Variant
| Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr19 | 10570358 | . | G | A | CCDS58649.1:NM_001243121.1:c.1222Gtg>Atg_NP_001230050.1:p.408V>M | Homo sapiens phosphodiesterase 4A (PDE4A), transcript variant 1, mRNA. |
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PDB
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O |
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O |
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C4 O1 O2 O1 O |
||
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O C |
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C1 O |
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O |
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O37 O |
|||
| VAL | B:72 | B:157 | 13.0 | 0.084 | -104.4 | 127.3 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 2pw3 | 1 | Q08499 | 85.02 | 0.0 |
X-RAY |
2007-10-23 | VAL | A:72 | A:157 | 10.0 | 0.065 | S | -113.3 | 121.0 | 10.0 | 0.065 | 0.0 |
CMP HOH |
9.616 3.215 |
CG1 O |
O2P O |
||
| VAL | B:72 | B:157 | 9.0 | 0.058 | -110.7 | 118.1 | 9.0 | 0.058 | 0.0 |
CMP HOH |
9.590 3.679 |
CG1 CA |
O2P O |
||||||||||
| 5k32 | 1 | Q08499 | 85.76 | 0.0 |
X-RAY |
2017-03-29 | VAL | A:71 | A:157 | 10.0 | 0.065 | -105.0 | 125.8 | 10.0 | 0.065 | 0.0 |
EDO EDO EDO EDO EDO HOH |
8.420 4.948 6.937 7.512 9.868 3.641 |
N O CG1 CG2 O CA |
O2 C2 C2 C2 O1 O |
|||
| VAL | B:71 | B:157 | 8.0 | 0.052 | -103.4 | 125.1 | 8.0 | 0.052 | 0.0 |
EDO EDO EDO HOH |
7.015 7.384 9.571 2.800 |
CG1 CG2 N O |
C2 O1 O1 O |
||||||||||
| 2qyl | 1 | Q5T3Z8 | 87.16 | 0.0 |
X-RAY |
2008-04-08 | VAL | A:81 | A:231 | 5.0 | 0.032 | S | -112.2 | 128.0 | 5.0 | 0.032 | 0.0 |
MG HOH |
7.600 4.603 |
CG2 CG2 |
MG O |
||
| 4kp6 | 1 | Q07343 | 87.16 | 0.0 |
X-RAY |
2013-07-10 | VAL | A:84 | A:231 | 11.0 | 0.071 | S | -92.8 | 138.0 | 11.0 | 0.071 | 0.0 |
EDO HOH |
7.472 3.524 |
CB CG1 |
O1 O |
||
| 3ly2 | 1 | Q07343 | 87.16 | 0.0 |
X-RAY |
2010-04-28 | VAL | A:101 | A:231 | 11.0 | 0.071 | S | -95.0 | 123.9 | 11.0 | 0.071 | 0.0 |
Z72 HOH |
9.741 4.689 |
CG1 CB |
CL25 O |
||
| VAL | B:101 | B:231 | 10.0 | 0.065 | S | -99.3 | 123.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| VAL | C:101 | C:231 | 6.0 | 0.039 | S | -92.1 | 122.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| VAL | D:101 | D:231 | 9.0 | 0.058 | S | -94.1 | 122.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| VAL | E:101 | E:231 | 6.0 | 0.039 | S | -93.0 | 121.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| VAL | F:101 | F:231 | 11.0 | 0.071 | S | -95.0 | 123.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| VAL | G:101 | G:231 | 5.0 | 0.032 | S | -95.1 | 123.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| VAL | H:101 | H:231 | 6.0 | 0.039 | S | -94.4 | 123.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 3o0j | 1 | Q07343 | 88.2 | 0.0 |
X-RAY |
2011-08-10 | VAL | A:70 | A:231 | 9.0 | 0.058 | S | -90.3 | 133.8 | 9.0 | 0.058 | 0.0 |
3OJ EDO HOH |
9.905 7.543 3.589 |
CG2 CB CA |
O15 O1 O |
||
| 5k6j | 1 | Q07343 | 88.2 | 0.0 |
X-RAY |
2017-05-31 | VAL | A:70 | A:231 | 14.0 | 0.09 | S | -93.1 | 141.5 | 14.0 | 0.09 | 0.0 |
HOH |
3.548 |
CA |
O |
||
AlphaFold DB
| Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
| af-p27815-f1 | 1 | P27815 | 100.0 | 0.0 | VAL | A:430 | A:430 | 2.0 | 0.013 | S | -82.3 | 128.3 | |