Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr21 | 33032126 | . | T | A | CCDS33536.1:NM_000454.4:c.44gTg>gAg_NP_000445.1:p.15V>E | Homo sapiens superoxide dismutase 1, soluble (SOD1), mRNA. |
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PDB
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O |
O |
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O |
O |
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O |
O |
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O |
O |
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O O |
S O |
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O3 O |
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O |
O |
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O |
O |
||||||||||
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CAN O |
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N |
O |
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O |
O |
||||||||||
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O |
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C |
O |
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O |
O |
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O |
O |
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O |
O |
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O |
O |
||||||||||
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O |
O |
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O |
O |
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O |
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O |
O |
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O |
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O |
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||||||||||
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VAL | C:14 | C:14 | 4.0 | 0.026 | -70.0 | 139.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
VAL | D:14 | D:14 | 4.0 | 0.026 | -71.4 | 138.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
VAL | E:14 | E:14 | 4.0 | 0.026 | -73.2 | 138.5 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
VAL | F:14 | F:14 | 4.0 | 0.026 | -73.0 | 138.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
3re0 | 1 | P00441 | 100.0 | 7e-109 |
X-RAY |
2012-04-25 | VAL | A:14 | A:14 | 4.0 | 0.026 | -70.4 | 138.3 | 4.0 | 0.026 | 0.0 |
HOH |
2.966 |
O |
O |
|||
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HOH |
3.762 |
CG2 |
O |
||||||||||
VAL | C:14 | C:14 | 6.0 | 0.039 | -67.3 | 118.7 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
VAL | D:14 | D:14 | 5.0 | 0.032 | -71.7 | 131.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
3t5w | 1 | P00441 | 100.0 | 7e-109 |
X-RAY |
2012-08-01 | VAL | A:14 | A:14 | 4.0 | 0.026 | -74.3 | 122.7 | 4.0 | 0.026 | 0.0 |
HOH |
2.577 |
O |
O |
|||
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HOH |
2.520 |
O |
O |
||||||||||
VAL | C:14 | D:14 | 7.0 | 0.045 | -73.6 | 124.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
VAL | D:14 | E:14 | 5.0 | 0.032 | -75.6 | 123.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
VAL | E:14 | F:14 | 11.0 | 0.071 | -83.6 | 113.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
VAL | F:14 | G:14 | 7.0 | 0.045 | -68.9 | 117.8 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
VAL | G:14 | H:14 | 6.0 | 0.039 | -81.8 | 123.8 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
VAL | H:14 | I:14 | 9.0 | 0.058 | -72.8 | 113.3 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
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VAL | K:14 | L:14 | 7.0 | 0.045 | -84.4 | 126.3 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
VAL | L:14 | M:14 | 6.0 | 0.039 | -79.7 | 118.5 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
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X-RAY |
2013-09-04 | VAL | A:14 | A:14 | 7.0 | 0.045 | -73.1 | 130.3 | 7.0 | 0.045 | 0.0 |
HOH |
3.843 |
CG1 |
O |
|||
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HOH |
8.582 |
CB |
O |
||||||||||
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X-RAY |
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HOH |
2.640 |
O |
O |
|||
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O |
O |
|||||||||
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2018-06-13 | VAL | A:14 | A:14 | 7.0 | 0.045 | -79.0 | 125.6 | 7.0 | 0.045 | 0.0 |
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O |
O |
|||
