Variant

Genome Chromosome Position VCF ID Ref Alt mRNA Change mRNA Info
GRCh37 chr3 10183762 . C A CCDS2597.1:NM_000551.3:c.231tgC>tgA_NP_000542.1:p.77C>* Homo sapiens von Hippel-Lindau tumor suppressor (VHL), transcript variant 1, mRNA.
pdb_id
label_asym_id
label_seq_id
label_comp_id
auth_asym_id
auth_seq_id
alphafold_id
label_asym_id
label_seq_id
label_comp_id
auth_asym_id
auth_seq_id

PDB

Entity Residue Monomer BioUnit Ligand View
PDB Entity Uniprot Identity Evalue ExpMethod Date Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ ASA rASA ΔASA Interaction Name Distance Atom(p) Atom(l)
4wqo 1 P40337 100.0 4e-156 X-RAY
2015-03-04 CYS A:97 A:77 23.0 0.17 E -117.7 111.3 23.0 0.17 0.0
7q2j 3 P40337 94.25 1e-118 X-RAY
2021-11-24 CYS C:61 C:77 29.0 0.215 E -93.7 106.2 29.0 0.215 0.0 8KH
8.971
N
C47
4b9k 3 P40337 95.32 3e-118 X-RAY
2012-10-24 CAS C:35 C:77 NA NA NA NA NA NA NA NA TG0
HOH
8.902
7.388
N
O
C20
O
CAS F:35 F:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS I:35 I:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS L:35 L:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
1lqb 3 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2002-07-03 CYS C:26 C:77 9.0 0.067 E -122.6 106.3 0.0 0.0 0.067 D:Q16665:0.067
HOH
7.210
O
O
3ztd 3 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2012-07-25 CYS C:26 C:77 30.0 0.222 E -104.9 118.8 30.0 0.222 0.0
CYS F:26 F:77 29.0 0.215 E -106.6 125.0 NA NA NA
CYS I:26 I:77 34.0 0.252 E -106.1 104.6 NA NA NA
CYS L:26 L:77 21.0 0.156 E -100.2 117.8 NA NA NA
4b95 3 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2012-10-24 CYS C:26 C:77 23.0 0.17 E -115.6 114.2 23.0 0.17 0.0 HOH
7.218
O
O
CYS F:26 F:77 22.0 0.163 E -118.8 116.4 NA NA NA
CYS I:26 I:77 44.0 0.326 E -116.2 110.9 NA NA NA
CYS L:26 L:77 42.0 0.311 E -117.5 113.0 NA NA NA
4bks 3 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2013-11-27 CAS C:26 C:77 NA NA NA NA NA NA NA NA X6C
HOH
9.378
4.045
N
CE1
CAI
O
CAS F:26 F:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS I:26 I:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS L:26 L:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
4bkt 3 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2013-11-27 CAS C:26 C:77 NA NA NA NA NA NA NA NA HOH
7.470
O
O
CAS F:26 F:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS I:26 I:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS L:26 L:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
4w9c 3 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2014-09-10 CAS C:26 C:77 NA NA NA NA NA NA NA NA 3JG
HOH
9.359
7.410
N
O
CAK
O
CAS F:26 F:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS I:26 I:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS L:26 L:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
4w9d 3 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2014-09-10 CAS C:26 C:77 NA NA NA NA NA NA NA NA 3JK
HOH
9.176
7.378
N
O
CAL
O
CAS F:26 F:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS I:26 I:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS L:26 L:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
4w9e 3 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2014-09-10 CAS C:26 C:77 NA NA NA NA NA NA NA NA 3JT
HOH
9.013
8.485
N
O
CAK
O
CAS F:26 F:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS I:26 I:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS L:26 L:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
4w9f 3 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2014-09-10 CAS C:26 C:77 NA NA NA NA NA NA NA NA 3JU
HOH
9.024
7.316
N
O
CAL
O
CAS F:26 F:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS I:26 I:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS L:26 L:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
4w9g 3 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2014-09-10 CAS C:26 C:77 NA NA NA NA NA NA NA NA 3JV
HOH
9.269
7.316
N
O
CAJ
O
