Variant

Genome Chromosome Position VCF ID Ref Alt mRNA Change mRNA Info
GRCh37 chr20 31376813 . T A CCDS13204.1:NM_175850.2:c.844Tcc>Acc_NP_787046.1:p.282S>T Homo sapiens DNA methyltransferase 3 beta (DNMT3B), transcript variant 1, mRNA.
pdb_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 
alphafold_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 

PDB

Entity Residue Monomer BioUnit Ligand View
PDB Entity Uniprot Identity Evalue ExpMethod Date Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ ASA rASA ΔASA Interaction Name Distance Atom(p) Atom(l)
6pa7 8 Q9UBC3 97.31 0.0 EM
 2020-06-17 SER L:270 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER N:270 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
5ciu 1 Q9UBC3 100.0 1e-103 X-RAY
 2016-03-30 SER A:65 A:270 27.0 0.235 E -136.7 147.0 8.0 0.07 0.165 D:None:0.165
 HOH
 2.788
 OG
 O
SER B:65 B:270 23.0 0.2 E -140.7 145.8 NA NA NA
5nr3 1 Q9UBC3 100.0 1e-103 X-RAY
 2018-05-30 SER A:65 A:270 29.0 0.252 E -134.2 144.0 29.0 0.252 0.0 95E
SO4
SO4
HOH
 5.429
5.006
5.442
2.727
 OG
CA
N
OG
 C11
O3
O2
O
SER B:65 B:270 36.0 0.313 E -136.7 151.3 NA NA NA
5nrr 1 Q9UBC3 100.0 1e-103 X-RAY
 2018-05-30 SER A:65 A:270 34.0 0.296 E -137.4 144.2 34.0 0.296 0.0 96E
SO4
HOH
 4.203
5.546
2.483
 OG
CA
OG
 O01
O2
O
SER B:65 B:270 35.0 0.304 E -138.0 147.0 35.0 0.304 0.0 96E
SO4
HOH
 4.290
5.259
2.694
 OG
CA
OG
 O01
O3
O
5nrs 1 Q9UBC3 100.0 1e-103 X-RAY
 2018-05-30 SER A:65 A:270 32.0 0.278 E -136.6 143.7 32.0 0.278 0.0 SO4
962
HOH
 5.498
4.632
3.566
 CA
OG
CA
 O1
O12
O
SER B:65 B:270 34.0 0.296 E -142.4 146.2 34.0 0.296 0.0 SO4
962
HOH
 5.247
4.328
2.765
 CA
OG
OG
 O3
O12
O
5nrv 1 Q9UBC3 100.0 1e-103 X-RAY
 2018-06-13 SER A:65 D:270 30.0 0.261 E -130.1 146.3 30.0 0.261 0.0 96K
SO4
SO4
SO4
HOH
 2.579
5.713
5.158
9.750
3.584
 OG
N
CA
CA
CA
 O8
O2
O2
O4
O
SER B:65 A:270 27.0 0.235 E -137.8 143.9 27.0 0.235 0.0 96K
SO4
SO4
HOH
 2.588
5.646
5.144
3.549
 OG
N
CA
CA
 O8
O4
O3
O
5nv0 1 Q9UBC3 100.0 1e-103 X-RAY
 2018-05-30 SER A:65 A:270 29.0 0.252 E -139.5 140.0 29.0 0.252 0.0 9AH
SO4
HOH
 4.422
5.489
2.806
 OG
CA
OG
 C12
O1
O
SER B:65 B:270 29.0 0.252 E -143.4 143.7 29.0 0.252 0.0 9AH
SO4
HOH
 4.684
5.585
6.070
 OG
CA
N
 C8
O3
O
5nv2 1 Q9UBC3 100.0 1e-103 X-RAY
 2018-05-30 SER A:65 A:270 34.0 0.296 E -135.3 147.2 34.0 0.296 0.0 9AE
SO4
SO4
HOH
 5.090
5.455
9.861
2.680
 OG
CA
C
OG
 C12
O1
O1
O
SER B:65 B:270 35.0 0.304 E -138.3 144.2 35.0 0.304 0.0 9AE
SO4
HOH
 4.757
5.143
2.696
 OG
CA
OG
 C11
O4
O
5nv7 1 Q9UBC3 100.0 1e-103 X-RAY
 2018-05-30 SER A:65 A:270 29.0 0.252 E -136.4 142.2 29.0 0.252 0.0 9AK
SO4
HOH
 5.399
5.588
3.708
 OG
CA
CA
 C6
O2
O
SER B:65 B:270 30.0 0.261 E -140.6 142.4 NA NA NA
5nvo 1 Q9UBC3 100.0 1e-103 X-RAY
 2018-05-30 SER A:65 A:270 33.0 0.287 E -139.0 145.1 33.0 0.287 0.0 CHT
SO4
SO4
HOH
 5.064
5.252
9.621
3.641
 OG
CA
C
CA
 O6
O4
O3
O
SER B:65 B:270 29.0 0.252 E -137.1 144.5 NA NA NA
3flg 1 Q9UBC3 100.0 1e-103 X-RAY
 2009-03-31 SER A:66 A:66 23.0 0.2 E -142.8 145.4 23.0 0.2 0.0 HOH
 3.297
 OG
 O
3qkj 1 Q59H79 100.0 1e-103 X-RAY
 2011-03-09 SER A:66 A:270 30.0 0.261 E -141.5 147.5 30.0 0.261 0.0 BTB
HOH
 4.415
2.692
 OG
OG
 C7
O
SER B:66 B:270 36.0 0.313 E -141.2 146.5 NA NA NA
SER C:66 C:270 35.0 0.304 E -139.7 145.7 NA NA NA
SER D:66 D:270 35.0 0.304 E -140.3 145.7 NA NA NA
6r3e 1 Q9UBC3 99.28 2e-93 X-RAY
 2020-04-08 SER A:56 A:270 33.0 0.287 E -139.9 147.9 33.0 0.287 0.0 96H
SO4
HOH
 5.835
5.931
2.953
 OG
CA
OG
 C02
O2
O
SER B:56 B:270 34.0 0.296 E -134.3 149.6 NA NA NA
1khc 1 O88509 93.75 1e-92 X-RAY
 2002-02-27 SER A:59 A:277 25.0 0.217 E -141.5 142.6 25.0 0.217 0.0 HOH
 3.584
 CA
 O

AlphaFold DB

Entity Residue Monomer View
ID Entity Uniprot Identity Evalue Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ
af-q9ubc3-f1 1 Q9UBC3 100.0 0.0 SER A:270 A:270 38.0 0.33 E -128.1 149.5