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O |
O |
|||||||||
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X-RAY |
2018-11-28 | VAL | A:14 | A:14 | 6.0 | 0.039 | -67.7 | 119.1 | 6.0 | 0.039 | 0.0 | |||||||
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VAL | D:14 | F:14 | 5.0 | 0.032 | -65.8 | 116.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
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X-RAY |
2003-05-08 | VAL | A:15 | A:14 | 9.0 | 0.058 | -66.8 | 124.7 | 9.0 | 0.058 | 0.0 |
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O |
O |
|||
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HOH |
2.775 |
N |
O |
||||||||||
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1spd | 1 | P00441 | 100.0 | 7e-109 |
X-RAY |
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X-RAY |
2009-03-24 | VAL | A:20 | A:14 | 8.0 | 0.052 | -77.7 | 119.9 | 8.0 | 0.052 | 0.0 | |||||||
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HOH |
2.696 |
O |
O |
||||||||||
2zkx | 1 | P00441 | 99.35 | 9e-109 |
X-RAY |
2009-03-24 | VAL | A:20 | A:14 | 5.0 | 0.032 | -68.9 | 129.2 | 5.0 | 0.032 | 0.0 | |||||||
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HOH |
9.608 |
O |
O |
||||||||||
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VAL | D:20 | D:14 | 10.0 | 0.065 | -64.7 | 121.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
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X-RAY |
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HOH |
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H |
O |
|||
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HG22 HG23 |
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|||||||||
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X-RAY |
2010-10-27 | VAL | A:14 | A:14 | 8.0 | 0.052 | -79.4 | 124.9 | 8.0 | 0.052 | 0.0 |
HOH |
2.502 |
O |
O |
|||
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CG2 |
O |
|||||||||
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X-RAY |
2010-12-08 | VAL | A:14 | A:14 | 8.0 | 0.052 | -87.6 | 116.6 | 8.0 | 0.052 | 0.0 |
HOH |
2.602 |
O |
O |
|||
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DMS HOH |
6.918 4.040 |
CG2 CG2 |
S O |
|||||||||
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X-RAY |
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HOH |
2.548 |
O |
O |
|||
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HOH |
3.968 |
CG2 |
O |
|||||||||
1uxl | 1 | P00441 | 99.35 | 3e-108 |
X-RAY |
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HOH |
2.545 |
O |
O |
|||
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VAL | C:14 | C:14 | 9.0 | 0.058 | -78.1 | 123.5 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
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HOH |
2.632 |
O |
O |
||||||||||
VAL | G:14 | G:14 | 6.0 | 0.039 | -80.5 | 123.7 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
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VAL | I:14 | I:14 | 7.0 | 0.045 | -76.5 | 124.8 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
VAL | J:14 | J:14 | 7.0 | 0.045 | -73.8 | 123.5 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
3ecv | 1 | P00441 | 99.35 | 3e-108 |
X-RAY |
2009-05-19 | VAL | A:14 | A:14 | 6.0 | 0.039 | -76.3 | 119.2 | 6.0 | 0.039 | 0.0 |
HOH |
2.487 |
O |
O |
|||
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HOH |
2.488 |
O |
O |
||||||||||
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X-RAY |
2012-10-24 | VAL | B:14 | F:14 | 5.0 | 0.032 | E | -91.0 | 120.3 | 5.0 | 0.032 | 0.0 |
HOH |
3.767 |
CG2 |
O |
||
4a7q | 1 | P00441 | 99.35 | 3e-108 |
X-RAY |
2012-10-24 | VAL | A:14 | A:14 | 8.0 | 0.052 | -79.9 | 127.6 | 8.0 | 0.052 | 0.0 |
HOH |
2.672 |
O |
O |
|||
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HOH |
2.582 |
O |
O |
||||||||||
4a7s | 1 | P00441 | 99.35 | 3e-108 |
X-RAY |
2012-12-05 | VAL | A:14 | A:14 | 8.0 | 0.052 | -80.1 | 125.6 | 8.0 | 0.052 | 0.0 |
HOH |
2.659 |
O |
O |
|||
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ACT HOH |
6.669 2.545 |
C CG2 |
OXT O |
||||||||||
4a7t | 1 | P00441 | 99.35 | 3e-108 |
X-RAY |
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HOH |
2.600 |
O |
O |
|||
VAL | B:14 | F:14 | 8.0 | 0.052 | -75.4 | 121.5 | 8.0 | 0.052 | 0.0 |
HOH |
2.795 |
O |
O |
||||||||||
4a7u | 1 | P00441 | 99.35 | 3e-108 |
X-RAY |
2012-11-28 | VAL | A:14 | A:14 | 8.0 | 0.052 | -83.9 | 128.7 | 8.0 | 0.052 | 0.0 |