CAS F:26 F:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS I:26 I:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS L:26 L:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
4w9h 3 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2014-09-10 CAS C:26 C:77 NA NA NA NA NA NA NA NA 3JF
HOH
8.933
7.362
N
O
CAN
O
CAS F:26 F:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS I:26 I:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS L:26 L:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
4w9i 3 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2014-09-10 CAS C:26 C:77 NA NA NA NA NA NA NA NA 3JS
HOH
9.045
7.237
N
O
CAL
O
CAS F:26 F:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS I:26 I:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS L:26 L:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
4w9j 3 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2014-09-10 CAS C:26 C:77 NA NA NA NA NA NA NA NA 3JH
HOH
8.880
7.365
N
O
CBL
O
CAS F:26 F:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS I:26 I:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS L:26 L:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
4w9k 3 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2014-09-10 CAS C:26 C:77 NA NA NA NA NA NA NA NA 3JO
HOH
8.815
7.489
N
O
CAT
O
CAS F:26 F:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS I:26 I:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS L:26 L:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
4w9l 3 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2014-09-10 CAS C:26 C:77 NA NA NA NA NA NA NA NA 3JJ
HOH
8.929
7.533
N
O
CBJ
O
CAS F:26 F:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS I:26 I:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS L:26 L:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
5lli 3 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2016-11-09 CAS C:26 C:77 NA NA NA NA NA NA NA NA 6Z3
HOH
9.082
3.246
N
CE1
CAO
O
CAS F:26 F:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS I:26 I:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS L:26 L:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
5nvv 3 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2017-09-20 CAS C:26 C:77 NA NA NA NA NA NA NA NA 9BT
HOH
8.909
7.313
N
O
CAN
O
CAS F:26 F:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS I:26 I:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS L:26 L:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
5nvw 3 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2017-09-20 CAS C:26 C:77 NA NA NA NA NA NA NA NA 9BW
HOH
8.979
5.046
N
CE1
CAM
O
CAS F:26 F:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS I:26 I:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS L:26 L:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
5nvx 3 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2017-09-20 CAS C:26 C:77 NA NA NA NA NA NA NA NA 4YY
HOH
8.936
5.578
N
CE2
CAN
O
CAS F:26 F:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS I:26 I:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS L:26 L:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
5nvy 3 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2017-09-20 CAS C:26 C:77 NA NA NA NA NA NA NA NA 9B5
HOH
8.947
6.623
N
O
CAL
O
CAS F:26 F:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS I:26 I:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS L:26 L:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
5nvz 3 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2017-09-20 CAS C:26 C:77 NA NA NA NA NA NA NA NA 9BN
HOH
9.246
5.523
N
CE2
CAO
O
CAS F:26 F:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS I:26 I:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS L:26 L:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
5nw0 3 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2017-09-20 CAS C:26 C:77 NA NA NA NA NA NA NA NA 9BK
HOH
9.136
5.408
N
CE2
CAO
O
CAS F:26 F:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS I:26 I:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS L:26 L:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
