Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr2 | 241808663 | . | C | A | CCDS2543.1:NM_000030.2:c.242tCg>tAg_NP_000021.1:p.81S>* | Homo sapiens alanine-glyoxylate aminotransferase (AGXT), mRNA. |
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
1h0c | 1 | P21549 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2003-06-12 | SER | A:81 | A:81 | 49.0 | 0.426 | -82.3 | -174.8 | 2.0 | 0.017 | 0.409 |
A:P21549:0.409 |
PLP AOA HOH |
2.647 9.169 3.106 |
OG OG CA |
O3P C1 O |
||
5og0 | 1 | P21549 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2017-09-27 | SER | A:81 | A:81 | 54.0 | 0.47 | -80.3 | 178.9 | 2.0 | 0.017 | 0.453 |
A:P21549:0.452 |
PLP HOH |
2.493 3.074 |
OG CA |
O1P O |
||
6rv0 | 1 | P21549 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2020-04-08 | SER | A:81 | A:81 | 52.0 | 0.452 | -80.6 | -177.5 | 1.0 | 0.009 | 0.443 |
A:P21549:0.443 |
PMP HOH |
2.457 3.186 |
OG CA |
O3P O |
||
6rv1 | 1 | P21549 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2020-04-08 | SER | A:81 | A:81 | 52.0 | 0.452 | -88.0 | -175.2 | 1.0 | 0.009 | 0.443 |
A:P21549:0.443 |
PLP |
2.415 |
OG |
O1P |
||
3r9a | 1 | P21549 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2011-05-11 | SER | A:83 | A:81 | 45.0 | 0.391 | -60.3 | 171.0 | 0.0 | 0.0 | 0.391 |
C:P21549:0.391 |
HOH |
3.063 |
CB |
O |
||
SER | C:83 | C:81 | 44.0 | 0.383 | -71.3 | 170.6 | 0.0 | 0.0 | 0.383 |
A:P21549:0.383 |
HOH |
2.729 |
CB |
O |
|||||||||
5ofy | 1 | P21549 | 99.74 | 0.0 |
X-RAY |
2017-09-27 | SER | A:81 | A:81 | 50.0 | 0.435 | -71.3 | -175.3 | 2.0 | 0.017 | 0.418 |
A:P21549:0.417 |
PLP DIO HOH |
2.470 8.867 3.143 |
OG OG CA |
O2P C2 O |
||
4kyo | 1 | P21549 | 99.74 | 0.0 |
X-RAY |
2014-11-19 | SER | A:83 | A:81 | 70.0 | 0.609 | -61.9 | 174.2 | 4.0 | 0.035 | 0.574 |
B:P21549:0.574 |
SO4 BME HOH |
2.443 6.394 3.305 |
OG OG CA |
O2 S2 O |
||
SER | B:83 | C:81 | 70.0 | 0.609 | -70.2 | 171.8 | 2.0 | 0.017 | 0.592 |
A:P21549:0.591 |
SO4 BME BME HOH |
3.159 7.475 8.616 3.303 |
CB OG N OG |
O4 O1 C2 O |
|||||||||
4i8a | 1 | P21549 | 99.74 | 0.0 |
X-RAY |
2013-05-01 | SER | A:83 | A:81 | 38.0 | 0.33 | -91.5 | -171.7 | 1.0 | 0.009 | 0.321 |
B:P21549:0.322 |
GOL |
9.801 |
CB |
O3 |
||
SER | B:83 | B:81 | 40.0 | 0.348 | -89.1 | -173.1 | 0.0 | 0.0 | 0.348 |
A:P21549:0.348 |
|||||||||||||
SER | C:83 | C:81 | 41.0 | 0.357 | -86.6 | -172.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
SER | D:83 | D:81 | 39.0 | 0.339 | -88.9 | -174.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
1j04 | 1 | P21549 | 99.74 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-11 | SER | A:81 | A:81 | 39.0 | 0.339 | -72.3 | 179.9 | 39.0 | 0.339 | 0.0 |
AOA HOH |
9.918 3.093 |
OG CA |
C1 O |
|||
5luc | 1 | P21549 | 99.74 | 0.0 |
X-RAY |
