Variant

Genome Chromosome Position VCF ID Ref Alt mRNA Change mRNA Info
GRCh37 chr4 25125665 . C A CCDS3432.2:NM_016955.3:c.1394cGa>cTa_NP_058651.3:p.465R>L Homo sapiens Sep (O-phosphoserine) tRNA:Sec (selenocysteine) tRNA synthase (SEPSECS), mRNA.
pdb_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 
alphafold_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 

PDB

Entity Residue Monomer BioUnit Ligand View
PDB Entity Uniprot Identity Evalue ExpMethod Date Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ ASA rASA ΔASA Interaction Name Distance Atom(p) Atom(l)
3hl2 1 Q9HD40 100.0 0.0 X-RAY
 2009-10-06 ARG A:465 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
ARG B:465 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
ARG C:465 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
ARG D:465 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
4zdl 1 Q9HD40 99.8 0.0 X-RAY
 2016-04-20 ARG A:465 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
ARG B:465 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
4zdo 1 Q9HD40 99.8 0.0 X-RAY
 2016-04-20 ARG A:465 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
ARG B:465 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
ARG C:465 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
ARG D:465 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
4zdp 1 Q9HD40 99.8 0.0 X-RAY
 2016-04-20 ARG A:465 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
ARG B:465 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
ARG C:465 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
ARG D:465 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
3bc8 1 Q6P6M7 90.2 0.0 X-RAY
 2007-12-18 GLN A:447 A:465 32.0 0.178 H -72.7 -25.2 32.0 0.178 0.0 HOH
 3.368
 O
 O
3bca 1 Q6P6M7 90.2 0.0 X-RAY
 2007-12-18 GLN A:447 A:465 32.0 0.178 T -69.9 -6.9 32.0 0.178 0.0 IOD
IOD
HOH
 9.332
8.623
3.725
 NE2
NE2
O
 I
I
O
3bcb 1 Q6P6M7 90.2 0.0 X-RAY
 2007-12-18 GLN A:447 A:465 38.0 0.211 H -69.2 -21.9 38.0 0.211 0.0 HOH
 3.940
 NE2
 O

AlphaFold DB

Entity Residue Monomer View
ID Entity Uniprot Identity Evalue Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ
af-q9hd40-f1 1 Q9HD40 100.0 0.0 ARG A:465 A:465 65.0 0.289 H -62.2 -42.8