Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr4 | 120446798 | . | C | A | CCDS3713.1:NM_001083.3:c.1685aGt>aTt_NP_001074.2:p.562S>I | Homo sapiens phosphodiesterase 5A (PDE5A), transcript variant 1, mRNA. |
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
3bjc | 1 | O76074 | 99.89 | 0.0 |
X-RAY |
2008-04-29 | SER | A:565 | A:562 | 17.0 | 0.148 | -138.0 | 149.5 | 17.0 | 0.148 | 0.0 |
HOH |
2.794 |
OG |
O |
|||
1t9r | 1 | O76074 | 99.71 | 0.0 |
X-RAY |
2004-08-03 | SER | A:53 | A:562 | 36.0 | 0.313 | -103.7 | -72.7 | 36.0 | 0.313 | 0.0 |
HOH |
3.590 |
CB |
O |
|||
2h40 | 1 | O76074 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-06-06 | SER | A:28 | A:562 | 17.0 | 0.148 | -134.9 | 152.4 | 17.0 | 0.148 | 0.0 |
HOH |
2.699 |
O |
O |
|||
2h42 | 1 | O76074 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-06-06 | SER | A:28 | A:562 | 38.0 | 0.33 | -125.6 | 150.3 | 38.0 | 0.33 | 0.0 |
HOH |
3.551 |
OG |
O |
|||
SER | B:28 | B:562 | 41.0 | 0.357 | -134.8 | 146.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
SER | C:28 | C:562 | 40.0 | 0.348 | -134.0 | 141.5 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
2h44 | 1 | O76074 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2006-06-06 | SER | A:28 | A:562 | 25.0 | 0.217 | -127.7 | 135.7 | 25.0 | 0.217 | 0.0 |
HOH |
2.650 |
O |
O |
|||
4md6 | 1 | O76074 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2014-07-09 | SER | A:28 | A:562 | 18.0 | 0.157 | -133.5 | 148.4 | 18.0 | 0.157 | 0.0 |
HOH |
2.778 |
OG |
O |
|||
5zz2 | 1 | O76074 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2018-09-19 | SER | A:28 | A:562 | 16.0 | 0.139 | -137.2 | 153.0 | 16.0 | 0.139 | 0.0 |
HOH |
2.813 |
OG |
O |
|||
6acb | 1 | O76074 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2018-09-19 | SER | A:28 | A:562 | 16.0 | 0.139 | -131.4 | 144.7 | 16.0 | 0.139 | 0.0 |
HOH |
3.139 |
N |
O |
|||
3b2r | 1 | O76074 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2008-05-20 | SER | A:32 | A:562 | 43.0 | 0.374 | -132.8 | 142.2 | 43.0 | 0.374 | 0.0 |
HOH |
2.637 |
O |
O |
|||
SER | B:32 | B:562 | 43.0 | 0.374 | -130.6 | 137.3 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
3shy | 1 | O76074 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2011-08-24 | SER | A:49 | A:562 | 18.0 | 0.157 | -149.2 | 153.0 | 18.0 | 0.157 | 0.0 |
HOH |
7.636 |
CA |
O |
|||
3shz | 1 | O76074 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2011-08-24 | SER | A:49 | A:562 | 20.0 | 0.174 | -142.5 | 147.3 | 20.0 | 0.174 | 0.0 |
MG HOH |
9.591 2.868 |
N O |
MG O |
|||
3sie | 1 | O76074 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2011-08-24 | SER | A:49 | A:562 | 41.0 | 0.357 | -127.7 | 141.3 | 41.0 | 0.357 | 0.0 |
HOH |
2.518 |
OG |
O |
|||
SER | B:49 | B:562 | 43.0 | 0.374 | -123.2 | 133.8 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