2017-09-20 | SER | A:92 | A:81 | 52.0 | 0.452 | -81.2 | -175.3 | 2.0 | 0.017 | 0.435 |
B:P21549:0.435 |
PLP HOH |
2.711 3.483 |
OG CA |
O2P O |
||
SER | B:92 | B:81 | 52.0 | 0.452 | -77.5 | -174.3 | 2.0 | 0.017 | 0.435 |
A:P21549:0.435 |
PLP HOH |
2.917 3.092 |
OG CB |
O3P O |
|||||||||
SER | C:92 | E:81 | 51.0 | 0.443 | -77.1 | -176.3 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
SER | D:92 | G:81 | 52.0 | 0.452 | -78.8 | -177.7 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
SER | E:92 | M:81 | 51.0 | 0.443 | -74.5 | -173.9 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
SER | F:92 | N:81 | 53.0 | 0.461 | -78.1 | -172.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
SER | G:92 | S:81 | 51.0 | 0.443 | -74.9 | -174.9 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
SER | H:92 | T:81 | 52.0 | 0.452 | -78.0 | -171.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
4kxk | 1 | P21549 | 99.49 | 0.0 |
X-RAY |
2014-11-19 | SER | A:83 | A:81 | 74.0 | 0.643 | -55.1 | 174.8 | 4.0 | 0.035 | 0.608 |
B:P21549:0.609 |
SO4 BME |
2.973 9.028 |
OG OG |
O1 S2 |
||
SER | B:83 | C:81 | 75.0 | 0.652 | -59.4 | 176.5 | 6.0 | 0.052 | 0.6 |
A:P21549:0.6 |
SO4 HOH |
2.790 9.675 |
OG C |
O2 O |
|||||||||
4cbr | 1 | P21549 | 99.23 | 0.0 |
X-RAY |
2014-07-09 | SER | A:81 | A:81 | 52.0 | 0.452 | -60.8 | -177.7 | 2.0 | 0.017 | 0.435 |
A:P21549:0.435 |
PLP GOL HOH |
2.610 8.792 2.923 |
OG CB CA |
O1P O1 O |
||
4cbs | 1 | P21549 | 98.72 | 0.0 |
X-RAY |
2014-07-09 | SER | A:81 | A:81 | 50.0 | 0.435 | -68.8 | 176.2 | 2.0 | 0.017 | 0.418 |
A:P21549:0.417 |
PLP HOH |
2.259 3.122 |
OG CA |
O3P O |
||
5f9s | 1 | P21549 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-12-21 | SER | A:76 | A:81 | 51.0 | 0.443 | -72.5 | -179.0 | 2.0 | 0.017 | 0.426 |
B:P21549:0.426 |
PLP HOH |
1.940 2.418 |
HG HA |
O2P O |
||
SER | B:76 | B:81 | 50.0 | 0.435 | -71.3 | -175.6 | 1.0 | 0.009 | 0.426 |
A:P21549:0.426 |
PLP HOH |
1.890 2.378 |
HG HA |
O3P O |
|||||||||
5hhy | 1 | P21549 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2017-01-25 | SER | A:76 | A:81 | 51.0 | 0.443 | -73.6 | -179.1 | 2.0 | 0.017 | 0.426 |
B:P21549:0.426 |
PLR HOH |
1.838 2.432 |
HG HA |
O2P O |
||
SER | B:76 | B:81 | 50.0 | 0.435 | -72.7 | -177.1 | 1.0 | 0.009 | 0.426 |
A:P21549:0.426 |
PLR HOH |
1.928 2.320 |
HG HA |
O2P O |
|||||||||
2yob | 1 | P21549 | 99.74 | 0.0 |
X-RAY |
2013-10-30 | SER | A:81 | A:81 | 52.0 | 0.452 | -71.1 | -174.7 | 2.0 | 0.017 | 0.435 |
B:P21549:0.435 |
PLP HOH |
2.887 3.318 |
OG CA |
O2P O |
||
SER | B:81 | B:81 | 50.0 | 0.435 | -70.5 | -176.3 | 2.0 | 0.017 | 0.418 |
A:P21549:0.417 |
PLP HOH |
2.723 3.317 |
OG CA |
O3P O |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-p21549-f1 | 1 | P21549 | 100.0 | 0.0 | SER | A:81 | A:81 | 50.0 | 0.435 | -66.5 | 176.9 |