Variant
| Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr3 | 3192604 | . | G | A | CCDS2562.1:NM_016302.3:c.1274aCg>aTg_NP_057386.2:p.425T>M | Homo sapiens cereblon (CRBN), transcript variant 1, mRNA. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
|
PDB
| Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
| 6bn7 | 2 | Q96SW2 | 97.06 | 0.0 |
X-RAY |
2018-05-30 | THR | B:446 | B:425 | 41.0 | 0.293 | E | -144.4 | 137.2 | 41.0 | 0.293 | 0.0 | ||||||
| 6bn8 | 2 | Q96SW2 | 97.06 | 0.0 |
X-RAY |
2018-06-06 | THR | B:446 | B:425 | 44.0 | 0.314 | E | -141.9 | 144.7 | 44.0 | 0.314 | 0.0 | ||||||
| 6bn9 | 2 | Q96SW2 | 97.06 | 0.0 |
X-RAY |
2018-05-30 | THR | B:446 | B:425 | 41.0 | 0.293 | E | -148.5 | 133.7 | 41.0 | 0.293 | 0.0 | ||||||
| 6bnb | 2 | Q96SW2 | 97.06 | 0.0 |
X-RAY |
2018-05-30 | THR | B:446 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 6boy | 2 | Q96SW2 | 97.06 | 0.0 |
X-RAY |
2018-05-30 | THR | B:446 | B:425 | 41.0 | 0.293 | E | -146.6 | 137.9 | 41.0 | 0.293 | 0.0 | ||||||
| 5hxb | 3 | Q96SW2 | 99.75 | 0.0 |
X-RAY |
2016-06-29 | THR | C:389 | Z:425 | 38.0 | 0.271 | E | -122.1 | 142.3 | 38.0 | 0.271 | 0.0 | ||||||
| THR | E:389 | C:425 | 25.0 | 0.179 | E | -125.6 | 174.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 5v3o | 2 | Q96SW2 | 99.75 | 0.0 |
X-RAY |
2017-05-03 | THR | B:389 | C:425 | 50.0 | 0.357 | E | -134.0 | 153.1 | 50.0 | 0.357 | 0.0 | ||||||
| 6uml | 2 | Q96SW2 | 99.75 | 0.0 |
X-RAY |
2020-04-15 | THR | B:389 | C:425 | 45.0 | 0.321 | E | -129.0 | 146.4 | 45.0 | 0.321 | 0.0 | ||||||
| 6xk9 | 3 | Q96SW2 | 99.75 | 0.0 |
X-RAY |
2020-12-02 | THR | C:389 | Z:425 | 46.0 | 0.329 | E | -124.7 | 139.9 | 46.0 | 0.329 | 0.0 | ||||||
| THR | F:389 | C:425 | 41.0 | 0.293 | E | -124.9 | 139.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 5fqd | 2 | Q96SW2 | 99.02 | 0.0 |
X-RAY |
2016-02-24 | THR | B:409 | B:425 | 37.0 | 0.264 | E | -124.5 | 140.4 | 37.0 | 0.264 | 0.0 |
HOH |
9.818 |
N |
O |
||
| THR | E:409 | E:425 | 35.0 | 0.25 | E | -130.3 | 140.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 6h0f | 2 | Q96SW2 | 99.02 | 0.0 |
X-RAY |
2018-11-07 | THR | B:409 | B:425 | 35.0 | 0.25 | E | -158.4 | 156.9 | 35.0 | 0.25 | 0.0 | ||||||
| THR | E:409 | E:425 | 36.0 | 0.257 | E | -156.1 | 159.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | H:409 | H:425 | 35.0 | 0.25 | E | -156.1 | 157.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | K:409 | K:425 | 36.0 | 0.257 | E | -158.7 | 154.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 6h0g | 2 | Q96SW2 | 99.02 | 0.0 |
X-RAY |
2018-11-07 | THR | B:409 | B:425 | 29.0 | 0.207 | E | -119.8 | 131.7 | 29.0 | 0.207 | 0.0 | ||||||
| THR | E:409 | E:425 | 30.0 | 0.214 | E | -128.9 | 136.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 7lps | 2 | Q96SW2 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2021-06-02 | THR | B:379 | B:425 | 41.0 | 0.293 | E | -126.5 | 136.5 | 41.0 | 0.293 | 0.0 | ||||||
| THR | E:379 | E:425 | 40.0 | 0.286 | E | -126.9 | 136.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | H:379 | H:425 | 40.0 | 0.286 | E | -126.6 | 136.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | K:379 | K:425 | 41.0 | 0.293 | E | -127.0 | 136.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 4tz4 | 2 | Q96SW2 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2014-08-06 | THR | B:378 | C:425 | 42.0 | 0.3 | E | -126.2 | 146.6 | 42.0 | 0.3 | 0.0 | ||||||
| 4ci1 | 2 | P0CF65 | 84.08 | 0.0 |
X-RAY |
2014-07-16 | ARG | B:451 | B:427 | 90.0 | NA | -39.9 | 360.0 | 90.0 | NA | NA | |||||||
| 4ci2 | 2 | P0CF65 | 84.08 | 0.0 |
X-RAY |
2014-07-16 | ARG | B:451 | B:427 | 84.0 | NA | -19.3 | 360.0 | 84.0 | NA | NA | |||||||
| 4ci3 | 2 | P0CF65 | 84.08 | 0.0 |
X-RAY |
2014-07-16 | ARG | B:451 | B:427 | 88.0 | NA | -30.6 | 360.0 | 88.0 | NA | NA | |||||||
| 7bqu | 1 | Q96SW2 | 96.43 | 3e-76 |
X-RAY |
2020-08-26 | THR | A:113 | A:425 | 108.0 | 0.771 | -71.6 | 113.9 | 108.0 | 0.771 | 0.0 |
HOH |
3.821 |
C |
O |
|||
| 7bqv | 1 | Q96SW2 | 99.08 | 6e-76 |
X-RAY |
2020-08-26 | THR | A:108 | A:425 | 94.0 | 0.671 | -73.1 | 119.0 | 94.0 | 0.671 | 0.0 |
HOH |
3.356 |
CG2 |
O |
|||
| 3wx1 | 1 | Q8C7D2 | 97.25 | 2e-74 |
