Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr4 | 25146430 | . | G | A | CCDS3432.2:NM_016955.3:c.992tCa>tTa_NP_058651.3:p.331S>L | Homo sapiens Sep (O-phosphoserine) tRNA:Sec (selenocysteine) tRNA synthase (SEPSECS), mRNA. |
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
3hl2 | 1 | Q9HD40 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2009-10-06 | SER | A:331 | A:331 | 11.0 | 0.096 | H | -60.8 | -32.7 | 11.0 | 0.096 | 0.0 |
U U HOH |
8.580 9.228 2.770 |
OG OG OG |
OP1 C4' O |
||
SER | B:331 | B:331 | 16.0 | 0.139 | H | -44.3 | -53.4 | 16.0 | 0.139 | 0.0 | |||||||||||||
SER | C:331 | C:331 | 9.0 | 0.078 | H | -62.3 | -32.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | D:331 | D:331 | 13.0 | 0.113 | H | -49.4 | -40.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
4zdl | 1 | Q9HD40 | 99.8 | 0.0 |
X-RAY |
2016-04-20 | SER | A:331 | A:331 | 13.0 | 0.113 | H | -63.1 | -34.8 | 13.0 | 0.113 | 0.0 |
HOH |
3.399 |
OG |
O |
||
SER | B:331 | B:331 | 8.0 | 0.07 | H | -65.0 | -31.8 | 8.0 | 0.07 | 0.0 |
HOH |
6.101 |
OG |
O |
|||||||||
4zdo | 1 | Q9HD40 | 99.8 | 0.0 |
X-RAY |
2016-04-20 | SER | A:331 | A:331 | 19.0 | 0.165 | H | -65.7 | -23.6 | 19.0 | 0.165 | 0.0 |
U U HOH |
8.922 9.355 6.399 |
OG OG OG |
OP1 C4' O |
||
SER | B:331 | B:331 | 17.0 | 0.148 | H | -66.0 | -34.4 | 17.0 | 0.148 | 0.0 |
HOH |
3.237 |
OG |
O |
|||||||||
SER | C:331 | C:331 | 11.0 | 0.096 | H | -64.7 | -29.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | D:331 | D:331 | 17.0 | 0.148 | H | -51.7 | -51.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
4zdp | 1 | Q9HD40 | 99.8 | 0.0 |
X-RAY |
2016-04-20 | SER | A:331 | A:331 | 12.0 | 0.104 | H | -70.8 | -23.3 | 12.0 | 0.104 | 0.0 |
U U HOH |
8.705 9.480 2.995 |
OG OG OG |
OP1 C4' O |
||
SER | B:331 | B:331 | 14.0 | 0.122 | H | -42.6 | -62.1 | 14.0 | 0.122 | 0.0 |
HOH |
6.606 |
N |
O |
|||||||||
SER | C:331 | C:331 | 17.0 | 0.148 | H | -73.0 | -20.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
SER | D:331 | D:331 | 15.0 | 0.13 | H | -61.5 | -39.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
3bc8 | 1 | Q6P6M7 | 90.2 | 0.0 |
X-RAY |
2007-12-18 | CYS | A:313 | A:331 | 15.0 | 0.111 | H | -55.5 | -44.6 | 15.0 | 0.111 | 0.0 |
HOH |
3.795 |
SG |
O |
||
3bca | 1 | Q6P6M7 | 90.2 | 0.0 |
X-RAY |
2007-12-18 | CYS | A:313 | A:331 | 15.0 | 0.111 | H | -55.5 | -49.6 | 15.0 | 0.111 | 0.0 |
IOD IOD IOD IOD IOD IOD HOH |
2.926 9.551 7.389 3.840 6.850 8.392 3.913 |
SG SG O CB C SG SG |
I I I I I I O |
||
3bcb | 1 | Q6P6M7 | 90.2 | 0.0 |
X-RAY |
2007-12-18 | CYS | A:313 | A:331 | 15.0 | 0.111 | H | -56.0 | -43.6 | 15.0 | 0.111 | 0.0 |
HOH |
3.875 |
CB |
O |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-q9hd40-f1 | 1 | Q9HD40 | 100.0 | 0.0 | SER | A:331 | A:331 | 11.0 | 0.096 | H | -64.1 | -33.0 |