Variant

Genome Chromosome Position VCF ID Ref Alt mRNA Change mRNA Info
GRCh37 chr2 232597688 . A C CCDS33398.1:NM_002601.2:c.427Tcc>Gcc_NP_002592.1:p.143S>A Homo sapiens phosphodiesterase 6D, cGMP-specific, rod, delta (PDE6D), mRNA.
pdb_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 
alphafold_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 

PDB

Entity Residue Monomer BioUnit Ligand View
PDB Entity Uniprot Identity Evalue ExpMethod Date Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ ASA rASA ΔASA Interaction Name Distance Atom(p) Atom(l)
7qjk 1 O43924 100.0 2e-110 X-RAY
 2022-01-26 SER A:144 BBB:143 1.0 0.009 E -123.6 149.7 1.0 0.009 0.0 9VO
 5.192
 CB
 C11
SER B:144 AAA:143 4.0 0.035 E -115.8 151.9 NA NA NA
SER C:144 CCC:143 3.0 0.026 E -116.2 150.5 NA NA NA
SER D:144 DDD:143 8.0 0.07 E -124.9 151.4 NA NA NA
1ksg 2 O43924 100.0 2e-110 X-RAY
 2002-05-08 SER B:145 B:143 1.0 0.009 E -126.8 137.0 1.0 0.009 0.0 HOH
 6.109
 OG
 O
1ksh 2 O43924 100.0 2e-110 X-RAY
 2002-05-08 SER B:145 B:143 1.0 0.009 E -133.2 134.6 1.0 0.009 0.0 HOH
 2.911
 OG
 O
1ksj 2 O43924 100.0 2e-110 X-RAY
 2002-05-08 SER B:145 B:143 7.0 0.061 E -115.4 158.1 7.0 0.061 0.0 HOH
 2.770
 OG
 O
3t5g 2 O43924 100.0 2e-110 X-RAY
 2011-10-26 SER B:145 B:143 3.0 0.026 E -133.1 165.0 3.0 0.026 0.0 FAR
HOH
 3.893
3.285
 OG
O
 C15
O
3t5i 1 O43924 100.0 2e-110 X-RAY
 2011-11-02 SER A:145 B:143 2.0 0.017 E -130.6 161.7 NA NA NA
SER B:145 A:143 4.0 0.035 E -117.5 159.2 4.0 0.035 0.0 FAR
HOH
 3.582
3.038
 OG
OG
 C15
O
SER C:145 C:143 3.0 0.026 E -132.4 168.5 NA NA NA
SER D:145 D:143 3.0 0.026 E -119.0 156.3 NA NA NA
4jhp 1 O43924 100.0 2e-110 X-RAY
 2013-04-17 SER A:145 B:143 7.0 0.061 E -126.8 158.5 7.0 0.061 0.0 HOH
 2.619
 OG
 O
4jv6 1 O43924 100.0 2e-110 X-RAY
 2013-05-22 SER A:145 B:143 5.0 0.043 E -130.4 164.3 5.0 0.043 0.0 18F
HOH
 4.985
2.301
 OG
OG
 CAH
O
4jv8 1 O43924 100.0 2e-110 X-RAY
 2013-05-22 SER A:145 B:143 2.0 0.017 E -147.1 164.0 2.0 0.017 0.0 1M1
HOH
 5.261
2.627
 OG
OG
 CAM
O
4jvb 1 O43924 100.0 2e-110 X-RAY
 2013-05-22 SER A:145 B:143 4.0 0.035 E -139.7 161.7 4.0 0.035 0.0 1M0
HOH
 4.990
2.653
 OG
OG
 CBF
O
4jvf 1 O43924 100.0 2e-110 X-RAY
 2013-05-22 SER A:145 B:143 5.0 0.043 E -136.2 162.8 5.0 0.043 0.0 17X
HOH
 5.650
2.533
 OG
OG
 CAE
O
5nal 1 O43924 100.0 3e-110 X-RAY
 2017-05-10 SER A:143 B:143 4.0 0.035 E -135.3 159.4 4.0 0.035 0.0 8RQ
HOH
 4.981
3.334
 OG
CA
 CAR
O
5tb5 2 O43924 100.0 3e-110 X-RAY
 2016-11-02 SER B:143 B:143 9.0 0.078 E -138.8 161.2 9.0 0.078 0.0 FAR
HOH
 4.356
2.442
 OG
OG
 C12
O
SER D:143 D:143 8.0 0.07 E -128.2 161.4 NA NA NA
5x72 1 O43924 100.0 3e-110 X-RAY
 2017-10-04 SER A:143 A:143 4.0 0.035 E -132.8 166.0 4.0 0.035 0.0 P59
HOH
 4.891
2.374
 OG
OG
 CAC
O
5x73 1 O43924 100.0 3e-110 X-RAY
 2017-10-04 SER A:143 A:143 4.0 0.035 E -124.3 155.4 4.0 0.035 0.0 P59
