Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr2 | 241813413 | . | C | A | CCDS2543.1:NM_000030.2:c.614tCg>tAg_NP_000021.1:p.205S>* | Homo sapiens alanine-glyoxylate aminotransferase (AGXT), mRNA. |
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
1h0c | 1 | P21549 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2003-06-12 | SER | A:205 | A:205 | 1.0 | 0.009 | E | -142.6 | 163.8 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
PLP HOH |
7.032 4.610 |
C OG |
O4P O |
||
5og0 | 1 | P21549 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2017-09-27 | SER | A:205 | A:205 | 1.0 | 0.009 | E | -136.3 | 178.6 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
PLP HOH |
7.242 4.158 |
C OG |
O4P O |
||
6rv0 | 1 | P21549 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2020-04-08 | SER | A:205 | A:205 | 1.0 | 0.009 | E | -147.9 | 163.6 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
PMP HOH |
7.574 6.044 |
C OG |
O4P O |
||
6rv1 | 1 | P21549 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2020-04-08 | SER | A:205 | A:205 | 1.0 | 0.009 | E | -143.1 | 169.1 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
PLP |
7.641 |
C |
O4P |
||
3r9a | 1 | P21549 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2011-05-11 | SER | A:207 | A:205 | 1.0 | 0.009 | E | -151.2 | 168.7 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
HOH |
4.113 |
OG |
O |
||
SER | C:207 | C:205 | 2.0 | 0.017 | E | -146.7 | 176.5 | 2.0 | 0.017 | 0.0 |
HOH |
4.282 |
OG |
O |
|||||||||
5ofy | 1 | P21549 | 99.74 | 0.0 |
X-RAY |
2017-09-27 | SER | A:205 | A:205 | 1.0 | 0.009 | E | -141.7 | 172.4 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
PLP HOH |
7.536 4.441 |
OG OG |
O3 O |
||
4kyo | 1 | P21549 | 99.74 | 0.0 |
X-RAY |
2014-11-19 | SER | A:207 | A:205 | 1.0 | 0.009 | E | -147.7 | 179.7 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
SO4 HOH |
7.014 4.210 |
C OG |
O4 O |
||
SER | B:207 | C:205 | 2.0 | 0.017 | E | -150.5 | -177.6 | 2.0 | 0.017 | 0.0 |
SO4 HOH |
7.132 4.342 |
C OG |
O1 O |
|||||||||
4i8a | 1 | P21549 | 99.74 | 0.0 |
X-RAY |
2013-05-01 | SER | A:207 | A:205 | 0.0 | 0.0 | E | -162.2 | 142.7 | 0.0 | 0.0 | 0.0 | ||||||
SER | B:207 | B:205 | 0.0 | 0.0 | E | -162.3 | 144.0 | 0.0 | 0.0 | 0.0 | |||||||||||||
SER | C:207 | C:205 | 0.0 | 0.0 | E | -163.3 | 144.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | D:207 | D:205 | 0.0 | 0.0 | E | -162.3 | 143.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1j04 | 1 | P21549 | 99.74 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-11 | SER | A:205 | A:205 | 2.0 | 0.017 | E | -146.7 | 167.8 | 2.0 | 0.017 | 0.0 |
HOH |
4.189 |
OG |
O |
||
5luc | 1 | P21549 | 99.74 | 0.0 |
X-RAY |
2017-09-20 | SER | A:216 | A:205 | 1.0 | 0.009 | E | -148.9 | 179.7 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
PLP HOH |
7.483 4.334 |
O OG |
O3P O |
||
SER | B:216 | B:205 | 2.0 | 0.017 | E | -146.8 | -178.8 | 2.0 | 0.017 | 0.0 |
PLP HOH |
7.574 4.235 |
O OG |
O1P O |
|||||||||
SER | C:216 | E:205 | 1.0 | 0.009 | E | -152.5 | -179.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | D:216 | G:205 | 2.0 | 0.017 | E | -147.6 | -176.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | E:216 | M:205 | 2.0 | 0.017 | E | -145.9 | 179.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | F:216 | N:205 | 1.0 | 0.009 | E | -147.5 | -177.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | G:216 | S:205 | 1.0 | 0.009 | E | -148.4 | -177.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | H:216 | T:205 | 2.0 | 0.017 | E | -150.2 | -177.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
4kxk | 1 | P21549 | 99.49 | 0.0 |
X-RAY |
2014-11-19 | SER | A:207 | A:205 | 2.0 | 0.017 | E | -153.0 | 171.6 | 2.0 | 0.017 | 0.0 |
SO4 HOH |
7.459 6.926 |
C OG |
O4 O |
||
SER | B:207 | C:205 | 1.0 | 0.009 | E | -150.1 | 173.2 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
SO4 HOH |
7.380 7.413 |
C CA |
O3 O |
|||||||||
4cbr | 1 | P21549 | 99.23 | 0.0 |
X-RAY |
2014-07-09 | SER | A:205 | A:205 | 1.0 | 0.009 | E | -139.0 | 177.0 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
PLP HOH |
6.851 4.191 |
C OG |
C5A O |
||
4cbs | 1 | P21549 | 98.72 | 0.0 |
X-RAY |
2014-07-09 | SER | A:205 | A:205 | 2.0 | 0.017 | E | -147.3 | -176.4 | 2.0 | 0.017 | 0.0 |
PLP HOH |
6.873 4.257 |
C OG |
C5A O |
||
5f9s | 1 | P21549 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2016-12-21 | SER | A:200 | A:205 | 1.0 | 0.009 | E | -144.6 | -177.1 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
PLP HOH |
6.250 3.924 |
HA HG |
H2A2 O |
||
SER | B:200 | B:205 | 2.0 | 0.017 | E | -149.0 | 179.7 | 2.0 | 0.017 | 0.0 |
PLP HOH |
6.152 3.958 |
HA HG |
H2A2 O |
|||||||||
5hhy | 1 | P21549 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2017-01-25 | SER | A:200 | A:205 | 2.0 | 0.017 | E | -144.1 | -174.5 | 2.0 | 0.017 | 0.0 |
PLR HOH |
6.183 3.914 |
HA HG |
H2A2 O |
||
SER | B:200 | B:205 | 2.0 | 0.017 | E | -148.2 | -180.0 | 2.0 | 0.017 | 0.0 |
PLR HOH |
6.019 3.872 |
HA HG |
H2A2 O |
|||||||||
2yob | 1 | P21549 | 99.74 | 0.0 |
X-RAY |
2013-10-30 | SER | A:205 | A:205 | 2.0 | 0.017 | E | -145.8 | -174.6 | 2.0 | 0.017 | 0.0 |
PLP HOH |
7.216 4.332 |
C OG |
O4P O |
||
SER | B:205 | B:205 | 1.0 | 0.009 | E | -145.5 | -179.2 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
PLP HOH |
7.343 4.119 |
C OG |
O4P O |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-p21549-f1 | 1 | P21549 | 100.0 | 0.0 | SER | A:205 | A:205 | 1.0 | 0.009 | E | -149.5 | 177.2 |