4g2w | 1 | O76074 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2013-06-26 | SER | A:49 | A:562 | 20.0 | 0.174 | -140.2 | 147.5 | 20.0 | 0.174 | 0.0 |
HOH |
2.744 |
OG |
O |
|||
4g2y | 1 | O76074 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2013-06-26 | SER | A:49 | A:562 | 19.0 | 0.165 | -143.0 | 145.9 | 19.0 | 0.165 | 0.0 |
HOH |
5.919 |
N |
O |
|||
4i9z | 1 | O76074 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2014-01-01 | SER | A:49 | A:562 | 15.0 | 0.13 | -137.9 | 148.2 | 15.0 | 0.13 | 0.0 |
PEG HOH |
2.968 2.739 |
OG OG |
O1 O |
|||
4ia0 | 1 | O76074 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2014-01-01 | SER | A:49 | A:562 | 18.0 | 0.157 | -136.5 | 158.4 | 18.0 | 0.157 | 0.0 |
HOH |
2.807 |
O |
O |
|||
4oew | 1 | O76074 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2015-04-01 | SER | A:49 | A:562 | 17.0 | 0.148 | -140.4 | 158.7 | 17.0 | 0.148 | 0.0 |
HOH |
2.641 |
OG |
O |
|||
4oex | 1 | O76074 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2015-04-01 | SER | A:49 | A:562 | 18.0 | 0.157 | -136.5 | 149.5 | 18.0 | 0.157 | 0.0 |
HOH |
2.688 |
OG |
O |
|||
6iwi | 1 | O76074 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2019-12-11 | SER | A:49 | A:562 | 20.0 | 0.174 | -138.1 | 149.5 | 20.0 | 0.174 | 0.0 |
HOH |
2.845 |
O |
O |
|||
6l6e | 1 | O76074 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2020-09-02 | SER | A:28 | A:562 | 21.0 | 0.183 | -127.5 | 142.8 | 21.0 | 0.183 | 0.0 |
HOH |
2.990 |
OG |
O |
|||
1rkp | 1 | O76074 | 99.69 | 0.0 |
X-RAY |
2004-03-30 | SER | A:28 | A:562 | 17.0 | 0.148 | -137.8 | 149.1 | 17.0 | 0.148 | 0.0 |
HOH |
2.655 |
OG |
O |
|||
6vbi | 1 | O76074 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2021-01-20 | SER | A:28 | A:562 | 55.0 | 0.478 | -119.7 | 130.5 | 55.0 | 0.478 | 0.0 |
FZA HOH |
6.469 2.873 |
CA N |
C26 O |
|||
SER | B:28 | B:562 | 36.0 | 0.313 | -128.6 | 128.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
1udt | 1 | O76074 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2004-05-11 | SER | A:26 | A:562 | 31.0 | 0.27 | -135.5 | 135.0 | 31.0 | 0.27 | 0.0 |
HOH |
3.118 |
N |
O |
|||
1udu | 1 | O76074 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2004-05-11 | SER | A:26 | A:562 | 17.0 | 0.148 | -138.4 | 155.5 | 17.0 | 0.148 | 0.0 | |||||||
SER | B:26 | B:562 | 18.0 | 0.157 | -134.9 | 155.6 | 18.0 | 0.157 | 0.0 | ||||||||||||||
1uho | 1 | O76074 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2004-07-09 | SER | A:26 | A:562 | 29.0 | 0.252 | -142.7 | 138.6 | 29.0 | 0.252 | 0.0 |
HOH |
2.708 |
O |
O |
|||
1xoz | 1 | O76074 | 93.95 | 0.0 |
X-RAY |
2004-12-14 | SER | A:50 | A:562 | 45.0 | 0.391 | -120.7 | 133.9 | 45.0 | 0.391 | 0.0 |
HOH |
2.796 |
OG |
O |
|||
1xp0 | 1 | O76074 | 93.95 | 0.0 |