5nw1 3 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2017-09-20 CAS C:26 C:77 NA NA NA NA NA NA NA NA 9BH
HOH
9.020
3.158
N
CE1
CAM
O
CAS F:26 F:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS I:26 I:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS L:26 L:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
5nw2 3 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2017-09-20 CAS C:26 C:77 NA NA NA NA NA NA NA NA 9B8
HOH
9.048
4.249
N
CE1
CAM
O
CAS F:26 F:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS I:26 I:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS L:26 L:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
5t35 4 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2017-03-08 CYS D:26 D:77 21.0 0.156 E -138.8 118.3 21.0 0.156 0.0 759
HOH
8.745
7.572
N
O
CAV
O
CYS H:26 H:77 21.0 0.156 E -139.5 117.5 NA NA NA
6bvb 1 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2018-08-01 CYS A:26 V:77 14.0 0.104 E -119.7 111.1 7.0 0.052 0.052 D:None:0.052
HOH
7.277
O
O
6gfy 3 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2018-07-11 CAS C:26 C:77 NA NA NA NA NA NA NA NA EXH
HOH
9.056
7.348
N
O
CAO
O
CAS F:26 F:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS I:26 I:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS L:26 L:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
6gfz 3 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2018-07-11 CAS C:26 C:77 NA NA NA NA NA NA NA NA EXE
HOH
8.930
7.282
N
O
CAO
O
CAS F:26 F:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS I:26 I:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS L:26 L:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
6gmn 3 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2018-08-08 CAS C:26 C:77 NA NA NA NA NA NA NA NA HOH
7.124
O
O
CAS F:26 F:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS L:26 L:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
6gmn 5 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2018-08-08 CYS I:26 I:77 22.0 0.163 E -116.1 116.6 NA NA NA
6gmq 3 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2018-08-22 CAS C:26 C:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS F:26 F:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS I:26 I:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS L:26 L:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
6gmx 3 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2018-08-08 CAS C:26 C:77 NA NA NA NA NA NA NA NA HOH
7.229
O
O
CAS F:26 F:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS I:26 I:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS L:26 L:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
6hax 2 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2019-06-12 CYS B:26 B:77 13.0 0.096 E -128.3 109.3 13.0 0.096 0.0 FWZ
HOH
8.526
7.793
N
O
C28
O
CYS F:26 F:77 19.0 0.141 E -128.9 109.7 NA NA NA
6hay 2 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2019-06-12 CYS B:26 B:77 20.0 0.148 E -122.7 116.6 20.0 0.148 0.0 FX8
HOH
8.445
7.382
N
O
C28
O
CYS F:26 F:77 20.0 0.148 E -122.2 116.5 NA NA NA
6sis 4 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2019-12-04 CYS D:26 D:77 24.0 0.178 E -133.4 106.2 24.0 0.178 0.0 LFE
HOH
9.414
7.695
N
O
C53
O
CYS H:26 H:77 25.0 0.185 E -133.3 106.0 NA NA NA
7jto 4 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2021-10-06 CYS D:26 L:77 21.0 0.156 E -103.5 109.6 21.0 0.156 0.0 VKA
HOH
8.856
3.779
N
SG
C4
O
7jtp 3 P40337 99.38 4e-117 X-RAY
2021-10-06 CYS C:26 L:77 19.0 0.141 E -108.5 114.8 19.0 0.141 0.0 X6M
HOH
8.914
7.287
N
SG
C41
O
3zrc 3 P40337 98.77 4e-117 X-RAY
2012-03-07 CYS C:27 C:77 25.0 0.185 E -88.2 120.9 25.0 0.185 0.0 L8B
HOH
9.675
9.433
N
CA
CAI
O
CYS F:27 F:77 25.0 0.185 E -93.8 131.9 NA NA NA
CYS I:27 I:77 25.0 0.185 E -105.9 116.3 NA NA NA
CYS L:27 L:77 26.0 0.193 E -100.5 106.4 NA NA NA
3zrf 3 P40337 98.77 4e-117 X-RAY
2012-03-07 CYS C:27 C:77 29.0 0.215 E -88.4 126.6 29.0 0.215 0.0
CYS F:27 F:77 33.0 0.244 E -93.9 126.7 NA NA NA