HOH |
2.572 |
O |
O |
|||
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HOH |
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CG2 |
O |
|||||||||
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X-RAY |
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HOH |
2.613 |
O |
O |
|||
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HOH |
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CG2 |
O |
|||||||||
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X-RAY |
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HOH |
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CG2 |
O |
||
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HOH |
2.682 |
O |
O |
||||||||||
3gzp | 1 | P00441 | 99.35 | 3e-108 |
X-RAY |
2009-10-13 | VAL | A:14 | A:14 | 8.0 | 0.052 | -63.8 | 130.9 | 8.0 | 0.052 | 0.0 | |||||||
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VAL | D:14 | D:14 | 8.0 | 0.052 | -62.9 | 130.3 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
1ozu | 1 | P00441 | 99.35 | 3e-108 |
X-RAY |
2003-05-27 | VAL | A:14 | A:14 | 10.0 | 0.065 | -76.4 | 124.0 | 10.0 | 0.065 | 0.0 |
HOH |
2.608 |
O |
O |
|||
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HOH |
2.646 |
O |
O |
||||||||||
2wko | 1 | P00441 | 99.35 | 3e-108 |
X-RAY |
2009-11-24 | VAL | A:15 | A:14 | 7.0 | 0.045 | -75.4 | 127.4 | 7.0 | 0.045 | 0.0 |
HOH |
2.523 |
O |
O |
|||
2wko | 2 | P00441 | 99.35 | 3e-108 |
X-RAY |
2009-11-24 | VAL | B:15 | F:14 | 7.0 | 0.045 | -72.6 | 118.5 | 7.0 | 0.045 | 0.0 |
HOH |
2.773 |
O |
O |
|||
3gzo | 1 | P00441 | 99.35 | 3e-108 |
X-RAY |
2009-10-13 | VAL | A:15 | A:14 | 6.0 | 0.039 | -75.0 | 124.1 | 6.0 | 0.039 | 0.0 |
HOH |
2.585 |
O |
O |
|||
VAL | B:15 | B:14 | 6.0 | 0.039 | -76.8 | 128.8 | 6.0 | 0.039 | 0.0 |
HOH |
2.612 |
O |
O |
||||||||||
VAL | C:15 | C:14 | 6.0 | 0.039 | -70.4 | 128.3 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
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1uxm | 1 | P00441 | 99.35 | 4e-108 |
X-RAY |
2004-03-19 | VAL | A:14 | A:14 | 7.0 | 0.045 | -70.9 | 129.1 | 7.0 | 0.045 | 0.0 |
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2.545 |
O |
O |
|||
VAL | B:14 | B:14 | 6.0 | 0.039 | -80.3 | 125.4 | 6.0 | 0.039 | 0.0 |
HOH |
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O |
O |
||||||||||
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VAL | E:14 | E:14 | 8.0 | 0.052 | -74.8 | 119.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
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O |
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O |
O |
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O |
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O |
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O |
O |
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N |
O |
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O |
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||||||||||
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N |
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||||||||||
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HOH |
4.015 |
CG2 |
O |
|||
VAL | B:14 | B:14 | 9.0 | 0.058 | -75.8 | 128.7 | 9.0 | 0.058 | 0.0 |
HOH |
2.896 |
O |
O |
||||||||||
3sod | 1 | P00442 | 81.05 | 1e-82 |
X-RAY |
1993-04-15 | VAL | A:15 | O:14 | 8.0 | 0.052 | -69.6 | 138.2 | 8.0 | 0.052 | 0.0 | |||||||
VAL | B:15 | Y:14 | 8.0 | 0.052 | -69.6 | 138.2 | 8.0 | 0.052 | 0.0 | ||||||||||||||
VAL | C:15 | G:14 | 8.0 | 0.052 | -69.6 | 138.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
VAL | D:15 | B:14 | 7.0 | 0.045 | -69.6 | 138.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
1e9q | 2 | P00442 | 80.39 | 3e-82 |
X-RAY |
2000-12-03 | VAL | B:14 | B:14 | 6.0 | 0.039 | -75.7 | 126.1 | 6.0 | 0.039 | 0.0 |
HOH |
2.669 |
O |
O |
|||
5j0c | 1 | P00441 | 96.0 | 1e-08 |
X-RAY |
2017-02-01 | VAL | A:103 | A:102 | 8.0 | 0.052 | -72.8 | 117.5 | 8.0 | 0.052 | 0.0 |
HOH |
2.912 |
O |
O |
|||
VAL | B:103 | B:102 | 7.0 | 0.045 | -74.4 | 117.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
5j0f | 1 | P00441 | 97.92 | 7e-28 |
X-RAY |
2017-02-01 | VAL | A:78 | A:78 | 6.0 | 0.039 | -75.3 | 123.0 | 6.0 | 0.039 | 0.0 |
HOH |
2.901 |
O |
O |
|||
VAL | B:78 | B:78 | 7.0 | 0.045 | -74.1 | 126.1 | NA | NA | NA |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-p00441-f1 | 1 | P00441 | 100.0 | 3e-110 | VAL | A:15 | A:15 | 9.0 | 0.058 | -66.6 | 123.6 |