20 SER A:29 A:29 5.0 0.043 H -72.4 -26.3 5.0 0.043 0.0 GDP
MG
HOH
 6.702
9.029
6.526
 OG
OG
O
 O1A
MG
O
SER C:29 C:29 3.0 0.026 H -72.5 -31.5 NA NA NA
4lx0 1 P62491 97.74 3e-126 X-RAY
 2013-11-20 SER A:29 A:29 10.0 0.087 H -70.3 -34.7 10.0 0.087 0.0 MG
GDP
HOH
 8.955
6.776
2.864
 N
OG
OG
 MG
O1A
O
SER C:29 C:29 8.0 0.07 H -67.6 -35.7 NA NA NA
4uj5 1 P62491 94.54 8e-126 X-RAY
 2015-08-12 SER A:28 A:29 23.0 0.2 H -66.4 -32.8 23.0 0.2 0.0 GNP
MG
HOH
 6.790
8.916
3.053
 OG
OG
OG
 O1A
MG
O
SER B:28 B:29 32.0 0.278 H -66.3 -32.7 NA NA NA
4c4p 1 P62491 97.69 2e-123 X-RAY
 2013-09-18 SER A:29 A:29 12.0 0.104 H -69.1 -36.0 12.0 0.104 0.0 GNP
MG
HOH
 6.847
8.395
2.874
 OG
H
HB3
 O1A
MG
O
6ixv 2 P62491 97.69 2e-123 X-RAY
 2019-03-20 SER E:31 E:29 83.0 0.722 T -76.1 -45.2 83.0 0.722 0.0
SER F:31 F:29 78.0 0.678 T -84.6 -31.9 NA NA NA
SER G:31 G:29 84.0 0.73 S -86.1 -26.0 NA NA NA
SER H:31 H:29 74.0 0.643 T -76.3 -42.8 NA NA NA
1oiv 1 P24410 97.69 8e-123 X-RAY
 2004-01-08 SER A:47 A:29 17.0 0.148 H -66.9 -32.8 9.0 0.078 0.07 B:P24410:0.07
 GDP
HOH
 6.856
2.940
 OG
OG
 O1A
O
SER B:47 B:29 20.0 0.174 H -68.6 -34.5 9.0 0.078 0.096 A:P24410:0.096
 GDP
HOH
 7.002
2.889
 OG
OG
 O1A
O
2gzd 1 P62491 97.11 4e-122 X-RAY
 2006-08-15 SER A:29 A:29 8.0 0.07 H -71.1 -31.3 8.0 0.07 0.0 MG
GTP
HOH
 9.317
7.103
2.900
 N
OG
OG
 MG
O1A
O
SER B:29 B:29 9.0 0.078 H -70.2 -27.2 9.0 0.078 0.0 MG
GTP
HOH
 9.072
6.822
6.233
 N
OG
N
 MG
O1A
O
2gzh 1 P62491 97.11 4e-122 X-RAY
 2006-08-15 SER A:29 A:29 8.0 0.07 H -61.5 -38.1 8.0 0.07 0.0 MG
GTP
HOH
 9.048
6.564
2.773
 OG
OG
OG
 MG
O1A
O
1oiw 1 P24410 97.11 2e-121 X-RAY
 2004-01-08 SER A:47 A:29 13.0 0.113 H -66.6 -32.0 13.0 0.113 0.0 GSP
MG
HOH
 6.827
9.140
3.090
 OG
N
OG
 O1A
MG
O
1oix 1 P24410 97.11 2e-121 X-RAY
 2005-01-25 SER A:47 A:29 6.0 0.052 H -70.1 -31.9 6.0 0.052 0.0 GDP
MG
HOH
 6.542
9.243
2.724
 OG
N
OG
 O2A
MG
O
2hv8 1 P62491 97.06 3e-119 X-RAY
 2006-11-21 SER A:26 A:29 24.0 0.209 H -64.9 -36.9 24.0 0.209 0.0 MG
GTP
HOH
 9.196
6.824
3.059
 N
OG
OG
 MG
O1A
O
SER C:26 B:29 25.0 0.217 H -65.1 -36.8 NA NA NA
SER E:26 C:29 23.0 0.2 H -67.4 -39.3 NA NA NA
6iy1 3 P62491 97.62 4e-119 X-RAY
 2019-12-18 SER F:24 F:29 21.0 0.183 H -74.0 -34.1 NA NA NA
1yzk 1 P62491 97.62 1e-118 X-RAY
 2005-07-26 SER A:38 A:29 8.0 0.07 H -66.4 -38.0 8.0 0.07 0.0 MG
GNP
HOH
 9.173
6.753
2.640
 OG
OG
OG
 MG
O1A
O
6iy1 2 P62491 97.6 3e-118 X-RAY
 2019-12-18 SER D:23 D:29 20.0 0.174 H -70.3 -40.1 NA NA NA
5ez5 1 P62491 97.02 4e-118 X-RAY
 2016-12-07 SER A:22 A:29 7.0 0.061 H -71.2 -29.4 7.0 0.061 0.0 MG
GTP
HOH
 9.144
7.258
8.915
 N
OG
OG
 MG
O1A
O
SER B:22 B:29 7.0 0.061 H -65.8 -31.6 7.0 0.061 0.0 MG
GTP
HOH
 9.094
7.277
8.972
 N
OG
OG
 MG
O2A
O
2d7c 1 P62491 97.01 5e-117 X-RAY
 2006-09-26 SER A:23 A:29 7.0 0.061 H -67.7 -35.0 7.0 0.061 0.0 MG
GTP
HOH
 9.053
6.765
2.925
 N
OG
OG
 MG
O1A
O
SER B:23 B:29 9.0 0.078 H -68.3 -33.3 NA NA NA
6iy1 1 P62491 97.58 2e-116 X-RAY
 2019-12-18 SER A:21 A:29 21.0 0.183 H -66.9 -28.4 21.0 0.183 0.0 GDP
HOH
 7.005
3.084
 OG
OG
 O1A
O
SER B:21 B:29 19.0 0.165 H -67.7 -29.7 NA NA NA
SER C:21 C:29 18.0 0.157 H -68.7 -35.8 NA NA NA
SER E:21 E:29 14.0 0.122 H -65.9 -39.3 NA NA NA

AlphaFold DB

Entity Residue Monomer View
ID Entity Uniprot Identity Evalue Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ
af-q15907-f1 1 Q15907 100.0 1e-164 SER A:29 A:29 9.0 0.078 H -65.4 -40.1
af-p62491-f1 1 P62491 91.28 6e-146 SER A:29 A:29 11.0 0.096 H -66.4 -37.4