Variant
| Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr20 | 44751392 | . | A | C | CCDS13393.1:NM_001250.4:c.400Att>Ctt_NP_001241.1:p.134I>L | Homo sapiens CD40 molecule, TNF receptor superfamily member 5 (CD40), transcript variant 1, mRNA. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
|
PDB
| Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
| 6fax | 3 | P25942 | 100.0 | 3e-126 |
X-RAY |
2018-02-07 | ILE | C:114 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 6pe8 | 3 | P25942 | 100.0 | 3e-126 |
X-RAY |
2019-08-14 | ILE | E:114 | T:134 | 76.0 | 0.434 | -60.2 | 145.9 | NA | NA | NA | |||||||
| ILE | F:114 | U:134 | 85.0 | 0.486 | -56.9 | 142.9 | 85.0 | 0.486 | 0.0 |
HOH |
3.767 |
N |
O |
||||||||||
| 6pe9 | 3 | P25942 | 100.0 | 3e-126 |
X-RAY |
2019-08-14 | ILE | G:114 | G:134 | 127.0 | 0.726 | -69.9 | 179.4 | NA | NA | NA | |||||||
| ILE | I:114 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | J:114 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | N:114 | U:134 | 116.0 | 0.663 | -65.4 | 168.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | O:114 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 3qd6 | 2 | P25942 | 97.71 | 4e-124 |
X-RAY |
2011-02-02 | ILE | G:114 | R:134 | 127.0 | 0.726 | -70.2 | -164.1 | 127.0 | 0.726 | 0.0 | |||||||
| ILE | H:114 | S:134 | 138.0 | 0.789 | -50.4 | 142.7 | 138.0 | 0.789 | 0.0 | ||||||||||||||
| ILE | I:114 | T:134 | 101.0 | 0.577 | -62.0 | -174.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | J:114 | U:134 | 130.0 | 0.743 | -60.0 | 174.8 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 5dmi | 1 | P25942 | 98.83 | 8e-123 |
X-RAY |
2016-06-01 | ILE | A:112 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 5dmj | 1 | P25942 | 98.83 | 8e-123 |
X-RAY |
2016-06-01 | ILE | A:112 | A:134 | 20.0 | NA | -137.6 | 110.4 | 3.0 | NA | NA |
B:None:NA |
HOH |
5.337 |
N |
O |
||
| ILE | C:112 | D:134 | 23.0 | NA | E | -133.9 | 102.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ILE | E:112 | F:134 | 19.0 | NA | -132.7 | 116.3 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 5ihl | 1 | P25942 | 98.83 | 8e-123 |
X-RAY |
2016-06-01 | ILE | A:112 | A:134 | 22.0 | NA | -109.6 | 140.3 | 4.0 | NA | NA |
B:None:NA |
||||||
| ILE | C:112 | D:134 | 5.0 | NA | -99.4 | 51.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | E:112 | F:134 | 31.0 | NA | -124.8 | 125.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | G:112 | H:134 | 96.0 | 0.549 | -75.6 | -124.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
AlphaFold DB
| Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
| af-p25942-f1 | 1 | P25942 | 100.0 | 0.0 | ILE | A:134 | A:134 | 92.0 | 0.526 | -68.1 | 137.0 | ||