X-RAY |
2014-08-06 | THR | A:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| THR | B:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 3wx2 | 1 | Q8C7D2 | 97.25 | 2e-74 |
X-RAY |
2014-08-06 | THR | A:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| THR | B:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 5yiz | 1 | Q8C7D2 | 97.25 | 2e-74 |
X-RAY |
2018-02-07 | THR | A:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| THR | B:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | C:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | D:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | E:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | F:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | G:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | H:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | I:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | J:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | K:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | L:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | M:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | N:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | O:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | P:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 5yj0 | 1 | Q8C7D2 | 97.25 | 2e-74 |
X-RAY |
2018-02-07 | THR | A:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| THR | B:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | C:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | D:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | E:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | F:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | G:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | H:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | I:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | J:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | K:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | L:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | M:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | N:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | O:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | P:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 5yj1 | 1 | Q8C7D2 | 97.25 | 2e-74 |
X-RAY |
2018-02-07 | THR | A:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| THR | B:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | C:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | D:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | E:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | F:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | G:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | H:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | I:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | J:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | K:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | L:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | M:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | N:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | O:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | P:109 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 4tzu | 1 | Q8C7D2 | 97.22 | 9e-74 |
X-RAY |
2014-08-06 | THR | A:107 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| THR | B:107 | B:427 | 163.0 | 1.0 | -130.9 | 360.0 | 163.0 | 1.0 | 0.0 |
HOH |
2.688 |
O |
O |
||||||||||
| THR | C:107 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | D:107 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 4tzc | 1 | Q8C7D2 | 97.2 | 4e-73 |
X-RAY |
2014-08-06 | THR | A:108 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| THR | B:108 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | C:108 | B:427 | 133.0 | 0.95 | -137.7 | 360.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| THR | D:108 | D:427 | 173.0 | 1.0 | -89.5 | 360.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
AlphaFold DB
| Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
| af-q96sw2-f1 | 1 | Q96SW2 | 100.0 | 0.0 | THR | A:425 | A:425 | 40.0 | 0.286 | E | -125.2 | 138.5 | |