CYS I:27 I:77 31.0 0.23 E -107.6 118.5 NA NA NA
CYS L:27 L:77 36.0 0.267 E -97.9 124.9 NA NA NA
3ztc 3 P40337 98.77 4e-117 X-RAY
2012-07-25 CYS C:27 C:77 18.0 0.133 E -102.5 121.6 18.0 0.133 0.0 TR0
9.417
N
CA0
CYS F:27 F:77 25.0 0.185 E -106.2 120.2 NA NA NA
CYS I:27 I:77 20.0 0.148 E -107.6 110.7 NA NA NA
CYS L:27 L:77 18.0 0.133 E -107.1 109.8 NA NA NA
3zun 3 P40337 98.77 4e-117 X-RAY
2012-07-25 CYS C:27 C:77 27.0 0.2 E -100.9 118.4 27.0 0.2 0.0 HOH
8.301
SG
O
CYS F:27 F:77 27.0 0.2 E -109.2 117.7 NA NA NA
CYS I:27 I:77 32.0 0.237 E -109.0 109.5 NA NA NA
CYS L:27 L:77 22.0 0.163 E -101.1 108.5 NA NA NA
4ajy 4 P40337 98.77 4e-117 X-RAY
2012-11-14 CYS D:27 V:77 10.0 0.074 E -118.5 110.2 0.0 0.0 0.074 C:Q16665:0.074
HOH
4.580
SG
O
4awj 3 P40337 98.77 4e-117 X-RAY
2012-11-14 CAS C:27 C:77 NA NA NA NA NA NA NA NA HOH
7.327
O
O
CAS F:27 F:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS I:27 I:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS L:27 L:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
6gmr 4 P40337 98.77 4e-117 X-RAY
2018-08-08 CYS D:27 V:77 13.0 0.096 E -114.7 110.0 2.0 0.015 0.081 C:None:0.081
HOH
6.695
CB
O
1lm8 3 P40337 100.0 6e-117 X-RAY
2002-06-12 CYS C:24 V:77 13.0 0.096 E -117.3 111.2 1.0 0.007 0.089 D:Q16665:0.089
HOH
3.287
SG
O
1vcb 3 P40337 100.0 6e-117 X-RAY
1999-04-21 CYS C:24 C:77 28.0 0.207 E -94.0 116.3 28.0 0.207 0.0 HOH
6.658
SG
O
CYS F:24 F:77 28.0 0.207 E -94.0 116.9 NA NA NA
CYS I:24 I:77 28.0 0.207 E -90.0 116.2 NA NA NA
CYS L:24 L:77 28.0 0.207 E -91.0 115.8 NA NA NA
5n4w 2 P40337 100.0 6e-117 X-RAY
2017-06-07 CYS B:24 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
6gfx 3 P40337 100.0 6e-117 X-RAY
2018-07-11 CYS C:24 C:77 12.0 0.089 E -114.5 111.6 1.0 0.007 0.082 D:None:0.081
HOH
4.477
SG
O
6i7q 4 P40337 100.0 6e-117 X-RAY
2019-11-27 CYS D:24 V:77 23.0 0.17 E -127.1 113.7 1.0 0.007 0.163 C:Q99814:0.163
HOH
5.101
SG
O
6i7r 4 P40337 100.0 6e-117 X-RAY
2019-11-27 CYS D:24 V:77 23.0 0.17 E -121.2 119.0 1.0 0.007 0.163 C:Q99814:0.163
HOH
3.916
SG
O
6r7f 9 P40337 100.0 6e-117 EM
2019-08-28 CYS I:24 V:77 12.0 0.089 E -117.9 119.7 12.0 0.089 0.0
7khh 3 P40337 100.0 6e-116 X-RAY
2021-02-24 CYS C:39 C:77 22.0 0.163 E -129.0 112.1 22.0 0.163 0.0 HOH
4.135
SG
O
7cjb 1 P40337 100.0 8e-116 X-RAY
2021-07-14 CYS A:27 A:77 26.0 0.193 E -122.1 111.8 26.0 0.193 0.0
CYS E:27 E:77 27.0 0.2 E -121.2 111.2 NA NA NA
CYS I:27 I:77 28.0 0.207 E -120.4 111.7 NA NA NA
CYS M:27 M:77 36.0 0.267 E -121.3 110.8 NA NA NA
6zhc 1 P40337 100.0 4e-113 X-RAY
2020-08-05 CYS A:19 AAA:77 18.0 0.133 E -110.8 107.0 18.0 0.133 0.0 QL8
GOL
HOH
9.008
7.679
2.472
N
SG
SG
C4
O1
O
7pi4 1 P40337 100.0 4e-113 X-RAY
2021-09-29 CYS A:19 AAA:77 13.0 0.096 E -103.4 111.2 13.0 0.096 0.0 HOH
6.634
SG
O
6fmi 3 P40337 99.34 1e-109 X-RAY
2018-04-11 CAS C:26 C:77 NA NA NA NA NA NA NA NA DV2
HOH
9.020
9.286
N
CB
CAL
O
CAS F:26 F:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
6fmj 3 P40337 99.34 1e-109 X-RAY
2018-04-11 CAS C:26 C:77 NA NA NA NA NA NA NA NA DV5
HOH
8.989
4.454
N
CE2
CAL
O
CAS F:26 F:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS I:26 I:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS L:26 L:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
6fmk 3 P40337 99.34 1e-109 X-RAY
2018-04-11 CAS C:26 C:77 NA NA NA NA NA NA NA NA DV8
HOH
9.128
6.891
N
SG
CAL
O
CAS F:26 F:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS I:26 I:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
CAS L:26 L:77 NA NA NA NA NA NA NA NA
6hr2 2 P40337 100.0 3e-108 X-RAY
2019-06-12 CYS B:17 B:77 10.0 0.074 E -124.9 113.5 10.0 0.074 0.0 FWZ
HOH
7.953
7.230
N
SG
H16
O
CYS F:17 F:77 17.0 0.126 E -124.6 113.5 NA NA NA
6r6h 12 P40337 100.0 3e-107 EM
2019-08-28 CYS L:18 V:77 9.0 0.067 E -107.0 88.6 9.0 0.067 0.0

AlphaFold DB

Entity Residue Monomer View
ID Entity Uniprot Identity Evalue Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ
af-p40337-f1 1 P40337 100.0 2e-156 CYS A:77 A:77 17.0 0.126 E -113.0 105.5