X-RAY |
2004-12-14 | SER | A:50 | A:562 | 44.0 | 0.383 | -129.5 | 134.0 | 44.0 | 0.383 | 0.0 |
HOH |
2.515 |
OG |
O |
|||
3jab | 3 | ? | 93.25 | 0.0 |
EM |
2015-06-10 | SER | E:32 | C:562 | 20.0 | 0.174 | -136.8 | 149.0 | 20.0 | 0.174 | 0.0 | |||||||
SER | G:32 | O:562 | 20.0 | 0.174 | -136.8 | 149.0 | 20.0 | 0.174 | 0.0 | ||||||||||||||
3jbq | 3 | ? | 93.25 | 0.0 |
EM |
2015-09-30 | SER | C:32 | B:562 | 30.0 | 0.261 | -84.4 | 89.9 | 30.0 | 0.261 | 0.0 | |||||||
SER | F:32 | F:562 | 28.0 | 0.243 | -83.0 | 88.0 | 28.0 | 0.243 | 0.0 | ||||||||||||||
3jwq | 1 | O76074,P51160 | 93.25 | 0.0 |
X-RAY |
2009-10-13 | SER | A:32 | A:562 | 27.0 | 0.235 | -120.8 | 134.3 | 27.0 | 0.235 | 0.0 |
HOH |
7.068 |
OG |
O |
|||
SER | B:32 | B:562 | 29.0 | 0.252 | -122.3 | 137.9 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
SER | C:32 | C:562 | 29.0 | 0.252 | -122.6 | 134.5 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
SER | D:32 | D:562 | 28.0 | 0.243 | -123.7 | 138.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
3jwr | 1 | O76074,P51160 | 93.25 | 0.0 |
X-RAY |
2009-10-13 | SER | A:32 | A:562 | 20.0 | 0.174 | -135.9 | 147.4 | 20.0 | 0.174 | 0.0 |
HOH |
2.870 |
OG |
O |
|||
SER | B:32 | B:562 | 21.0 | 0.183 | -136.8 | 149.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
1t9s | 1 | O76074 | 93.64 | 0.0 |
X-RAY |
2004-08-03 | SER | A:50 | A:562 | 47.0 | 0.409 | -128.7 | 136.5 | 47.0 | 0.409 | 0.0 |
HOH |
2.676 |
OG |
O |
|||
SER | B:50 | B:562 | 34.0 | 0.296 | -125.4 | 134.9 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
1tbf | 1 | O76074 | 93.64 | 0.0 |
X-RAY |
2004-08-03 | SER | A:50 | A:562 | 35.0 | 0.304 | -117.1 | 139.0 | 35.0 | 0.304 | 0.0 |
HOH |
2.898 |
OG |
O |
|||
2chm | 1 | O76074,Q07343 | 94.17 | 0.0 |
X-RAY |
2006-06-08 | SER | A:29 | A:562 | 33.0 | 0.287 | -125.5 | 132.1 | 33.0 | 0.287 | 0.0 |
HOH |
2.654 |
O |
O |
|||
3tge | 1 | O76074 | 94.17 | 0.0 |
X-RAY |
2011-11-09 | SER | A:29 | A:562 | 38.0 | 0.33 | -128.8 | 140.1 | 38.0 | 0.33 | 0.0 |
HOH |
2.933 |
O |
O |
|||
3tgg | 1 | O76074 | 94.17 | 0.0 |
X-RAY |
2012-01-25 | SER | A:29 | A:562 | 15.0 | 0.13 | -132.6 | 134.7 | 15.0 | 0.13 | 0.0 |
HOH |
3.078 |
N |
O |
|||
5jo3 | 1 | O76074 | 94.17 | 0.0 |
X-RAY |
2017-05-03 | SER | A:29 | B:562 | 26.0 | 0.226 | -119.8 | 131.8 | 26.0 | 0.226 | 0.0 |
HOH |
2.775 |
OG |
O |
|||
3hc8 | 1 | O76074,P27815 | 94.14 | 0.0 |
X-RAY |
2009-07-07 | SER | A:27 | A:562 | 18.0 | 0.157 | -131.1 | 138.3 | 18.0 | 0.157 | 0.0 |
HOH |
2.822 |
N |
O |
|||
3hdz | 1 | O76074,P27815 | 94.14 | 0.0 |
X-RAY |
2009-07-07 | SER | A:27 | A:562 | 26.0 | 0.226 | -123.3 | 129.5 | 26.0 | 0.226 | 0.0 |
HOH |
2.748 |
O |
O |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-o76074-f1 | 1 | O76074 | 100.0 | 0.0 | SER | A:562 | A:562 | 40.0 | 0.348 | -132.2 | 134.0 |