HOH
 4.632
3.405
 OG
CA
 CAD
O
5yav 1 O43924 100.0 3e-110 X-RAY
 2018-09-05 SER A:143 B:143 2.0 0.017 E -127.6 165.7 2.0 0.017 0.0 8SF
HOH
 3.752
3.340
 OG
CA
 H1
O
5yaw 1 O43924 100.0 3e-110 X-RAY
 2018-09-05 SER A:143 B:143 7.0 0.061 E -131.0 163.5 7.0 0.061 0.0 8SL
HOH
 4.110
2.735
 OG
OG
 C24
O
7q9r 1 O43924 100.0 3e-110 X-RAY
 2022-01-19 SER A:143 BBB:143 5.0 0.043 E -123.1 158.7 5.0 0.043 0.0 FAR
EDO
EDO
HOH
 5.141
5.314
5.035
2.393
 OG
N
OG
OG
 C15
O1
C1
O
7q9s 1 O43924 100.0 3e-110 X-RAY
 2022-01-19 SER A:143 BBB:143 1.0 0.009 E -125.5 156.3 1.0 0.009 0.0 9TI
EDO
FAR
HOH
 9.807
8.237
4.658
3.166
 OG
O
OG
CA
 N3
C1
C15
O
SER B:143 AAA:143 3.0 0.026 E -96.7 137.5 NA NA NA
7q9u 2 O43924 100.0 3e-110 X-RAY
 2022-01-26 SER C:143 DDD:143 3.0 0.026 E -128.5 153.1 NA NA NA
SER D:143 CCC:143 3.0 0.026 E -133.5 153.9 NA NA NA
5x74 1 O43924 99.33 9e-110 X-RAY
 2017-10-04 SER A:143 A:143 3.0 0.026 E -122.4 162.6 3.0 0.026 0.0 JAY
HOH
 5.191
3.269
 OG
CA
 CAD
O
5e8f 1 O43924 100.0 2e-109 X-RAY
 2015-11-18 SER A:142 A:143 8.0 0.07 E -130.6 158.2 8.0 0.07 0.0 GER
HOH
 3.759
2.287
 OG
OG
 C17
O
SER B:142 C:143 6.0 0.052 E -131.8 153.5 NA NA NA
5f2u 1 O43924 100.0 2e-109 X-RAY
 2016-04-13 SER A:142 A:143 3.0 0.026 E -119.3 160.1 3.0 0.026 0.0 HOH
 2.964
 OG
 O
SER B:142 B:143 1.0 0.009 E -120.9 162.8 NA NA NA
5ml2 1 O43924 100.0 2e-109 X-RAY
 2017-02-01 SER A:142 B:143 2.0 0.017 E -136.2 161.8 2.0 0.017 0.0 NH6
HOH
 4.899
2.299
 OG
OG
 CBF
O
5ml3 1 O43924 100.0 2e-109 X-RAY
 2017-02-01 SER A:142 B:143 6.0 0.052 E -143.3 163.6 6.0 0.052 0.0 DL3
HOH
 5.074
2.512
 OG
OG
 CBM
O
5ml4 1 O43924 100.0 2e-109 X-RAY
 2017-02-01 SER A:142 B:143 3.0 0.026 E -126.1 155.3 3.0 0.026 0.0 RRQ
HOH
 4.447
3.194
 OG
O
 CAW
O
5ml6 1 O43924 100.0 2e-109 X-RAY
 2017-02-01 SER A:142 B:143 3.0 0.026 E -126.7 157.9 3.0 0.026 0.0 9GD
HOH
 4.605
3.277
 OG
CA
 CBK
O
5ml8 1 O43924 100.0 2e-109 X-RAY
 2017-02-01 SER A:142 B:143 4.0 0.035 E -135.0 153.4 4.0 0.035 0.0 V98
HOH
 4.483
3.353
 OG
CA
 CBK
O
7q9q 1 O43924 100.0 2e-109 X-RAY
 2022-01-19 SER A:146 BBB:143 10.0 0.087 E -139.3 159.3 10.0 0.087 0.0 GER
EDO
EDO
HOH
 4.230
6.078
4.921
2.586
 OG
O
OG
OG
 C17
C1
O2
O
5t4x 1 O55057 98.0 3e-109 X-RAY
 2018-01-10 SER A:163 A:143 1.0 0.009 E -125.4 157.7 1.0 0.009 0.0 HOH
 3.034
 OG
 O
5tar 2 O43924 100.0 7e-109 X-RAY
 2016-11-02 SER B:141 B:143 4.0 0.035 E -142.2 161.1 4.0 0.035 0.0 FAR
HOH
 4.567
3.344
 OG
CA
 C14
O
5e80 1 O43924 99.33 1e-108 X-RAY
 2016-05-04 SER A:142 B:143 2.0 0.017 E -124.6 155.7 2.0 0.017 0.0 5KP
HOH
 4.108
9.665
 OG
O
 CAO
O
SER B:142 A:143 2.0 0.017 E -119.8 161.9 NA NA NA

AlphaFold DB

Entity Residue Monomer View
ID Entity Uniprot Identity Evalue Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ
af-o43924-f1 1 O43924 100.0 1e-110 SER A:143 A:143 2.0 0.017 E -112.0 159.8