Variant

Genome Chromosome Position VCF ID Ref Alt mRNA Change mRNA Info
GRCh37 chr2 241810815 . C A CCDS2543.1:NM_000030.2:c.473tCg>tAg_NP_000021.1:p.158S>* Homo sapiens alanine-glyoxylate aminotransferase (AGXT), mRNA.
pdb_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 
alphafold_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 

PDB

Entity Residue Monomer BioUnit Ligand View
PDB Entity Uniprot Identity Evalue ExpMethod Date Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ ASA rASA ΔASA Interaction Name Distance Atom(p) Atom(l)
1h0c 1 P21549 100.0 0.0 X-RAY
 2003-06-12 SER A:158 A:158 5.0 0.043 T -68.4 -14.3 5.0 0.043 0.0 PLP
AOA
HOH
 2.462
3.643
5.572
 OG
OG
N
 O3
O2
O
5og0 1 P21549 100.0 0.0 X-RAY
 2017-09-27 SER A:158 A:158 2.0 0.017 T -73.2 -11.7 2.0 0.017 0.0 PLP
HOH
 2.772
4.705
 OG
OG
 O3
O
6rv0 1 P21549 100.0 0.0 X-RAY
 2020-04-08 SER A:158 A:158 5.0 0.043 T -70.0 -5.9 5.0 0.043 0.0 PMP
HOH
 3.453
6.102
 OG
N
 O3
O
6rv1 1 P21549 100.0 0.0 X-RAY
 2020-04-08 SER A:158 A:158 8.0 0.07 T -72.3 -11.7 8.0 0.07 0.0 PLP
 3.316
 OG
 O3
3r9a 1 P21549 100.0 0.0 X-RAY
 2011-05-11 SER A:160 A:158 0.0 0.0 T -79.8 -18.7 0.0 0.0 0.0 HOH
 3.209
 OG
 O
SER C:160 C:158 1.0 0.009 T -64.3 -13.9 1.0 0.009 0.0 HOH
 3.104
 OG
 O
5ofy 1 P21549 99.74 0.0 X-RAY
 2017-09-27 SER A:158 A:158 1.0 0.009 T -62.9 -14.5 1.0 0.009 0.0 PLP
DIO
HOH
 3.463
4.685
6.811
 OG
OG
N
 O3
O1'
O
4kyo 1 P21549 99.74 0.0 X-RAY
 2014-11-19 SER A:160 A:158 2.0 0.017 T -73.0 -7.6 2.0 0.017 0.0 SO4
BME
HOH
 8.234
9.094
2.714
 OG
O
OG
 O1
O1
O
SER B:160 C:158 2.0 0.017 T -74.9 -10.8 2.0 0.017 0.0 SO4
BME
HOH
 8.074
8.166
2.857
 OG
O
OG
 O2
C1
O
4i8a 1 P21549 99.74 0.0 X-RAY
 2013-05-01 SER A:160 A:158 0.0 0.0 T -66.9 -21.6 0.0 0.0 0.0 GOL
 5.311
 CB
 O1
SER B:160 B:158 0.0 0.0 T -66.3 -20.8 0.0 0.0 0.0 GOL
 5.682
 CB
 C3
SER C:160 C:158 0.0 0.0 T -67.8 -20.3 NA NA NA
SER D:160 D:158 0.0 0.0 T -66.7 -21.2 NA NA NA
1j04 1 P21549 99.74 0.0 X-RAY
 2003-11-11 SER A:158 A:158 1.0 0.009 T -66.9 -12.3 1.0 0.009 0.0 AOA
HOH
 4.179
5.548
 OG
N
 O2
O
5luc 1 P21549 99.74 0.0 X-RAY
 2017-09-20 SER A:169 A:158 4.0 0.035 T -71.5 -12.3 4.0 0.035 0.0 PLP
HOH
 2.715
3.662
 OG
OG
 O3
O
SER B:169 B:158 4.0 0.035 T -70.7 -12.3 4.0 0.035 0.0 PLP
HOH
 2.703
3.598
 OG
OG
 O3
O
SER C:169 E:158 4.0 0.035 T -71.6 -17.9 NA NA NA
SER D:169 G:158 4.0 0.035 T -70.6 -17.5 NA NA NA
SER E:169 M:158 4.0 0.035 T -71.2 -17.2 NA NA NA
SER F:169 N:158 4.0 0.035 T -65.9 -13.9 NA NA NA
SER G:169 S:158 3.0 0.026 T -70.2 -14.3 NA NA NA
SER H:169 T:158 4.0 0.035 T -71.6 -13.7 NA NA NA
4kxk 1 P21549 99.49 0.0 X-RAY
 2014-11-19 SER A:160 A:158 2.0 0.017 T -77.7 1.4 2.0 0.017 0.0 SO4
BME
HOH
 7.493
2.952
5.632
 OG
OG
N
 O4
O1
O
SER B:160 C:158 1.0 0.009 T -75.8 1.1 1.0 0.009 0.0 SO4
HOH
 7.803
2.788
 OG
OG
 O3
O
4cbr 1 P21549 99.23 0.0 X-RAY
 2014-07-09 SER A:158 A:158 5.0 0.043 T -71.4 -9.0 5.0 0.043 0.0 PLP
GOL
HOH
 2.304
4.334
7.151
 OG
OG
N
 O3
O2
O
4cbs 1 P21549 98.72 0.0 X-RAY
 2014-07-09 SER A:158 A:158 4.0 0.035 T -67.7 -14.9 4.0 0.035 0.0 PLP
HOH
 2.538
6.960
 OG
N
 O3
O
5f9s 1 P21549 100.0 0.0 X-RAY
 2016-12-21 SER A:153 A:158 3.0 0.026 T -73.6 -9.4 3.0 0.026 0.0 PLP
HOH
 1.822
2.977
 OG
HG
 HO3
O
SER B:153 B:158 2.0 0.017 T -66.9 -14.9 2.0 0.017 0.0 PLP
HOH
 1.872
4.880
 OG
H
 HO3
O
5hhy 1 P21549 100.0 0.0 X-RAY
 2017-01-25 SER A:153 A:158 4.0 0.035 T -72.6 -10.8 4.0 0.035 0.0 PLR
HOH
 1.722
2.940
 OG
HG
 HO3
O
SER B:153 B:158 3.0 0.026 T -68.1 -15.9 3.0 0.026 0.0 PLR
HOH
 1.742
4.942
 OG
H
 HO3
O
2yob 1 P21549 99.74 0.0 X-RAY
 2013-10-30 SER A:158 A:158 3.0 0.026 T -76.8 -13.3 3.0 0.026 0.0 PLP
HOH
 2.607
3.266
 OG
OG
 O3
O
SER B:158 B:158 4.0 0.035 T -71.5 -14.9 4.0 0.035 0.0 PLP
HOH
 2.718
3.278
 OG
OG
 O3
O

AlphaFold DB

Entity Residue Monomer View
ID Entity Uniprot Identity Evalue Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ
af-p21549-f1 1 P21549 100.0 0.0 SER A:158 A:158 2.0 0.017 T -64.4 -10.4