Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr19 | 41847807 | . | C | A | CCDS33031.1:NM_000660.4:c.841Gac>Tac_NP_000651.3:p.281D>Y | Homo sapiens transforming growth factor, beta 1 (TGFB1), mRNA. |
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
5ffo | 3 | P01137 | 99.17 | 0.0 |
X-RAY |
2017-01-25 | ASP | C:254 | C:252 | 45.0 | 0.3 | -103.0 | -137.8 | 45.0 | 0.3 | 0.0 | |||||||
ASP | D:254 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASP | G:254 | G:252 | 45.0 | 0.3 | -103.6 | -138.7 | 45.0 | 0.3 | 0.0 | ||||||||||||||
ASP | H:254 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
5vqp | 1 | P01137 | 99.17 | 0.0 |
X-RAY |
2017-11-15 | ASP | A:254 | A:252 | 138.0 | 0.92 | -110.8 | 130.6 | 138.0 | 0.92 | 0.0 | |||||||
6uja | 3 | P07200 | 94.18 | 0.0 |
EM |
2020-02-05 | ASP | C:254 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
3rjr | 1 | P07200 | 93.63 | 0.0 |
X-RAY |
2011-06-15 | ASP | A:254 | A:252 | 57.0 | 0.38 | -91.0 | -165.5 | 57.0 | 0.38 | 0.0 | |||||||
ASP | B:254 | B:252 | 54.0 | 0.36 | -92.8 | -162.2 | 54.0 | 0.36 | 0.0 | ||||||||||||||
ASP | C:254 | C:252 | 61.0 | 0.407 | -93.5 | -174.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
ASP | D:254 | D:252 | 63.0 | 0.42 | -90.8 | -173.5 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
5vqf | 1 | P07200 | 93.63 | 0.0 |
X-RAY |
2017-11-15 | ASP | A:254 | A:252 | 63.0 | 0.42 | E | -84.9 | -177.8 | 63.0 | 0.42 | 0.0 | ||||||
ASP | B:254 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASP | C:254 | C:252 | 61.0 | 0.407 | E | -102.2 | 178.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASP | D:254 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
1kla | 1 | P01137 | 100.0 | 1e-80 |
NMR |
1996-08-17 | ASP | A:3 | A:3 | 41.0 | 0.273 | B | -103.8 | 172.8 | 41.0 | 0.273 | 0.0 | ||||||
ASP | B:3 | B:3 | 40.0 | 0.267 | B | -104.2 | 173.2 | 40.0 | 0.267 | 0.0 | |||||||||||||
1klc | 1 | P01137 | 100.0 | 1e-80 |
NMR |
1996-08-17 | ASP | A:3 | A:3 | 41.0 | 0.273 | S | -120.2 | -170.1 | 41.0 | 0.273 | 0.0 | ||||||
ASP | B:3 | B:3 | 42.0 | 0.28 | S | -120.8 | -169.8 | 42.0 | 0.28 | 0.0 | |||||||||||||
1kld | 1 | P01137 | 100.0 | 1e-80 |
NMR |
1996-08-17 | ASP | A:3 | A:3 | NA | NA | NA | NA | NA | 36.0 | 0.24 | NA | ||||||
ASP | B:3 | B:3 | NA | NA | NA | NA | NA | 36.0 | 0.24 | NA | |||||||||||||
3kfd | 1 | P01137 | 100.0 | 1e-80 |
X-RAY |
2010-03-02 | ASP | A:3 | A:3 | 36.0 | 0.24 | B | -103.4 | 178.4 | 22.0 | 0.147 | 0.093 |
F:P36897:0.093 |
HOH |
4.667 |
OD2 |
O |
|
ASP | B:3 | B:3 | 56.0 | 0.373 | B | -132.4 | 174.6 | 29.0 | 0.193 | 0.18 |
E:P36897:0.18 |
||||||||||||
ASP | G:3 | C:3 | 37.0 | 0.247 | B | -103.0 | 179.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASP | H:3 | D:3 | 56.0 | 0.373 | E | -140.1 | 171.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
4kv5 | 1 | P01137 | 100.0 | 1e-80 |
X-RAY |
2014-09-24 | ASP | A:3 | C:3 | 42.0 | 0.28 | B | -98.1 | -179.9 | 42.0 | 0.28 | 0.0 | ||||||
ASP | B:3 | D:3 | 41.0 | 0.273 | B | -99.0 | -177.1 | 41.0 | 0.273 | 0.0 | |||||||||||||
ASP | C:3 | A:3 | 42.0 | 0.28 | B | -99.2 | -178.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASP | D:3 | B:3 | 39.0 | 0.26 | B | -98.9 | -177.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6gff | 2 | P01137 | 100.0 | 1e-80 |
X-RAY |
2018-11-07 | ASP | B:3 | B:281 | 61.0 | 0.407 | E | -90.0 | 175.4 | 61.0 | 0.407 | 0.0 | ||||||
ASP | D:3 | D:281 | 90.0 | 0.6 | -76.5 | 123.3 | 12.0 | 0.08 | 0.52 |
L:None:0.52 |
|||||||||||||
ASP | F:3 | F:281 | 60.0 | 0.4 | E | -97.0 | -175.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASP | H:3 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-p01137-f1 | 1 | P01137 | 99.74 | 0.0 | ASP | A:281 | A:281 | 85.0 | 0.567 | -47.2 | 79.7 |